View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5884-Insertion-1 (Length: 830)

Name: NF5884-Insertion-1
Description: NF5884
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5884-Insertion-1
NF5884-Insertion-1
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (26-751)||(28330898-28331621)
chr7 (81-679)||(28296409-28297010)
chr7 (81-629)||(28320477-28321022)
chr7 (90-681)||(28309912-28310500)
chr7 (80-548)||(28304301-28304765)
chr7 (379-678)||(28288204-28288503)
chr7 (157-187)||(28288689-28288719)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 631; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 751
Target Start/End: Original strand, 28330898 - 28331621
Alignment:
Q  26 aaactgaaaatgtataaaaatgaatttcttatagtttatgaaatttaataatttgaaaagcaaaactaaccagaaacagatgcaccatctcattgcgggt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28330898 aaactgaaaatgtataaaaatgaatttcttatagtttatgaaatttaattatttgaaaagcaaaactaaccagaaacagatgcaccatctcattgcgggt 28330997  T
Q  126 caattccaaagtggtttctccaatatggttgttgttaagaagtgaatctaacacatcattgcgcaccacataatcaactttggaagatcttgaactaatt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28330998 caattccaaagtggtttctccaacatggttgttgttaagaagtgaatctaacacatcattgcacaccacataatcaactttggaagatcttgaactaatt 28331097  T
Q  226 ctttcttcaataattccatcaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaa 325  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28331098 cttttttcaataattccatcaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaa 28331197  T
Q  326 agaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331198 agaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatc 28331297  T
Q  426 aatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataa 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331298 aatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtgttaaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataa 28331397  T
Q  526 tctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttcc 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331398 tctaataattcttgcaacttttgttgacgaaggatttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttcc 28331497  T
Q  626 ac-aagctagtgttggaagtgtcccttattgagaatttgtgatgatcaagtgcacaatttacattccgagactactctatagaagaatatttgggaattt 724  Q
    || |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  28331498 acaaagctaatgttggaagtgttcc-tattgagaatttgtgatgatcaagtgcacaaattgca-tccgagactactctattagagaatatttgggaattt 28331595  T
Q  725 tcttgttaccacttggttggctagttg 751  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||    
T  28331596 tcttg-taacacttgtttggctagttg 28331621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 81 - 679
Target Start/End: Original strand, 28296409 - 28297010
Alignment:
Q  81 aaaagcaaaactaaccagaaacagatgcaccatctcattgcgggtcaattccaaagtggtttctccaatatggttgttg---ttaagaagtgaatctaac 177  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||   ||||||   |||||||||||||| |||    
T  28296409 aaaagcaacactaaccagaaaaagatgcaccatctcattgcggctcaattcataagtgctttctccaataatattgttgctattaagaagtgaatccaac 28296508  T
Q  178 acatcattgcgcaccacataatcaactttggaagatcttgaactaattctttcttcaataattccatcaaaaatatcacataacttcttcatgtaactgg 277  Q
    |||||||||  |||| || ||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||  || |||    
T  28296509 acatcattgaacacctcaaaatcaccattggaagctcttgaacaaattctttcttcaataattccattaaaaatatcacacaacttttttatacaattgg 28296608  T
Q  278 tcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataat 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  28296609 tcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatctgaaatattaggcctaccagctgcttccatgtaactccaaataat 28296708  T
Q  378 tttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcc 477  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28296709 gttctcaaactcttgagactttttatcaggtttggaatcagccaaatcaatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaagaacagtgttaaaaacagcc 28296808  T
Q  478 tcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagca 577  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28296809 tcaccaatatcaaaaacctcacctttgttgcttttttcattcacataatccaataattcttgcaacttttgttggcgaaggttttttgttgagtcaagca 28296908  T
Q  578 tttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttcca-caagctagtgttggaagtgtcccttattgagaatttgtgatgatcaagtg 676  Q
    ||||| |||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||   |||  ||||||||||||| |||||||| ||    
T  28296909 tttttttagaaaatacatttgtggcacaacttttccttagtttcttccataaagctaatgttggaagccaccc-aattgagaatttgtcatgatcaactg 28297007  T
Q  677 cac 679  Q
    |||    
T  28297008 cac 28297010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 81 - 629
Target Start/End: Original strand, 28320477 - 28321022
Alignment:
Q  81 aaaagcaaaactaaccagaaacagatgcaccatctcattgcgggtcaattccaaagtggtttctccaatatggttgttgttaagaagtgaatctaacaca 180  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| | |||||||||||   |  | |||||||||||||||||||||    
T  28320477 aaaatcaacactaaccagaaacagatgcaccatctcactgcggctcaattccgaagttgcttctccaatat---taatattaagaagtgaatctaacaca 28320573  T
Q  181 tcattgcgcaccacataatcaactttggaagatcttgaactaattctttcttcaataattccatcaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtca 280  Q
    |||||||  ||| ||    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | | ||||||    
T  28320574 tcattgcaaacctcaa---caactttggaggatcttgaacgaattctttcttcaataattccatcaaaaatctcacacaacttcttcatatgattggtca 28320670  T
Q  281 tctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataatttt 380  Q
    || |||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||  |    
T  28320671 tccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaataatggt 28320770  T
Q  381 cttaaactcttgagacttttcatcgggt---gtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcc 477  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||   |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||     
T  28320771 cttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaaggacatttgtaaaaacagct 28320870  T
Q  478 tcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagca 577  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  28320871 tcaccaatatcaaaaacctcacctttgttacttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggtttcttgttgagtcaagca 28320970  T
Q  578 tttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaa 629  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28320971 tttttgtagaaaatacttttgtagcacaacttttccttagtttcttccacaa 28321022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 90 - 681
Target Start/End: Original strand, 28309912 - 28310500
Alignment:
Q  90 actaaccagaaacagatgcaccatctcattgcgggtcaattccaaagtggtttctccaatatggttgttgttaagaagtgaatctaacacatcattgcgc 189  Q
    ||||||| |||| | ||||||||| ||||||||| ||||||    |||||||||| ||||||   |||  |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28309912 actaacctgaaataaatgcaccatttcattgcggctcaatttattagtggtttcttcaatat---tgtaattaagaagtgaatctaacacatcattgcac 28310008  T
Q  190 accacataatcaactttggaagatcttgaactaattctttcttcaataattccatcaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtcatctttgcat 289  Q
    |||  | |||||   ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | | |||| ||| |||| |    
T  28310009 accttagaatcagaattggaatctcttgaactaattctttcttcaattattccatcaaaaatctcacacaactttttcatatgattggtaatccttgcgt 28310108  T
Q  290 gcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataattttcttaaactc 389  Q
    | |  | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||  |||||||| ||    
T  28310109 gtattctttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgataccccacataacgttcttaaattc 28310208  T
Q  390 ttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcctcaccaatatca 489  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| |||||||||||    
T  28310209 ttgagacttttcatcaggtgttgaatgagccaaatccatagaacacaaagtgtttgaaattgaattaaggatagttgtaaaaacagccgcaccaatatca 28310308  T
Q  490 aaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagcatttttgtagaaa 589  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28310309 aaaatctcacctttcttacttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagtacttttgtagaaa 28310408  T
Q  590 atacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttcca-caagctagtgttggaagtgtcccttattgagaatttgtgatgatcaagtgcacaa 681  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  ||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  28310409 atacttttgtagcacaaaatttccttagtttcttccatgaagctaatgttggaagcatccc-aattgataatttgtcatgatcaagtgcacaa 28310500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 80 - 548
Target Start/End: Original strand, 28304301 - 28304765
Alignment:
Q  80 gaaaagcaaaactaaccagaaacagatgcaccatctcattgcgggtcaattccaaagtggtttctccaatatggttgttgttaagaagtgaatctaacac 179  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||   | ||| | ||||||  |||||| | |||| ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||| |    
T  28304301 gaaaaccaacactaaccagaaacagacataacattttattgcgactcaattgcgaagtagtttcgccaatattgttgttattgagaagtgaatctaaccc 28304400  T
Q  180 atcattgcgcaccacataatcaactttggaagatcttgaactaattctttcttcaataattccatcaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtc 279  Q
    ||||||||  |||   | |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28304401 atcattgcaaacc---tcatcagctttggaagctcttgaacaaattctttcttcaataattccataaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtc 28304497  T
Q  280 atctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataattt 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||| |    
T  28304498 atctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagctttttccatgataccccaaataatgt 28304597  T
Q  380 tcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcctc 479  Q
    | | |||||||| ||||  ||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||  |||||||||| ||    
T  28304598 tttcaaactctttagac--ttcatcatgtgttaaatgagccaaatcaatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaaagaaagttgtaaaaacagcatc 28304695  T
Q  480 accaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaa-taattcttgcaacttttg 548  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| || |||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||    
T  28304696 accaatatcaaaaacttcacctttgtagcctttttctttcacataatccaattaattcttttaacttttg 28304765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 379 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 28288503 - 28288204
Alignment:
Q  379 ttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcct 478  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  28288503 ttctcaaacacttgagatttttcatcaggtgttgaatgagccaaatccatagagaagaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcct 28288404  T
Q  479 caccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagcat 578  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||| |||||| || |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  28288403 caccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaataatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgttgagtcaagcat 28288304  T
Q  579 ttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccac-aagctagtgttggaagtgtcccttattgagaatttgtgatgatcaagtgc 677  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||   |||  | ||||||||||| ||||||||||||    
T  28288303 ttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctaatgttggaagccaccc-aagtgagaatttgttatgatcaagtgc 28288205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 157 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 28288719 - 28288689
Alignment:
Q  157 ttgttaagaagtgaatctaacacatcattgc 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288719 ttgttaagaagtgaatctaacacatcattgc 28288689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University