View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5897-Insertion-1 (Length: 1060)

Name: NF5897-Insertion-1
Description: NF5897
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5897-Insertion-1
NF5897-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-927)||(5675239-5676164)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 5676164 - 5675239
Alignment:
Q  9 tatctgtgattgcgagttacaacaattgtgaatcttgagcattgaatgaacatcggaccccttgtgttttcctatcattaaattgattatgaatacaaca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5676164 tatctgtgattgcgagttacaacaattgtgaatcttgaccattgaatgaagatcggaccgcttgtgttttcctatcattaaattgattatgaatacaaca 5676065  T
Q  109 caaagtacaagctaaaa-tctttatccaatggtcgagattcataagtgcagtgactatgagagtattcggatacctctcgttggaacaataaaacaagtc 207  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  5676064 caaagtacgagctaaaaatctttatccaatggtcgagattcataagtgcagtgactatgagagtattcggatacctcacgtgggaacaataaaacaagtc 5675965  T
Q  208 ttcacattctattgatcaagatgatataataactacctaaaataattctcttgagcttcatctttgtcatagtttattcgttacatcaaataattgtatt 307  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5675964 ttcacattctattgatcaagataatataataactacctaaaataattctcttgagcttcatctttgtcatagtttattcgttacatcaaataattgtatt 5675865  T
Q  308 gtatgtttggattgtaagtgagtttaacaaaatcaaaaaatcatggtggcattgtaattttgtgaagtttgtgttgtttttggcaaaattatggtgactc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5675864 gtatgtttggattgtaagtgagtttaacaaaatcaaaaaatcatggtggcattgtaattttgtgaagtttgtgttgtttttggcaaaattatggtgactc 5675765  T
Q  408 attgtgattctgcttgtctcatccaaaaatgtgttactataaaaatatgtgttgctgtccattccaaacatgtattattgtagtgtatgtaatcaaaatg 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5675764 attgtgattctgcttgtctaatccaaacatgtgttactatacaaacatgcgttgctgtccattccaaacatgtattattgtagtgtatgtaatcaaaatg 5675665  T
Q  508 aattatttaactgtgatactattttgattttaatgtcagaattttttacttgctttctaataaagttaaaagttgacaattttcaggctcatcccaattt 607  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5675664 aattatttaactgtgttactattttgattttaatgtc-gaattttttacttgctttctaataaagttaaaatttgacaattttcaggctcatcccaattt 5675566  T
Q  608 aagtgacatggagagaaagaaagtttgcagcataatggactgtcaaagattatcacgagaagcatgtgcacatgcagctcaaaacgaccggttaccagtc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5675565 aagtgacatggagagaaagaaagtttgcagcataatggactgtcaaagattatcacgagaagcatgtgcacatgcagctcaaaacgaccggttaccagtc 5675466  T
Q  708 caaaccgttgtccaagttctctattacgaacagcaaagacttcgcgatgcaatgaatggaagtgaaactgcagaatcaccttctattcacacc-aactaa 806  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5675465 caaactgttgtccaagttctctattacgaacagcaaagacttcgcgatgcaatgaatggaagtgaaactgcagaatcaccttctattcacaccaaactaa 5675366  T
Q  807 atgtatattcaggtgatattcaagtttcgaatgaacttacaagcttgcgaagag-aaatg-agacctc-aattagaggtagtgaagttg-aaatg-aact 901  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5675365 atgtatattcaggtgatattcaagtttcaaatgaacttacaagcttgcgaagagaaaatgaagacctcaaattagaggtagtgaagttgaaaatgaaact 5675266  T
Q  902 aaaagagatcgaga-ttccacgcttaa 927  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5675265 aaaagagatcgagatttccacgcttaa 5675239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University