View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5896-Insertion-4 (Length: 463)

Name: NF5896-Insertion-4
Description: NF5896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5896-Insertion-4
NF5896-Insertion-4
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (9-463)||(13101140-13101594)
chr1 (9-463)||(13007340-13007794)
chr1 (9-463)||(13069774-13070228)
chr1 (32-439)||(19727316-19727723)
chr1 (9-352)||(13204599-13204942)
chr1 (154-446)||(13214104-13214396)
chr1 (9-363)||(13161661-13162015)
chr1 (9-363)||(13129968-13130322)
chr1 (23-363)||(13094553-13094893)
chr1 (9-457)||(30367697-30368160)
chr1 (21-364)||(13244212-13244561)
chr1 (22-345)||(13064929-13065252)
chr1 (23-321)||(13271740-13272041)
chr1 (21-316)||(13086259-13086557)
chr1 (10-363)||(19278863-19279219)
chr1 (180-364)||(12963605-12963789)
chr1 (9-348)||(13080575-13080917)
chr1 (9-133)||(12963803-12963927)
chr1 (411-463)||(13010795-13010847)
chr1 (403-463)||(13205005-13205065)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (175-316)||(31396420-31396562)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (58-112)||(12164462-12164516)
chr7 (58-112)||(12175987-12176041)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (58-112)||(36668314-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 463
Target Start/End: Original strand, 13101140 - 13101594
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13101140 ggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 13101239  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13101240 catggaggtacactagcttatcaagatactcatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 13101339  T
Q  209 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctcta 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13101340 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattacattgtctcta 13101439  T
Q  309 agatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgcttttaggaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgcatcgctctt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13101440 agatacttctcatccatttccccctttccagatccttccttcgttagtgcttttaggaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgcattgctctt 13101539  T
Q  409 gcttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtcaagattttcttcggcttc 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13101540 gcttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtcaagattttcttcggcttc 13101594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 9 - 463
Target Start/End: Original strand, 13007340 - 13007794
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  13007340 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaattgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctc 13007439  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13007440 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcaaaggagtctgattctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggc 13007539  T
Q  209 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctcta 308  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  13007540 ttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaactaattgtgccatttcctgctaaaaagagagtgaggacattgtctcta 13007639  T
Q  309 agatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgcttttaggaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgcatcgctctt 408  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||||| | |||||||||| | ||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  13007640 agatacttctcgtccattcccccgtttccagctccttccttcataagtgcttttacaaaatcatccatttcttcactgctgctgcacttgctttgctctt 13007739  T
Q  409 gcttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtcaagattttcttcggcttc 463  Q
    | |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  13007740 gtttggaaaatgttattctttcatacaagaaactgtcaagatttttttcggcttc 13007794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 9 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 13070228 - 13069774
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13070228 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctc 13070129  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 208  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  13070128 catgaaggtacactagattatcaagatccacatctctccaaggagtctgattctcctcttgtgtgggccagttatcttttatttcttgaataattttggc 13070029  T
Q  209 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctcta 308  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  13070028 ttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaagtaactgtgccatttcctgctaaaaagagagagagtgcattgtctcta 13069929  T
Q  309 agatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgcttttaggaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgcatcgctctt 408  Q
    |||||||||||||||||| |||   ||||  || |||||||| | ||||||||||  |||||||| || | |||||||||||||||||||| | ||||||    
T  13069928 agatacttctcatccattccccttgttccatattcttccttcatcagtgcttttacaaagtcatcaatttattcactgctgctgcacttgctttgctctt 13069829  T
Q  409 gcttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtcaagattttcttcggcttc 463  Q
    | |||||||| || |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  13069828 gtttggaaaatgttataccttcatacaagaaacggtcaagattttcttcggcttc 13069774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 32 - 439
Target Start/End: Original strand, 19727316 - 19727723
Alignment:
Q  32 tagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagcttatca 131  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  19727316 tagtatatgagatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttaacatagatctccgtggaggtacactagcttatca 19727415  T
Q  132 agatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaa 231  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19727416 agatccacatctctcaaaggagtctggttctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttcgacaataggatgagtcgaaa 19727515  T
Q  232 caagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatacttctcatccatttcccc 331  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19727516 caagccaaaaaaaccaactgagacctgtactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgagtaaattgtctctaagatacttctcattcatttcccc 19727615  T
Q  332 ctttcccgatccttccttcgttagtgcttttaggaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgcatcgctcttgcttggaaaacgtaatactttca 431  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19727616 ctttccagatccttccttcattagtgcttttaggaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgctttgctcttgcttggaaaatgtaatactttca 19727715  T
Q  432 tacaagaa 439  Q
    ||||||||    
T  19727716 tacaagaa 19727723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 9 - 352
Target Start/End: Original strand, 13204599 - 13204942
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  13204599 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctc 13204698  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13204699 catgaaggtacactagcttatcaagatactcatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 13204798  T
Q  209 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctcta 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||| || || || |||||||    
T  13204799 ttccacaataggatgagtggaaacaagccaaaaaaaccaacttagacctgaactagctggaccacttcctgctaagaagagagagagtgtatcgtctcta 13204898  T
Q  309 agatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgt 352  Q
    ||| ||||| ||  ||||||  |||||||  |||||||||||||    
T  13204899 agaaacttcccactcatttcttcctttccatatccttccttcgt 13204942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 154 - 446
Target Start/End: Original strand, 13214104 - 13214396
Alignment:
Q  154 tctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgag 253  Q
    ||||||||||||||| ||| ||  ||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  13214104 tctgattctcctcttctgtgggcaagtaatcttttatttcttgaataattttagcttccacaataagatgagttgaaacaagccagaaaaaccaaatgag 13214203  T
Q  254 agctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgtt 353  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||    
T  13214204 acctgaacgaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgatcgcattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttccaaatccttccttcatt 13214303  T
Q  354 agtgcttttaggaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgcatcgctcttgcttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtca 446  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  13214304 agtgcttttacgaagtcatccatctcttcactgctgctgcacttgctttgctcttgcttcgaaaatgtaatactttcatacaagaaactgtca 13214396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 9 - 363
Target Start/End: Original strand, 13161661 - 13162015
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13161661 ggactaatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctc 13161760  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||  |||| |||| |||||||||||  | || ||||||||||| |||||||| |||||  |    
T  13161761 catggaggtatactagcttatcaagaaccacatccctcaaaataatccgattatcctcttgtgttagccaattatctttgatctcttgaatgattttttc 13161860  T
Q  209 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctcta 308  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || || |  | ||||| |||| | ||||||    
T  13161861 ttccacaataggataagttgaaaggagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgaaccatttccggcaaacaccatagtgagtgcagtatctcta 13161960  T
Q  309 agatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgctttta 363  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||  ||||||| ||| |||| |||||||    
T  13161961 agatacttctcactgatttccccctttccatatccttctttctttagggctttta 13162015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 9 - 363
Target Start/End: Original strand, 13129968 - 13130322
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13129968 ggactaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctc 13130067  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| ||||  ||||||||||    || ||||||||||| |||||||| |||||  |    
T  13130068 catggaggtatactagcttatcaagatccacatgcctcaaagtaatccgattaccctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttc 13130167  T
Q  209 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctcta 308  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || ||||| | ||| | |||| | ||||||    
T  13130168 ttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgaaccatttccggcaaaaaacatagtaaatgcagtatctcta 13130267  T
Q  309 agatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgctttta 363  Q
    ||||||||||||   ||||| ||||||||  ||||||| ||| |||| |||||||    
T  13130268 agatacttctcactgatttcaccctttccatatccttcattctttagggctttta 13130322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 23 - 363
Target Start/End: Original strand, 13094553 - 13094893
Alignment:
Q  23 tccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacact 122  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13094553 tccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatact 13094652  T
Q  123 agcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggat 222  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||  |||||| ||||    || |||||| |||| |||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  13094653 agcttatcaagatccacatccctcaaagtaatccgataatcctctcgtgttaaccaattatctctgatctcttgaatgattttttcttccacaataggat 13094752  T
Q  223 gagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatacttctcatc 322  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || || |  | ||| | |||| ||||||||||||||||||||      
T  13094753 aagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttccggcaaatatcatagtaaatgcagtgtctctaagatacttctcact 13094852  T
Q  323 catttccccctttcccgatccttccttcgttagtgctttta 363  Q
     ||||| ||||||||   |||||| ||| |||| |||||||    
T  13094853 gatttctccctttccatgtccttcattctttagggctttta 13094893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 30368160 - 30367697
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | ||||| || ||||||||||||||    
T  30368160 ggactaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcactgataagctcaaaaggtacagtaggatacaacctcatggattcacatatagctc 30368061  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggc 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||     |  |  | ||||  |||  |||||| | || ||    ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  30368060 catggaggtagactagcttatcaaggctttccaccattgaagttatccaattctcatgttttgatacacaattatctttgatctcttgaataattttggc 30367961  T
Q  209 ttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctcta 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||| |||||||| || |||| || |||||||||||||    
T  30367960 ttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacttgaactaagtgtgccattacctgctaacaaaagagagagtgcattgtctcta 30367861  T
Q  309 agatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgcttttaggaag------------tcatccatctcttcactgctgctgcact 396  Q
    ||||||||||||  || | || | ||||| || ||||||||| | ||||||||||  |||            |||||||| |||||||||||||||||||    
T  30367860 agatacttctcactcactccctcatttccagaaccttccttcatcagtgcttttacaaagttgaaataagattcatccatttcttcactgctgctgcact 30367761  T
Q  397 tgcatcgctctt---gcttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtcaagattttcttc 457  Q
    ||| |  |||||   | |||| ||| || | ||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  30367760 tgcttttctcttcgcgtttggcaaatgttacactttcatacaagaatcggtcaagattttcttc 30367697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 13244561 - 13244212
Alignment:
Q  21 tctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtaca 120  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || ||  | |||| ||| |  | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  13244561 tctccactaggtagtatatcagatttgatagcgcacttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaa 13244462  T
Q  121 ctagcttatcaagat---ccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaat 217  Q
    | ||||||||||  |   |||| | |     |   ||   |||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||    
T  13244461 caagcttatcaatcttttccacgtttaaattattgattaaattctcctcttgtgttagacaattatctttgatctcttgaataattttcgcttccccaat 13244362  T
Q  218 aggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatacttc 317  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||| ||  |||||||||||    |||||| | |  ||| ||||||| | |||||||    
T  13244361 aggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaattgttccatttcctgcaccgaagagatttaccgcagtgtctctgatatacttc 13244262  T
Q  318 tcatc---catttccccctttcccgatccttccttcgttagtgcttttag 364  Q
    |||||   |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||    
T  13244261 tcatcgatcatttccccctttcccaatctttccttcattagttcttttag 13244212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13065252 - 13064929
Alignment:
Q  22 ctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacac 121  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||| |  | ||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |     
T  13065252 ctccactaggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgataggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaat 13065153  T
Q  122 tagcttatcaagatccacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaatagga 221  Q
    ||| |||||||| |   |  |  | |||| ||||   || || || |  |   |||| |||||||| || |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  13065152 tagtttatcaagcttttccacaattgaagtaatcaagttttcatcatcagatagacaattatctttcatctcttgaataatcttggcttccacaacagga 13065053  T
Q  222 tgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatacttctcat 321  Q
    |||   ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  13065052 tgacatgaaacaagccaaaagaaccaactgagacctgaactaactgtgccgtttcccgctaacaatagattgactgcagtgtctctaagatacttctcac 13064953  T
Q  322 ccatttccccctttcccgatcctt 345  Q
     | ||| ||| ||||||| |||||    
T  13064952 tcgttttcccttttcccgttcctt 13064929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 23 - 321
Target Start/End: Original strand, 13271740 - 13272041
Alignment:
Q  23 tccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacact 122  Q
    |||||||||||||||||| || || | ||||||  | || ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |      
T  13271740 tccactaggtagtatatcagaattaactgcacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatc 13271839  T
Q  123 agcttatcaagatccacatctctcgaagga---atctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaatag 219  Q
    ||||||||||  |   || |  |  ||  |   |||  |||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||||||| | ||| ||||||||| |||    
T  13271840 agcttatcaatgttttcaacatttaaattattgatcaaattctcctcttgtgttagacaatgatctttgatctcttgaataagttttgcttccacattag 13271939  T
Q  220 gatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatacttctc 319  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||    |||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||    
T  13271940 gatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccatttcctgcagccaagagagtgaatgcagtgtctctaatatacttttc 13272039  T
Q  320 at 321  Q
    ||    
T  13272040 at 13272041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 316
Target Start/End: Original strand, 13086259 - 13086557
Alignment:
Q  21 tctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtaca 120  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  13086259 tctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtaca 13086358  T
Q  121 ctagcttatcaagatccacatctctcga---aggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaat 217  Q
    |||| |||| ||| |   || ||||  |   ||  | |  ||| ||||| ||||   |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||    
T  13086359 ctagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactat 13086458  T
Q  218 aggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatactt 316  Q
       |||||| |||||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||||    |||||| ||| |||| ||||||||| ||||||    
T  13086459 gaaatgagttgaaacaagccaagagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattgaatgcagtgtctctaatatactt 13086557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 19279219 - 19278863
Alignment:
Q  10 gactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctcc 109  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | ||||||  | || ||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  19279219 gactaacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctcc 19279120  T
Q  110 atggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcgaa---ggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttg 206  Q
    ||| || || |||||||||||||| ||     | ||  ||   |  |||  ||| ||||||| |||   ||||||| | ||||| |||||||| |||||     
T  19279119 atgaagataaactagcttatcaagctctttcacactaaaatttgtgatcaaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataattttt 19279020  T
Q  207 gcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctc 306  Q
    ||||| |||||||||||||| || || ||||| || |||||| ||||| | ||||||| ||  ||||| |||||    |||||| |||  ||| ||||||    
T  19279019 gcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctc 19278920  T
Q  307 taagatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgctttta 363  Q
    ||| |||| |||||| | |||| ||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  19278919 taatatacatctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttctttta 19278863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 180 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 12963789 - 12963605
Alignment:
Q  180 ttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctg 279  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||  ||| ||||||    
T  12963789 ttatctttaatctcttgaataattttagtttccacaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctg 12963690  T
Q  280 ctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttcccgatccttccttcgttagtgcttttag 364  Q
    |    |||||| ||| ||   ||| | ||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||    
T  12963689 cagctaagagattgagtgttgtgtttataatatatttctcagccatttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttag 12963605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 13080917 - 13080575
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||  | |||| ||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||    
T  13080917 ggactaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagcacacttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctc 13080818  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaagatc---cacatctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattatttt 205  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||   |||| ||     ||  ||   |||||| || ||| |   ||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  13080817 catgaaggtaaactagcttatcaagctcttccacacctaaattagcgataaaattctcatcgtgttttaaacaattatctttgatctcttgaataatttt 13080718  T
Q  206 ggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtct 305  Q
      | || ||  ||||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||| ||||| ||  ||||||||||| |  |||||| |||||| | | |||    
T  13080717 accatctaccctaggatgcgttgaaaccagccaaaaaaaccaagtgagacctgtactaattgttccatttcctgcaaccaagagattgattgtagtatct 13080618  T
Q  306 ctaagatacttctcatccatttccccctttcccgatccttcct 348  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  13080617 ctaatatacctctcaaccatttcccccttttccaatccttcct 13080575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 9 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 12963927 - 12963803
Alignment:
Q  9 ggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctc 108  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||  | || ||||| |||| ||||||||||||||| || | |||||| |||||||    
T  12963927 ggactaacatggtctccactaggtaatatatctgatttaattgcacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctc 12963828  T
Q  109 catggaggtacactagcttatcaag 133  Q
    |||| || || || |||||||||||    
T  12963827 catgaagataaacaagcttatcaag 12963803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 411 - 463
Target Start/End: Original strand, 13010795 - 13010847
Alignment:
Q  411 ttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtcaagattttcttcggcttc 463  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  13010795 ttggaaaatgttatactttcatacaagaatcggtcaagattttcttcggcttc 13010847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 403 - 463
Target Start/End: Original strand, 13205005 - 13205065
Alignment:
Q  403 gctcttgcttggaaaacgtaatactttcatacaagaacctgtcaagattttcttcggcttc 463  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  13205005 gctcttgtttggaaaatgttatactttcatataagaatcggtcaagattttcttcggcttc 13205065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31396562 - 31396420
Alignment:
Q  175 gacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaa-caagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccat 273  Q
    ||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||| || |||||    
T  31396562 gacagttatcttgaatctcttgaataattttggcttccacattaggatgagttgaaaacaagccagaaaaaccaaccgagacttgaactaattgtgccat 31396463  T
Q  274 ttcctgctaaaaagagagtgattgcattgtctctaagatactt 316  Q
    |||||||||| || |||| ||   |||||||||||||||||||    
T  31396462 ttcctgctaacaaaagagagagcacattgtctctaagatactt 31396420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 112
Target Start/End: Original strand, 12164462 - 12164516
Alignment:
Q  58 tatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatg 112  Q
    |||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  12164462 tatgctcaaaaggtatcggcggataaagcctcaaggcttcacataaagctccatg 12164516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 112
Target Start/End: Original strand, 12175987 - 12176041
Alignment:
Q  58 tatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatg 112  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  12175987 tatgctctaaaggaaccggaggataaagcctcaaggcttcacataaagctccatg 12176041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 58 - 112
Target Start/End: Original strand, 36668314 - 36668368
Alignment:
Q  58 tatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatg 112  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  36668314 tatgctcaaaaggtattggtggataaagccttaaggcttcacataaagctccatg 36668368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University