View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5866_low_5 (Length: 722)
Name: NF5866_low_5
Description: NF5866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5866_low_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 710
Target Start/End: Original strand, 31813841 - 31814545
Alignment:
| Q |
21 |
taatgctcgtttccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtttggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcacc |
120 |
Q |
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| T |
31813841 |
taatgctcgtctccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtttggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcacc |
31813940 |
T |
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| Q |
121 |
aagcaacaaatagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
220 |
Q |
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| T |
31813941 |
aagcaacaaacagtagtttcaggaaggacacacagagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
31814040 |
T |
|
| Q |
221 |
gttgcaccaatttaatttnnnnnnnnnnnnnnnn-tacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaactccttataggtgcctgattcacat |
319 |
Q |
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| T |
31814041 |
gttgcaccaatttaatttaaaaaagaaaaaaaaaatacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaacaccttataggtgcctgattcacat |
31814140 |
T |
|
| Q |
320 |
gattcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaatttttagaaaccaaactt |
419 |
Q |
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| T |
31814141 |
gattcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaatttttagaaaccaaactt |
31814240 |
T |
|
| Q |
420 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcga-ttttttgactcaaacaga |
518 |
Q |
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| T |
31814241 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcgatttttttgactcaaacaga |
31814340 |
T |
|
| Q |
519 |
agcttgtgattgcacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataa-------------caaatttttcttgttcttattttattcctataaa |
605 |
Q |
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| T |
31814341 |
accttgtgattgcacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataacaggtgttgaatccaaatttttcttgttcttattttattcctataaa |
31814440 |
T |
|
| Q |
606 |
ttcattttcgcatttacatgctaatattatactcaacaattgtttaattatttgctaaagttaagtgtcactaatgcacttgatttctcattacatgcta |
705 |
Q |
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|
| T |
31814441 |
ttcattttcgcatttacatgctaatattatactcaacaattgtttaattagttgctaaagataagtgtcactaatgcacttgatttatcattacatgcta |
31814540 |
T |
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| Q |
706 |
atatt |
710 |
Q |
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| T |
31814541 |
atatt |
31814545 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 24280532 - 24279945
Alignment:
| Q |
21 |
taatgctcgtttccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtttggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcacc |
120 |
Q |
| |
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| T |
24280532 |
taatgctcgtttccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtttggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcccc |
24280433 |
T |
|
| Q |
121 |
aagcaacaaatagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24280432 |
aagcaacaaacagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcaccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
24280333 |
T |
|
| Q |
221 |
gttgcaccaatttaatttnnnnnnnnnnnnnnnntacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaactccttataggtgcctgattcacatg |
320 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24280332 |
gttgcaccaatttaatttaaaaaagaaaaaaaaatacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaactccttataggtgcctgattcacatg |
24280233 |
T |
|
| Q |
321 |
attcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaattttt-agaaaccaaactt |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
24280232 |
attcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaattttttagaaaccaaactt |
24280133 |
T |
|
| Q |
420 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcgattttttgactcaaacagaa |
519 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24280132 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcgattttttgactcaaacagaa |
24280033 |
T |
|
| Q |
520 |
gcttgtgattgcacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataacaaatttttcttgttcttattttattcctataaatt |
607 |
Q |
| |
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||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24280032 |
ccttgtaattacacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataacaaatttttcttgttcttattttattcctataaatt |
24279945 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 296 - 460
Target Start/End: Original strand, 36929930 - 36930096
Alignment:
| Q |
296 |
tccttataggtgcctgattcacatgattcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggac-tttttcataaggtataatatgc |
394 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
36929930 |
tccttataggtgcctggttcacatgattcatcatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttgggcacttttttcataaggtgtaatatgc |
36930029 |
T |
|
| Q |
395 |
aaatcaat-ttttagaaaccaaacttagaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctc |
460 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
36930030 |
aaatcaatgttttagaaactaaacttggaagatctctaggttatggttcaattgcttttaacttctc |
36930096 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 238
Target Start/End: Original strand, 36929549 - 36929761
Alignment:
| Q |
34 |
cgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtttggaaagtcagtcatgtat-gaattgccacatctcgatgtattattac------ttcaccaa-gca |
125 |
Q |
| |
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||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| ||| |
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|
| T |
36929549 |
cgaattggaaatatggtttcctagtttgtatgtttggaaagtcagttatgtattgaattgccacgtctcgatatattattaccgcgatttcagcaaagca |
36929648 |
T |
|
| Q |
126 |
acaaatagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgatagttgc |
225 |
Q |
| |
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||||| |||| ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
36929649 |
acaaactgtagcttcaggatggacaaacaccaaattttaaatcgccgttaaaacaaacaggctattaaattacaaaatctcctgtgttaatgatagttgt |
36929748 |
T |
|
| Q |
226 |
accaatttaattt |
238 |
Q |
| |
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|||||||| |||| |
|
|
| T |
36929749 |
accaatttgattt |
36929761 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 160 - 226
Target Start/End: Original strand, 36927502 - 36927568
Alignment:
| Q |
160 |
ttttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgatagttgca |
226 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| | || |||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
36927502 |
ttttatatcaccgtgaaaacataaaggctattaaattactaagtctcatgtgttaatgatagttgca |
36927568 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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