View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5896-Insertion-1 (Length: 952)

Name: NF5896-Insertion-1
Description: NF5896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5896-Insertion-1
NF5896-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-952)||(37337961-37338909)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 873; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 873; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 37338909 - 37337961
Alignment:
Q  8 attctggtccttgtttccatcacttgcttagtagtcgactgcgactgagatgcatttttcctcaatggagatttaaatgtaaatgaaatgacatccctgc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37338909 attctggtccttgtttccatcacttgcttagtagtcgactgcgactgagatgcatttttcctcaatggagatttaaatgtaaatgaaatgacatccctgc 37338810  T
Q  108 tttctgtcatgctatatgcatcattgtaaatactttcatccattgtaacattacattttatagactttctatcatgagtattaactacattatcagaacc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37338809 tttctgtcatgctatatgcatcattgtaaatactttcatccattgtaacattacattttatagactttctatcatgagtattaactacattatcagaacc 37338710  T
Q  208 tcgtgcatcattctgatcacacctcttcttttcggaagaactctttcttttggatactgaaagctcctttggcttatcagttactcttgttctggacttt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37338709 tcgtgcatcattctgatcacacctcttcttttcggaagaactctttcttttggatactgaaagctccttttgcttatcagttactcttgttctggacttt 37338610  T
Q  308 ttggattcatagtaagaatttacagcacatttgtttgtcgtcgtcctagctccggtcgaactttctgaagaacaggtttgtgttgacttattggtgtcaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37338609 ttggattcatagtaagaatttacagcacatttgtttgtcgtcgtcctagctccggtcgaactttctgaagaacaggtttgtgttgacttattggtgtcaa 37338510  T
Q  408 cttttgaagatgatttacctttgctggtttgcctaagaacggtgctgttctgaccattccaatttttatggtttgattttatctctttcttcttcaagta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37338509 cttttgaagatgatttacctttgctggtttgcctaagaacggtgctgttctgaccattccaatttttatggtttgattttatctctttcttcttcaagta 37338410  T
Q  508 tctcctatttccattaaaattcaatgtatccctactttgaacaagggttttggatggtgttgcaagtgaagcaaattttcctttacctaggcaagaccta 607  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37338409 tctcctatttccattcaaattcaatgtatccctactttgaacaagggttttggatggtgttgcaagtgaagcaaattttcctttaccaaggcaagaccta 37338310  T
Q  608 ttattttctgaatctcttgaacctttgaaggttgaagtagacttatataagttgctcctcatcttggatccgagttgcgctgtttccaatttctcttgca 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37338309 ttattttctgaatctcttgaacctttgaagattgaagtagacttatataagttgctcctcatcttggatccgagttgcgctatttccaatttctcttgca 37338210  T
Q  708 gatcaagagttcgcagaggaacagataaatgtccaattgaagacattgtgctcctcatatatagtcggggacttgccacaattctcttagcagatgctcc 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37338209 gatcaagagttcgcagaggaacagataaatgtccaattgaagacattgtgctcctcatatatagttcgggacttgccacaattctcttagcagatgctcc 37338110  T
Q  808 cattatatatgctgtattcttaggtttcatattaacgtggctttttataggagacaaatg-ttgttgtgagtatatgaaatgggtttagcagactttgaa 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  37338109 cattatatatgctgtattcttaggtttcatattaacgtgactttttataggagacaaatgtttgttgtgagtaactgaaatgggtttagcagactttgaa 37338010  T
Q  907 aacaaag-ttca-tttgaaatc-tttcattgctgtatttcccactttat 952  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  37338009 aacaaagtttcattttgaaatcttttcattgttgtatttcccactttat 37337961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University