View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5885-Insertion-5 (Length: 780)

Name: NF5885-Insertion-5
Description: NF5885
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5885-Insertion-5
NF5885-Insertion-5
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (9-780)||(1846650-1847420)
chr8 (87-407)||(4620026-4620346)
chr8 (118-416)||(4787130-4787428)
chr8 (54-407)||(4297773-4298129)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (9-445)||(7890635-7891071)
chr1 (9-465)||(7888338-7888806)
chr1 (19-407)||(38137489-38137877)
chr1 (19-391)||(43045715-43046087)
chr1 (19-391)||(43084143-43084515)
chr1 (19-391)||(43066320-43066692)
chr1 (30-444)||(45993084-45993498)
chr1 (54-391)||(3301033-3301370)
chr1 (54-416)||(45983332-45983694)
chr1 (20-416)||(51291885-51292280)
chr1 (19-333)||(43045262-43045576)
chr1 (57-416)||(40034320-40034677)
chr1 (75-348)||(43076477-43076749)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (30-391)||(4231746-4232107)
chr4 (332-405)||(19964623-19964696)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (29-416)||(34691105-34691490)
chr2 (29-416)||(34713517-34713902)
chr2 (87-403)||(16232506-16232826)
chr2 (19-416)||(33861104-33861504)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (29-391)||(7528735-7529097)
chr6 (29-391)||(7519364-7519726)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (31-303)||(16349419-16349691)
chr5 (330-416)||(16352207-16352293)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 780
Target Start/End: Original strand, 1846650 - 1847420
Alignment:
Q  9 gcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcgg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846650 gcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcgg 1846749  T
Q  109 atgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1846750 atgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtc 1846849  T
Q  209 aattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846850 aattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctc 1846949  T
Q  309 tcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatg---accaataaacagaatgttaa 405  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  1846950 tcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaccaataaacagaatgttaa 1847049  T
Q  406 taggaaactttcccctactcatcagtccttcaacttgaatgaatctgcaaattcaacacataatagtatgtgtgtgagtatcatcgattgtgatgtcctt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1847050 taggaaactttcccctactcatcagtccttcaacttgaatgaatctgcaaattcaacacataatagtatgtgtgtgagtatcatcgattgtgatgtcctt 1847149  T
Q  506 aagtatttcacatggtatatgttaagaattccataaatagaaaatattttattcaatataataataattttcaacctttgacnnnnnnnttagcacattt 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||       |||||||||||    
T  1847150 aagtatttcacatggtatatgttaagaattccataaatagaaaatattttattcaat---ataataattttcaacctttgacaaaaaaattagcacattt 1847246  T
Q  606 tcggatgcataatttctacttgtagatgtttaacatgacttgggcacatattaacatttcacataaatataataggaaaagctacttaggacagaagaag 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1847247 tcggatgcataatttctacttgtagatgtttaacatgacttgggcacatattaacatttcacat-aatataataggaaaagctacttaggacggaagaag 1847345  T
Q  706 taataacccaaaaacataaaggatcaacacactaaaaacat-aacaaatatctaacgaatccgaaaggaaaaaacc 780  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1847346 taataacccaaaaacataaaggatcaacacactaaaaacataaacaaatatctaacgaat-cgaaaggaaaaaacc 1847420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 87 - 407
Target Start/End: Original strand, 4620026 - 4620346
Alignment:
Q  87 agaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtct 186  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||    
T  4620026 agaacagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 4620125  T
Q  187 caaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctc 286  Q
    |||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  4620126 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgtttatctc 4620225  T
Q  287 agcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatga 386  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  4620226 agcggcttctttctcaaatcgctcaatgacatcctttttaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagcagtggttgacttcccagagtcgacatga 4620325  T
Q  387 ccaataaacagaatgttaata 407  Q
    |||||||||| ||| ||||||    
T  4620326 ccaataaacacaatattaata 4620346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 118 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 4787428 - 4787130
Alignment:
Q  118 tgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgat 217  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||||  | | ||| |||||||||||||    | ||||||||||||||||      
T  4787428 tgatcatgttcctaatgtattccctgtgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggc 4787329  T
Q  218 acctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgaca 317  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||  |||||||||||||| |||||| | ||||    
T  4787328 acctctttcacgctcacccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaaggccagttagcctcataagcttctttctcaagtctctcaatgaca 4787229  T
Q  318 tccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 416  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| |||  || |||||||||||||||| | | |||||||||| || |||||||||| ||| ||||    
T  4787228 tcctttccaatgcctccaagcttgtagagcaaatgagcagtggtggttgacttcccggagttggcttgaccaataaccacaatgttaatacgaaccttt 4787130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 54 - 407
Target Start/End: Original strand, 4297773 - 4298129
Alignment:
Q  54 gcttcaaaaccaccaggtgtagag---tcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgg 150  Q
    ||||||||||||||||  |||| |   |||||||  |||||  |||||| ||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  4297773 gcttcaaaaccaccagtagtagtggaatcaatgacgagaacatcacagttagctagggacgctccagtggtcatgttcttaatgcattccctatgtccgg 4297872  T
Q  151 gggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaag 250  Q
    |||||||||||| | |||||  | | ||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||  |||||||||| | || || ||||| ||||||||    
T  4297873 gggcatcaatgacaatgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacagagaaatgtcaattgtggcacctctttcatggtcagctttgagtttgtcaag 4297972  T
Q  251 cacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaa 350  Q
     ||||||||||||||||| ||| || |||| | |||| || || ||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||    
T  4297973 tacccaagcatacttgaacgaaggcatgttaacctcaacatctactttctcaagtctctcaatgacatccttttcaatgcctccgagtttgtagagcaaa 4298072  T
Q  351 tgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaata 407  Q
    ||| |||  || |||||||||||||||| | |||| ||||||| || ||||||||||    
T  4298073 tgagcagtagtggttgacttcccggagttggcatggccaataaccacaatgttaata 4298129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 7891071 - 7890635
Alignment:
Q  9 gcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcgg 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7891071 gcaagttgaacatgttcagtggtctgaccattcttacaaaaaccagcgtcaaaaccaccaagtgtagaatcaatgataagaacagcacagtcagcttcgg 7890972  T
Q  109 atgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtc 208  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  7890971 acgctccagtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgagagtgcagcggaagttggttgtctcaaacttccacagagaaatgtc 7890872  T
Q  209 aattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  7890871 aattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaatgcctgttcatctcagcagcttctttctcaaatcta 7890772  T
Q  309 tcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaatag 408  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7890771 tcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaatag 7890672  T
Q  409 gaaactttcccctactcatcagtccttcaacttgaat 445  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||| |||||||||    
T  7890671 gaaactttggcctactcattggtccttaaacttgaat 7890635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 9 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 7888806 - 7888338
Alignment:
Q  9 gcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcgg 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| |    
T  7888806 gcaagttgaacatgttcagtggtctgaccatccttacaaaaaccggcttcaaaaccaccagttgtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttcag 7888707  T
Q  109 atgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtc 208  Q
    | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  7888706 acgccccggtgatcatgttcttgatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagcagtagctggttgtctgaaacttccaaagagaaatgtc 7888607  T
Q  209 aattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  7888606 aattgtgatacctctttcacgctcagccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaataaacgtctgtttatctcagcagcttctttctcaagtttc 7888507  T
Q  309 tcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaata- 407  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |     
T  7888506 tcgatgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagcagtggttgacttcccggaatcaacatgaccaataaacagaaagttaagag 7888407  T
Q  408 -----------ggaaactttcccctactcatcagtccttcaacttgaatgaatctgcaaattcaacaca 465  Q
               |||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7888406 gaaccgggggcggaaactttggcctactcattagtccttaaacttgaatgaatctgcaaattcaacaca 7888338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 38137877 - 38137489
Alignment:
Q  19 catgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggt 118  Q
    ||||||||  ||||||||| | || | || ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |  |||||    
T  38137877 catgttcagaggtctgaccttcctgagaataaccagcttcaaaactaccagttgtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggt 38137778  T
Q  119 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgata 218  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||| |||||||||||    |||||||||||||| ||||||    
T  38137777 aatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtagtctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgata 38137678  T
Q  219 cctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||||    
T  38137677 cctctttcacgctcggccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaacgatggcttgtttatctcagtagcttctttctcaagtctctcaatgacat 38137578  T
Q  319 ccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaata 407  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || || |||||||    
T  38137577 ccttttcaatacctccaagtttgtagatcaaatgaccagcagtagttgacttcccagagtcaacatgaccaataaccacaacgttaata 38137489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 391
Target Start/End: Original strand, 43045715 - 43046087
Alignment:
Q  19 catgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggt 118  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  43045715 catgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggt 43045814  T
Q  119 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  | | |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||    
T  43045815 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgata 43045914  T
Q  219 cctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacat 318  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||     
T  43045915 cctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatgacac 43046014  T
Q  319 ccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaat 391  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  43046015 gcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaagtgaccagtggtggttgatttcccagagtcgacatggccaat 43046087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 391
Target Start/End: Original strand, 43084143 - 43084515
Alignment:
Q  19 catgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggt 118  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  43084143 catgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggt 43084242  T
Q  119 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  | | |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||    
T  43084243 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgata 43084342  T
Q  219 cctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacat 318  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||     
T  43084343 cctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctctatgacac 43084442  T
Q  319 ccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaat 391  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
T  43084443 gcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaagtgaccagttgtggttgatttcccagagtcaacatggccaat 43084515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 43066692 - 43066320
Alignment:
Q  19 catgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggt 118  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  43066692 catgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggt 43066593  T
Q  119 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  | | |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||    
T  43066592 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgata 43066493  T
Q  219 cctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacat 318  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||     
T  43066492 cctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagaacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatgacac 43066393  T
Q  319 ccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaat 391  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||  || |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  43066392 gcttgtcaatacctccaagtttgtagattaagtgaccagtggtggttgacttgccagagtcgacatggccaat 43066320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 30 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 45993498 - 45993084
Alignment:
Q  30 gtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttct 129  Q
    |||||||||| |||  ||| ||| ||||||||||||| ||  || || |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| |  ||||||||||||||||    
T  45993498 gtctgaccatcctttgaaataccggcttcaaaaccacgagtagtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttct 45993399  T
Q  130 taatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacg 229  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  | | ||| ||||||||||||||   | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45993398 taatgaaatccctgtgtccggaggcatcaatgacagtgcagctgtacttgtttgtctcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacg 45993299  T
Q  230 ctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaata 329  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  ||| | ||||    
T  45993298 ctcagtcttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgatcatctcagcagcttctttctcaagactctcgatgacactcttgtgaata 45993199  T
Q  330 cctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaactttcccctactcatca 429  Q
    | |||||| |||| ||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||| || ||  ||| |    
T  45993198 catccaagtttgtggatgaaatgaccagtagtggttgacttcccggagtcgacatgaccaataaccacaatgctaataggaaccttttccttatccatta 45993099  T
Q  430 gtccttcaacttgaa 444  Q
    |||||| ||||||||    
T  45993098 gtccttaaacttgaa 45993084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 54 - 391
Target Start/End: Original strand, 3301033 - 3301370
Alignment:
Q  54 gcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 153  Q
    |||||||||||||| |  || || |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301033 gcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 3301132  T
Q  154 catcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcac 253  Q
    ||||||||| |||||||  | | || || |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||    
T  3301133 catcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtcgagcac 3301232  T
Q  254 ccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatga 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3301233 ccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatcacacgcttgtcaatacctccaagcttgtagatcaagtga 3301332  T
Q  354 ccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaat 391  Q
    || |  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301333 ccggtggtggttgacttcccggagtcgacatgaccaat 3301370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 54 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 45983694 - 45983332
Alignment:
Q  54 gcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 153  Q
    ||||||||||||||||  || || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45983694 gcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 45983595  T
Q  154 catcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcac 253  Q
    ||||||||| |||||||  | | ||| ||||||||||||||   || | |||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  45983594 catcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagcac 45983495  T
Q  254 ccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatga 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||  ||||| | ||||  ||| | ||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  45983494 ccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatcttagcagcttctttctcaagactctcaatgacactcttgtgaatacatccaagtttgtggatcaaatga 45983395  T
Q  354 ccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 416  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||    
T  45983394 ccagtagtggttgacttcccggagtccacatgaccaataaccacaatgttaatacgaaccttt 45983332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 416
Target Start/End: Original strand, 51291885 - 51292280
Alignment:
Q  20 atgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtg 119  Q
    |||||||  ||||||||||| |||| || ||||||||||||| || |||| ||| || |||| ||| ||||   |||||||||||| | | |  |||| |    
T  51291885 atgttcaccggtctgaccatccttagaataaccagcttcaaacccgccagttgtggaatcaaggatgagaataacacagtcagcttggaacggcccggcg 51291984  T
Q  120 atcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatac 219  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||   | | ||| |||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  51291985 atcatgttcttaatgaaattcccatgtccgggggcatcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaacttggatagagaaatgtcaattgtgatac 51292083  T
Q  220 ctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatc 319  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||||| | | |||     
T  51292084 ctctttcacgctcagccttgaacttgtcaagcacccaagcatacgtgaatgaacgcatgttcatctcagtagcttctttctcaagtctctcaatgtcatt 51292183  T
Q  320 cttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 416  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  51292184 cttgtcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagcagtatttgactttccatagtcgacatgaccaataaacacaatgttaatacgaaccttt 51292280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 333
Target Start/End: Original strand, 43045262 - 43045576
Alignment:
Q  19 catgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggt 118  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  43045262 catgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggt 43045361  T
Q  119 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  | | |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||    
T  43045362 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgata 43045461  T
Q  219 cctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacat 318  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||     
T  43045462 cctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatgacac 43045561  T
Q  319 ccttttcaatacctc 333  Q
     ||| ||||||||||    
T  43045562 gcttgtcaatacctc 43045576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 57 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 40034677 - 40034320
Alignment:
Q  57 tcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcat 156  Q
    ||||||| ||||| | | || |||||||| ||||| ||||||||||||  ||| |  ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |    
T  40034677 tcaaaactaccagttctggaatcaatgatgagaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgatgaaatc--tgtgtccgggggcgt 40034580  T
Q  157 caatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcaccca 256  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||||||    |  ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  40034579 caatgagagtgcagtggtatttggttgtctcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagtaccca 40034480  T
Q  257 agcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgacca 356  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40034479 agcatacttgaatgagcgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaatttctcaatgacatcctttttaataccgccaagcttgtagatcaaatgacca 40034380  T
Q  357 gccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 416  Q
     | || ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |  ||||||||| ||| ||||    
T  40034379 ccagtggttgacttcccagagtcgacattaccaataaatacgatgttaatatgaaccttt 40034320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 43076749 - 43076477
Alignment:
Q  75 gagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagagga 174  Q
    ||||||| ||||||||  ||||| ||||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||| |  ||||  |     
T  43076749 gagtcaaggataagaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaatgaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcagt 43076650  T
Q  175 agttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacg 274  Q
      || ||||||||||||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||      
T  43076649 tctttgttgtctcaaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttgactgaagt 43076551  T
Q  275 cctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatca 348  Q
    | |    || |||||||||||| |||||||  |||| | ||||  ||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  43076550 cttacccatttcagcagcttctatctcaaacttctcaatgacactcttgtcaacacctccaagtttgtagatca 43076477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 5e-98; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 30 - 391
Target Start/End: Original strand, 4231746 - 4232107
Alignment:
Q  30 gtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttct 129  Q
    |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||  || || |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||  || || ||||||||||    
T  4231746 gtctgaccatccttggaaataccagcttcaaaaccaccagtggtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttct 4231845  T
Q  130 taatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacg 229  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  | | || || |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4231846 taatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagtggtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacg 4231945  T
Q  230 ctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaata 329  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||  ||| ||||||    
T  4231946 ctcagccttgagcttgtcaagaacccaagcatacttaaatgaacgcttgttcatctcagcagcttctttctcaaacctctcaatcacacgcttgtcaata 4232045  T
Q  330 cctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaat 391  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4232046 cctccaagcttgtagatcaagtgaccagtggtagttgacttcccagagtcgacatggccaat 4232107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 332 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 19964696 - 19964623
Alignment:
Q  332 tccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaa 405  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  19964696 tccaagcttgtggatcaagtgaccagtagtggttgacttcccagagtcaacatgaccaataaccacaatgttaa 19964623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 29 - 416
Target Start/End: Original strand, 34691105 - 34691490
Alignment:
Q  29 ggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttc 128  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||   ||||| | ||  || || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||    
T  34691105 ggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttc 34691204  T
Q  129 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcac 228  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | | ||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  34691205 ttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcataga--aatgtcaattgtgatacctctttcac 34691302  T
Q  229 gctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaat 328  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||| |  ||| | | ||  |||||||||    
T  34691303 gctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttcttcatctcagcagcttctttcccaagtgcctcaatggcactcttttcaat 34691402  T
Q  329 acctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 416  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  34691403 acctccaagcttgtaaatcaaatgaccagccgtagttgacttcccagagttgacatgaccaataaacacaatgttgatatgaaccttt 34691490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 29 - 416
Target Start/End: Original strand, 34713517 - 34713902
Alignment:
Q  29 ggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttc 128  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||   ||||| | ||  || || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||    
T  34713517 ggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttc 34713616  T
Q  129 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcac 228  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | | ||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  34713617 ttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcataga--aatgtcaattgtgatacctctttcac 34713714  T
Q  229 gctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaat 328  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||| |  ||| | | ||  |||||||||    
T  34713715 gctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcttcttcatctcagcagcttctttcccaagtgcctcaatggcactcttttcaat 34713814  T
Q  329 acctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 416  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||    
T  34713815 acctccaagcttgtaaatcaaatgaccagccgtagttgacttcccagagttgacatgaccaataaacacaatgttgatatgaaccttt 34713902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 87 - 403
Target Start/End: Original strand, 16232506 - 16232826
Alignment:
Q  87 agaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggtt 182  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | | ||||||    
T  16232506 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccgatgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 16232605  T
Q  183 gtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttta 282  Q
    ||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |    
T  16232606 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatcttca 16232705  T
Q  283 tctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgac 382  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  ||| | | ||  ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| || || ||||||||||| || | |||    
T  16232706 tctcagcagcttctttcccaagtgcctcaatggcactcttttgaatacctccaagcttgtaaagcaaatgaccggcagtagttgacttcccagaattgac 16232805  T
Q  383 atgaccaataaacagaatgtt 403  Q
    |||||||||||| | ||||||    
T  16232806 atgaccaataaagacaatgtt 16232826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 416
Target Start/End: Original strand, 33861104 - 33861504
Alignment:
Q  19 catgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggt 118  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |  || |||| ||||||||  || || ||||| | |||||  ||  |    
T  33861104 catgttcacgggtctgaccatgcttagaaaaaccaacttcaaaaccaccaggagaggaatcaacgataagaagagcgcaatcagcataggatgtcccatt 33861203  T
Q  119 gatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgata 218  Q
     ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  || | | | |||||||||| || || | ||||| |||||| | ||||    
T  33861204 aatcatgttcttaatataatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgtaccggtactggtttgtctcaaaattacgcatagaaacgtcaatggagata 33861303  T
Q  219 cctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaa---gcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacga 315  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| | |||  |||| ||||||||||| |||||  || || | ||    
T  33861304 cctctttcacgctcagcctcgagcttgtcaagaacccaattagcatacttgaatgaacacttgtcgatctgagcagcttcttcctcaagactgtcaatga 33861403  T
Q  316 catccttttcaatacctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaactt 415  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||| |  || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  33861404 catgcttgtcaatacatccaagcttgtggagcaaatgaccggttgtggttgacttcccagagtcaacatgaccaataaccacaatgttaatatgaaactt 33861503  T
Q  416 t 416  Q
    |    
T  33861504 t 33861504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 29 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 7529097 - 7528735
Alignment:
Q  29 ggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttc 128  Q
    |||||| |||| |||| | | ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| | ||| || |||||||||    
T  7529097 ggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataagcacggcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttc 7528998  T
Q  129 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcac 228  Q
    || |||||||| |  |||||||| ||||||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| ||||  |  | ||| || || || || ||||||||||    
T  7528997 ttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcac 7528898  T
Q  229 gctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaat 328  Q
    |||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||  ||| |||||    
T  7528897 gctcagccttaagtttgtcaagaacccatgcatacttgaatgaacgcttgttcatctcagcagcttccttctcaaatctctcgatcacacgcttgtcaat 7528798  T
Q  329 acctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaat 391  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||| || || ||||||||||| |||||    
T  7528797 acctcctagcttgtagatcaagtgaccagttgttgttgattttccagagtcgacatgtccaat 7528735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 29 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 7519726 - 7519364
Alignment:
Q  29 ggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttc 128  Q
    |||||| |||| |||| | | ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| ||||| | ||| | ||| || |||||||||    
T  7519726 ggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttc 7519627  T
Q  129 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcac 228  Q
    || |||||||| |  |||||||| ||||||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| ||||  | || ||| ||||| || || ||||||||||    
T  7519626 ttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaagcaatatcaatggtaattcctctttcac 7519527  T
Q  229 gctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaaatctctcgacgacatccttttcaat 328  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || | | |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||  ||| |||||    
T  7519526 gctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaaagacctcttgttcatctcagcagcttccttctcgaatctctcgatcacacgcttgtcaat 7519427  T
Q  329 acctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaat 391  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||| || || ||||||||||| |||||    
T  7519426 acctcctagcttgtagatcaagtgaccagttgttgttgattttccagagtcgacatgtccaat 7519364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 303
Target Start/End: Original strand, 16349419 - 16349691
Alignment:
Q  31 tctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttctt 130  Q
    |||||||||| ||  ||| ||| ||| |||||||| |||| || || |||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||  || || |||||||||||    
T  16349419 tctgaccattattggaaataccggctccaaaaccagcaggagtggaatcaacgataagaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttctt 16349518  T
Q  131 aatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccgtagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||||| |||   | |||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  16349519 aatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgatagtgcagcggtacttggttgtctcaaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgc 16349618  T
Q  231 tcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgtttatctcagcagcttctttctcaa 303  Q
    || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||  | |||||| |||||||||||  |||||||    
T  16349619 tcagccttgagtttgtcaagaacccacgcatacttgaaagaatccttgtttaactcagcagctttattctcaa 16349691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 330 - 416
Target Start/End: Original strand, 16352207 - 16352293
Alignment:
Q  330 cctccaagcttgtagatcaaatgaccagccgtcgttgacttcccggagtcgacatgaccaataaacagaatgttaataggaaacttt 416  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||    
T  16352207 cctccaagcttgtagaacaaatgaccggcggtggttgacttcccagagttgacatgaccaataaccacaatgttaatatgaaccttt 16352293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University