View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5866_low_59 (Length: 318)

Name: NF5866_low_59
Description: NF5866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5866_low_59
NF5866_low_59
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-308)||(3208072-3208379)
chr5 (1-304)||(3202098-3202401)
chr5 (1-308)||(3216008-3216318)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Original strand, 3208072 - 3208379
Alignment:
Q  1 cttgatgaaaatgaagcaacttgaggggcattgggattcccaatgacagttcctttgaataaaattgtggccattggtgtggaagttgaatttatataat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3208072 cttgatgaaaatgaagcaacttgaggggcattgggatttccaatgacagttcctttgaataaaattgtggccattggtgtggaagttgaatttatataat 3208171  T
Q  101 cttggatgtttaaaccagcagagtaacttacatgcacagcaggtagaacatgaacatcagcaattggattgaaatcttcaccttcactgttcaaaagtat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3208172 cttggatgtttaaaccagcagagtaacttacatgcacagcaggtagaacatgaacatcagcaattggattgaaatcttcaccttcactgttcaaaagtat 3208271  T
Q  201 catagcagcaccaccggcatctttaactgcttgacctttggctactcttccaacaaacccaccttgctcacacacaactatttttcccttaacatcaacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3208272 catagcagcaccaccggcatctttaactgcttgacctttggctactcttccaacaaacccaccttgctcacacacaactatttttcccttaacatcaacc 3208371  T
Q  301 ttcttcat 308  Q
    ||||||||    
T  3208372 ttcttcat 3208379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 3202098 - 3202401
Alignment:
Q  1 cttgatgaaaatgaagcaacttgaggggcattgggattcccaatgacagttcctttgaataaaattgtggccattggtgtggaagttgaatttatataat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  3202098 cttgatgaaaatgaagcaacttgaggggaaagtggatttccaataacagttcctttgaataaaattgtggccattggtgttgaagttgagtttatataat 3202197  T
Q  101 cttggatgtttaaaccagcagagtaacttacatgcacagcaggtagaacatgaacatcagcaattggattgaaatcttcaccttcactgttcaaaagtat 200  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||    
T  3202198 ctttgatggataaaccagcagagtaacttacatgcacagcaggtagaacatgaacatcagcaattggattgaaagcttcatcttcaccattcaaaagtat 3202297  T
Q  201 catagcagcaccaccggcatctttaactgcttgacctttggctactcttccaacaaacccaccttgctcacacacaactatttttcccttaacatcaacc 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||     
T  3202298 catagcagcaccaccagcatctttaactgcttgacctttggctactctttcaaccgatccatcttgctcacacactactacctttcccttaacatcaaca 3202397  T
Q  301 ttct 304  Q
    ||||    
T  3202398 ttct 3202401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Original strand, 3216008 - 3216318
Alignment:
Q  1 cttgatgaaaatgaagcaacttgaggggcattgggattcccaatgacagttcctttgaataaaattgtggccattggtgtggaagttgaatttatataat 100  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  3216008 cttgatgaaaagtaagctacttgaggggcattgggatttccaataacagttccattgaataaaatcgtggccattggtgttgaagttgagtttatataat 3216107  T
Q  101 cttggatgtttaaaccagcagagtaacttacatgcacagcaggtaga---acatgaacatcagcaattggattgaaatcttcaccttcactgttcaaaag 197  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    | |||||||| |   ||||||  ||| ||| |  || ||| ||||  ||    
T  3216108 ctttgatggataaaccagcagagtaacttacaagtgcagcaggtagattgtcttgaacatcggattttggatcaaaaccttgaagtttactattcatgag 3216207  T
Q  198 tatcatagcagcaccaccggcatctttaactgcttgacctttggctactcttccaacaaacccaccttgctcacacacaactatttttcccttaacatca 297  Q
     ||||| ||||  ||||| || ||||||||||||||| |||| ||| ||  |  |||||  ||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  3216208 gatcatggcagatccaccagcgtctttaactgcttgagctttcgctgcttgtgaaacaagtccaccttcctcacacaaaactacctttcccttaacatca 3216307  T
Q  298 accttcttcat 308  Q
    |  ||||||||    
T  3216308 atgttcttcat 3216318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University