View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5878-Insertion-5 (Length: 844)

Name: NF5878-Insertion-5
Description: NF5878
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5878-Insertion-5
NF5878-Insertion-5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-836)||(40310546-40311375)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 40311375 - 40310546
Alignment:
Q  9 tgtatttctatagggtttaaattctcaagctcgaatgattaaatgcgggatgggcattgagaattttttaagagtttattgcaaaaggtgg-ttgggtta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40311375 tgtatttctatagggtttaaattctcaagctcgaatgattaaatgcgggatgggcattgagaattttttaagagtttattgcaaaaggtgggttgggtta 40311276  T
Q  108 agctaactgtatatttttcaatcatgagtaatgaggaccctggaatttcaggctatcaatataaaggtacaacaagtgttgtgtttagtgacataacctc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40311275 agctaactgtatatttttcaatcatgagtaatgaggaccctggaatttcaggctatcaatataaaggtacaacaagtgttgtgtttagtgacataacctc 40311176  T
Q  208 ttctgataaagacgatgaagataatatatgtctacagaccggtgaagaattttctgcggagttcttacgtgatcgggttgctttaaggagacttcctgtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40311175 ttctgataaagacgatgaagataatatatgtctacagaccggtgaagaattttctgcggagttcttacgtgatcgggttgctttaaggagacttcctgtt 40311076  T
Q  308 ataactgactcagagcagcacctgccaaacagattggacttcaatacaattaataacagtaacaattaccaactggttcatgagaatcaaaatcatgttc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40311075 ataactgactcagagcagcacctgccaaacagattggacttcaatacaattaataatagtaacaattaccaactggttcatgagaatcaaaatcatgttc 40310976  T
Q  408 ttggactagggagaatgggttctgatagtaatttggatttgtcagagattgctttagctagaggctatgttgctgaagttgataacagaggttatcataa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40310975 ttggactagggagaatgggttctgatagtaatttggatttgtcagagattgctttagctagaggctatgttgctgaagttgataacagaggttatcataa 40310876  T
Q  508 taatttgagcagataccagtgtgaacacggtcttataagacaagcatcaagtacgttttcaagacaattatctggtaggttttctgatggaagtgatcaa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40310875 taatttgagcagataccagtgtgaacacggtcctataagacaagcatcaagtgcgttttcaagacaattatctggtaggttttctgatggaagtgatcaa 40310776  T
Q  608 ggttcctcaataccaaatactccaaccatttatgctgttgagtctcctcgttcgtgccatccttatggaacagtattctcagaaggttctttttacaaaa 707  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40310775 ggttcctcgataccaaatactccaaccatttatgctgttgagtctcctcgttcgtgccatccttatggaacagtattctcagaaggttccttttacaaaa 40310676  T
Q  708 agataaagtttctgtgtagttttggaggtcgaatactgccaaggccaaatgacgggaagctgagatatgtcggtggggaaacacggattatatcgattgg 807  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40310675 agataaagtttctatgtagttttggaggtcgaatactgccaaggccaaatgacgggaagctgagatatgtcggtggggagacacggattatatcgattgg 40310576  T
Q  808 g-aaaacatgacacacgaggaacttacggg 836  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40310575 gaaaaacatgacacacgaggaacttacggg 40310546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University