View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5896_low_3 (Length: 454)

Name: NF5896_low_3
Description: NF5896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5896_low_3
NF5896_low_3
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (1-434)||(13101140-13101573)
chr1 (4-434)||(13007340-13007770)
chr1 (4-411)||(19727316-19727723)
chr1 (4-434)||(13069798-13070228)
chr1 (91-434)||(13204599-13204942)
chr1 (4-289)||(13214104-13214389)
chr1 (80-434)||(13161661-13162015)
chr1 (80-434)||(13129968-13130322)
chr1 (80-420)||(13094553-13094893)
chr1 (80-434)||(30367806-30368160)
chr1 (79-422)||(13244212-13244561)
chr1 (98-421)||(13064929-13065252)
chr1 (122-420)||(13271740-13272041)
chr1 (127-422)||(13086259-13086557)
chr1 (80-433)||(19278863-19279219)
chr1 (79-263)||(12963605-12963789)
chr1 (95-434)||(13080575-13080917)
chr1 (310-434)||(12963803-12963927)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (127-268)||(31396420-31396562)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (331-385)||(12164462-12164516)
chr7 (331-385)||(12175987-12176041)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (331-385)||(36668314-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13101573 - 13101140
Alignment:
Q  1 aggttcttgtatgaaagtattacgttttccaagcaagagcgatgcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcctaaaagcactaacgaaggaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13101573 aggttcttgtatgaaagtattacgttttccaagcaagagcaatgcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcctaaaagcactaacgaaggaag 13101474  T
Q  101 gatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggtt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13101473 gatctggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggtt 13101374  T
Q  201 tttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcgaga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13101373 tttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcgaga 13101274  T
Q  301 gatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaat 400  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  13101273 gatgagtatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaat 13101174  T
Q  401 ccgatatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  13101173 ccgatatacttcctagtggagagcgttttagtcc 13101140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 4 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13007770 - 13007340
Alignment:
Q  4 ttcttgtatgaaagtattacgttttccaagcaagagcgatgcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcctaaaagcactaacgaaggaaggat 103  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||     
T  13007770 ttcttgtatgaaagaataacattttccaaacaagagcaaagcaagtgcagcagcagtgaagaaatggatgattttgtaaaagcacttatgaaggaaggag 13007671  T
Q  104 cgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggttttt 203  Q
    | ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  13007670 ctggaaacgggggaatggacgagaagtatcttagagacaatgtcctcactctctttttagcaggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggttttt 13007571  T
Q  204 ctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcgagagat 303  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  13007570 ctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagaggagaatcagactcctttgagagat 13007471  T
Q  304 gtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccg 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13007470 gtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccg 13007371  T
Q  404 atatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13007370 atatactacctagtggagagcgtgttagtcc 13007340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 4 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 19727723 - 19727316
Alignment:
Q  4 ttcttgtatgaaagtattacgttttccaagcaagagcgatgcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcctaaaagcactaacgaaggaaggat 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19727723 ttcttgtatgaaagtattacattttccaagcaagagcaaagcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcctaaaagcactaatgaaggaaggat 19727624  T
Q  104 cgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggttttt 203  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  19727623 ctggaaagggggaaatgaatgagaagtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatggcccagttagtacaggtctcagttggttttt 19727524  T
Q  204 ctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcgagagat 303  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  19727523 ttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagaggagaaccagactcctttgagagat 19727424  T
Q  304 gtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccg 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  19727423 gtggatcttgataagctagtgtacctccacggagatctatgttaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatctc 19727324  T
Q  404 atatacta 411  Q
    ||||||||    
T  19727323 atatacta 19727316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 4 - 434
Target Start/End: Original strand, 13069798 - 13070228
Alignment:
Q  4 ttcttgtatgaaagtattacgttttccaagcaagagcgatgcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcctaaaagcactaacgaaggaaggat 103  Q
    |||||||||||| |||| || |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| | || ||||||||  |||||||||| | |||||||| ||    
T  13069798 ttcttgtatgaaggtataacattttccaaacaagagcaaagcaagtgcagcagcagtgaataaattgatgactttgtaaaagcactgatgaaggaagaat 13069897  T
Q  104 cgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggttttt 203  Q
      ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13069898 atggaacaaggggaatggatgagaagtatcttagagacaatgcactctctctctttttagcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggttttt 13069997  T
Q  204 ctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcgagagat 303  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  13069998 ctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaataaaagataactggcccacacaagaggagaatcagactccttggagagat 13070097  T
Q  304 gtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccg 403  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13070098 gtggatcttgataatctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccg 13070197  T
Q  404 atatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13070198 atatactacctagtggagagcgtgttagtcc 13070228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 91 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13204942 - 13204599
Alignment:
Q  91 acgaaggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctc 190  Q
    |||||||||||||  |||||||  ||||||  || ||||| |||||||||| || || || ||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||| ||    
T  13204942 acgaaggaaggatatggaaaggaagaaatgagtgggaagtttcttagagacgatacactctctctcttcttagcaggaagtggtccagctagttcaggtc 13204843  T
Q  191 tcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagat 290  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13204842 taagttggtttttttggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagat 13204743  T
Q  291 tccttcgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgt 390  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13204742 tccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgt 13204643  T
Q  391 gcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13204642 gcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtcc 13204599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 4 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13214389 - 13214104
Alignment:
Q  4 ttcttgtatgaaagtattacgttttccaagcaagagcgatgcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcctaaaagcactaacgaaggaaggat 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  13214389 ttcttgtatgaaagtattacattttcgaagcaagagcaaagcaagtgcagcagcagtgaagagatggatgacttcgtaaaagcactaatgaaggaaggat 13214290  T
Q  104 cgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggttttt 203  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  13214289 ttggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatggcccagttcgttcaggtctcatttggttttt 13214190  T
Q  204 ctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcaga 289  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||  || ||| |||||||||||||||    
T  13214189 ctggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaagaaataaaagattacttgcccacagaagaggagaatcaga 13214104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 80 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13162015 - 13161661
Alignment:
Q  80 taaaagcactaacgaaggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 179  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||  ||||||||||||||   |||||||||||||||||| | |||| ||||| |  | || || ||||||||  || |    
T  13162015 taaaagccctaaagaaagaaggatatggaaagggggaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaat 13161916  T
Q  180 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||    
T  13161915 tagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagag 13161816  T
Q  280 gagaatcagattccttcgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttg 379  Q
    || |||| ||||  || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  13161815 gataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttg 13161716  T
Q  380 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  13161715 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagaacgtattagtcc 13161661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 80 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13130322 - 13129968
Alignment:
Q  80 taaaagcactaacgaaggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 179  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||  |||||||| |||||   |||||||||||||||||| | |||| | ||| | ||||| || ||||||||  || |    
T  13130322 taaaagccctaaagaatgaaggatatggaaagggtgaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcatttactatgttttttgccggaaatggttcaat 13130223  T
Q  180 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||    |||||||||    
T  13130222 tagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagag 13130123  T
Q  280 gagaatcagattccttcgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttg 379  Q
    |  |||| |||| ||| |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  13130122 ggtaatcggattactttgaggcatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttg 13130023  T
Q  380 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  13130022 agcatatctgttcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttagtcc 13129968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 80 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13094893 - 13094553
Alignment:
Q  80 taaaagcactaacgaaggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 179  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||   |||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||| | ||| |  | || || ||||||||  || |    
T  13094893 taaaagccctaaagaatgaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcatttactatgatatttgccggaaatggtacaat 13094794  T
Q  180 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| |||| |||||| ||    |||| ||||    
T  13094793 tagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcagagataattggttaacacgagag 13094694  T
Q  280 gagaatcagattccttcgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttg 379  Q
    ||  ||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13094693 gattatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttg 13094594  T
Q  380 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtgga 420  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13094593 agcatatctgtgcaatcaaatctgatatactacctagtgga 13094553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 80 - 434
Target Start/End: Original strand, 30367806 - 30368160
Alignment:
Q  80 taaaagcactaacgaaggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 179  Q
    |||||||||| | ||||||||| || ||||| | || | ||  ||||||||||||||||||||||||| || |||| || |||||||| |||||| || |    
T  30367806 taaaagcactgatgaaggaaggttctggaaatgagggagtgagtgagaagtatcttagagacaatgcactctctcttttgttagcaggtaatggcacact 30367905  T
Q  180 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 279  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||    || || |     
T  30367906 tagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagataattgtgtatcaaaacat 30368005  T
Q  280 gagaatcagattccttcgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttg 379  Q
    ||||||  |||  |||| |  |  |     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||    
T  30368006 gagaattggataacttcaatggtggaaagccttgataagctagtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttg 30368105  T
Q  380 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  30368106 agcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtcc 30368160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 79 - 422
Target Start/End: Original strand, 13244212 - 13244561
Alignment:
Q  79 ctaaaagcactaacgaaggaaggatcgggaaagggggaaatg---gatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcc 175  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||   |||||||||||| | ||||||| |||  | | ||||||    |||||||||||      
T  13244212 ctaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggggaaatgatcgatgagaagtatatcagagacactgcggtaaatctcttcggtgcaggaaatggaa 13244311  T
Q  176 cagttagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacaca 275  Q
    || ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  |||||    
T  13244312 caattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataattgtctaacaca 13244411  T
Q  276 agaggagaatcagattccttcgagagatgtgg---atcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgta 372  Q
    ||||||||||   ||   |     | | ||||   |  |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  13244412 agaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaagattgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctg 13244511  T
Q  373 ccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggaga 422  Q
     | ||| |||| |  || || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13244512 gcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggaga 13244561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 98 - 421
Target Start/End: Original strand, 13064929 - 13065252
Alignment:
Q  98 aaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttg 197  Q
    ||||| ||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||||| |||| ||| ||| || ||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||    
T  13064929 aaggaacgggaaaagggaaaacgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttg 13065028  T
Q  198 gtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattccttcg 297  Q
    ||| || |||||||||||   ||||||| ||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||   |  | || || ||   |||| ||||     
T  13065029 gttcttttggcttgtttcatgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttca 13065128  T
Q  298 agagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatca 397  Q
    |  |  |   | |||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |  | ||||||||    
T  13065129 attgtggaaaagcttgataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatca 13065228  T
Q  398 aatccgatatactacctagtggag 421  Q
    || | |||||||| ||||||||||    
T  13065229 aagctgatatacttcctagtggag 13065252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 122 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13272041 - 13271740
Alignment:
Q  122 atgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactca 221  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||    |||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  13272041 atgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggctgcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactca 13271942  T
Q  222 tcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagat---tccttcgagagatgtggatcttgataag 318  Q
    ||||| ||||||||| ||| | |||||||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||||  |||   |  ||  |  | ||   |  ||||||||    
T  13271941 tcctaatgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataag 13271842  T
Q  319 ctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtg 418  Q
    ||  | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || || ||||||||||||||||    
T  13271841 ctgatttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtg 13271742  T
Q  419 ga 420  Q
    ||    
T  13271741 ga 13271740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 127 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 13086557 - 13086259
Alignment:
Q  127 aagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatccta 226  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||| ||||||    ||||||| |||  |||||||||||| ||| |||||||| |  ||||||||||| ||||||   |    
T  13086557 aagtatattagagacactgcattcaatctcttagctgcaggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttca 13086458  T
Q  227 ttgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattcct---tcgagagatgtggatcttgataagctagt 323  Q
    | |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||   |||| ||||| |||  | |  ||   |  |||| ||   | ||| |||| |||||    
T  13086457 tagtggaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagt 13086358  T
Q  324 gtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggaga 422  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  13086357 gtaccttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggaga 13086259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 433
Target Start/End: Original strand, 19278863 - 19279219
Alignment:
Q  80 taaaagcactaacgaaggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 179  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||| | |||||| |||| ||||||||| |||  ||| ||||||    ||||| |||||  || |    
T  19278863 taaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagatgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaat 19278962  T
Q  180 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 279  Q
    |||||| | ||||| |||||| || ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||   ||| |||||    
T  19278963 tagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagag 19279062  T
Q  280 gagaatcagattcc---ttcgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtacctt 376  Q
    || |||  |||  |   ||  || |     || |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |    
T  19279063 gataatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagctagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccat 19279162  T
Q  377 ttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtc 433  Q
    |||| || |  |||||| | || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  19279163 ttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtc 19279219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 79 - 263
Target Start/End: Original strand, 12963605 - 12963789
Alignment:
Q  79 ctaaaagcactaacgaaggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccag 178  Q
    |||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| | |||   || ||| ||||||    ||||||| |||  |||    
T  12963605 ctaaaagatctaatgaaggaaggattgggaaagggggaaatggctgagaaatatattataaacacaacactcaatctcttagctgcaggaagtggaacag 12963704  T
Q  179 ttagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataa 263  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  12963705 ttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagattaaagataa 12963789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 95 - 434
Target Start/End: Original strand, 13080575 - 13080917
Alignment:
Q  95 aggaaggatcgggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcag 194  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| ||||||| | | |||||| ||||||  | |||||||||||  || ||||| ||| |||||     
T  13080575 aggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcac 13080674  T
Q  195 ttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagattcct 294  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || |||||||  || || |  ||||| |||||||| ||||||||||| |||   | ||| || ||||||   ||  ||    
T  13080675 ttggtttttttggctggtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgct 13080774  T
Q  295 tcgagagatgtg---gatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtg 391  Q
         || ||||   || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||| ||||| | ||| |||| |  ||||    
T  13080775 aatttaggtgtggaagagcttgataagctagtttaccttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtg 13080874  T
Q  392 caatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    | |||||||| |||| ||| ||||||||||| | |||||||||    
T  13080875 ctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtcc 13080917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 310 - 434
Target Start/End: Original strand, 12963803 - 12963927
Alignment:
Q  310 cttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 409  Q
    ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||| |||| ||||| || |  |||||||| ||||| ||||||     
T  12963803 cttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatatat 12963902  T
Q  410 tacctagtggagagcgtgttagtcc 434  Q
    ||||||||||||| | |||||||||    
T  12963903 tacctagtggagaccatgttagtcc 12963927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 127 - 268
Target Start/End: Original strand, 31396420 - 31396562
Alignment:
Q  127 aagtatcttagagacaatgcaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggtttttctggcttg-tttccactcatcct 225  Q
    |||||||||||||||||||   || |||| || ||||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  31396420 aagtatcttagagacaatgtgctctctcttttgttagcaggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcct 31396519  T
Q  226 attgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtc 268  Q
    | ||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||    
T  31396520 aatgtggaagccaaaattattcaagagattcaagataactgtc 31396562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 331 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 12164516 - 12164462
Alignment:
Q  331 catggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcata 385  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  12164516 catggagctttatgtgaagccttgaggctttatccgccgataccttttgagcata 12164462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 331 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 12176041 - 12175987
Alignment:
Q  331 catggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcata 385  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  12176041 catggagctttatgtgaagccttgaggctttatcctccggttcctttagagcata 12175987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 331 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668314
Alignment:
Q  331 catggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcata 385  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccaccaataccttttgagcata 36668314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University