View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5887-Insertion-3 (Length: 830)

Name: NF5887-Insertion-3
Description: NF5887
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5887-Insertion-3
NF5887-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (39-830)||(1209203-1209992)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 1209992 - 1209203
Alignment:
Q  39 tgttgtaacac-tgcataatcaacacaatcacgaatggcctggtattatttaatttatgattattttttaacttaaatcgagtcaactcatatttttatc 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1209992 tgttgtaacacatgcataatcaacacaatcacgaatggcctggtattatttaatttatgattattttttaacttaaatcaagtcaactcatatttttatc 1209893  T
Q  138 aatccaattcagaatacaatcatgaggaaattaaaagccgctacgatgaacatttgggaattttctaaagcatgggtactacgtactattaacttgtcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1209892 aatccaattcagaatacaatcatgaggaaattaaaagccgctacgatgaacatttgggaattttctaaagcatgggtactacgtactattaacttgtcat 1209793  T
Q  238 catctatcttatnnnnnnnnnnncctaaaagttattatgtttagctaaaatgaattttgacaattatttatgatagagtcatattcaatttaaatatatg 337  Q
    |||||||| |||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1209792 catctatcgtataaaaaaaaa--cctaaaagttattatgtttagctaaaatgaattttgacaattatttatgatagagtcatattcaaattaaatatatg 1209695  T
Q  338 aaatttgacgttgtgaccatcttcacctacccattaacaatcaaattcaaatataatattatgtagacttgagactattatacattgaagtgtttgatac 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1209694 aaatttgacgttgtgaccatcttcacctactcattaacaatcagattcaaatataacattacgtagatttgagactattatacattgaagtgtttgatat 1209595  T
Q  438 aaactccaagccacgacaaaacaacattgatcttgtgtcactcaacattatatttgaatgagcctaagggaagatgctcccaaaaaatatcaaaggaagc 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1209594 aaactccaagccacgacaaaacaacattgatcttgtgtcactcaacattatatatgaatgagcccaaagcaagatgctcccaaaaaatatcaaaggaagc 1209495  T
Q  538 ggttaaacctaatttgagtttattttatgtgttaacctttgatttttagaaaaggagatttcgataatccgaagtttcatcaagggagataagtaaatta 637  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  1209494 ggttaaacctaatttgagtttattttatgtgttaacctttgatttttaagaaaggagattttgataatcagaagtttcatca--gaagataagtaaatta 1209397  T
Q  638 tagttaagaattgttccaccaaaaacctaatttgaatcttattacttttgtgagcatttacttgccaagaagtgtttagcaaagtccatcatgttcattt 737  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1209396 tagttaaaaattattccaccaaaaacctaatttgagtcttattacttttgtgagcatttacttgccaagaagtgtttagcaaagtccatcatgttcattt 1209297  T
Q  738 tatttttgagagttctca-nnnnnnncctcttgagaggaagttcatgttctcatgagtcttatttcttaattagtatacttagcaagtgttaca 830  Q
    ||||||||||||||||||        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1209296 tatttttgagagttctcattttttttcctcttgagaggaagtccatgttctcatgagtcttatttcttaattagtatatttagcaagtgttaca 1209203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University