View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5885-Insertion-6 (Length: 683)

Name: NF5885-Insertion-6
Description: NF5885
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5885-Insertion-6
NF5885-Insertion-6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (49-677)||(14372460-14373089)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 14373089 - 14372460
Alignment:
Q  49 tgagagtttaatgctttctgatccaatttatcatttatacttacactaactcgtatatatttcctttcaaaatcagattcatactaacatcatttcaatt 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14373089 tgagagtttaatgctttctgatccagtttatcatttatacttacactaactc-tatatatttcctttcacaatcagattcagactaacatcatttcaatt 14372991  T
Q  149 atggattgacaaatgacagaccaatcttaaaacaataatatgcaagtatgaactaattacttaatagttatattccaaaatcttatcttattcttatt-- 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  14372990 atggattgacaaatgacagaccaatcttaaaacaataatatgcaagtttgaactaattacttaatagttatattccaaaatcttatcttattcttaatag 14372891  T
Q  247 ttaa---taaaacctagtacgtagatctacaattaagcaattatatcattccatagttgggatattatatctgtaaagatagatatttgtatagatactt 343  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14372890 ttaacaataaaacctagtacgtagatctacaattaagcaattatatcattccatagttgggatattatatctgtaaagatagatatttgtatagatactt 14372791  T
Q  344 tagaaagcaataatacaatatggtgaaatgagagtgctatagcaaacactctccaacatatatatacattttaaaaacactctattctattgattaaatt 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14372790 tagaaagcaataatacaatatggtgaaatgagagtgctatagcaaacactctccaacatatatatacattttaaaaacactctattctattgattaaatt 14372691  T
Q  444 ttataagtcaaacaaaattatatgagacctgaatgaatttcaactaacacaagagagtgcgttatgatatataactcattgctttcgatgtgcatgcgta 543  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14372690 ttataagtcaaacaaaattatatgagacctgaatgaatttcaactaacacaaaagagtgtgttatgatatataactcattgctttccatgtgcatgcgta 14372591  T
Q  544 tcaattgggatgtagctatcttaacccaatagaaagttacattttgtttgatcgctaaagattctcgagagaccaatatttaaggacaaatgtttaaagt 643  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14372590 tcaatt-ggatgtagctaccttaa-ccaatag-aagttacattttgtttgttcgctaaagaatctcgagagaccaatatttaaggacaaatgtttaaagt 14372494  T
Q  644 tgtc-acacaattcccaactttcttttcttgtgtt 677  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14372493 tgtcaacacaatt-ccaactttcttttcttgtgtt 14372460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University