View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5868-Insertion-1 (Length: 863)

Name: NF5868-Insertion-1
Description: NF5868
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5868-Insertion-1
NF5868-Insertion-1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (9-859)||(1361609-1362464)
chr2 (9-841)||(1354723-1355558)
chr2 (68-733)||(20492453-20493118)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (82-733)||(29954332-29954983)
chr4 (94-728)||(51369475-51370109)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (65-778)||(12846293-12847007)
chr6 (91-749)||(14622422-14623080)
chr6 (91-749)||(14588764-14589422)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (92-830)||(11531656-11532396)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 859
Target Start/End: Original strand, 1361609 - 1362464
Alignment:
Q  9 tattcgagcttttacagctcttagaaatgaatcaggtggaatagctggttttgatctcaacaaagcttattcgagttgtgatctttttcttctcagaacc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361609 tattcgagcttttacagctcttagaaatgaatcaggtggaatagctggttttgatctcaacaaagcttattcgagttgtgatctttttcttctcagaacc 1361708  T
Q  109 tcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgtcgttcctgttgggttgcttccaccatctatgcagataagag 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361709 tcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacagtacaaggttcctgtcgttcctgttgggttgcttccaccatctatgcagataagag 1361808  T
Q  209 acgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtga 308  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361809 acgatgaagaggaagagaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtga 1361908  T
Q  309 gttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtaca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361909 gttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtaca 1362008  T
Q  409 cttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362009 cttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattg 1362108  T
Q  509 gtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgtt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362109 gtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgtt 1362208  T
Q  609 ttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362209 ttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttg 1362308  T
Q  709 gcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgct-aagagttggggaacgttttcagttc-aaagatattcataatc-atatattgatgatc 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1362309 gcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaagttttcagttcaaaagatattcataatcaatatattgatgatc 1362408  T
Q  806 tcattgctgctctttataagtataggaatccttcca--ttctacaactaggtagac 859  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||    
T  1362409 tcattgctgctctttacaagtataggaatccttccaattccaacaactaggtagac 1362464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 841
Target Start/End: Original strand, 1354723 - 1355558
Alignment:
Q  9 tattcgagcttttacagctcttagaaatgaatcaggtggaatagctggttttgatctcaacaaagcttattcgagttgtgatctttttcttctcagaacc 108  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||   ||  ||| || || ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  1354723 tattagagctttcacagctcttagagatgaatcaggtaacatgcctgattctggtctcaacaatgcttattcaagttgtgatcttttacttctcagaacc 1354822  T
Q  109 tcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgtcgttcctgttgggttgcttccaccatctatgcagataagag 208  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  1354823 tcgagagagcttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacagtacaatgttcctgttgttcctgttgggttgattccaccttctatgcagataagag 1354922  T
Q  209 acgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtga 308  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1354923 atgatgaagaggaagagaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtga 1355022  T
Q  309 gttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtaca 408  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1355023 gttgaagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtaca 1355122  T
Q  409 cttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattg 508  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1355123 cttgaattacctgaaggattcgaggaaaggacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattg 1355222  T
Q  509 gtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgtt 608  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1355223 gtggatgtatgagtcattgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccagtgtttgtt 1355322  T
Q  609 ttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355323 ttcaagggcattggtggaaaaggaagtggctgttgaagtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttg 1355422  T
Q  709 gcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgct-aagagttggggaacgttttcagttc-aaagatattcataatc-atatattgatgatc 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||      
T  1355423 gcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgact 1355522  T
Q  806 tcattgctgctctttataagtataggaatccttcca 841  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  1355523 ttattgctgctctttacaagtatagggttccttcca 1355558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 68 - 733
Target Start/End: Original strand, 20492453 - 20493118
Alignment:
Q  68 acaaagcttattcgagttgtgatctttttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgt 167  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||| |||||||| || || | |||||||||||||||    
T  20492453 acaaagtttactcgagttgtgaccttattcttatcagagccactagagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgt 20492552  T
Q  168 cgttcctgttgggttgcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattca 267  Q
     ||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||  ||| | |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  20492553 ggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagacaatgaggaagaagaaaacgaccctgattgggtgaaaatcaaggcttggttggattca 20492652  T
Q  268 agagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggt 367  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||    
T  20492653 aaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggt 20492752  T
Q  368 tgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagac 467  Q
    |  ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||   ||||| |||||||| ||    
T  20492753 tacctttcttttgggctttgaaaaaccttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaac 20492852  T
Q  468 atgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccat 567  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| || |||    
T  20492853 atgggcaccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcat 20492952  T
Q  568 gttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatg 667  Q
    || ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | | | |  |||| |  | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  20492953 gtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaatgagcaagatg 20493052  T
Q  668 ggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagta 733  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20493053 ggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagta 20493118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 733
Target Start/End: Original strand, 29954332 - 29954983
Alignment:
Q  82 agttgtgatctttttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgtcgttcctgttgggt 181  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||      
T  29954332 agttgtgacctttttcttataagaacctctagagaacttgaaggtgaatggttagattatatttcttaccaatacaaagttcctgtggttccagttggaa 29954431  T
Q  182 tgcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttc 281  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| |||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  29954432 tgcttccaccatccatgcagataagagacgacgaagaggaagaaagcaaccctagttgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttc 29954531  T
Q  282 tgttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgg 381  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  | ||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  29954532 tgttgtttacattggatttgggagcgagttgaagttaagccaacaagatctaactgagttagcgcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttgg 29954631  T
Q  382 gctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagc 481  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  29954632 gctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaaggatttgaggaaagaacaaaagaatgtggaatcgtttggaaaacatgggcacctcaac 29954731  T
Q  482 ttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacact 581  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||| |    
T  29954732 ttaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgtccttgtgacatt 29954831  T
Q  582 gccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagg 681  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | |  ||||||   |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  29954832 gccttatttacctgaccaatgtttgttttcaagagcactagaagaaaagaaggtggcaattgaggtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactagg 29954931  T
Q  682 gactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagta 733  Q
    |||||  | || ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29954932 gactcgatagcccaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagta 29954983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 94 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 51370109 - 51369475
Alignment:
Q  94 tttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgtcgttcctgttgggttgcttccaccat 193  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||| | ||| | | |||||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||    
T  51370109 tttcttattagaacctctagagaacttgaaggtccatggttagattatctttctcaccgatacaaggttcctgtgcttcctgttggagttcttccaccat 51370010  T
Q  194 ctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacat 293  Q
    |  |||| |||||||||||  || | || |  ||||| |||||||||||  | ||||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  51370009 ccttgcatataagagacgaccaacatgatgaaaacaaccctgattgggtccacatcaaggcatggttggactcaaaagaatcatcttctgttgtttacat 51369910  T
Q  294 tggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaagaat 393  Q
    ||||||||| || ||||  |||||   |||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||  ||    
T  51369909 tggatttggaagcgagtcaaagttagatcaacaagatttaactgagttagctcatggaattgaactttctgggttacctttcttttgggctttgaaagat 51369810  T
Q  394 ctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttag 493  Q
    |  ||||| |||  |  |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| ||| ||| | ||||||||||    
T  51369809 cgtaaagacggtgtatctgaattacctcaaggattcgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacctgggtaccccagatcaaaatcttag 51369710  T
Q  494 ctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttatttgct 593  Q
    |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||  |||||| | ||||| | || ||||||||||| ||| |||||||| | ||    
T  51369709 ctcatccatcaattggtggatgtatgagtcactgtggtggaagttcagtcgttgagatgcttcatcttgggcatgttcttgtcacattgccttatatact 51369610  T
Q  594 tgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggct 693  Q
    |||||| ||||||| | ||||   | | |  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  51369609 tgaccagtgtttgtatgcaagattactagaagaaaagaaagtggctgttgaagtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactagggactctgtagcc 51369510  T
Q  694 cactcattgaggttggcaattgtggatgaggaagg 728  Q
     |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  51369509 aaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaagg 51369475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 65 - 778
Target Start/End: Original strand, 12846293 - 12847007
Alignment:
Q  65 tcaacaaagcttattcgagttgtgatctttttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcc 164  Q
    |||||||||  ||||| |||||||| |||  ||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12846293 tcaacaaagtatattcaagttgtgaccttcatctactcagaacatcaagagagcttgaaagtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggctcc 12846392  T
Q  165 tgtcgttcctgttgggttgcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggat 264  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||   ||| |||||    
T  12846393 tgtcgttcttgttgggttgcttccaccatctatgcagataagagacgatgaggaggaagagaaccatcctgattggttgaaaataaaaaaatggctggat 12846492  T
Q  265 tcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctg 364  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  || || ||| |||| || || |||||||||||||||||||||     
T  12846493 tcaagagaatcatcttccgttgtttacattggatttgggagcgagttgaggttaacgcaaaaagatctaaccgaattagctcatggaattgagctttcta 12846592  T
Q  365 ggttgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaa 464  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| || ||  |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  12846593 ggttacctttcttttgggctttgaaaaacctaaaaaagggtacacttgagttacctaaaggattcgaagatcgaaccaaagaacgtggaattgtttggaa 12846692  T
Q  465 gacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggc 564  Q
     ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| | ||||| ||     
T  12846693 aacatgggcaccccagcttaagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagctccattttgga 12846792  T
Q  565 catgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaag 664  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| | | | |  ||||||  ||||||  ||||||| ||||| |||||||| |    
T  12846793 catgttcttgttacattgccttatttgctagatcaatgtttgttttcaagagaactagctgaaaagaaagtggccattgaggttccaagaagtgaggagg 12846892  T
Q  665 atgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgc-taagagttggggaa 763  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| || |   |||||||||| |||||  ||||||  ||||||| || || ||||||||||||  ||||| |||| ||    
T  12846893 atgggtcctttactagggactttgtagccctaacattgaggttagcaataatggatgccgaaggaattatttacaggaacaatgcaaaagagatgggcaa 12846992  T
Q  764 cgttttcagttcaaa 778  Q
      |||||||||||||    
T  12846993 gattttcagttcaaa 12847007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 91 - 749
Target Start/End: Original strand, 14622422 - 14623080
Alignment:
Q  91 ctttttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgtcgttcctgttgggttgcttccac 190  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  14622422 ctttttcttttcagaacctctagagaacttgaaggtgaatggttagattatatttctgaccaatacaaggttcctgtggttccggtcggattgcttccac 14622521  T
Q  191 catctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgttta 290  Q
    || |||||||||||||||| || ||||| || |  || |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14622522 cacctatgcagataagagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgttta 14622621  T
Q  291 cattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaag 390  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |||||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||| ||     
T  14622622 cattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaa 14622721  T
Q  391 aatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatct 490  Q
     |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||    
T  14622722 gatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatct 14622821  T
Q  491 tagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttattt 590  Q
    || |||||| | ||||| |||| ||||||| ||| |||||| |  |||| || ||||| | | ||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14622822 taactcatgaatcaattagtggttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatgcttcatcttgggcatgttcttgtgacattgccttattt 14622921  T
Q  591 gcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtg 690  Q
     |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||| |||||||| |||     
T  14622922 acttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggccattaatagggactgtgtt 14623021  T
Q  691 gctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgc 749  Q
    ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  14623022 gctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgc 14623080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 91 - 749
Target Start/End: Original strand, 14588764 - 14589422
Alignment:
Q  91 ctttttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgtcgttcctgttgggttgcttccac 190  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  14588764 ctttttcttttcagaacctctagagaacttgaaggtgaatggttagattatatttctgaccaatacaaggttcctgtggttccggtcggattgcttccac 14588863  T
Q  191 catctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgttta 290  Q
    || |||||||||||||||| || ||||| || |  || |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14588864 cacctatgcagataagagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgaatgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgttta 14588963  T
Q  291 cattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaag 390  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |||||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||| ||     
T  14588964 cattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaa 14589063  T
Q  391 aatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatct 490  Q
     |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |||| ||||    
T  14589064 gatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggtaccccagtttaagatct 14589163  T
Q  491 tagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttattt 590  Q
    || |||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||| |  |||| ||  |||| | | || || | || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14589164 taactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatgctttatcttgggcatgttcttgtgacattgccttattt 14589263  T
Q  591 gcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtg 690  Q
     |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||| |||||||| |||     
T  14589264 acttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggccattaatagggactgtgtt 14589363  T
Q  691 gctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgc 749  Q
    ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  14589364 gctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgc 14589422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 92 - 830
Target Start/End: Original strand, 11531656 - 11532396
Alignment:
Q  92 tttttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggttcctgtcgttcctgttgggttgcttccacc 191  Q
    |||||||| |||||| ||  | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  11531656 tttttcttatcagaagctgtaaagaacttgaaggtgaatggttagattatatttctagccaatataaggttcgtgtggttccagttggattgcttccacc 11531755  T
Q  192 atctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttac 291  Q
    ||| |||||||||||||| || ||| ||||||  ||||| | ||||||| |||||||||| |  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  11531756 atccatgcagataagagaagacgaa-aggaagaaaacaaccttgattggatgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcgtcttctgttgtttac 11531854  T
Q  292 attggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaaga 391  Q
    |||||||||||||| |||  |||  | |||||  | ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  11531855 attggatttgggagcgagacgaaaataagtcaacaagatctaattgagttagctcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaa 11531954  T
Q  392 atctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatctt 491  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||    
T  11531955 atcttaaagagggtacacttgaattacctaaagaatttgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccacaacttaagatctt 11532054  T
Q  492 agctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttatttg 591  Q
    ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||     
T  11532055 agcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcactgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgctcttgtgacattgccttattta 11532154  T
Q  592 cttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtgg 691  Q
     |||||||||||||||| ||||| | | | |  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || |    
T  11532155 attgaccaatgtttgttctcaagagtactagaagaaaagaaagtggctattgaggtaccaaggagtgagaaagacgggtcctttactagggactcagtag 11532254  T
Q  692 ctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatg-ctaagagttggggaacgttttcagttc-aaagatattcataa 789  Q
    |  |  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | ||| ||||||| | ||||  |||| || ||||||||||| |||||| |||| ||    
T  11532255 ccaaaacattgaggttggtaataatggatgaggaaggaagtacgtacagaaacaatgccaaagatatgggaaaggttttcagttcaaaagatcttcacaa 11532354  T
Q  790 tc-atatattgatgatctcattgctgctctttataagtatag 830  Q
    || ||| ||||| ||| | |||| ||||||| | ||||||||    
T  11532355 tcaatacattgaagattttattgttgctcttcaaaagtatag 11532396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University