View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5875_high_21 (Length: 356)
Name: NF5875_high_21
Description: NF5875
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5875_high_21 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 5 - 333
Target Start/End: Original strand, 11534295 - 11534634
Alignment:
| Q |
5 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatgattaacatatatattaccaccatcccctcccatattagctatcac--aatc |
102 |
Q |
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| T |
11534295 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatcattaacatatatattaccaccatccccttccatattagctaacacaaaatc |
11534394 |
T |
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| Q |
103 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctg---catttagtatagctaatgggcgtgtggat-tcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaa |
198 |
Q |
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| T |
11534395 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctgcttcatttagtatagctaatgggcgtgtggatatcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaa |
11534494 |
T |
|
| Q |
199 |
ggacacgacaaaaatgtatagatagtcgtcgttacaaatcacattcttaatac----atatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
294 |
Q |
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| T |
11534495 |
ggacaggacaaaaatgtata-atagtcgtcgttacaaatcacattcttaatacatatatatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
11534593 |
T |
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| Q |
295 |
ttctcta--attgacaactttagatatatctttaagttagg |
333 |
Q |
| |
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|
| T |
11534594 |
ttctctaatattgacaactttaaatatgtctttaagctagg |
11534634 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 6 - 333
Target Start/End: Original strand, 11497384 - 11497722
Alignment:
| Q |
6 |
tatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatgattaacatatatattaccaccatcccctcccatattagctatcac--aatct |
103 |
Q |
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| T |
11497384 |
tatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatcattaacatatatattaccaccatccccttccatattagctaacacaaaatct |
11497483 |
T |
|
| Q |
104 |
tcaactttgtatcaagagaactttttctg---catttagtatagctaatgggcgtgtggat-tcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaag |
199 |
Q |
| |
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| T |
11497484 |
tcaactttgtatcaagagaactttttctgcttcatttagtatagctaatgggcgtgtggatatcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaag |
11497583 |
T |
|
| Q |
200 |
gacacgacaaaaatgtatagatagtcgtcgttacaaatcacattcttaatac----atatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcactt |
295 |
Q |
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| T |
11497584 |
gacaggacaaaaatgtata-atagtcgtcgttacaaatcacattcttaatacatatatatttgaacatacattatatgatgtgatctcctttaagcactt |
11497682 |
T |
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| Q |
296 |
tctcta--attgacaactttagatatatctttaagttagg |
333 |
Q |
| |
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| T |
11497683 |
tctctaatattgacaacttcaaatatgtctttaagctagg |
11497722 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 5 - 333
Target Start/End: Original strand, 11504708 - 11505047
Alignment:
| Q |
5 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatgattaacatatatattaccaccatcccctcccatattagctatcac--aatc |
102 |
Q |
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|
| T |
11504708 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatcattaacatatatattaccaccatccccttccatattagctaacacaaaatc |
11504807 |
T |
|
| Q |
103 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctg---catttagtatagctaatgggcgtgtggat-tcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaa |
198 |
Q |
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|
| T |
11504808 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctgcttcatttagtatagctaatgggcgtgtggatatcaaggttataaacatattgtcagttatcgagaaaaa |
11504907 |
T |
|
| Q |
199 |
ggacacgacaaaaatgtatagatagtcgtcgttacaaatcacattcttaatac----atatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
294 |
Q |
| |
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|
| T |
11504908 |
ggataggacaaaaatgtata-atagtcgtcgttacaaatcacattcttaatacatatatatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
11505006 |
T |
|
| Q |
295 |
ttctcta--attgacaactttagatatatctttaagttagg |
333 |
Q |
| |
|
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|
| T |
11505007 |
ttctctaatattgacaacttcaaatatgtctttaagctagg |
11505047 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 5 - 333
Target Start/End: Original strand, 11512102 - 11512441
Alignment:
| Q |
5 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatgattaacatatatattaccaccatcccctcccatattagctatcac--aatc |
102 |
Q |
| |
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|
| T |
11512102 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatcattaacatatatattaccaccatccccttccatattagctaacacaaaatc |
11512201 |
T |
|
| Q |
103 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctg---catttagtatagctaatgggcgtgtggat-tcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaa |
198 |
Q |
| |
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|
| T |
11512202 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctgcttcatttagtatagctaatgggcgtgtggatatcaaggttataaacatattgtcagttatcgagaaaaa |
11512301 |
T |
|
| Q |
199 |
ggacacgacaaaaatgtatagatagtcgtcgttacaaatcacattcttaatac----atatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
294 |
Q |
| |
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||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
11512302 |
ggataggacaaaaatgtata-atagtcgtcgttacaaatcacattcttaatacatatatatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
11512400 |
T |
|
| Q |
295 |
ttctcta--attgacaactttagatatatctttaagttagg |
333 |
Q |
| |
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|
| T |
11512401 |
ttctctaatattgacaacttcaaatatgtctttaagctagg |
11512441 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 5 - 333
Target Start/End: Original strand, 11519478 - 11519817
Alignment:
| Q |
5 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatgattaacatatatattaccaccatcccctcccatattagctatcac--aatc |
102 |
Q |
| |
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| T |
11519478 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatcattaacatatatattaccaccatccccttccatattagctaacacaaaatc |
11519577 |
T |
|
| Q |
103 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctg---catttagtatagctaatgggcgtgtggat-tcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaa |
198 |
Q |
| |
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|
| T |
11519578 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctgcttcatttagtatagctaatgggcgtgtggatatcaaggttataaacatattgtcagttatcgagaaaaa |
11519677 |
T |
|
| Q |
199 |
ggacacgacaaaaatgtatagatagtcgtcgttacaaatcacattcttaatac----atatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
294 |
Q |
| |
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| T |
11519678 |
ggataggacaaaaatgtata-atagtcgtcgttacaaatcacattcttaatacatatatatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
11519776 |
T |
|
| Q |
295 |
ttctcta--attgacaactttagatatatctttaagttagg |
333 |
Q |
| |
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| T |
11519777 |
ttctctaatattgacaacttcaaatatgtctttaagctagg |
11519817 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 5 - 333
Target Start/End: Original strand, 11526886 - 11527225
Alignment:
| Q |
5 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatgattaacatatatattaccaccatcccctcccatattagctatcac--aatc |
102 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11526886 |
ttatgttgtccctgatcggtggattgtccaaattcgatgattatatatcattaacatatatattaccaccatccccttccatattagctaacacaaaatc |
11526985 |
T |
|
| Q |
103 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctg---catttagtatagctaatgggcgtgtggat-tcaaggttataaaaatattgtcagttatcgagaaaaa |
198 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
11526986 |
ttcaactttgtatcaagagaactttttctgcttcatttagtatagctaatgggcgtgtggatatcaaggttataaacatattgtcagttatcgagaaaaa |
11527085 |
T |
|
| Q |
199 |
ggacacgacaaaaatgtatagatagtcgtcgttacaaatcacattcttaatac----atatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
294 |
Q |
| |
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||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11527086 |
ggataggacaaaaatgtata-atagtcgtcgttacaaatcacattcttaatacatatatatttgaacatacattatatgatgtgatctcgtttaagcact |
11527184 |
T |
|
| Q |
295 |
ttctcta--attgacaactttagatatatctttaagttagg |
333 |
Q |
| |
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| T |
11527185 |
ttctctaatattgacaacttcaaatatgtctttaagctagg |
11527225 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 234 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14867403 - 14867355
Alignment:
| Q |
234 |
aaatcacattcttaatacatatttgaacatacattatatgatgtgatct |
282 |
Q |
| |
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|||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |
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| T |
14867403 |
aaatcacatttttagtacatatttgaacataaattacatgatgttatct |
14867355 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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