View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5876-Insertion-4 (Length: 783)

Name: NF5876-Insertion-4
Description: NF5876
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5876-Insertion-4
NF5876-Insertion-4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-783)||(45654131-45654905)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 683; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 683; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 45654905 - 45654131
Alignment:
Q  9 agttcactgtgtatgttacatattatcaacaaacgtgaaacaatgccaatgcatctaaatctctactgtagtgtgatcagtaacatcaatgttctctttt 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45654905 agttcaccgtgtatgttacatattatcaacaaacgtgaaacaatgccaatgcatctaaatctctactgtagtgtgatcagtaacattaatgttctctttt 45654806  T
Q  109 taggtttatagtagatgaagtagcatcgtggtacgataagatgattgcataagtatttttgctgttattgagttgtttgaaatgcatgcttgcgagtatg 208  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45654805 taggtttatagtagacgaagtagcatcatggtacgataagatgattgcataagtatttttgctgttattgagttgtttgaaatgcatgcttgcgagtatg 45654706  T
Q  209 atatacattttataatgattactttgtaaatttggttatctgttgagatttacctggcgattttgaacatgatcaactctaaaaagaatcacattaaatg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45654705 atatacattttataatgattactttgtaaatttggttatctgttgagatttacctggcgattttgaacatgatcaactcaaaaaagaatcacattaaatg 45654606  T
Q  309 tttgtgttaatagaaagaaatgagatgaaatcataaaagtttctattgtttaattgattggaaaaaggaatagattccattcctttctatttgctccttt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45654605 tttgtgttaatagaaagaaatgagatgaaatcataaaagtttctattgtttaattgattggaaaaaggaatagattccattcctttctatttgctccttt 45654506  T
Q  409 tttctctatcatattcttggagatgggataaatcaatttctccctctatttcaaatgatttgttaaattattcaaacaatggaaatggtnnnnnnnnnnn 508  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  45654505 tttctctatcatatttttggagatgggataaatcaatttctccctctacttcaaatgatttgttaaattattcaaacaatggaaatggtaaaaaaaaaaa 45654406  T
Q  509 nnnnnttcgaatgaatttagattaaagggatacatttccatgcaaggttcagtctcttttatgcttaactattgaattaggttggatgtttgatttgcta 608  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45654405 aaatattcgaatgaatttagattaaagggatacatttccatgcaaggttcagtctcttttatgcttaactattgaattaggttggatgtttgatttgcta 45654306  T
Q  609 agcaattggtgagtattacggtcctaaagttaaacccaagtaatcagtaattcaatgtcaagttaattttattcaatttaaagcaatgtctaacctggtg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45654305 agcaattggtgagtattacggtcttaaagttaaacccaagtaatcagtaattcaatgtcaagttaattttattcaatttaaagcaatgtctaacctggtc 45654206  T
Q  709 aatattagcctgacaatcaaagtcacaaccacctatgcattctgagtagaccttacatttattttaagtcctata 783  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45654205 actattagcttgacaatcaaagtcacaaccacctatgcattctgagtagaccttacatttattttaagtcctata 45654131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University