View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5868-Insertion-2 (Length: 804)

Name: NF5868-Insertion-2
Description: NF5868
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5868-Insertion-2
NF5868-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-804)||(38479950-38480746)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 804
Target Start/End: Original strand, 38479950 - 38480746
Alignment:
Q  9 gatatcatagcagaggatgacctcgttgattcttgcaagcctggagatcgtgtagctattgttgggatatataaggctcttccaggaaaaagcaaaggca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38479950 gatatcatagcagaggatgacctcgttgattcttgcaagcctggagatcgtgtagctattgttgggatatataaggctcttccaggaaaaagcaaaggca 38480049  T
Q  109 gtgtgaatggtgtattcaggtagcttcagaaaatatactgagtaattcccttgctcttgctttattgaacagaaacttgattgattgctgtggatgcagg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480050 gtgtgaatggtgtattcaggtagcttcagaaaatatactgagtaattcccttgctcttgctttattgaacagaaacttgattgattgctgtggatgcagg 38480149  T
Q  209 actgtgctcatagcgaacaatgtatctcttctcaacaaagaggctaatgctccaatctacagccctgaagaccttaaaaatataaaaaagatagctgaaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38480150 actgtgctcatagcgaacaatgtatctcttctcaacaaagaggctaatgctccaatctacagccctgaagaccttaaaaacataaaaaagatagctgaaa 38480249  T
Q  309 gagatgatacatttgatcttcttggtaattcacttgcaccttctatacatggccattcttggataaagaaagcagtgattttattgatgcttggtggagt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480250 gagatgatacatttgatcttcttggtaattcacttgcaccttctatacatggccattcttggataaagaaagcagtgattttattgatgcttggtggagt 38480349  T
Q  409 ggagaagaacctaaagaatggaactcatttgagagggttagtgctttccccatatatcattatatcccttagnnnnnnnggaagatggtattattgcagt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  38480350 ggagaagaacctaaagaatggaactcatttgagagggttagtgctttccccatatatcattatatcccttagtttttttggaagatggtattattgcagt 38480449  T
Q  509 ccaacacattcttgacatttatctctcttaatattgtttacaaaagttgtaatactggtgtgccttcttcttttagtgacattaatatgatgatggttgg 608  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38480450 ccaacacattcttgaaatttatctctcttaatattgtttacaaaagttgtaatactggtgtgccttcttcttttagtgacattaatatgatgatggttgg 38480549  T
Q  609 tgatccctctgttgctaagtctcaactcttgagagcaattatgaatattgctcccttggccatatcaactacaggccggggttcttctggggttggtttg 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38480550 tgatccctctgttgctaagtctcaactcttgagagcaattatgaatattgctcccttggccatatcaactactggccggggttcttctggggttggtttg 38480649  T
Q  709 acagcagcagttacttcagatcaagaaacaggtaaacattcttcaaggccaatacataattctcttatga-ttttgccatctaaagaaaaattataa 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38480650 acagcagcagttacttcagatcaagaaacaggtaaacattcttcaaggacaatacataattctcttatgacttttgccatctaaagaaaaattataa 38480746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University