View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5877-Insertion-4 (Length: 982)

Name: NF5877-Insertion-4
Description: NF5877
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5877-Insertion-4
NF5877-Insertion-4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (40-899)||(10369044-10369917)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 10369917 - 10369044
Alignment:
Q  40 cttataaaatgttctatatattataacatgtacttgcagtgtaatatttatttttgtgtgaaccggtgagtaccctcttgcgcaactgtaaaactta--- 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       
T  10369917 cttataaaatgttctatatattataacatgtacttgcagtgtaatatttatttttgtgtgaaccggtgagtatcctcttgcgcaactgtaaaacttaatc 10369818  T
Q  137 --------------tgattatagtgaatggtaaaactctccatcaagatatttaacactactatatttttagggttgaattcaaactttatgcatctcat 222  Q
                  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10369817 tttcgatacaaatatgattatagtgaatggtaaaactctccatgaagatatttaacactaatatatttttagggttgaattcaaactttgtgcatctcat 10369718  T
Q  223 taaactcaaagaaatctcttatctcattaagtattcttgggtgattgaaatgttataggatcatctatcatgctattccttagggatcaaaaa-ttaaag 321  Q
    |                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10369717 t------------------tatctcattaagtattcttgggtgattgaaatgttataggatcatctatcatgctattccttagggatcaaaaaattaaag 10369636  T
Q  322 gt--------------aacaacataaaattccaactnnnnnnnnngaacatataaacaatgataaaccacactttctaatggaaaaactggttttcaaga 407  Q
    ||              ||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10369635 gtctctacatataaacaacaacataaaattccaactaaaaaaaa-gaacatataaacaatgataaaccacactttctaatggaaaaactggttttcaaga 10369537  T
Q  408 acaataaataaatttaaaaaccaccattctttctatacaaccagatttaggttttcagttcatttttgaaaacttttcttcataattnnnnnnnnnnntc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||           ||    
T  10369536 acaataaataaatttaaaaaccaccattctttctatacaaccagatttaggttatcagttcatttttgaaaacatttcttcataattaaaaaaaaa--tc 10369439  T
Q  508 tgttgtttcatatgaaattctgtgggcttagcttttcacatatattatggctgatgtgtgcagatggaaatatgaaacagcagaaaatcttggtggttca 607  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10369438 tgatgtttcatatgaaattctgtggacttagcttttcacacatattatggctgatgggtgcagatggaaatatgaaacagtagaaaatcttggtggttca 10369339  T
Q  608 gaattttccaaggcctcaaaacgctctgctccatgtccagtgcctaattcttcagtgagctcaaaacacttggcttggagacagagttttctccgtcttc 707  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  10369338 gaattttccaagacctcaaaacgctctgctccaagtctagggccaaattcttcagtgagctcaaaacacttggctttgagacagaggtttctccatcttc 10369239  T
Q  708 ggaccgatggatgaacatgaatgaagaaataatgaagattggagatgttactgtcttcaaagctagagttgaagatggtgttgtttttagggtaaatatc 807  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10369238 ggatcgatggatgaacatgaatgaagaaataatgaagattggagatggtactgtcttcaaagatagagttgaagatggtgttgtttttagagtaaatatc 10369139  T
Q  808 tttttggcctctctccaa-ggtgacaaatttgttgtttt--gtttgttttatgtgtatagtcttgaacgaatatatttggactctatctgcacaa 899  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10369138 tttttggcctctctccaagggtgacaaatttgttgtttttgttttgttttatgtgtatagtcttgaacgaatatatttggactctatctgcacaa 10369044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University