View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5887_low_12 (Length: 340)

Name: NF5887_low_12
Description: NF5887
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5887_low_12
NF5887_low_12
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (17-325)||(37401264-37401572)
chr5 (17-325)||(37823490-37823798)
chr5 (17-325)||(37639332-37639640)
chr5 (17-325)||(37711090-37711398)
chr5 (17-325)||(37532686-37532994)
chr5 (17-325)||(37593790-37594098)
chr5 (17-325)||(37696181-37696489)
chr5 (17-325)||(37393143-37393451)
chr5 (18-326)||(37702270-37702578)
chr5 (21-325)||(37382592-37382896)
chr5 (21-322)||(37435300-37435601)
chr5 (27-209)||(37413547-37413729)
chr5 (202-326)||(37639652-37639776)
chr5 (202-325)||(37401129-37401252)
chr5 (199-325)||(37696498-37696624)
chr5 (202-325)||(37594110-37594233)
chr5 (202-325)||(37711410-37711533)
chr5 (269-325)||(37428578-37428634)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (17-325)||(16843262-16843570)
chr4 (17-322)||(16845929-16846238)
chr4 (22-323)||(24217999-24218300)
chr4 (199-322)||(16843130-16843253)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-248)||(14552959-14553189)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 37401572 - 37401264
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37401572 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaat 37401473  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37401472 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37401373  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  ||||||||    
T  37401372 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaa 37401273  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37401272 ttggaagat 37401264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Original strand, 37823490 - 37823798
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37823490 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaat 37823589  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37823590 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacatgaagagaatttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37823689  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  ||||||||    
T  37823690 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaa 37823789  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37823790 ttggaagat 37823798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Original strand, 37639332 - 37639640
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  37639332 atgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaat 37639431  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37639432 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagtaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37639531  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  ||||||||    
T  37639532 tcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatttaatgccagaaggtggaa 37639631  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37639632 ttggaagat 37639640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Original strand, 37711090 - 37711398
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37711090 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgatccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaat 37711189  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711190 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaacatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 37711289  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  ||||||||    
T  37711290 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccagaaggtggaa 37711389  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37711390 ttggaagat 37711398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Original strand, 37532686 - 37532994
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    ||||||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  37532686 atgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 37532785  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37532786 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37532885  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    | ||| ||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37532886 ttgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 37532985  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37532986 ttggaagat 37532994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Original strand, 37593790 - 37594098
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  37593790 atgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 37593889  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37593890 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaa 37593989  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    | ||| ||||  ||| |||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||    
T  37593990 ttgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 37594089  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37594090 ttggaagat 37594098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Original strand, 37696181 - 37696489
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  37696181 atgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 37696280  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37696281 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaa 37696380  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    | ||| ||||  ||| |||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||    
T  37696381 ttgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgccatcaggtggaa 37696480  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37696481 ttggaagat 37696489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 37393451 - 37393143
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||| || |||||||| ||||||    
T  37393451 atgaacagtaagccaaacattgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaat 37393352  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |   ||| |||  |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37393351 gcttccacagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagataagaaaatgttcctagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 37393252  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  37393251 ttgaggatataaagggaactagcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttgtttgagagtaaaaagtcttcaatgccatcaggtggaa 37393152  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  37393151 ttggaagat 37393143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 326
Target Start/End: Original strand, 37702270 - 37702578
Alignment:
Q  18 tgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatg 117  Q
    |||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  37702270 tgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatg 37702369  T
Q  118 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |||  ||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37702370 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaat 37702469  T
Q  218 cgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaat 317  Q
     ||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  37702470 tgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtaaaaagtgtacaatgccatgaggtggaat 37702569  T
Q  318 tggaagatg 326  Q
    |||||||||    
T  37702570 tggaagatg 37702578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 21 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 37382896 - 37382592
Alignment:
Q  21 acagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgctt 120  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||  |    
T  37382896 acagtgagccaaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgtgt 37382797  T
Q  121 ccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||    
T  37382796 ccatagaggttgttcatttgcatatccaataccgaaagagaaggaaatgttcccaagcattgtggaatcatgccagttaaattgttgtgagccaaattga 37382697  T
Q  221 gcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaattgg 320  Q
    ||||||  |||||||| || ||||| ||||   ||  ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||   |||||||| | |||| |||||    
T  37382696 gcacattcagggaacttgcgttgcacaatgaaaaatcaatgtttcctgtgaagttgttgttcgagagtaaaaagtagtaaatgccataacgtgggattgg 37382597  T
Q  321 aagat 325  Q
    |||||    
T  37382596 aagat 37382592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 322
Target Start/End: Original strand, 37435300 - 37435601
Alignment:
Q  21 acagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgctt 120  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  || ||| ||| |||| ||||||    
T  37435300 acagtgagccaaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcatgctt 37435399  T
Q  121 ccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcga 220  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||| ||   |||| |||  |||||||||||||||| |||||| || ||| |||| |||||||| ||||||| ||    
T  37435400 ccattaaggttgttcatttgcatatccaaaacggaaagaaaaggaaatgttcccaggcattttggaattatgcctgtcaatttgttgtgggccaaattga 37435499  T
Q  221 gcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaattgg 320  Q
    |||| |  | ||| || || | ||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| | |||||||||    
T  37435500 gcacgttcatggagcttgcttggcacaattttgaagaaatgtctcctgcgaagttgttgtttgagagcaaaaagtattcaatgccatcggatggaattgg 37435599  T
Q  321 aa 322  Q
    ||    
T  37435600 aa 37435601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 37413729 - 37413547
Alignment:
Q  27 agccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatag 126  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||     
T  37413729 agccaaagactgtggtaatggtccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatac 37413630  T
Q  127 aggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtg 209  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  37413629 aagttgttcatttgcatatccaatatagaaagagaaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatgcctgttaaattgttgtg 37413547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 202 - 326
Target Start/End: Original strand, 37639652 - 37639776
Alignment:
Q  202 ttgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaa 301  Q
    |||||||||||||||| |||   |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37639652 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatacaa 37639751  T
Q  302 tgccatcaggtggaattggaagatg 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  37639752 tgccatcaggtggaattggaagatg 37639776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 202 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 37401252 - 37401129
Alignment:
Q  202 ttgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaa 301  Q
    |||||||||||||||| |||   |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  37401252 ttgttgtgagccaaattgagggtacgaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattcaa 37401153  T
Q  302 tgccatcaggtggaattggaagat 325  Q
    |||||  |||||||||||||||||    
T  37401152 tgccagaaggtggaattggaagat 37401129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 199 - 325
Target Start/End: Original strand, 37696498 - 37696624
Alignment:
Q  199 aaattgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatc 298  Q
    ||||||||||||||||||| |||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  37696498 aaattgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtatc 37696597  T
Q  299 caatgccatcaggtggaattggaagat 325  Q
    |||||| |  |||||||||||||||||    
T  37696598 caatgctagaaggtggaattggaagat 37696624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 202 - 325
Target Start/End: Original strand, 37594110 - 37594233
Alignment:
Q  202 ttgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaa 301  Q
    |||||||||||||||| |||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  37594110 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37594209  T
Q  302 tgccatcaggtggaattggaagat 325  Q
    |||||  |||||||||||||||||    
T  37594210 tgccagaaggtggaattggaagat 37594233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 202 - 325
Target Start/End: Original strand, 37711410 - 37711533
Alignment:
Q  202 ttgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaa 301  Q
    |||||||||||||||| |||   |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  37711410 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37711509  T
Q  302 tgccatcaggtggaattggaagat 325  Q
    |||||   ||||||||||||||||    
T  37711510 tgccagatggtggaattggaagat 37711533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 325
Target Start/End: Original strand, 37428578 - 37428634
Alignment:
Q  269 tgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaattggaagat 325  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  37428578 tgaagttgttgttagagagtaaaaagtattcaatgccataaggtggaattggaagat 37428634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16843570 - 16843262
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||    
T  16843570 atgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaat 16843471  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16843470 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcctaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaa 16843371  T
Q  217 tcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaa 316  Q
    |  |||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  16843370 ttaagcaaattaagggtacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatacaatgccatcaggtggaa 16843271  T
Q  317 ttggaagat 325  Q
    |||||||||    
T  16843270 ttggaagat 16843262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16846238 - 16845929
Alignment:
Q  17 atgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaat 116  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| || |||||||||||||||    
T  16846238 atgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaat 16846139  T
Q  117 gcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtgga----atcatacctttcaaattgttgtgagc 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||| | | ||||||||||||||    
T  16846138 gcttccaaagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaagcattgtggaatatatcatacatattaaattgttgtgagc 16846039  T
Q  213 caaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggt 312  Q
    ||||| ||| |||   ||| |||| ||| |||||||||| ||||| || | | ||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||| |  |    
T  16846038 caaattgagaacaatcaggaaacttgcactgcagaatgtggaagacatatcttctgtgaagttgttgtttgagagcaaaaagtatttaatgccataatat 16845939  T
Q  313 ggaattggaa 322  Q
    ||||||||||    
T  16845938 ggaattggaa 16845929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 24218300 - 24217999
Alignment:
Q  22 cagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttc 121  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||| |||| |||||||    
T  24218300 cagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttc 24218201  T
Q  122 catagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgag 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||  |||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||| |||||||| |||    
T  24218200 catagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaagataaggaaatgttcccaggcattgtggaatcgttcctgttaaattgttgttagccaaattgag 24218101  T
Q  222 cacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatccaatgccatcaggtggaattgga 321  Q
    || ||  |||||||| |||||||| | ||   ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||| ||||  |||||||| |||    
T  24218100 caaattcagggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtattgaattccatagggtggaatcgga 24218001  T
Q  322 ag 323  Q
    ||    
T  24218000 ag 24217999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 199 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16843253 - 16843130
Alignment:
Q  199 aaattgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatc 298  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||  | | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||     
T  16843253 aaattgttgtgagccaaattgagaacattcaagaaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagcgaaaagtatt 16843154  T
Q  299 caatgccatcaggtggaattggaa 322  Q
     || ||||| || |||||||||||    
T  16843153 gaaggccataagatggaattggaa 16843130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 6e-68; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 248
Target Start/End: Original strand, 14552959 - 14553189
Alignment:
Q  18 tgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatg 117  Q
    |||||||| |||||| || ||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  14552959 tgaacagtgagccaatgactgtggtagtggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatg 14553058  T
Q  118 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaat 217  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |||  ||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14553059 attccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagaagaggaaatgtccccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaat 14553158  T
Q  218 cgagcacataaagggaactggcattgcagaa 248  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  14553159 tgagcatataaagggaacttgcattgcagaa 14553189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University