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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5871_low_13 (Length: 403)
Name: NF5871_low_13
Description: NF5871
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5871_low_13 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31604789 - 31604414
Alignment:
| Q |
14 |
atatggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaat |
113 |
Q |
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| T |
31604789 |
atatggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaat |
31604690 |
T |
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| Q |
114 |
aagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttg |
213 |
Q |
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| T |
31604689 |
aagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccatccattatcaatcttcttg |
31604590 |
T |
|
| Q |
214 |
aaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacg |
313 |
Q |
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| T |
31604589 |
aaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttagaggaagatcagcaccacttttcgtagatcatcaacg |
31604490 |
T |
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| Q |
314 |
aacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctcttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaa |
389 |
Q |
| |
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| T |
31604489 |
aacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctctagttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaa |
31604414 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 31594537 - 31594162
Alignment:
| Q |
14 |
atatggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaat |
113 |
Q |
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| T |
31594537 |
atatggtagtgggttgatagctctggtatgggtaacaggactaatcacacccattgtgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaat |
31594438 |
T |
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| Q |
114 |
aagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttg |
213 |
Q |
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| T |
31594437 |
aagagaagaaccattgaacaatcagcttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacgatcaagaaaacataccatccatgatcaatcttcttg |
31594338 |
T |
|
| Q |
214 |
aaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacg |
313 |
Q |
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| T |
31594337 |
aaatgtcaaacccttcactgcgaagtcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttgcaggaagatcgacaccactcttcatagatcatcaacc |
31594238 |
T |
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| Q |
314 |
aacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctcttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaa |
389 |
Q |
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| T |
31594237 |
aatatatgggaagactaagtcgtcacactcttcttattcaagacgcataataaacgcctttagatcatatgagcaa |
31594162 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 60 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 31563610 - 31563346
Alignment:
| Q |
60 |
acacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtc |
159 |
Q |
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|
| T |
31563610 |
acacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaagaaccattgaacaatcaacttcagataccgaactaagtc |
31563511 |
T |
|
| Q |
160 |
tcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttgaaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtcca |
259 |
Q |
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|
|
| T |
31563510 |
tcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaaacccttcattggagaatcctatttgtttctatgtcct |
31563411 |
T |
|
| Q |
260 |
acatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacgaacaagcaaca |
324 |
Q |
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|
|
| T |
31563410 |
acatcttattcaacttagaggaagatcaactccacttttcatagatcatcaaccaacatgcaaca |
31563346 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 14 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 31579010 - 31578698
Alignment:
| Q |
14 |
atatggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaat |
113 |
Q |
| |
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| T |
31579010 |
atatggtattgggttgatagctttaatatggataacagcagccacaacacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaggtacttatccttaaat |
31578911 |
T |
|
| Q |
114 |
aagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttg |
213 |
Q |
| |
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| T |
31578910 |
aggagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgaacttcgtatcttggcatgtatacacagtcaagaaaacacaccatccattatcaatcttcttg |
31578811 |
T |
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| Q |
214 |
aaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacg |
313 |
Q |
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| T |
31578810 |
aaatgtcaagcccttcattgaaaaatccaatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttagaggacgagtaacaccagttttcatagatcatcaacc |
31578711 |
T |
|
| Q |
314 |
aacaagcaacaag |
326 |
Q |
| |
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|||| |||||||| |
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| T |
31578710 |
aacatgcaacaag |
31578698 |
T |
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