View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5899_low_10 (Length: 248)

Name: NF5899_low_10
Description: NF5899
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5899_low_10
NF5899_low_10
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (3-244)||(54747999-54748240)
chr3 (3-236)||(26848111-26848344)
chr3 (3-184)||(25095990-25096171)
chr3 (3-236)||(35612969-35613204)
chr3 (49-236)||(48905585-48905772)
chr3 (3-232)||(50834015-50834245)
chr3 (3-232)||(50841608-50841838)
chr3 (3-182)||(25313372-25313552)
chr3 (3-236)||(23026235-23026471)
chr3 (42-236)||(22515686-22515883)
chr3 (3-236)||(46320442-46320676)
chr3 (49-236)||(9663857-9664041)
chr3 (46-230)||(49794914-49795098)
chr3 (46-236)||(20922724-20922916)
chr3 (93-138)||(31612861-31612906)
chr3 (204-244)||(25095945-25095985)
chr3 (91-139)||(33280368-33280416)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (3-244)||(24989722-24989963)
chr7 (3-171)||(8417667-8417835)
chr7 (57-243)||(45062518-45062704)
chr7 (49-236)||(7568130-7568317)
chr7 (42-235)||(23319928-23320122)
chr7 (43-236)||(18674552-18674745)
chr7 (60-236)||(41850965-41851142)
chr7 (44-181)||(48390326-48390464)
chr7 (43-236)||(48394113-48394306)
chr7 (89-145)||(965166-965222)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (3-244)||(43034073-43034314)
chr4 (3-242)||(50150263-50150501)
chr4 (43-236)||(30537582-30537775)
chr4 (3-236)||(27627761-27627994)
chr4 (3-236)||(3067737-3067968)
chr4 (3-236)||(26877171-26877407)
chr4 (3-181)||(782801-782980)
chr4 (3-181)||(25934349-25934526)
chr4 (3-244)||(36187327-36187569)
chr4 (51-181)||(33313287-33313417)
chr4 (85-177)||(56551485-56551573)
chr4 (193-236)||(25934545-25934588)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (3-243)||(10448727-10448967)
chr2 (3-229)||(11964159-11964384)
chr2 (3-244)||(41435552-41435793)
chr2 (3-236)||(21345032-21345262)
chr2 (7-179)||(22066384-22066556)
chr2 (3-236)||(39778601-39778837)
chr2 (3-236)||(10728244-10728478)
chr2 (1-236)||(25186945-25187180)
chr2 (49-236)||(7105608-7105795)
chr2 (7-236)||(10700175-10700405)
chr2 (3-236)||(13693481-13693714)
chr2 (3-236)||(42993757-42993991)
chr2 (3-178)||(36191585-36191760)
chr2 (3-236)||(19926738-19926970)
chr2 (42-236)||(28831005-28831199)
chr2 (6-133)||(41462677-41462805)
chr2 (203-244)||(36191517-36191558)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (3-244)||(13882094-13882334)
chr8 (43-236)||(8669782-8669975)
chr8 (4-236)||(29226286-29226517)
chr8 (7-243)||(37533779-37534016)
chr8 (3-236)||(35634742-35634976)
chr8 (3-181)||(32305716-32305895)
chr8 (3-236)||(8106902-8107135)
chr8 (46-236)||(42569953-42570146)
chr8 (70-164)||(36741718-36741815)
chr8 (44-179)||(17855397-17855533)
chr8 (193-234)||(45177557-45177598)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (3-244)||(1553725-1553966)
chr1 (3-227)||(27332899-27333123)
chr1 (9-243)||(35050249-35050483)
chr1 (3-236)||(16130463-16130699)
chr1 (3-244)||(30222701-30222942)
chr1 (3-181)||(16129970-16130149)
chr1 (3-243)||(45192517-45192757)
chr1 (7-236)||(5800389-5800617)
chr1 (3-236)||(27654614-27654846)
chr1 (3-175)||(9411736-9411909)
chr1 (42-236)||(40988019-40988213)
chr1 (46-236)||(36834287-36834472)
chr1 (6-236)||(34546661-34546891)
chr1 (77-236)||(27846418-27846578)
chr1 (61-236)||(4813702-4813878)
chr1 (42-117)||(35121218-35121293)
chr1 (109-243)||(35428415-35428553)
chr1 (80-173)||(13879068-13879161)
chr1 (60-236)||(23933269-23933446)
chr1 (88-181)||(11907972-11908063)
chr1 (193-236)||(16129909-16129952)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (3-178)||(21262907-21263082)
chr5 (6-236)||(33314340-33314570)
chr5 (3-238)||(40385183-40385422)
chr5 (7-242)||(24868479-24868715)
chr5 (3-181)||(41174667-41174845)
chr5 (43-236)||(3097498-3097695)
chr5 (60-181)||(4237918-4238039)
chr5 (43-134)||(2934942-2935034)
chr5 (193-244)||(21262545-21262596)
chr5 (204-235)||(4238206-4238237)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (3-236)||(1365653-1365888)
chr6 (3-236)||(7243367-7243601)
chr6 (3-236)||(24337967-24338197)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (3-236)||(6711-6947)
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (3-145)||(258358-258501)
scaffold0008 (203-236)||(258276-258309)
[»] scaffold0057 (2 HSPs)
scaffold0057 (61-236)||(30477-30652)
scaffold0057 (94-178)||(30839-30919)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Original strand, 54747999 - 54748240
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54747999 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 54748098  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||| ||    
T  54748099 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatataatttttttaaatgtagaa 54748198  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  54748199 gtgtattaaatgaagataactattttcaacgtattttcttgg 54748240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 26848344 - 26848111
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26848344 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcttttgt 26848245  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||       || |||| ||    
T  26848244 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtgttcatagaatttttttaactgtagaa 26848145  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26848144 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 26848111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 25096171 - 25095990
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25096171 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 25096072  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatata 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25096071 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatata 25095990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 35613204 - 35612969
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35613204 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 35613105  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataa-nnnnnnnaaatgtat 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||        |||||||     
T  35613104 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaattttttttaaatgtag 35613005  T
Q  201 aagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35613004 aggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 35612969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 49 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 48905772 - 48905585
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgat 148  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  48905772 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggt 48905673  T
Q  149 ggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48905672 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 48905585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 232
Target Start/End: Original strand, 50834015 - 50834245
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834015 ccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 50834114  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |        ||||||| |    
T  50834115 tgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggattttttttaaatgtaga 50834214  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaat 232  Q
      | |||||||||||||||||||||||||||    
T  50834215 gatatattaaatgaagataactattttcaat 50834245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 50841838 - 50841608
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841838 ccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 50841739  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |        ||||||| |    
T  50841738 tgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggattttttttaaatgtaga 50841639  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaat 232  Q
      | |||||||||||||||||||||||||||    
T  50841638 gatatattaaatgaagataactattttcaat 50841608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 182
Target Start/End: Original strand, 25313372 - 25313552
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25313372 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttgggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 25313471  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcata 182  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  25313472 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcata 25313552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 23026471 - 23026235
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||| ||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23026471 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaaatattgataaaatttcaagtatgtttgaagttaaatttcatttg 23026372  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat--ataannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||   |         |||||||    
T  23026371 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggcattcatgatttttttttttaaatgta 23026272  T
Q  200 taagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23026271 gagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 23026235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 22515686 - 22515883
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagc 140  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  22515686 ggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagt 22515785  T
Q  141 aagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtat--aagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||| ||  ||       ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22515786 aagttggtggaataaagagtaattaatttaagaatatttatggaatttttttaaatgtattgaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 22515883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 46320442 - 46320676
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  46320442 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagttaaatttcatttg 46320541  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||| |||| || ||  ||       |||| || |    
T  46320542 tacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgaaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaagtttcttaaatataga 46320641  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  46320642 ggtgtattaaatgaatattactattttcaatgtat 46320676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 49 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 9664041 - 9663857
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgat 148  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||| |    
T  9664041 tttataagaagattgaccaagtttcaag-atgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagaga--atattaaaagtaagtaagttggt 9663945  T
Q  149 ggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9663944 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 9663857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 46 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 49795098 - 49794914
Alignment:
Q  46 ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagt 144  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  49795098 ctttttataagaaatattgatcaagtttcaagtatgtt-gaagctaaatttcatttgtactcttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagt 49795000  T
Q  145 tgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttca 230  Q
    || ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||  ||       ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49794999 tggtggaataaagagtaattaattaaggggtattcatgaaaaaaaattaaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttca 49794914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 46 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 20922916 - 20922724
Alignment:
Q  46 ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagt 144  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20922916 ctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtattcttgaagctaaatttcatttgtgctcttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagt 20922817  T
Q  145 tgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatata-annnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    || ||||||||| | ||||| ||||| || |||||||  |         ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20922816 tggtggaataaaaaataattaatttagggatattcattgatttttttttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtat 20922724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 31612906 - 31612861
Alignment:
Q  93 tttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaa 138  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31612906 tttcatctgtgtccttattcattatgagagagaatattaaaagtaa 31612861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 25095985 - 25095945
Alignment:
Q  204 tgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  25095985 tgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgg 25095945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 33280416 - 33280368
Alignment:
Q  91 aatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaag 139  Q
    |||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  33280416 aatttcatttgtgttcttatttattacgagagagaatattaaaagtaag 33280368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Original strand, 24989722 - 24989963
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24989722 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttattagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 24989821  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||||||| ||    
T  24989822 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaatttttttaaatgtagaa 24989921  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  24989922 gtgtattaaatgaagatgactattttaaatgtattttcttgg 24989963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 171
Target Start/End: Original strand, 8417667 - 8417835
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8417667 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 8417766  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaa 171  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8417767 gcccttattaattatgagagataatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaa 8417835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 57 - 243
Target Start/End: Original strand, 45062518 - 45062704
Alignment:
Q  57 aagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaa 156  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45062518 aagattgatcaagtttcaaatatgtttaaagctaaatttcatctgtgcccttgttgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaa 45062617  T
Q  157 gagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttg 243  Q
     ||||||| ||||||||||||||||| ||       ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  45062618 aagtaattaatttaagggtattcatagaatttttttaaatgtaaaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 45062704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 49 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 7568317 - 7568130
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgat 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  7568317 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttggt 7568218  T
Q  149 ggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7568217 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 7568130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 42 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 23320122 - 23319928
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagc 140  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  23320122 ggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagt 23320023  T
Q  141 aagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgta 235  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23320022 aagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaaattttttaaatgtagaggtgtattaaacgaagataactattttcaatgta 23319928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Original strand, 18674552 - 18674745
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaa 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||| ||    
T  18674552 gtcctttttataagaaaattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattataagagagaatattgaaaataagtaa 18674651  T
Q  143 gttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  18674652 gttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactatattcaatgtat 18674745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 60 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41851142 - 41850965
Alignment:
Q  60 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagag 159  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  41851142 attgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtgagttggtggaataaagag 41851043  T
Q  160 taattcatttaagggtattcat-ataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||| ||||| |||||||||| | ||       ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41851042 taattaatttaggggtattcataaaaaaaaatttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataacaattttcaatgtat 41850965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 44 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 48390464 - 48390326
Alignment:
Q  44 tcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaa 142  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  48390464 tcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgtccttatttattatgagtgagaatattaaaagtaagtaa 48390365  T
Q  143 gttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    ||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||||||||    
T  48390364 gttgatgaaataaaaaataattaatttaggggtattcat 48390326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 48394306 - 48394113
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagca 141  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||| |    
T  48394306 gtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaatttcatttgtgcccttatttattat--gaaagaatattaaaagtaagta 48394209  T
Q  142 agttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat-ataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |  |       ||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48394208 agttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcttgaagaagaagaaaaaagtagaggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtat 48394113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 965222 - 965166
Alignment:
Q  89 taaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagtt 145  Q
    |||||||| ||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  965222 taaatttcgtttgtgttcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagtt 965166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 43034314 - 43034073
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43034314 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcatttgt 43034215  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||||||| ||    
T  43034214 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaattattttaaatgtagaa 43034115  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  43034114 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttgg 43034073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 3 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 50150501 - 50150263
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  50150501 ccggtcctttttattagaaacaaaagggagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 50150402  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  |       ||||||| ||    
T  50150401 gtccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattccta-gagttttttaaatgtagaa 50150303  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattctt 242  Q
    |  |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  50150302 gcatattaaatgaagatgattattttcaatgtattttctt 50150263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 30537775 - 30537582
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaa 142  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30537775 gtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 30537676  T
Q  143 gttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30537675 gttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaatttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 30537582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 27627761 - 27627994
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  ||       | |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27627761 ccggtcctttttattagaaacaaaagtggaaatttttttgatcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 27627860  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataa-nnnnnnnaaatgtat 200  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||        |||||||     
T  27627861 tgcccttatttattat--gagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgtaattttttttaaatgtag 27627958  T
Q  201 aagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27627959 aaatatattaaatgaagataactattttcaatgtat 27627994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 3067737 - 3067968
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067737 ccggtcctttttattagaaa-aaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 3067835  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||  | |||||||||  |||| |||||  |||||||||  ||       ||||||| ||    
T  3067836 gcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtagaataaagaagaattaatttagaggtattcat-gaatttttctaaatgtagaa 3067934  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3067935 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 3067968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 26877171 - 26877407
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26877171 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 26877270  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat--ataannnnnnnaaatgta 199  Q
    || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |         |||||||    
T  26877271 tgtccttatttattatgagatagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgatttttttttttaaatgta 26877370  T
Q  200 taagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26877371 gaggtgtattaactgaagataactattttcaatgtat 26877407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 3 - 181
Target Start/End: Original strand, 782801 - 782980
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |         ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  782801 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgatatttttttttgtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcttttg 782900  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  782901 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcat 782980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 181
Target Start/End: Original strand, 25934349 - 25934526
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25934349 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaatttcatttgt 25934448  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  |||||  |||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  25934449 gcccttatttattatgagagagaaaattaaaaataaataagttagtggaataaagaggaattaattt-agggtattcat 25934526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Original strand, 36187327 - 36187569
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||          |||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36187327 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaatttttttttggtcctttttataagaaatattaaccaagtttcaagtatatttgaagctaaatttcatttg 36187426  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataa-nnnnnnnaaatgtat 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||        |||||||     
T  36187427 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatattttttaaatgtag 36187526  T
Q  201 aagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    |  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36187527 agatgtattaaat-aagataactattttcaatgtattttcttgg 36187569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 181
Target Start/End: Original strand, 33313287 - 33313417
Alignment:
Q  51 tataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatgg 150  Q
    |||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||  |||    
T  33313287 tataagaagattaaccaagttttaaatatgtttaaatataaattttatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtgg 33313386  T
Q  151 aataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    ||||||||  |||| ||||| || |||||||    
T  33313387 aataaagatgaattaatttatggatattcat 33313417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 56551573 - 56551485
Alignment:
Q  85 aagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtat 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||    |||||||||  |||||| |||||||||| || || ||||||    
T  56551573 aagctaaatttcatttgtgcccttaattattattagagagaatactaa----aagcaagtttgtggaattaagagtaattaatataggggtat 56551485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 193 - 236
Target Start/End: Original strand, 25934545 - 25934588
Alignment:
Q  193 aaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25934545 aaatatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 25934588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 3 - 243
Target Start/End: Original strand, 10448727 - 10448967
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10448727 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctctttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcatttgt 10448826  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||| ||    
T  10448827 gctcttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaatagtaattaatttaagggtattcatataacttttttaaatgtagaa 10448926  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttg 243  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  10448927 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatatattttcttg 10448967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 3 - 229
Target Start/End: Original strand, 11964159 - 11964384
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11964159 ccggtcctttctattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcatttgt 11964258  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||||||| ||    
T  11964259 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaa-ttttttaaatgtagaa 11964357  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttc 229  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||    
T  11964358 gtgtattaaatgaagatgactattttc 11964384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 41435793 - 41435552
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41435793 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataataagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 41435694  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||       ||||||| ||    
T  41435693 gcccttattgattatgagatagaatattaaaagtaaataagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtattcatgaaaaaaaattaaatgtagaa 41435594  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  41435593 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatgcattttcttgg 41435552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 21345262 - 21345032
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21345262 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttt-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 21345164  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    | ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||       ||||||| ||    
T  21345163 gtccttattgattgtgagagaga--attaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaattgttttaaatgtagaa 21345066  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21345065 gtgtaataaatgaagatgactattttcaatgtat 21345032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 7 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 22066556 - 22066384
Alignment:
Q  7 tcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22066556 tcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttaaagctaaatttcatttgtgccc 22066457  T
Q  107 ttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattc 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  22066456 ttattgattatgagagagaatattaaaagtaagttagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattc 22066384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 39778837 - 39778601
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39778837 ccggtcttttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 39778738  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataa--nnnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||         |||||||    
T  39778737 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaatttttttttaaatgta 39778638  T
Q  200 taagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39778637 gaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 39778601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10728478 - 10728244
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10728478 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgacaaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattta 10728379  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |        ||||||| |    
T  10728378 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaattttttttaaatgtaga 10728279  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10728278 ggtgtattaactgaagataactattttcaatgtat 10728244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 25186945 - 25187180
Alignment:
Q  1 ccccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25186945 ccccggtcctttttattagaaacaaaagtga-aatttttttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatt 25187043  T
Q  100 tgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||  ||       |||||||    
T  25187044 tgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaattaagagtaattaatttaaggatattcatggaatttttttaaatgta 25187143  T
Q  200 taagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25187144 gaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 25187180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 49 - 236
Target Start/End: Original strand, 7105608 - 7105795
Alignment:
Q  49 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgat 148  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |    
T  7105608 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgcttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttggt 7105707  T
Q  149 ggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7105708 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaaaaaaatttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 7105795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10700405 - 10700175
Alignment:
Q  7 tcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcc 105  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10700405 tcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttagtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttgtgcc 10700306  T
Q  106 cttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtg 205  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| | |||    
T  10700305 cttacttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaatttttttaaatgtagaggtg 10700206  T
Q  206 tattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10700205 tattaaatgaaaataactattttcaatgtat 10700175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 13693714 - 13693481
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |    
T  13693714 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttaaagataaatttcatttct 13693615  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  |        |||| || ||    
T  13693614 gtccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatgaatattttttaaatatagaa 13693515  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13693514 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 13693481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 42993991 - 42993757
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnn-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42993991 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttggtcctttttataagaagattgaccaaatttcaagtatgtttgaagataaatttcatttg 42993892  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  |        |||| || |    
T  42993891 tgcccttatttgttatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatggattttatttaaatataga 42993792  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42993791 agtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 42993757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36191760 - 36191585
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||        |||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36191760 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttggtcctttttataagaaatattgactaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 36191661  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtatt 178  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  36191660 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttg-tggaataaagagtaattaatttaggggtatt 36191585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19926970 - 19926738
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |        |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19926970 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaatttcatttg 19926871  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  |        ||| ||| |    
T  19926870 tgcccttatttattatga--gagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcttgaagaagaaaaaaaagtaga 19926773  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19926772 ggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtat 19926738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 28831005 - 28831199
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagc 140  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||     
T  28831005 ggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagttaaatttcatttgtgtccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagt 28831104  T
Q  141 aagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    || ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||  |        ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28831105 aaattggtgcaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gatttttttaaaacgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 28831199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 133
Target Start/End: Original strand, 41462677 - 41462805
Alignment:
Q  6 gtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgc 104  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41462677 gtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaaatatgtttgaagttaaatttcatttgtgc 41462776  T
Q  105 ccttattgattatgagagagaatattaaa 133  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41462777 ccttatttattatgagagagaataataaa 41462805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 203 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 36191558 - 36191517
Alignment:
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36191558 gtgtattaaataaagataactattttcaatgtattttcttgg 36191517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Original strand, 13882094 - 13882334
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13882094 ccggtcctttttattagaaataaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcatttgt 13882193  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||||||| ||    
T  13882194 gcccttattgattatgagagagaatatt-aaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaattattttaaatgtagaa 13882292  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  13882293 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttgg 13882334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Original strand, 8669782 - 8669975
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaa 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8669782 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaa 8669881  T
Q  143 gttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |        ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8669882 gttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcataaattttttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 8669975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 236
Target Start/End: Original strand, 29226286 - 29226517
Alignment:
Q  4 cggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 103  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29226286 cggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgttcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 29226385  T
Q  104 cccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataag 203  Q
     |||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||       ||||||| |||    
T  29226386 -ccttattgattatgaatgaaaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattgatagaatttttttaaatgtagaag 29226484  T
Q  204 tgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29226485 tgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 29226517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 243
Target Start/End: Original strand, 37533779 - 37534016
Alignment:
Q  7 tcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  37533779 tcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttattagaagattgatcaagtttcaaatatatttgaagttaaatttcgtttgtgccc 37533878  T
Q  107 ttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataa-nnnnnnnaaatgtataagtg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||        ||||||| || ||    
T  37533879 ttattgattatgagagagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaaatgtattcatataattttttttaaatgtagaaatg 37533978  T
Q  206 tattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttg 243  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  37533979 tattaaatgaagatgactatttttaatgtattttcttg 37534016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 35634976 - 35634742
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35634976 ccggtcatttttattataaacaaaagtgagaattttttttgtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 35634877  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||| ||||| || |||||||  |        ||||||| |    
T  35634876 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgcgataaagagtaattaatttagggttattcatggattttttttaaatgtaaa 35634777  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35634776 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 35634742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 181
Target Start/End: Original strand, 32305716 - 32305895
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32305716 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 32305815  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  32305816 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcat 32305895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 8106902 - 8107135
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||       | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8106902 ccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcatttgt 8107001  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    | ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||  |||||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  |        ||||||| ||    
T  8107002 gtccttatttattatgagatagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatgaattttttttaaatgtagaa 8107101  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  8107102 gtgtattaaatgaagaggactattttcaatgtat 8107135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 46 - 236
Target Start/End: Original strand, 42569953 - 42570146
Alignment:
Q  46 ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagt 144  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  42569953 ctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatcattgaagctaaattttatttgtgcatttatttattatgagagagaatattaaaaataagtaagt 42570052  T
Q  145 tgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat--ataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||| || |||||||  ||         || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42570053 tgatgaaataaatagtaattaatttagggatattcatagattttttttttaattgtaaaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 42570146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 36741815 - 36741718
Alignment:
Q  70 tttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatga---gagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaatt 164  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||    
T  36741815 tttcaaatgtgttagaagctaaatttcatttgtgtccttatttattattattagagagaatattaaaagtaagtaagttagtggaattaagagtaatt 36741718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 179
Target Start/End: Original strand, 17855397 - 17855533
Alignment:
Q  44 tcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaa 142  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||||| || |||||| | | ||||||||||||  ||    
T  17855397 tcctttttataagaaatattgaacaatttttaagtgtgttggaaactaaatttcatttgtatccttatttatgatgagaaatagtattaaaagtaattaa 17855496  T
Q  143 gttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattc 179  Q
    ||| |||||   || ||||||| ||||| ||||||||    
T  17855497 gttaatggaggcaatagtaattaatttaggggtattc 17855533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 45177598 - 45177557
Alignment:
Q  193 aaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgt 234  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45177598 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgt 45177557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Original strand, 1553725 - 1553966
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||       |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1553725 ccggtcctttttattagaaacaaaa-tgagaatttttgtggtcctttttataagaagtattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 1553823  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||       ||||||| |    
T  1553824 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaatttttttaaatgtaga 1553923  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  1553924 agtgtattaaatgaagttgactattttcaatgtattttcttgg 1553966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27333123 - 27332899
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27333123 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 27333024  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||       |||| || ||    
T  27333023 acccttattgattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttaatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaatttttttaaatatagaa 27332924  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattt 227  Q
    ||||||||||||||||| |||||||    
T  27332923 gtgtattaaatgaagatgactattt 27332899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 9 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 35050483 - 35050249
Alignment:
Q  9 ctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctt 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||       ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35050483 ctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggttctttttataaaaagatcgatcaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttgtgtcctt 35050384  T
Q  109 attgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||         ||||||| ||||||||    
T  35050383 attgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtatacatattttttttttaaatgtagaagtgtat 35050284  T
Q  209 taaatgaagataactattttcaatgtatattcttg 243  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  35050283 taaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 35050249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16130699 - 16130463
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130699 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 16130600  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat--ataannnnnnnaaatgta 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||         |||||||    
T  16130599 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaagggtattcatggattttttttttaaatgta 16130500  T
Q  200 taagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130499 gaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 16130463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Original strand, 30222701 - 30222942
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||       | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30222701 ccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcatttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgatgctaaaattcatttgt 30222800  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||        ||||||| ||    
T  30222801 gttcttattgattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttgatggattaaagagtaattaatttaaggatattcatatactttttttaaatgtagaa 30222900  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  30222901 gtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgg 30222942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 16130149 - 16129970
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16130149 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 16130050  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  16130049 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaggggtattcat 16129970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 45192757 - 45192517
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       | |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||| | |||||| |||||||||    
T  45192757 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttataagaagattgattaagtttctaatattttttatgctaaaattcatttgt 45192658  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    |  |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||       ||||||| ||    
T  45192657 gttcttattaattatgagacagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaatttttttaaatgtagaa 45192558  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttg 243  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  45192557 gtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 45192517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 5800617 - 5800389
Alignment:
Q  7 tcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccc 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  5800617 tcctttttattagaaacaaaagtgggaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaatttcatttgtgtcc 5800518  T
Q  107 ttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgt 206  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  ||        ||| || ||||||    
T  5800517 ttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagagaaattaatttaggggtattcat-gaattttttttaatatagaagtgt 5800419  T
Q  207 attaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5800418 attaaatgaagatgactattttcaatgtat 5800389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 27654614 - 27654846
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  27654614 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgatcaagttttaagtatctttgaagttaaatttcatttg 27654713  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| || ||  ||       |||| || |    
T  27654714 tgcccttatttattat--gagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggttttaatggaattttcttaaatataga 27654811  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27654812 ggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtat 27654846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 3 - 175
Target Start/End: Original strand, 9411736 - 9411909
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  9411736 ccggtccattttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatatttgaagttaaatttcacttg 9411835  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggt 175  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  9411836 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggt 9411909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 40988213 - 40988019
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagc 140  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||     
T  40988213 ggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaatttcatttgtgcccttatttattatga--gagaatattaaaagtaagt 40988116  T
Q  141 aagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataa-nnnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||        ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40988115 aagttggcggaataaagagtaattaatttaggggtattcattgaattttttttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 40988019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 236
Target Start/End: Original strand, 36834287 - 36834472
Alignment:
Q  46 ctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagtt 145  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  36834287 ctttttataagaaaattgattaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtacccttatttattat--aagagaatattaaaagtaagtaagtt 36834384  T
Q  146 gatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    | ||||||||||||||||| |||||  |||||||||  ||       ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  36834385 ggtggaataaagagtaattaattta--ggtattcat-gaaattttttaaatgtagaagtgtattaaataaagatgactatttttaatgtat 36834472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 6 - 236
Target Start/End: Original strand, 34546661 - 34546891
Alignment:
Q  6 gtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgc 104  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||        ||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  34546661 gtcctttttattagaaataaaagtgagaattttttttgtcttttttataaaaaatattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaa-tttcatttctgc 34546759  T
Q  105 ccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat--ataannnnnnnaaatgtataa 202  Q
    ||||||| ||||||||| |  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||         ||||||| |     
T  34546760 ccttatttattatgagaaa--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgaattttttttttaaatgtaaag 34546857  T
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34546858 gtgcattaaatgaagataactattttcaatgtat 34546891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 77 - 236
Target Start/End: Original strand, 27846418 - 27846578
Alignment:
Q  77 tatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggta 176  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||||| ||    
T  27846418 tatgtttgaagttaaatttcatttgtacccttatttattatgagagataatattaaaagtaagtaagttggtggaatagatagtaattaatttaaggata 27846517  T
Q  177 ttcatataa-nnnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||  ||        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27846518 ttcatggaattgtttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagataactattttcaaagtat 27846578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 61 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 4813878 - 4813702
Alignment:
Q  61 ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagt 160  Q
    |||| ||| ||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||| || |||    
T  4813878 ttgaccaatttttaagtgtgcttgaaactaaatttcatttgtgcccttatttattatgagaaggaatattaaaagtaagtaagttggtggaatgaaaagt 4813779  T
Q  161 aattcatttaagggtattcat-ataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||| |||||| |||||||||   ||       ||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4813778 aattaatttaaaggtattcatggaaaactatttaaatggagaggtgtattaaatgaagataactatttttaatgtat 4813702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 117
Target Start/End: Original strand, 35121218 - 35121293
Alignment:
Q  42 ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  35121218 ggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagcaaaatttcatttgtgcccttatttattat 35121293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 109 - 243
Target Start/End: Original strand, 35428415 - 35428553
Alignment:
Q  109 attgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttga----tggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagt 204  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||       |||| || |||     
T  35428415 attgattatgagagagaaaattaaaagtaagtaagttgattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcataaaaatttttaaaatatagaagc 35428514  T
Q  205 gtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttg 243  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  35428515 gtgttaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 35428553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 80 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 13879161 - 13879068
Alignment:
Q  80 gtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagg 173  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||  |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  13879161 gtttaaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagatagaatattaatagtaaataagttggtggaagaaagagtaattaatttaagg 13879068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 60 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 23933446 - 23933269
Alignment:
Q  60 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatatt-aaaagtaagcaagttgatggaataaaga 158  Q
    ||||| ||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||| |||| |||||| | |||| ||||    
T  23933446 attgaccaattttcaaatgtgtttgaagttaaatttcatttgtgcccttatttattatatgagagaatattaaaaaataagaaagttggtagaatcaaga 23933347  T
Q  159 gtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||| ||||| ||||||||||  ||       ||||||| | || ||||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  23933346 gtaattaatttaggggtattcatgaaaaaaaattaaatgtagaggtatattaaaagaaaataattattttcaatgtat 23933269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 181
Target Start/End: Original strand, 11907972 - 11908063
Alignment:
Q  88 ctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||| |||  |||||| |||||| |||||||||| || ||| |||||||||    
T  11907972 ctaaatttcatttgtgtctttatttattatgagagag--tattaaaaataaataagttggtggaatcaagagtaattaatgtaaaggtattcat 11908063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16129952 - 16129909
Alignment:
Q  193 aaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16129952 aaatgtaaaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 16129909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 21263082 - 21262907
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21263082 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgataatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgc 21262983  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtatt 178  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21262982 gcccatattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatt 21262907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 6 - 236
Target Start/End: Original strand, 33314340 - 33314570
Alignment:
Q  6 gtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33314340 gtcctttttattataaacaaaagtgagattatttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatttcatttgtgcc 33314439  T
Q  106 cttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtg 205  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  |||||||  ||       || |||| || ||    
T  33314440 ctcatttattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttggtggaataaagagtaattaatttaggaatattcatgaaatttttttaagtgtagaaatg 33314539  T
Q  206 tattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  33314540 tattaaatgaagatgaccattttcaatgtat 33314570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 40385422 - 40385183
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaaga---ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 99  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40385422 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 40385323  T
Q  100 tgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat--ataannnnnnnaaatg 197  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  || |       |||||    
T  40385322 tgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatggatta-ttttttaaatg 40385224  T
Q  198 tataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatat 238  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40385223 tagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatat 40385183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 7 - 242
Target Start/End: Original strand, 24868479 - 24868715
Alignment:
Q  7 tcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcc 105  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  24868479 tcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcatttgtacc 24868578  T
Q  106 cttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtg 205  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| || ||  ||       || | || | |||    
T  24868579 cttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaattttcttaattatagaggtg 24868678  T
Q  206 tattaaatgaagataactattttcaatgtatattctt 242  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  24868679 tattaaatgaagattactattttcaatgtattttctt 24868715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41174845 - 41174667
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgt 102  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  41174845 ccggtcctttttaatagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatattttaagctaaatttcatttgt 41174746  T
Q  103 gcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat 181  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||  |||||  || ||||||||| |||| ||| | ||||||||||    
T  41174745 gcccttatttattatgagagagaaagttaaaagtaaataagttagtgaaataaagaggaattaattgaggggtattcat 41174667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 3097695 - 3097498
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaa 142  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||  ||    
T  3097695 gtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagtgaaaattaaaagtaaataa 3097596  T
Q  143 gttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattc----atataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||  |||||||||||| | || ||||| |||||| |    || |         ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3097595 gttagtggaataaagaggatttaatttaggggtatacatggattttttttttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagattactattttcaatgtat 3097498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 60 - 181
Target Start/End: Original strand, 4237918 - 4238039
Alignment:
Q  60 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagag 159  Q
    |||||| || ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||  ||| || ||| |||||| |||||    
T  4237918 attgataaattttcatggatgtttgaagttaaatttcatttgtgccgttatttattatgagatagaataataaaatgaagtaaattggtggaatcaagag 4238017  T
Q  160 taattcatttaagggtattcat 181  Q
    ||||| ||||| ||||||||||    
T  4238018 taattaatttaggggtattcat 4238039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 2935034 - 2934942
Alignment:
Q  43 gtcctttttataagaa-gattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaa 134  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||| ||| |||| | ||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  2935034 gtcctttttataagaaagatttaccaatttttaagtgtatttgaagttaaatttcatttatacccttatttattatgagagaggttattaaaa 2934942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 21262596 - 21262545
Alignment:
Q  193 aaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtatattcttgg 244  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  21262596 aaatgtagaagcgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgg 21262545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 235
Target Start/End: Original strand, 4238206 - 4238237
Alignment:
Q  204 tgtattaaatgaagataactattttcaatgta 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4238206 tgtattaaatgaagataactattttcaatgta 4238237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 1365653 - 1365888
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1365653 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttgttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 1365752  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataa-nnnnnnnaaatgtat 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||        |||||||     
T  1365753 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaattttttgtaaatgtag 1365852  T
Q  201 aagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1365853 agatgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 1365888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 7243601 - 7243367
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7243601 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaacttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcatttg 7243502  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  |        ||||||| |    
T  7243501 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggattttttttaaatgtaga 7243402  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7243401 ggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 7243367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 24338197 - 24337967
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24338197 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 24338098  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtata 201  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||  ||       ||||||| |    
T  24338097 tgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttagggttattcatggaatttttttaaatgtaga 24337998  T
Q  202 agtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     |    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24337997 gg----ttaaatgaagataactattttcaatgtat 24337967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 6711 - 6947
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||       |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6711 ccggtcctttttattagaaacaaaagttaaaaaaaatttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 6810  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtattcat--ataannnnnnnaaatgta 199  Q
    ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||  | ||       |||||||    
T  6811 tgcgcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagttggtagaataaagagtaattaatttaaggatattcatagaaaaaaaaattaaatgta 6910  T
Q  200 taagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
     |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6911 gagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 6947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 258501 - 258358
Alignment:
Q  3 ccggtcctttttattataaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttg 101  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  258501 ccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagttaaatttcatttg 258402  T
Q  102 tgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagtt 145  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  258401 tgcctttatttattatgagagagaatattaaaattaagtaagtt 258358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 203 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 258309 - 258276
Alignment:
Q  203 gtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  258309 gtgtattaaatgaagattactattttcaatgtat 258276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 61 - 236
Target Start/End: Original strand, 30477 - 30652
Alignment:
Q  61 ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagt 160  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||    
T  30477 ttgaccaattttcaagtttgtttgaaattaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagacaatattaaaagtaagtaagttggcggaatcaagagt 30576  T
Q  161 aattcatttaagggtattcatataannnnnnnaaatgtataagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 236  Q
    |||| ||||| ||||||| ||  ||       ||||| | | ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30577 aattaatttaggggtatttatggaaaaaatttaaatgcagaggtgtattaaattaaaataactattttcaatgtat 30652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 30919 - 30839
Alignment:
Q  94 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttgatggaataaagagtaattcatttaagggtatt 178  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    | |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  30919 ttcatgtgcgcccttatttattatgagagagaatattaaaagt----atgttggtggaatcaagagtaattaatttaggggtatt 30839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University