View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5892-Insertion-5 (Length: 695)

Name: NF5892-Insertion-5
Description: NF5892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5892-Insertion-5
NF5892-Insertion-5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-695)||(53475985-53476672)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 688; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 688; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 53476672 - 53475985
Alignment:
Q  8 agttaggaccactaatacaaacgtagcatgcagatttgtggaaataaagttgtttgctaatccttgaataaaacgtatatatagatactagaagagctta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53476672 agttaggaccactaatacaaacgtagcatgcagatttgtggaaataaagttgtttgctaatccttgaataaaacgtatatatagatactagaagagctta 53476573  T
Q  108 ttgaagagccttaaactacaccgacaaaggagtacagagtgatataaaatggggggtactaagaatagaaaagaatccagcctatccaaaatcttgagag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53476572 ttgaagagccttaaactacaccgacaaaggagtacagagtgatataaaatggggggtactaagaatagaaaagaatccagcctatccaaaatcttgagag 53476473  T
Q  208 ggacatgccaccgaaatggcccactttgttgaggtatgatgggccacgtgtatagcgcaaaacgtagttgataggattgattgataggactatagtacta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53476472 ggacatgccaccgaaatggcccactttgttgaggtatgatgggccacgtgtatagcgcaaaacgtagttgataggattgattgataggactatagtacta 53476373  T
Q  308 gttaggcttttagagagaaaatggtatttaggtgacacttgtccttcgtttgagaagtttgattctccacgacaactaaacactgaaagtgacttcaaca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53476372 gttaggcttttagagagaaaatggtatttaggtgacacttgtccttcgtttgagaagtttgattctccacgacaactaaacactgaaagtgacttcaaca 53476273  T
Q  408 ttaggcatgtgtgtgtagctcgtgaatgcttgccatctatagatattattatctaatctatctaattaagcagatgagaatatatagtatcctcattcgt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53476272 ttaggcatgtgtgtgtagctcgtgaatgcttgccatctatagatattattatctaatctatctaattaagcagatgagaatatatagtatcctcattcgt 53476173  T
Q  508 ttcatcatcaattcattattcgcttttgaaatatgcaattttggtttgaactttgaacatattcacataatgaaaaactctaataatgaatgaaattttt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53476172 ttcatcatcaattcattattcgcttttgaaatatgcaattttggtttgaactttgaacatattcacataatgaaaaactctaataatgaatgaaattttt 53476073  T
Q  608 aggatgtgaggaataagaagagattaaattagtttgctaagtatggtttcgtatatattaaagtgtaaatagaagccaatggatagtc 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53476072 aggatgtgaggaataagaagagattaaattagtttgctaagtatggtttcgtatatattaaagtgtaaatagaagccaatggatagtc 53475985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University