View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5897-Insertion-7 (Length: 659)

Name: NF5897-Insertion-7
Description: NF5897
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5897-Insertion-7
NF5897-Insertion-7
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-659)||(1658850-1659506)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 659
Target Start/End: Original strand, 1658850 - 1659506
Alignment:
Q  9 agcccttcattgacccaagcgtcagagcattgattttcttctctatatatatgagttactatacaatacatatcagttacttaaagaccaagaaactagg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1658850 agcccttcattgacccaagcgtcggagcattgatttccttctctatatatatgagttactatacaatacatatcagttacttaaagaccaagaaactagg 1658949  T
Q  109 gaagaatttctaactgactgaaccacaatggttgaatatgattcaattcaaatatgataccaatttttggaataagcaatctctatggctctactaacaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1658950 gaagaatttctaactgactgaaccacaatggttgaatatgattcaatccaaatatgataccaatttttggaataagcaatctctatggctctactaacaa 1659049  T
Q  209 cagaaaactcagcatagaagacaaaacctctatcaatattctcagcaaaacaatagaggaaattggctttcatgatttctaaaaatacctcaacaaga-- 306  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  1659050 cagaaaactccgcatagaagacaaaacctctatcaacattctcagcaaaacaatagaggaaattggctttcatgatttctaaaaatacctcaacaagaag 1659149  T
Q  307 ----agaagcagcagttgcagccccatttcctgttgcgcttgatcaatctagctaggggtgtatgccaaatgacctctttgataataggagctctagaag 402  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1659150 aagaagaagcagcagttgcagccccatttcctgttgcacttgatcaatctagctaggggagtatgccaaatgacctctttgataataggagctctagaag 1659249  T
Q  403 actttatggagatattaaacttcgatgatgaagtcatagatttctggctagtgttgtttactgtgaactgcacacaatagagatgatgtggttgataaca 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1659250 actttatggagatattaaacttcgatgatgaagtcatagatttctggctagtgttgtttcctgtgaactgcacacaatagagatgatgtggttgataaca 1659349  T
Q  503 gattgccaatggatagttttgttgttgaatattttttggttaatggtaatagctttaatgactactttacattgaggggtccaagatttataacaaaaag 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1659350 gattgccaatggatagttttgttgttgaatattttttggttaatggtaatagctttgatgactactttacattgaggggtccaagatttataacaaaaag 1659449  T
Q  603 tccagatatcctcaagagattggaaattgagggttgtattcaaaatatgagcatacc 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1659450 tccagatatcctcaagagattggaaattgagggttgtattcaaaatatgagcatacc 1659506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University