View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5875-Insertion-2 (Length: 842)

Name: NF5875-Insertion-2
Description: NF5875
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5875-Insertion-2
NF5875-Insertion-2
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (9-842)||(34231821-34232654)
chr5 (14-839)||(34239576-34240392)
chr5 (16-794)||(42129131-42129914)
chr5 (16-746)||(41712663-41713402)
chr5 (466-663)||(41571205-41571402)
chr5 (23-251)||(41571629-41571857)
chr5 (14-250)||(42118007-42118243)
chr5 (52-249)||(42123782-42123979)
chr5 (561-795)||(42124306-42124540)
chr5 (556-656)||(41432339-41432439)
chr5 (330-412)||(41571459-41571541)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (278-796)||(12249003-12249515)
chr2 (52-277)||(12248744-12248969)
chr2 (14-101)||(11994136-11994223)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (338-841)||(8523613-8524116)
chr3 (14-145)||(8523352-8523483)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (482-794)||(25522086-25522398)
chr6 (52-179)||(25522713-25522840)
chr6 (52-164)||(24141113-24141225)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (565-658)||(11118949-11119042)
chr4 (52-164)||(11118427-11118539)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 802; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 802; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 34232654 - 34231821
Alignment:
Q  9 ctatatggttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232654 ctatatggttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagac 34232555  T
Q  109 ttgaagggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccggtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgac 208  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232554 ttgtagggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccggtcaatttgttgtgcgccaagttgagaaatcgaagtgatttcatactgcaaatcgac 34232455  T
Q  209 aaagagatatcaccttccagtaagttagaactaagatcaagactaccaagctggtcaacattccttgagatttggtctattgaagtgaagcaattttgag 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232454 aaagagatatcaccttccagtaagttagaactaagatcaagactaccaagctgatcaacattccttgagatttggtctattgaagtgaagcaattttgag 34232355  T
Q  309 agaggttcaaagattctgctgtttcaaacaaccaatttggcacccttccattaagattgttattggacaaatcaaaataatccaaacttaggaatttttc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232354 agaggttcaaagattctgctgtttcaaacaaccaatttggcacccttccattaagattgttattggacaaatcaaaataatccaaacttaggaatttttc 34232255  T
Q  409 tgataatatgggaaagtttgtcaagttgatagaagataaatccaattcccttagatgagaaaaattgtaactaacattggattcaaaggttagtgataat 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34232254 tgataatatgggaaagtttgtcaagttgatagaagacaaatccaattcccttagatgagaaaaattgtaactgacattggattcaaaggttagtgataat 34232155  T
Q  509 tgtgtattctgtgaaagggacaaagaatacaaattttgaagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaata 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232154 tgtgtattctgtgaaagggacaaagaatacaaattttgaagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaata 34232055  T
Q  609 cagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcact 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34232054 cagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaataggacgagattgcact 34231955  T
Q  709 gatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcattt 808  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231954 gatatgccctgtaagttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcattt 34231855  T
Q  809 aaacgaaaatgaactagctgttgaaaacctgtaa 842  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34231854 aaacgaaaacgaactagctgttgaaaacctgtaa 34231821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 34240392 - 34239576
Alignment:
Q  14 tggttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaa 113  Q
    |||||| |||||||||||||| |   ||| | |||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||| | |||||    
T  34240392 tggttgtcattgagattcagagtaataagtttactggactttgaaaagttattaggcaaagtgccataaaagttgttcatttgtagatccaaaatttgaa 34240293  T
Q  114 gggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccggtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgacaaaga 213  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||||  |||||||||||| |  ||| ||  ||| | ||||||| |||| |||    
T  34240292 gggatggtaaattagcaagacattgtggaatgttacctgtgaaattgttgtgtcccaagttgagaaattcaagggaactcaaattgcaaattgacacaga 34240193  T
Q  214 gatatcaccttccagtaagttagaactaagatcaagactaccaagctggtcaacattccttgagatttggtctattgaagtgaagcaattttgagagagg 313  Q
    ||  | |||  | ||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  34240192 gaggttaccaacaagtaagttaaaactaagatcaaggtcaccgagctggtcactgttccttgagatttggtctattgatgtgaacaagttttgagagagg 34240093  T
Q  314 ttcaaagattctgctgtttcaaacaaccaatttggcacccttccattaagattgttattggacaaatcaaaataatccaaacttaggaatttttctgata 413  Q
    |||||||||  || ||||||||  |||||||| | |||  |||||||||| |||||||||||||||||||   | ||      |||   |||| || |||    
T  34240092 ttcaaagatcttgatgtttcaagtaaccaattggacactgttccattaagtttgttattggacaaatcaagtgattc------tag---ttttcctaata 34240002  T
Q  414 atatgggaaagtttgtcaagttgatagaagataaatccaattcccttagatgagaaaaattgtaactaacattggattcaaaggttagtgataattgtgt 513  Q
    || | ||||| |  |||||  | |  ||||| ||||||||||   |||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  |    
T  34240001 atttaggaaattcagtcaaactcaaggaagacaaatccaattttgttagttgagaaaaatggtaagtaacattgtattcaaagtttagtgataattggct 34239902  T
Q  514 attctgtgaaagggacaaagaatacaaattttgaagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaatacagct 613  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |  |  |    
T  34239901 attatgtgaaagggacagagaatccaatttttgaagttttgtaaagtcttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagacatagtgtaatt 34239802  T
Q  614 aaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatat 713  Q
    |  ||| |||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||   || ||||  ||||  |||||| ||||| || |||||| ||||||||     
T  34239801 aggtttgcaaggttgaaaattgaatttggaatatcaccttgtagcttgttgttgcatagagatagatactctaaggaatatgatgagatttcactgatag 34239702  T
Q  714 gccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacg 813  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| | |  || ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| |     
T  34239701 gccctgtaagtcgattgtttgatagatacagaagtaccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaattgttccatttagcaagttgtcatttaacct 34239602  T
Q  814 aaaatgaactagctgttgaaaacctg 839  Q
     |||| || ||||| |||||||||||    
T  34239601 caaataaattagcttttgaaaacctg 34239576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 794
Target Start/End: Original strand, 42129131 - 42129914
Alignment:
Q  16 gttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagg 115  Q
    |||||||| |||||| ||| || |||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  42129131 gttgccatggagatttagagtctgaagctcacagtactctgaaaagttacttggcaaagttccataaaatctattcatttgcaaatccaaaacttgaagg 42129230  T
Q  116 gatgataaattagcaagatattgtggaatgataccggtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgacaaagaga 215  Q
     | ||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |  ||||| ||||||||||| | | |||||||  ||| | ||||||| |||  |||||    
T  42129231 aacgatgaattagcaagacattgtggaatgatatctgtcaaatgattgtgtgccaagttgagtaattgaagtgaactcaaattgcaaattgactcagaga 42129330  T
Q  216 tatcaccttccagtaagttagaactaagatcaaga-ctaccaagctggtcaacattccttgagatttggtctattgaagtgaagcaattttgagagaggt 314  Q
      |||||  ||||||||||| |||||||||||||  ||||  || || |||   ||| |||||||||| |||||||| |||||    |||||||||||||    
T  42129331 ggtcaccagccagtaagttaaaactaagatcaagggctac--agttgttcattcttcattgagatttgatctattgatgtgaacatgttttgagagaggt 42129428  T
Q  315 tcaaagattctgctg---------tttcaaacaaccaatttggcacccttccattaagattgttattggacaaatcaaaataatccaaacttaggaattt 405  Q
    ||||| ||  |  ||         |||||   ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||   | ||| |||    
T  42129429 tcaaaaatgttaatgaattcattgtttcaggtaaccaatctggcacctttccattaagtttgttattggacaaatcaagagaatctaacaatgggacttt 42129528  T
Q  406 ttctgataatatgggaaagtttgtcaagttgatagaagataaatccaattcccttagatgagaaaaattgtaactaacattggattcaaaggttagtgat 505  Q
      ||||||   ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||    ||||| ||||||||||||| | ||||||| |||||| |||| ||||    
T  42129529 ccctgata---tgggaaattctgtcaaattgatagaagacaaatccaattttgatagataagaaaaattgtaattgacattgggttcaaatgttaatgat 42129625  T
Q  506 aattgtgtattctgtgaaagggacaaagaatacaaattttgaagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatcta 605  Q
    |||||  |||| |||||||| |||| ||  | ||||| ||||||||||  ||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42129626 aattggctattatgtgaaagtgacagagttttcaaatattgaagtttggaaaagtgttgaaaatcaataacatcactcaagttgtttgatgatagatcta 42129725  T
Q  606 atacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgc 705  Q
      | || ||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||   || ||| ||||| || ||||||||    
T  42129726 gcaaagttaagtttgcaaggttgaaaatagattttggaatattgccttgtagcttgttgccgcttagatctagcttctttaaggaatatgatgagattgc 42129825  T
Q  706 actgatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgttta 794  Q
    | ||||||||| |||||   |||| |||||||||  |||||  | ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  42129826 agtgatatgccttgtaagacgattatttgatagaactaaatgaaccaaagacggcaaagataacaaggaggaaggaattgttccattta 42129914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 41713402 - 41712663
Alignment:
Q  16 gttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagg 115  Q
    |||||||| |||||| ||| |  |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  41713402 gttgccatagagatttagagtatgaagctcactgtcctttgaaaagttacttggcaaagtgccataaaatttgttcatttgtagatccaaaacttcaagg 41713303  T
Q  116 gatgataaattagcaagatattgtggaatgataccggtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgacaaagaga 215  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||  |||||  ||||| ||||||| |||| | |||    
T  41713302 tatgataaattagcaagacattgtggaatggtaccagtcaatttgttgtttgccaagttgagaaatcccagtgaactcatattgcaaattgacacaaaga 41713203  T
Q  216 tatcaccttccagtaagttagaactaagatcaagactaccaagctggtcaacattccttgagatttggtctattgaagtgaagcaattttgagagaggtt 315  Q
    | |||||    ||||||||| |||| |||||||| | ||| ||||| | |  ||||||||||||||  |||||||| ||| |  ||||||||||||| ||    
T  41713202 tttcaccacgtagtaagttataacttagatcaaggccaccgagctgataattattccttgagatttcttctattgacgtgtacaaattttgagagagatt 41713103  T
Q  316 caaagattctgctg---------tttcaaacaaccaatttggcacccttccattaagattgttattggacaaatcaaaataatccaaacttaggaatttt 406  Q
    |||| || | | ||         |||  |   ||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||| ||||||||| | |||| ||   | ||||    
T  41713102 caaaaatccggatgatctcatcatttttagtgaccaatttggcactcttccattaattttgttattagacagatcaaaatatttcaaatttgaaagtttt 41713003  T
Q  407 tctgataatatgggaaagtttgtcaagttgatagaagataaatccaattcccttagatgagaaaaattgtaactaacattggattcaaaggttagtgata 506  Q
     |||||||| | | |||    |||||  | | ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||| |    
T  41713002 cctgataattttgaaaatcgagtcaaactcaaagaagataaatccaattctattagttgagaaaaattgtaattgacaatggattcaaagtttagtgaca 41712903  T
Q  507 attgtgtattctgtgaaagggacaaagaatac-aaattttgaagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatcta 605  Q
    ||||  ||||  |||||||||||| || |||| | ||||||||||| |   |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  41712902 attgattattaagtgaaagggacagag-atactagattttgaagttcggagaagtattgaaaatcaacaacaccactgaagttgtttgatgataggtcta 41712804  T
Q  606 atacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgc 705  Q
     |  || ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||  ||||| |||  ||||||| ||||| || ||||||||    
T  41712803 gtctagttaggtttataagtttgaaaattgattctggaatattgccttctagtttgttgccgaatagatatagctcctctaaggaatatgatgagattgc 41712704  T
Q  706 actgatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaat 746  Q
    | ||||||||||| ||| | | || |||||||||| |||||    
T  41712703 aatgatatgccctataagtcggttatttgatagatctaaat 41712663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 466 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 41571402 - 41571205
Alignment:
Q  466 agaaaaattgtaactaacattggattcaaaggttagtgataattgtgtattctgtgaaagggacaaagaatacaaattttgaagtttgccaaagtgttga 565  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| || |    
T  41571402 agaaaaattgtaactgacattggattcaaagttcggtgataattgactattatgtgaaagggacagagaattcaaattttgaagtttggaaaagtattta 41571303  T
Q  566 aaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgtt 663  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||   || |  || ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  41571302 aaattgacaataccactcaagttgtttgatgacaggcatagtgtagttaggtttacaaggttgaaaatagattcaggaatatcgccttgtagcttgtt 41571205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 41571857 - 41571629
Alignment:
Q  23 ttgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagggatgata 122  Q
    |||| ||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  41571857 ttgaaattcagagtacgaaggtcacagtactttgaaaagttacttggtaaagtgccataaaatttgttcatttgtaaatccaaaacttgaagggatgata 41571758  T
Q  123 aattagcaagatattgtggaatgataccggtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgacaaagagatatcacc 222  Q
    | || |||||| | ||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||  |  || ||||||| ||| ||||||| |||||    
T  41571757 agtttgcaagacaatgtggaatggtgcctgtcaatttgttgtgtgccaagttgagcaattgaagtgaagttctattgcaaattgacgaagagatgtcacc 41571658  T
Q  223 ttccagtaagttagaactaagatcaagac 251  Q
      | | ||||||| |||||||||||||||    
T  41571657 ggctaataagttaaaactaagatcaagac 41571629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 42118007 - 42118243
Alignment:
Q  14 tggttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaa 113  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||  ||| || || ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||    
T  42118007 tggttgccatggagatttagagtctgaagcacacagtcctctgaaaagttacttggcaaagttccataaaatctattcatttgcaaatccaaaacttgaa 42118106  T
Q  114 gggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccggtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgacaaaga 213  Q
    ||  |||| ||||||||||| |||||||||||||  | |||||||  ||||| ||||||||||| | |  ||||||  ||| | ||||||| |||  |||    
T  42118107 ggattgatgaattagcaagacattgtggaatgatgtctgtcaattgattgtgtgccaagttgagtagtttaagtgaactcaaattgcaaattgactcaga 42118206  T
Q  214 gatatcaccttccagtaagttagaactaagatcaaga 250  Q
    ||  |||||  ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  42118207 gaggtcaccaaccactaagttaaaactaagatcaaga 42118243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 52 - 249
Target Start/End: Original strand, 42123782 - 42123979
Alignment:
Q  52 ctttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccg 151  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||  | ||||||||||||| ||| ||||||||||||| | | | ||||| | ||||||||||||||||     
T  42123782 ctttgaaaagttacttggcaaagtaccataaaacatgttcatttgtagattcaaaacttgaagggatggtgattcagcaaaacattgtggaatgatacca 42123881  T
Q  152 gtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgacaaagagatatcaccttccagtaagttagaactaagatcaag 249  Q
    ||||| | |||||   |||||||||||| | |||||||  ||||| ||||||  | ||||| ||| ||||| | |||||| |||  ||||||||||||    
T  42123882 gtcaaatcgttgtaacccaagttgagaaattgaagtgaactcatattgcaaactgccaaagggatttcaccattcagtaaattatgactaagatcaag 42123979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 561 - 795
Target Start/End: Original strand, 42124306 - 42124540
Alignment:
Q  561 gttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagctt 660  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||  |||   || ||  |||   ||||||||||| || || |||||||||||||||||| |    
T  42124306 gttgaaaattgacaagaccactcaagtcgttcgaagatagaattaagtgagatagttttgttaggttgaaaatggactcaggaatattgccttgtagcct 42124405  T
Q  661 gttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggc 760  Q
    |||   || |||| ||||    | ||| ||||| || || ||| |||||||||||||||||| | |||| | |||||||| |||| ||  ||||  ||||    
T  42124406 gttgttgcttagagttagcatgtttaaagaatatgatgatatttcactgatatgccctgtaagtcgattatatgatagatctaaaattgccaaagaaggc 42124505  T
Q  761 aaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttag 795  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  42124506 aaagataacaaggaggaaggaactgttccatttag 42124540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 556 - 656
Target Start/End: Original strand, 41432339 - 41432439
Alignment:
Q  556 aaagtgttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgt 655  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||   ||   ||  |  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  41432339 aaagagtttaaaattgacaaaaccactcaagttatttgaagatagacacaagttagtaaggtttacaaggttgaaaagtgattctggaatatttccttgt 41432438  T
Q  656 a 656  Q
    |    
T  41432439 a 41432439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 330 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 41571541 - 41571459
Alignment:
Q  330 tttcaaacaaccaatttggcacccttccattaagattgttattggacaaatcaaaataatccaaacttaggaatttttctgat 412  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||   ||||||  |||||||| |||||    
T  41571541 tttcaagcaaccaattgggcactcttccataaagtttgttgttggacaaatcaagatatctcaaactagggaattttcctgat 41571459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 122; Significance: 4e-62; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 278 - 796
Target Start/End: Original strand, 12249003 - 12249515
Alignment:
Q  278 atttggtctattgaagtgaagcaattttgagagaggttcaaagattctgctgtttcaaacaaccaatttggcacccttccattaagattgttattggaca 377  Q
    ||||||||||| |||||||| |  |||  || ||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||    
T  12249003 atttggtctatggaagtgaaacggtttccagcgaggttcaaagatcctgatatttcaagcaaccaattgggcacgcttccattaagtttattatttgaca 12249102  T
Q  378 aatcaaaataatccaaacttaggaatttt-tctgataatatgggaaagtttgtcaagttgatagaagataaatccaattcccttagatgagaaaaattgt 476  Q
    |||||| | |||| || ||| ||||||   |||       ||||||| | |||||| |||| |||||  |||| ||||   |||||  | ||  || ||     
T  12249103 aatcaagagaatctaatcttgggaattcaatct-------tgggaaattctgtcaaattgacagaaggaaaatacaatattcttagtcgggagtaaatga 12249195  T
Q  477 aactaacattggattcaaaggttagtgataattgtgtattctgtgaaagggacaaagaatacaaattttgaagtttgccaaagtgttgaaaattgacaac 576  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | || ||||    |||||||||  |||| |||||||||  |||||    
T  12249196 aactgacattggattcaaaggttagtgataattggctattatgtgaaagggacagaaaaaacaaccaatgaagtttggaaaagagttgaaaatcaacaac 12249295  T
Q  577 accactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagattt 676  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |  || ||   ||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  12249296 accactcaagttgtttgatgataaatctagtctagttagggttgtaaggttgaaaatggattttggaatattgccttgtagcttgttaccagatagatat 12249395  T
Q  677 agagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagagg 776  Q
    || |  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| || | || || |  ||||  ||||||||||||||| | ||    
T  12249396 agcgtatctaacgaatacgatgagattgcactgatatgtcctgtaaatcgattgtttgacagctctagatgttccaaagaaggcaaagataacaaggtgg 12249495  T
Q  777 aaggaattgttccgtttaga 796  Q
     |||||||||||||||||||    
T  12249496 gaggaattgttccgtttaga 12249515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 52 - 277
Target Start/End: Original strand, 12248744 - 12248969
Alignment:
Q  52 ctttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccg 151  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||     
T  12248744 ctttgagaagttacttggcaaagtgccatgaaatttgttcatttgtagattcaaaacttgaagggatgataaatcagcaagacattgtggaatgatacct 12248843  T
Q  152 gtcaatttgttgtgcgccaagttgagaattcgaagtgatttcatactgcaaatcgacaaagagatatcaccttccagtaagttagaactaagatcaagac 251  Q
    |||||||  |||||  ||| ||||||  || |||||||  ||||  ||||||| || | |||||  |||||  | ||||||||| ||||||||||||| |    
T  12248844 gtcaattgattgtgttccaggttgagtgtttgaagtgaactcatgttgcaaattgatacagagaggtcaccagctagtaagttaaaactaagatcaaggc 12248943  T
Q  252 taccaagctggtcaacattccttgag 277  Q
     ||| ||||||| || ||||||||||    
T  12248944 caccgagctggttaatattccttgag 12248969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 11994223 - 11994136
Alignment:
Q  14 tggttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagat 101  Q
    |||||||||| |||||||||| ||  |||  |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| | || | |||||||||||||    
T  11994223 tggttgccatagagattcagagtctcaagtgcactctcctttgagaagttacttggcaaagtgccatgacatgtgttcatttgtagat 11994136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 338 - 841
Target Start/End: Original strand, 8523613 - 8524116
Alignment:
Q  338 aaccaatttggcacccttccattaagattgttattggacaaatcaaaataatccaaacttaggaatttttctgataatatgggaaagtttgtcaagttga 437  Q
    |||||||||||||| |||||| |||  |||||||| |||| ||||| |||  ||||  || ||| ||||||||| ||  | ||||| |  |||||  | |    
T  8523613 aaccaatttggcacacttccactaattttgttattagacagatcaagatataccaacattgggagtttttctgagaagttaggaaactcagtcaaactca 8523712  T
Q  438 tagaagataaatccaattcccttagatgagaaaaattgtaactaacattggattcaaaggttagtgataattgtgtattctgtgaaagggacaaagaata 537  Q
     |||||| ||| |||||||| |||||| | ||||| | ||| | ||| ||||||||||| ||| |||||||||  |||| | ||||||   |||| | |     
T  8523713 aagaagacaaacccaattccattagatcaaaaaaactataattgacactggattcaaagtttactgataattggctattatctgaaagctgcaaaaattt 8523812  T
Q  538 caaattttgaagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgat 637  Q
    ||||| |||||| |||  || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |  ||  ||| ||||||||||||| |||    
T  8523813 caaatgttgaaggttggaaatgttttggaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctagtctacttaggtttgcaaggttgaaaatggat 8523912  T
Q  638 tctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagagcctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgtaatttgattgtttgata 737  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||    | ||||  ||||  |||||| ||||| || |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  8523913 tctggaatattgccttgtagcctgttgttacttagagatagaaactctaaggaatatgatgagattgcgctgatattccctgtaagttgattatttgata 8524012  T
Q  738 gatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaaggaattgttccgtttagacggttgtcatttaaacgaaaatgaactagctgttgaaaacc 837  Q
     || |||   |||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||   |||||||||||| || |||| |  ||||| ||||| |||    
T  8524013 aatctaatactagcaaaaatggcaaggataacaaggagggaggaattgtaccatttagcaagttgtcatttaatcgcaaattagttagcttttgaagacc 8524112  T
Q  838 tgta 841  Q
    ||||    
T  8524113 tgta 8524116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 14 - 145
Target Start/End: Original strand, 8523352 - 8523483
Alignment:
Q  14 tggttgccattgagattcagactccgaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaa 113  Q
    |||||||||| |||||||||| ||  ||| ||||| |  ||||| ||||||||||||||||  |||| |||| | ||||||||||||||||| |||| ||    
T  8523352 tggttgccatagagattcagagtctcaagttcactttcttttgaaaagttacttggcaaagttccatgaaatttgttcatttgtagatccaaaacttcaa 8523451  T
Q  114 gggatgataaattagcaagatattgtggaatg 145  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8523452 ggtatgataaattagcaagacattgtggaatg 8523483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 482 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 25522398 - 25522086
Alignment:
Q  482 acattggattcaaaggttagtgataattgtgtattctgtgaaagggacaaagaatacaaattttg-aagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacacca 580  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||  ||||||||| ||| |||  ||  |||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  25522398 acattggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaa-aatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaacca 25522300  T
Q  581 ctcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttagag 680  Q
    ||||||| |||| | ||||||  ||    || ||  |||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |  |||||||| |     
T  25522299 ctcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaac 25522200  T
Q  681 cctctaacgaatacgacgagattgcactgatatgccctgtaatttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaagg 780  Q
     |||||| ||||| || ||| |||||||||||   ||||||| | ||||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  25522199 tctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatataccaaagaaggcaaagataacaaagaggaagg 25522100  T
Q  781 aattgttccgttta 794  Q
    ||||||||| ||||    
T  25522099 aattgttccattta 25522086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 52 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25522840 - 25522713
Alignment:
Q  52 ctttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccg 151  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | | | ||||||| ||||||||||||||||     
T  25522840 ctttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaatctattcatttgtagattcaaaacttgaagggatgttgattcagcaagacattgtggaatgatacca 25522741  T
Q  152 gtcaatttgttgtgcgccaagttgagaa 179  Q
    ||||| |||||||   ||||||||||||    
T  25522740 gtcaaattgttgtatcccaagttgagaa 25522713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 164
Target Start/End: Original strand, 24141113 - 24141225
Alignment:
Q  52 ctttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccg 151  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||| | || |||||||||| ||| ||| ||||||||| | ||| || |||| |||||||||||||||||    
T  24141113 ctttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaatgtgttgatttgtagattcaaaactcgaagggatggtgaatcagaaagacattgtggaatgataccg 24141212  T
Q  152 gtcaatttgttgt 164  Q
    ||||| |||||||    
T  24141213 gtcaaattgttgt 24141225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 565 - 658
Target Start/End: Original strand, 11118949 - 11119042
Alignment:
Q  565 aaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagc 658  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||  |||   ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  11118949 aaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctagttcatctagctttgttaggctgaaaatgcattctggaatattgccttgtagc 11119042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 164
Target Start/End: Original strand, 11118427 - 11118539
Alignment:
Q  52 ctttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgaagggatgataaattagcaagatattgtggaatgataccg 151  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||| || | |||| ||| | | | ||||||| |||||||||||| |||     
T  11118427 ctttgaaaagttactaggcaaagtgccatgaaatttgttcatttgtagattcaaaacataaaggaatggtgattcagcaagacattgtggaatgacacca 11118526  T
Q  152 gtcaatttgttgt 164  Q
    ||||| |||||||    
T  11118527 gtcaaattgttgt 11118539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University