View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5881_low_4 (Length: 378)

Name: NF5881_low_4
Description: NF5881
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5881_low_4
NF5881_low_4
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (20-366)||(39030041-39030387)
chr3 (19-340)||(37863222-37863543)
chr3 (21-340)||(37859196-37859515)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (21-340)||(35250782-35251101)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (21-334)||(5310368-5310681)
chr7 (96-334)||(5289535-5289773)
chr7 (19-334)||(46706826-46707141)
chr7 (96-334)||(5315157-5315395)
chr7 (21-334)||(5284279-5284592)
chr7 (96-338)||(5302542-5302784)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (21-322)||(1492139-1492440)
chr5 (21-334)||(1477970-1478283)
chr5 (21-323)||(1504948-1505250)
chr5 (96-334)||(1482239-1482477)
chr5 (96-334)||(1499286-1499524)
chr5 (23-334)||(1509097-1509408)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-334)||(24163628-24163943)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (108-323)||(44128632-44128847)
chr1 (108-323)||(44132837-44133052)
chr1 (108-323)||(44141259-44141474)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 366
Target Start/End: Original strand, 39030041 - 39030387
Alignment:
Q  20 tatggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030041 tatggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaa 39030140  T
Q  120 cctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccat 219  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030141 cctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccat 39030240  T
Q  220 atgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39030241 atgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgt 39030340  T
Q  320 gttgatggtttgttcagagattagggtatttaattttcgtggaccta 366  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030341 gttgatggttagttcagagattagggtatttaattttcgtggaccta 39030387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 37863543 - 37863222
Alignment:
Q  19 atatggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtca 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  37863543 atatggcaccttcgttggatgcaagacaggatatggtggttgtggaagtaccaaagctaggaaaagaggctgcaacaaaggctatcaaggaatggggtca 37863444  T
Q  119 acctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtcca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||     
T  37863443 acctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgggtcttcgcccg 37863344  T
Q  219 tatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtg 318  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||  ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||    
T  37863343 tatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaaggcgctcgtg 37863244  T
Q  319 tgttgatggtttgttcagagat 340  Q
    | ||| |||||||||| |||||    
T  37863243 ttttggtggtttgttcggagat 37863222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 21 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 37859515 - 37859196
Alignment:
Q  21 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||  || |||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  37859515 atggcaccttcattggatgcaagacaagacatggtggttgtggaggtaccaagactaggaaaagaggcagcaacaaaggccatcaaggaatggggtcaac 37859416  T
Q  121 ctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 220  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| ||||||||  | ||||| || || ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  37859415 ctaagtccaagattacccacctcatcttttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgactatcagctgacaaagctcttgggccttcgtccata 37859316  T
Q  221 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtg 320  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||  ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  37859315 tgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtg 37859216  T
Q  321 ttgatggtttgttcagagat 340  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  37859215 ttggtagtttgttcagagat 37859196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 21 - 340
Target Start/End: Original strand, 35250782 - 35251101
Alignment:
Q  21 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 120  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || || ||||| |  || || |||| | | |||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||    
T  35250782 atggcaccatcattggatgcaagacaagatatggtggtagtagaggtgccaaggttaggaaaagaagcagcaacaaaagcgatcaaggaatggggtcaac 35250881  T
Q  121 ctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 220  Q
    | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |  |||| ||| |||| |     
T  35250882 caaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaattgctaggacttcgtccgtc 35250981  T
Q  221 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtg 320  Q
     || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||     
T  35250982 ggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcgctggtggtatggttcttcgtttggctaaagatttggctgagaacaataaaggtgctcgtgtt 35251081  T
Q  321 ttgatggtttgttcagagat 340  Q
     |  ||||||||||||||||    
T  35251082 cttgtggtttgttcagagat 35251101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 334
Target Start/End: Original strand, 5310368 - 5310681
Alignment:
Q  21 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |  || ||||| |  || ||||| || || ||| | |||||||| || |||||||||||||    
T  5310368 atggcaccttcattggatgcaaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaac 5310467  T
Q  121 ctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 220  Q
    | |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  5310468 caaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactcacaaaactcttgggccttcgtccata 5310567  T
Q  221 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtg 320  Q
    ||| ||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5310568 tgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtg 5310667  T
Q  321 ttgatggtttgttc 334  Q
    ||| | ||||||||    
T  5310668 ttggttgtttgttc 5310681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 96 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5289773 - 5289535
Alignment:
Q  96 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 195  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  5289773 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactca 5289674  T
Q  196 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggc 295  Q
    |||| ||||| || ||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||  ||||| ||||| |||||||||||    
T  5289673 caaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggc 5289574  T
Q  296 tgagaataacaaaggtgcccgtgtgttgatggtttgttc 334  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  5289573 tgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttc 5289535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 46707141 - 46706826
Alignment:
Q  19 atatggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtca 118  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| |  || ||||| |  || || || || || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  46707141 atatggcaccttcattggatgccaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtca 46707042  T
Q  119 acctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtcca 218  Q
    ||| |||||||||||||| ||  | ||  |||||||| | |||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||| | |||    
T  46707041 accaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttcggtcttcgccca 46706942  T
Q  219 tatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtg 318  Q
    ||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |  | ||  ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46706941 tatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggggcttcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtg 46706842  T
Q  319 tgttgatggtttgttc 334  Q
    | ||| | ||||||||    
T  46706841 tattggttgtttgttc 46706826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 96 - 334
Target Start/End: Original strand, 5315157 - 5315395
Alignment:
Q  96 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 195  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  5315157 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactca 5315256  T
Q  196 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggc 295  Q
    | || || ||||| ||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||  | ||  || || |||||||||||||||||    
T  5315257 ccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggc 5315356  T
Q  296 tgagaataacaaaggtgcccgtgtgttgatggtttgttc 334  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  5315357 tgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttc 5315395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 334
Target Start/End: Original strand, 5284279 - 5284592
Alignment:
Q  21 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 120  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |  || ||||| |  || ||||| || || ||| | |||||||| || |||||||| ||||    
T  5284279 atggccccttcattggatgcaaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggccaac 5284378  T
Q  121 ctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 220  Q
    | |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||| | |||||    
T  5284379 caaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttgggtcttcgcccata 5284478  T
Q  221 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtg 320  Q
    ||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||  ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  5284479 tgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtg 5284578  T
Q  321 ttgatggtttgttc 334  Q
    ||| | ||||||||    
T  5284579 ttggttgtttgttc 5284592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 338
Target Start/End: Original strand, 5302542 - 5302784
Alignment:
Q  96 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 195  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||| | |||||| ||||| ||||    
T  5302542 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactca 5302641  T
Q  196 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggc 295  Q
    | || ||||| || ||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||  ||||| ||||| |||||| | ||    
T  5302642 ccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatctagc 5302741  T
Q  296 tgagaataacaaaggtgcccgtgtgttgatggtttgttcagag 338  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||    
T  5302742 tgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtatgttcagag 5302784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 322
Target Start/End: Original strand, 1492139 - 1492440
Alignment:
Q  21 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 120  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |  |||||||| |  || || || || || ||| | |||||||| || |||||||||||||    
T  1492139 atggcaccttcattggatgctagacaagacatggtggtggtagaagtacctagactagggaaggaggctgcagtgaaggctataaaagaatggggtcaac 1492238  T
Q  121 ctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 220  Q
    | |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||| ||||| || |||||||| || || ||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||    
T  1492239 caaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatcaactcactaaactcttaggtcttcgtccata 1492338  T
Q  221 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtg 320  Q
    ||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||  | ||  ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  1492339 tgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcaggtggcacggtacttcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtg 1492438  T
Q  321 tt 322  Q
    ||    
T  1492439 tt 1492440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 21 - 334
Target Start/End: Original strand, 1477970 - 1478283
Alignment:
Q  21 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 120  Q
    |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |  |||||||| |  || ||||| || || ||| | || ||||| || |||||||| ||||    
T  1477970 atggcaccgtcattggatgctaggcaggacatggtggtggtagaagtacctagactaggaaaggaggctgcagtgaaagctataaaagaatggggccaac 1478069  T
Q  121 ctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 220  Q
    | || ||||||||||| ||  | || ||||||||  |||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| || |||||||| ||| |||||||    
T  1478070 caaaatcaaagattacacacttgatcttttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgtccata 1478169  T
Q  221 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtg 320  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||  ||||| ||||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  1478170 tgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaaggtgctcgtgtg 1478269  T
Q  321 ttgatggtttgttc 334  Q
    ||| | ||||||||    
T  1478270 ttggttgtttgttc 1478283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 323
Target Start/End: Original strand, 1504948 - 1505250
Alignment:
Q  21 atggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaac 120  Q
    ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| |  || ||||| |  || ||||| || || ||  |||| ||||| || ||||||||||| |    
T  1504948 atggcaccttcattggatgctaggcaagacatggtggtggtagaggtacctagactaggaaaggaggctgccgtaaaagctataaaagaatggggtcagc 1505047  T
Q  121 ctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccata 220  Q
    | |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || ||||| || |||||||| ||| | |||||    
T  1505048 caaagtcaaagattactcacttaattgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcaccaaactcttaggtcttcgcccata 1505147  T
Q  221 tgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtg 320  Q
    ||| ||| | || ||||||||||| ||||| |||||||| |||| || ||  ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1505148 tgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtg 1505247  T
Q  321 ttg 323  Q
    |||    
T  1505248 ttg 1505250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 96 - 334
Target Start/End: Original strand, 1482239 - 1482477
Alignment:
Q  96 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 195  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||  | |||||||| ||  |||||||||| || |||||||| || || || || ||||    
T  1482239 aaggctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttaatattttgtaccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactca 1482338  T
Q  196 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggc 295  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||| ||| | || ||||||||||||||||| || ||||| |||| || ||  ||||| ||||| || || |||||    
T  1482339 caaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgctttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggc 1482438  T
Q  296 tgagaataacaaaggtgcccgtgtgttgatggtttgttc 334  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  1482439 tgagaataataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttc 1482477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 96 - 334
Target Start/End: Original strand, 1499286 - 1499524
Alignment:
Q  96 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 195  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | || |||||||| |  |||||||| || |||||||| || || || || || |    
T  1499286 aaggctatcgaagaatggggtcaaccgaagtcaaatattacacatttaattttttgcacctatagtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaa 1499385  T
Q  196 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggc 295  Q
    |||| |||||||| |||   |||||||| ||  | || ||||||||||||| ||| |||| ||| ||||  |  |  ||||| ||||| || || || ||    
T  1499386 caaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaactagggtgttatgcaggtggaacagtacttcgtttggcgaaggacttagc 1499485  T
Q  296 tgagaataacaaaggtgcccgtgtgttgatggtttgttc 334  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  1499486 tgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttc 1499524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Original strand, 1509097 - 1509408
Alignment:
Q  23 ggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaacct 122  Q
    |||||| || |||||||| || || ||||| |||||||   | ||||| | ||| |||||||| |  ||| | |||||||| || |||||||| || ||     
T  1509097 ggcaccatcattggatgctaggcaagacatggtggttgtaaaggtacctaggctaggaaaagaggttgcagtgaaggctataaaagaatggggccagcca 1509196  T
Q  123 aagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccatatg 222  Q
    || ||||||||||| ||| | || ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||| | ||||| || || || || ||||| |||   |||||||    
T  1509197 aaatcaaagattacacatttaatcttttgcaccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaacttaccaaacttttaggtcttcacccatatg 1509296  T
Q  223 taaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtgtgtt 322  Q
    ||||  | || ||||||||||||||| | |||||||| ||||  |  |  ||||  ||||| || ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  1509297 taaaaaggtacatgatgtaccaacaaaggtgttttgcaggtggcactgtgcttcatttggcaaaggatttggctgaaaataaccaagatgctcgtgtgtt 1509396  T
Q  323 gatggtttgttc 334  Q
    | | ||||||||    
T  1509397 ggttgtttgttc 1509408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 84; Significance: 8e-40; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 24163943 - 24163628
Alignment:
Q  19 atatggcaccttctttggatgcaagacaggacattgtggttgaggaagtaccaaagctcggaaaagaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtca 118  Q
    |||||||||||||||||||| | || || ||||| ||||| |  || | |||||  || ||||| || |||||  | |||||||| || |||||||| ||    
T  24163943 atatggcaccttctttggatactaggcaagacatggtggtagtagaggcaccaagactaggaaaggaggcagccgtgaaggctataaaagaatggggcca 24163844  T
Q  119 acctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttaggcctttgtcca 218  Q
    ||| ||||||||||| || ||  | ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| || || || || |||||||| |||||||| ||| | |||    
T  24163843 accaaagtcaaagatcacacacttaatattttgcactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtcttcgccca 24163744  T
Q  219 tatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaaaggtgcccgtg 318  Q
    | ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||  ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  24163743 tgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtacttcgcttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggttctcgtg 24163644  T
Q  319 tgttgatggtttgttc 334  Q
    ||||| | ||||||||    
T  24163643 tgttggttgtttgttc 24163628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 108 - 323
Target Start/End: Original strand, 44128632 - 44128847
Alignment:
Q  108 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttag 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  44128632 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44128731  T
Q  208 gcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaa 307  Q
    | ||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |  | ||  ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  44128732 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaa 44128831  T
Q  308 aggtgcccgtgtgttg 323  Q
    |||||| |||||||||    
T  44128832 aggtgctcgtgtgttg 44128847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 108 - 323
Target Start/End: Original strand, 44132837 - 44133052
Alignment:
Q  108 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttag 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  44132837 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44132936  T
Q  208 gcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaa 307  Q
    | ||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |  | ||  ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  44132937 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaa 44133036  T
Q  308 aggtgcccgtgtgttg 323  Q
    |||||| |||||||||    
T  44133037 aggtgctcgtgtgttg 44133052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 108 - 323
Target Start/End: Original strand, 44141259 - 44141474
Alignment:
Q  108 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttag 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  44141259 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44141358  T
Q  208 gcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaataacaa 307  Q
    | ||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |  | ||  ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  44141359 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaa 44141458  T
Q  308 aggtgcccgtgtgttg 323  Q
    |||||| |||||||||    
T  44141459 aggtgctcgtgtgttg 44141474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University