View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5887_low_1 (Length: 856)

Name: NF5887_low_1
Description: NF5887
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5887_low_1
NF5887_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-809)||(1209198-1209992)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 809
Target Start/End: Original strand, 1209198 - 1209992
Alignment:
Q  14 tactatgtaacacttgctaaatatactaattaagaaataagactcatgagaacatgaacttcctctcaagaggnnnnnnn-tgagaactctcaaaaataa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||        |||||||||||||||||||    
T  1209198 tactatgtaacacttgctaaatatactaattaagaaataagactcatgagaacatggacttcctctcaagaggaaaaaaaatgagaactctcaaaaataa 1209297  T
Q  113 aatgaacatgatggactttgctaaacacttcttggcaagtaaatgctcacaaaagtaataagattcaaattaggtttttggtggaacaattcttaactat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  1209298 aatgaacatgatggactttgctaaacacttcttggcaagtaaatgctcacaaaagtaataagactcaaattaggtttttggtggaataatttttaactat 1209397  T
Q  213 aatttacttatctcccttgatgaaacttcggattatcgaaatctccttttctaaaaatcaaaggttaacacataaaataaactcaaattaggtttaaccg 312  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1209398 aatttacttatcttc--tgatgaaacttctgattatcaaaatctcctttcttaaaaatcaaaggttaacacataaaataaactcaaattaggtttaaccg 1209495  T
Q  313 cttcctttgatattttttgggagcatcttcccttaggctcattcaaatataatgttgagtgacacaagattaatgttgttttgtcttggcttggagtttg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||     
T  1209496 cttcctttgatattttttgggagcatcttgctttgggctcattcatatataatgttgagtgacacaagatcaatgttgttttgtcgtggcttggagttta 1209595  T
Q  413 tatcaaacacttcaatgtataatagtctcaagtctacataatattatatttgaatttgattgttaatgagtaggtgaagatggtcacaacgtcaaatttc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1209596 tatcaaacacttcaatgtataatagtctcaaatctacgtaatgttatatttgaatctgattgttaatgagtaggtgaagatggtcacaacgtcaaatttc 1209695  T
Q  513 atatatttaaattgaatatgactctatcataaataattgtcaaaattcattttagctaaacataataacttttaggnnnnnnnnnnataagatagatgat 612  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||| ||||||||||    
T  1209696 atatatttaatttgaatatgactctatcataaataattgtcaaaattcattttagctaaacataataacttttagg-tttttttttatacgatagatgat 1209794  T
Q  613 gacaagttaatagtacgtagtacccatgctttagaaaattcccaaatgttcatcgtagcggcttttaatttcctcatgattgtattctgaattggattga 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1209795 gacaagttaatagtacgtagtacccatgctttagaaaattcccaaatgttcatcgtagcggcttttaatttcctcatgattgtattctgaattggattga 1209894  T
Q  713 taaaaatatgagttgactcgatttaagttaaaaaataatcataaattaaataataccaggccattcgtgattgtgttgattatgca-gtgttacaaca 809  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1209895 taaaaatatgagttgacttgatttaagttaaaaaataatcataaattaaataataccaggccattcgtgattgtgttgattatgcatgtgttacaaca 1209992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University