View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5874-Insertion-3 (Length: 850)

Name: NF5874-Insertion-3
Description: NF5874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5874-Insertion-3
NF5874-Insertion-3
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (9-850)||(8342349-8343190)
chr3 (26-518)||(26728034-26728523)
chr3 (512-743)||(26728370-26728601)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (74-517)||(11544229-11544672)
chr1 (16-517)||(44612478-44612976)
chr1 (541-847)||(11544046-11544352)
chr1 (512-794)||(44612824-44613106)
chr1 (16-219)||(44145281-44145484)
chr1 (15-332)||(16817999-16818316)
chr1 (267-430)||(35899312-35899475)
chr1 (516-743)||(35899414-35899641)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (510-794)||(28879-29163)
scaffold0061 (27-517)||(29009-29496)
[»] scaffold0017 (4 HSPs)
scaffold0017 (510-794)||(169629-169913)
scaffold0017 (27-517)||(169296-169783)
scaffold0017 (26-517)||(174202-174689)
scaffold0017 (513-671)||(174538-174696)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (544-846)||(29507138-29507440)
chr5 (321-517)||(29507320-29507516)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-175)||(29228084-29228242)
chr2 (17-175)||(29341383-29341541)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 776; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 776; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 850
Target Start/End: Original strand, 8342349 - 8343190
Alignment:
Q  9 cagttaacatcatcgacgatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8342349 cagttaacatcatcgacgatattccactgggtgcttaactacaactctaatcttcaagagcttcaacttcatgataacttgttaaaaggtaccattcatc 8342448  T
Q  109 atgattttggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcacctt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8342449 atgattttggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcacctt 8342548  T
Q  209 ggagagatttgaagcttttgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgcta 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8342549 ggagagatttgaagcttttgataaccacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgcta 8342648  T
Q  309 caggagctattcttatcgaataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatggaaataaattaa 408  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8342649 caggagctatccttatcgtataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatggaaataaattaa 8342748  T
Q  409 ctggagaaatacccacgagcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcac 508  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8342749 ttggagaaatacccacgagcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcac 8342848  T
Q  509 taacctctcatccttgagagtgttgtatcttaatgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8342849 taacctctcatccttgagagtgttgtatctttatgacaataaactaattggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatc 8342948  T
Q  609 ctaagcagaaacccttttgatagtgtcgtttctgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtga 708  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8342949 ctaagcagaaactcttttgatggtgtcgtctctgaatctcatttcacaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtga 8343048  T
Q  709 aggttagtactaattgggttcctccttttcaattacaattattgtttctatcatcttgcaatatcaatgctacatttcctaattggatcctcacccaaaa 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8343049 aggttagtactaattgggttcctccttttcaattacaattattgtttctatcattatgcaatatcaatgctacatttcctaattggatcctcacccaaaa 8343148  T
Q  809 ggasttattggagctcgacatttcaaacaacaatatcaccgg 850  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8343149 ggacttattggagctcgacatttcaaaaaacaatatcaccgg 8343190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 518
Target Start/End: Original strand, 26728034 - 26728523
Alignment:
Q  26 gatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgattttggcaacaaa 125  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||  | |||  | |||||||  ||| |||||| |||| | ||||||||||||||| |    
T  26728034 gatattccacttggtgcttaactacacctctaatcttcaagacctctacctttctaataactttgtaagaggtactattcctgatgattttggcaacata 26728133  T
Q  126 atgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagagatttgaagctt 225  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||| |  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||| |||||    
T  26728134 atgcattcacttgtgaatctcgaactctcagacaacagtctagaaggcaagatcccaaaatccattgggagtatatgcaccttgcaaaaatttgcagctt 26728233  T
Q  226 ttgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggagctattcttatc 325  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||| | ||| ||||| ||||| |||| | | | | ||||| ||||||||||||||  |||| | | |||  |||||    
T  26728234 ttgataacaacttgactggag--atttga-gttttatcacccatagtaacaattttaagtgcattggaaatgtatcctctttacaagtgttatggttatc 26728330  T
Q  326 gaataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatggaaataaattaactggagaaatacccacg 425  Q
     || |||  |||||| ||  ||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||    |||   ||| |||| ||||| |||  ||||||||||||  |     
T  26728331 aaacaatacaatttcaggtttgttacccgacttttcaatcctctcatctttgagacggttgtctcttaatggcaataagttatgtggagaaatacctgca 26728430  T
Q  426 agcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcactaacctctca 518  Q
    ||||| || || ||||| || |||||| |||||  |||| |   |||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26728431 agcatgggatcacttacggatttagagattttggacctgggagtaaactcttttgaaggtgtcgtctctgaatcccatttcactaacctctca 26728523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 743
Target Start/End: Original strand, 26728370 - 26728601
Alignment:
Q  512 cctctcatccttgagagtgttgtatcttaatgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatccta 611  Q
    ||||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||  ||  ||||||||||||  | ||||| |||||||||||| | || |||| ||||  |||     
T  26728370 cctctcatctttgagacggttgtctcttaatggcaataagttatgtggagaaatacctgcaagcatgggatcacttacggatttagagattttggacctg 26728469  T
Q  612 agcagaaacccttttgatagtgtcgtttctgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtgaagg 711  Q
     |   |||| |||||||  ||||||| |||||||| |||||| | ||||||||| |||||  ||| ||| | |||||| | || || |||  |||||||     
T  26728470 ggagtaaactcttttgaaggtgtcgtctctgaatcccatttcactaacctctcagaattggtagacctagatttgtcttacaatttgttgaatgtgaaga 26728569  T
Q  712 ttagtactaattgggttcctccttttcaatta 743  Q
    |||||  ||||||||||||||| |||||||||    
T  26728570 ttagtgataattgggttcctccgtttcaatta 26728601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 4e-80; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 74 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 11544672 - 11544229
Alignment:
Q  74 acttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgattttggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggc 173  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||  |||||| ||||||||| || |||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  11544672 actttatggtaacttgttaagaggtaccattcctgatgattttggcaacgtaatgcaatcacttgtgcatctctatctctcagagaacagtctagaaggc 11544573  T
Q  174 aatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagagatttgaagcttttgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataata 273  Q
    || ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||  ||||||||||  |||||||  |||||| ||||  ||||||| || ||||||||||||||    
T  11544572 aagatcccaaaatccattggaaacatatgcaccttgcagtcatttgaagctcgtgataaccgcttgagtggagggatttcagattttatcatccataata 11544473  T
Q  274 actactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggagctattcttatcgaataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatc 373  Q
    |||| || |  ||||| |||||||  |||||| |||| || |||| |||||||||||||||  |||| |||| | |||||||| | ||| |||| |||||    
T  11544472 actattcacgatgcattggaaatgcttcctcgttacaagacctatacttatcgaataatcagttttctggcacgatacctgacttgtcaatcctctcatc 11544373  T
Q  374 tttgagggaattgatacttgatggaaataaattaactggagaaatacccacgagcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaac 473  Q
    |||||     ||||| || ||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||  ||||||  ||| || |||||    
T  11544372 tttgacatggttgattctagatgacaataatttaattggagaaatacccacgagcattggatcacttaccgagttagaaattttgaatctgggcggaaac 11544273  T
Q  474 tcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcactaacctctc 517  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11544272 tcttttgaaggcattgtctctgaatcccatttcactaacctctc 11544229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 517
Target Start/End: Original strand, 44612478 - 44612976
Alignment:
Q  16 catcatcgacgatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgattt 115  Q
    ||||||| | ||||||| | ||| |||||||| ||| ||| ||||||||| | ||| | |||  | |||||||||| | ||||||||||| | |||||||    
T  44612478 catcatcaatgatattcgattggatgcttaactacaactccaatcttcaacaccttgacctttctaataacttgttgagaggtaccattcctaatgattt 44612577  T
Q  116 tggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagaga 215  Q
    ||| |||| ||||||||| ||||| | | || ||||| |  | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |    
T  44612578 tggaaacataatgcattcgcttgtaagtctcaatctcacaagcaactatctagaaggcaagatcccaaaatcaattgggaatatttgcaccttggagaca 44612677  T
Q  216 tttgaagcttttgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggagc 315  Q
    ||||| ||   |||||||   ||||| ||| ||   | || || ||| | |  || |||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||| |    
T  44612678 tttgatgcaactgataaccgattgagtggacaa---ttagattttatgacctctagtaactattctcactgcattggaaatctatcatcgttacaggaac 44612774  T
Q  316 tattcttatcgaataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatggaaataaattaactggaga 415  Q
    |||   ||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||| |||| || ||||||||    ||| | ||| |||  |||||||||||||||||    
T  44612775 tatggctatggaataatgagatttcgggcaagttaccagacctttcaatcctctcgtctttgagactgttggttcttaatgtcaataaattaactggaga 44612874  T
Q  416 aatacccacgagcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcactaacctc 515  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||| |||||| ||  ||||  |||| || |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||    
T  44612875 aatacccgcgagcatcggatcacttaccgagttacagtatttgtacctgggcggaaactcttttgaaggtatcatctctgaatcccatttcactaacctc 44612974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 541 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 11544352 - 11544046
Alignment:
Q  541 atgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatcctaagcagaaacccttttgatagtgtcgtttc 640  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| || | |||||  ||  || ||||| |||||||  |  | || ||    
T  11544352 atgacaataatttaattggagaaatacccacgagcattggatcacttaccgagttagaaattttgaatctgggcggaaactcttttgaaggcattgtctc 11544253  T
Q  641 tgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtgaaggttagtactaattgggttcctccttttcaa 740  Q
    |||||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||| | |||||| | ||||||     |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  11544252 tgaatcccatttcactaacctctccaaattggaagaactagatttgtctcagaacttaccaactgtgaaagttagtgcaaattgggttcctccttttcaa 11544153  T
Q  741 ttacaattattgtttctatcatcttgcaatatcaatgctacatttcctaattggatcctcacccaaaaggasttattggagctcgacatttcaaacaaca 840  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11544152 ttacaatatttgtttctagcatcttgcaatctcaattcaacatttcctaattggatcctcacccaaaaactcttattggtgctcgacatttcaaaaaaca 11544053  T
Q  841 atatcac 847  Q
    |||||||    
T  11544052 atatcac 11544046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 512 - 794
Target Start/End: Original strand, 44612824 - 44613106
Alignment:
Q  512 cctctcatccttgagagtgttgtatcttaatgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatccta 611  Q
    |||||| || |||||| |||||  |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  || |||||  |||     
T  44612824 cctctcgtctttgagactgttggttcttaatgtcaataaattaactggagaaatacccgcgagcatcggatcacttaccgagttacagtatttgtacctg 44612923  T
Q  612 agcagaaacccttttgatagtgtcgtttctgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtgaagg 711  Q
     || ||||| |||||||  || || | |||||||| |||||| | |||||||| |||||| || ||||| | |||||||| ||||  |||  | ||||||    
T  44612924 ggcggaaactcttttgaaggtatcatctctgaatcccatttcactaacctctccaaattggaaaaactagacttgtctgacaactcgttgactatgaagg 44613023  T
Q  712 ttagtactaattgggttcctccttttcaattacaattattgtttctatcatcttgcaatatcaatgctacatttcctaattgg 794  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||  |  ||||    |||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  44613024 ttagtaatgattgggttcccccttttcaattattaacattgggcttatcatcttgtaatatgaattctagatttcctaattgg 44613106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 44145281 - 44145484
Alignment:
Q  16 catcatcgacgatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgattt 115  Q
    ||||||| | ||||||| | |||||||||||| ||| ||| ||||||||| | ||| | ||| ||| ||||||||||| || |||||||| | |||||||    
T  44145281 catcatcaatgatattcaattgggtgcttaactacaactccaatcttcaacaccttgagctttatggtaacttgttaagagataccattcctgatgattt 44145380  T
Q  116 tggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagaga 215  Q
    ||| |||| ||||||||| ||||| | | |  |||||||    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  44145381 tggaaacataatgcattcgcttgtaagtcttgatctctcatacaacaatctagaaggaaagatcccaaaatcaattgggaatatttgcaccttgcagaca 44145480  T
Q  216 tttg 219  Q
    ||||    
T  44145481 tttg 44145484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 332
Target Start/End: Original strand, 16817999 - 16818316
Alignment:
Q  15 acatcatcgacgatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgatt 114  Q
    |||||||| | |||| ||||  || |||||||| ||| ||  ||||||||| ||||| | |||  | |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  16817999 acatcatcaatgataatccatcggatgcttaactacaacttcaatcttcaaaagcttgacctttctaataacttgttaagaggtaccattctagatgatt 16818098  T
Q  115 ttggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagag 214  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||| ||| || |||||||    || | ||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |       
T  16818099 ttggttacataatgcattcacttgttaatgtcgatctctcctacaatagtcttgaaggaaagatcccaaaatcgattgggaatatatgcaccttgcaagc 16818198  T
Q  215 atttgaagcttttgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggag 314  Q
    ||||   |||  |||| || ||||||| || || ||||||| || |||||||||||||||| | | ||  ||||  |||||||||||||| |||||||      
T  16818199 atttagggctaatgattaccacttgagtggggagatttcagattttatcatccataataacaattatcgctgcactggaaatgtatcctcactacaggta 16818298  T
Q  315 ctattcttatcgaataat 332  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  16818299 ctatccttatcaaataat 16818316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 267 - 430
Target Start/End: Original strand, 35899312 - 35899475
Alignment:
Q  267 cataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggagctattcttatcgaataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcc 366  Q
    ||||||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||| | |||||||||||  | |||||| ||     
T  35899312 cataataactattcgaactgcattggaaatgtatcctcgttacaggaattatccttatcaaataatcaaattactggcatgttaccaaatctttcaatct 35899411  T
Q  367 tatcatctttgagggaattgatacttgatggaaataaattaactggagaaatacccacgagcat 430  Q
    |||||||||||||    |||   |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  35899412 tatcatctttgagaatgttgtatcttgctggaaataaattatttggagaaatacccacgagcat 35899475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 516 - 743
Target Start/End: Original strand, 35899414 - 35899641
Alignment:
Q  516 tcatccttgagagtgttgtatcttaatgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatcctaagca 615  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  ||  |||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||  || |||||    | |||     
T  35899414 tcatctttgagaatgttgtatcttgctggaaataaattatttggagaaatacccacgagcattggatcaattatggagttaaagtatttggatttgagcg 35899513  T
Q  616 gaaacccttttgatagtgtcgtttctgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtgaaggttag 715  Q
     |||| |||||||  ||||| | ||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||| ||| | |||||| |||||||  ||  ||||||||||||    
T  35899514 taaacgcttttgaaggtgtcatctctgaatctcatttcactaacctctccaaattggaagatctatatttgtcttataactttctgactgtgaaggttag 35899613  T
Q  716 tactaattgggttcctccttttcaatta 743  Q
    |  | | ||||||||||| ||| |||||    
T  35899614 ttatgactgggttcctccctttaaatta 35899641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 77; Significance: 3e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 510 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 29163 - 28879
Alignment:
Q  510 aacctctcatccttgagagtgttgtatcttaatgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatcc 609  Q
    ||||||||||| |||||| |||||  ||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| ||||  ||    
T  29163 aacctctcatctttgagactgttgagtcttgtggacaataaattaattggagaaatacccacgagcatcggatcacttacagagttaaagagtttgtacc 29064  T
Q  610 taagcagaaacccttttgatagtgtcgtttctgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtgaa 709  Q
    | ||| ||||| |||||||  ||||||| |||||||| |||||| | |||||||| |||||||||   |||  |||||| || |||| ||||  | || |    
T  29063 tgagccgaaactcttttgaaggtgtcgtctctgaatcccatttcactaacctctccaaattgaaaaggctatggttgtccgacaactcattgactatgga 28964  T
Q  710 ggttagtactaattgggttcctccttttcaattacaattattgtttctatcatcttgcaatatcaatgctacatttcctaattgg 794  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |  ||||  | |||||  ||| ||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  28963 ggttagtaatgattgggttcctccttttcaattactagaattgggtttatcaaattgtaatatgaattctatatttcctaattgg 28879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 29496 - 29009
Alignment:
Q  27 atattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgattttggcaacaaaa 126  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| | |||  |  ||||||||| | |||| | |||| | |||||||||| |||| ||    
T  29496 atattcaattgggtgcttaactacagctctaatcttcaacacctttacctttctcgtaacttgttgagaggtcctattcctgatgattttggaaacataa 29397  T
Q  127 tgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagagatttgaagcttt 226  Q
    ||||||||||||| | | || || ||||  | || | |||||||||  | ||||||  ||| ||||| ||||| |||||||||  || |||  ||||||     
T  29396 tgcattcacttgtaagtctccatatctcaagcaatagtctagaaggtgagatcccagtatcaattggaaatatttgcaccttgcggacattccaagctta 29297  T
Q  227 tgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggagctattcttatcg 326  Q
    ||| |||  |||||| || ||   || || ||  |||| |  || |||| | || || || || || |||||||| | | ||||||| ||||  ||||||    
T  29296 tgagaaccgcttgagtggtga---tttagatttgatcacctctagtaaccattcccagtgtattggtaatgtatcattgttacaggaactatggttatcg 29200  T
Q  327 aataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatgga-aataaattaactggagaaatacccacg 425  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||| ||| |||||  ||| |||||||||||    ||||  |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  29199 aataatgagatttcaggcatgttaccggacttttcaaacctctcatctttgagactgttgagtcttg-tggacaataaattaattggagaaatacccacg 29101  T
Q  426 agcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcactaacctctc 517  Q
    |||||||| || |||||||||||| ||  ||||  |||| || ||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29100 agcatcggatcacttacagagttaaagagtttgtacctgagccgaaactcttttgaaggtgtcgtctctgaatcccatttcactaacctctc 29009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 77; Significance: 3e-35; HSPs: 4)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 510 - 794
Target Start/End: Original strand, 169629 - 169913
Alignment:
Q  510 aacctctcatccttgagagtgttgtatcttaatgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatcc 609  Q
    ||||||||||| |||||| |||||  ||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| ||||  ||    
T  169629 aacctctcatctttgagactgttgagtcttgtggacaataaattaattggagaaatacccacgagcatcggatcacttacagagttaaagagtttgtacc 169728  T
Q  610 taagcagaaacccttttgatagtgtcgtttctgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtgaa 709  Q
    | ||| ||||| |||||||  ||||||| |||||||| |||||| | |||||||| |||||||||   |||  |||||| || |||| ||||  | || |    
T  169729 tgagccgaaactcttttgaaggtgtcgtctctgaatcccatttcactaacctctccaaattgaaaaggctatggttgtccgacaactcattgactatgga 169828  T
Q  710 ggttagtactaattgggttcctccttttcaattacaattattgtttctatcatcttgcaatatcaatgctacatttcctaattgg 794  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |  ||||  | |||||  ||| ||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  169829 ggttagtaatgattgggttcctccttttcaattactagaattgggtttatcaaattgtaatatgaattctatatttcctaattgg 169913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 517
Target Start/End: Original strand, 169296 - 169783
Alignment:
Q  27 atattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgattttggcaacaaaa 126  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| | |||  |  ||||||||| | |||| | |||| | |||||||||| |||| ||    
T  169296 atattcaattgggtgcttaactacagctctaatcttcaacacctttacctttctcgtaacttgttgagaggtcctattcctgatgattttggaaacataa 169395  T
Q  127 tgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagagatttgaagcttt 226  Q
    ||||||||||||| | | || || ||||  | || | |||||||||  | ||||||  ||| ||||| ||||| |||||||||  || |||  ||||||     
T  169396 tgcattcacttgtaagtctccatatctcaagcaatagtctagaaggtgagatcccagtatcaattggaaatatttgcaccttgcggacattccaagctta 169495  T
Q  227 tgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctatcatccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggagctattcttatcg 326  Q
    ||| |||  |||||| || ||   || || ||  |||| |  || |||| | || || || || || |||||||| | | ||||||| ||||  ||||||    
T  169496 tgagaaccgcttgagtggtga---tttagatttgatcacctctagtaaccattcccagtgtattggtaatgtatcattgttacaggaactatggttatcg 169592  T
Q  327 aataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatgga-aataaattaactggagaaatacccacg 425  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||| ||| |||||  ||| |||||||||||    ||||  |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  169593 aataatgagatttcaggcatgttaccggacttttcaaacctctcatctttgagactgttgagtcttg-tggacaataaattaattggagaaatacccacg 169691  T
Q  426 agcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcactaacctctc 517  Q
    |||||||| || |||||||||||| ||  ||||  |||| || ||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  169692 agcatcggatcacttacagagttaaagagtttgtacctgagccgaaactcttttgaaggtgtcgtctctgaatcccatttcactaacctctc 169783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 517
Target Start/End: Original strand, 174202 - 174689
Alignment:
Q  26 gatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgattttggcaacaaa 125  Q
    ||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||| | ||| | |||  |||||||||||| | |||| ||||||   |||||||||| |||| |    
T  174202 gatattcaattgggtgtttaactacagctccaatcttcaacaacttgacctttctgataacttgttgagaggtcccattccggatgattttggaaacata 174301  T
Q  126 atgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaatatcccaaaatccattgggaatatatgcaccttggagagatttgaagctt 225  Q
    |||||||||||||| | | |  |||||||  | |||| | ||||||| || |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||    
T  174302 atgcattcacttgtaagtcttgatctctcatggaacagtttagaaggaaagatcccaaaatcagttgggaatatttgcaccttggagacatttagagctt 174401  T
Q  226 ttgataacaacttgagcggagaaatttcaggttctat---catccataataactactctcattgcatcggaaatgtatcctcgctacaggagctattctt 322  Q
     || ||||   ||||| ||||| ||   || || |||   |||||  | |||||| || || ||||| | |||| |||| ||  |||||||  ||   ||    
T  174402 ctggtaaccgattgagtggagatat---agatt-tattcacatcc--agtaactattcccactgcattgaaaatctatcatccttacaggatttagattt 174495  T
Q  323 atcgaataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatggaaataaattaactggagaaataccc 422  Q
    ||| |||||| | |||||||||  |||||| ||||||||| | || |||||||||||  | |||   |||| ||  |||||||||| ||||||||||| |    
T  174496 atcaaataatgagatttcgggc-cgttaccggacctttcaattctctcatctttgagacagttgtatcttgctgataataaattaattggagaaatacac 174594  T
Q  423 acgagcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcactaacctctc 517  Q
    || |||||||| ||||| |  |||||| ||   ||||| ||| |||||||||||||||||||     |||||||||| |||||||||||||||||    
T  174595 actagcatcggatcgctcatggagttacagacattgagtctgagcagaaactcttttgaaggtgttgtctctgaatcgcatttcactaacctctc 174689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 513 - 671
Target Start/End: Original strand, 174538 - 174696
Alignment:
Q  513 ctctcatccttgagagtgttgtatcttaatgacaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatcctaa 612  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||  |||  ||||  || |    
T  174538 ctctcatctttgagacagttgtatcttgctgataataaattaattggagaaatacacactagcatcggatcgctcatggagttacagacattgagtctga 174637  T
Q  613 gcagaaacccttttgatagtgtcgtttctgaatctcatttcgcaaacctctcaaaattg 671  Q
    |||||||| |||||||  |||| || |||||||| |||||| | |||||||| ||||||    
T  174638 gcagaaactcttttgaaggtgttgtctctgaatcgcatttcactaacctctccaaattg 174696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 6e-33; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 544 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 29507440 - 29507138
Alignment:
Q  544 acaataaactaaatggagaaatacccacgagcatcggatcacttacgaagttggagaatttgatcctaagcagaaacccttttgatagtgtcgtttctga 643  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||| ||| |||||  |||| |||| ||| ||||  |  ||||| | |||||    
T  29507440 acaataaactaactggagaaatacccacgggcatcacattgcttacgaagttagagtatttgtacctaggcagcaactctttcaaaggtgtcctctctga 29507341  T
Q  644 atctcatttcgcaaacctctcaaaattgaaagaactacagttgtctgataacttattgtttgtgaaggttagtactaattgggttcctccttttcaatta 743  Q
    |||||||||| | ||| |||| |||||   ||  ||||||||||||  |||| | |||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  29507340 atctcatttcactaacttctccaaattactaggcctacagttgtcttctaacctgttgactgtgaaggttagtactgattgggttccgccttttcaatta 29507241  T
Q  744 caattattgtttctatcatcttgcaatatcaatgctacatttcctaattggatcctcacccaaaaggasttattggagctcgacatttcaaacaacaata 843  Q
     |||  ||||| ||| ||||||| ||| ||||  |||| |||||||||||| | || |  |||||  | |||||| | || || ||||||||||||||||    
T  29507240 aaatatttgttactagcatcttgtaatctcaactctacctttcctaattggcttcttaatcaaaatcacttattgaatcttgatatttcaaacaacaata 29507141  T
Q  844 tca 846  Q
    |||    
T  29507140 tca 29507138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 321 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 29507516 - 29507320
Alignment:
Q  321 ttatcgaataatcaaatttcgggcatgttacctgacctttcagtcctatcatctttgagggaattgatacttgatggaaataaattaactggagaaatac 420  Q
    |||||| ||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||   ||  ||   |||||| |||||||||||||||    
T  29507516 ttatcgcataatgagatttcaggcttgttacctgacctttcagccctttcatctttgagagagttgcgtctatataacaataaactaactggagaaatac 29507417  T
Q  421 ccacgagcatcgggtcgcttacagagttagaggttttgagcctgcgcagaaactcttttgaaggcaccctctctgaatcccatttcactaacctctc 517  Q
    ||||| |||||   | ||||||  ||||||||  ||||  |||  |||| ||||||||  ||||   |||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  29507416 ccacgggcatcacattgcttacgaagttagagtatttgtacctaggcagcaactctttcaaaggtgtcctctctgaatctcatttcactaacttctc 29507320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 29228242 - 29228084
Alignment:
Q  17 atcatcgacgatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgatttt 116  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||| || |||||| | ||| | ||  ||||||| || | || ||||||||||| |  |||||||    
T  29228242 atcatcgatgatattcaacttggtgtttaactacagctcaaaccttcaacaccttgacctctatgataatttatcaagaggtaccattcctggtgatttt 29228143  T
Q  117 ggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaa 175  Q
    || |||| ||||||||||||||| | | || |||| ||  |||||| ||||||||||||    
T  29228142 gggaacataatgcattcacttgtaagtctcaatctgtcaagtaacagtctagaaggcaa 29228084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 29341541 - 29341383
Alignment:
Q  17 atcatcgacgatattccactgggtgcttaaccacagctctaatcttcaagagcttcaacttaatgataacttgttaaaaggtaccattcatcatgatttt 116  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||| || |||||| | ||| | ||  ||||||| || | || ||||||||||| |  |||||||    
T  29341541 atcatcgatgatattcaacttggtgtttaactacagctcaaaccttcaacaccttgacctctatgataatttatcaagaggtaccattcctggtgatttt 29341442  T
Q  117 ggcaacaaaatgcattcacttgtgaatttctatctctctggtaacaatctagaaggcaa 175  Q
    || |||| ||||||||||||||| | | || |||| ||  |||||| ||||||||||||    
T  29341441 gggaacataatgcattcacttgtaagtctcaatctgtcaagtaacagtctagaaggcaa 29341383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University