View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5901-Insertion-3 (Length: 1045)

Name: NF5901-Insertion-3
Description: NF5901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5901-Insertion-3
NF5901-Insertion-3
[»] chr6 (43 HSPs)
chr6 (10-656)||(33284926-33285572)
chr6 (712-1045)||(33284536-33284873)
chr6 (10-277)||(33304195-33304459)
chr6 (10-257)||(28870202-28870446)
chr6 (10-276)||(33644573-33644836)
chr6 (10-257)||(33262357-33262601)
chr6 (367-594)||(33271219-33271446)
chr6 (10-261)||(33387881-33388129)
chr6 (367-580)||(33644942-33645156)
chr6 (342-595)||(33387550-33387803)
chr6 (10-277)||(9166472-9166727)
chr6 (473-595)||(33261995-33262117)
chr6 (460-595)||(33409362-33409497)
chr6 (30-273)||(31562877-31563117)
chr6 (124-260)||(33057306-33057442)
chr6 (367-595)||(33303874-33304102)
chr6 (460-595)||(28870658-28870792)
chr6 (126-257)||(33409709-33409840)
chr6 (376-592)||(9166145-9166358)
chr6 (480-595)||(33407758-33407873)
chr6 (462-595)||(33398450-33398583)
chr6 (473-595)||(33396808-33396930)
chr6 (10-81)||(33398958-33399029)
chr6 (473-595)||(33281110-33281232)
chr6 (131-261)||(33398799-33398929)
chr6 (126-201)||(33271582-33271657)
chr6 (479-553)||(33358351-33358424)
chr6 (204-277)||(33358644-33358717)
chr6 (10-96)||(33409861-33409947)
chr6 (10-81)||(33057470-33057541)
chr6 (30-81)||(33271690-33271741)
chr6 (712-789)||(33409064-33409141)
chr6 (604-656)||(33398311-33398363)
chr6 (604-656)||(33409223-33409275)
chr6 (481-531)||(31563331-31563381)
chr6 (35-81)||(33358800-33358846)
chr6 (488-595)||(33056956-33057060)
chr6 (342-406)||(33358500-33358564)
chr6 (714-789)||(31563574-31563649)
chr6 (714-789)||(33398154-33398229)
chr6 (231-277)||(33271515-33271561)
chr6 (955-1021)||(33281395-33281464)
chr6 (366-427)||(33409530-33409591)
[»] scaffold1408 (2 HSPs)
scaffold1408 (10-277)||(355-619)
scaffold1408 (473-595)||(22-144)
[»] scaffold0428 (4 HSPs)
scaffold0428 (10-277)||(6101-6365)
scaffold0428 (473-595)||(5768-5890)
scaffold0428 (473-595)||(13020-13142)
scaffold0428 (955-1021)||(12788-12857)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (124-282)||(31499199-31499357)
chr4 (10-267)||(31479041-31479295)
chr4 (125-267)||(31472695-31472837)
chr4 (10-88)||(31157123-31157201)
chr4 (124-178)||(31148107-31148161)
chr4 (131-277)||(31156934-31157080)
chr4 (10-81)||(31148192-31148263)
chr4 (490-554)||(31479566-31479630)
chr4 (10-88)||(31472580-31472661)
chr4 (10-81)||(31504226-31504297)
chr4 (130-192)||(31017356-31017418)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (473-595)||(17441397-17441519)
chr2 (11-277)||(17440914-17441159)
chr2 (503-583)||(17446954-17447034)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 43)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 33285572 - 33284926
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33285572 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 33285473  T
Q  110 tccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33285472 tccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaataatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 33285373  T
Q  210 ctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacctaatcaagagatccttccatggatagccgatat 309  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33285372 ctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacctaatcaagagatccttccgtggatagccgatat 33285273  T
Q  310 aaaattggttattgattctctttcttccttttgtgttccagtaattcttaagagatatcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33285272 aaaattggttattgattctctttcttcctttagtgttccagtaattcttaagagatatcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctc 33285173  T
Q  410 tctagagagtcctatgataagtttgaaaaaatcagctgttacattgttgggggtgaagtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtat 509  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33285172 tctagagagtcctatgataaatttgaaaaaatcagttgttacattgttgggggtgaagatttgggtatggaggtgaacagttgtggatatcgttgggtat 33285073  T
Q  510 gtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagtgtaagattatggcaattgaacaaccagaacaaga 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33285072 gtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagtgtaagattatggcaattgaacaaccagaacaaga 33284973  T
Q  610 aggtcatgaagagtctcaacctgacacgtttggatttgtaaagtaag 656  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33284972 aggtcatgaagagtctcaacctgacacgtttggatttgtaaagtaag 33284926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 712 - 1045
Target Start/End: Complemental strand, 33284873 - 33284536
Alignment:
Q  712 gggtaaattgtatgaagcaccggcacggatacatgactcaacacgaatatattgaaacgttgacaccaatactaatttnnnnnnnttacacaattcaatg 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  33284873 gggtaaattgtatgaagcaccggcatggatacatgactcaacacgaatatattgaaacgttgacaccaatactaatttaaaaaaattacacaattcaatg 33284774  T
Q  812 ttttgggtgtgaataacaacagcctatggagcacatacacttggaagattaggcgtgtaattaattttcaactcctgcttgcctcaatgtttggatcgca 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33284773 ttttgggtgtgaataacaacagcctatggagcacatacacttggaagattaggcgtgtaattaattttcaactcctgcttgcctcaatgtttggatcgca 33284674  T
Q  912 tgttttctgaatttgttatgaatttgataattgtacc-aagaaacattatatttttctttaactttggatcttctat--acagatgtaacagaag-agtg 1007  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  33284673 tgttttctgaatttgttatgaatttgat-attgtaccaaagaaacattatatttttctttaactttggatcttctattaacagatgtaacagaagaagtg 33284575  T
Q  1008 caagaggaacaaacttcctca-gtttcaatttattatac 1045  Q
    || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  33284574 caggaggaacaaacttccccaggtttcaatttattatac 33284536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 33304459 - 33304195
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||  ||||| ||  ||| |  |||||| ||    
T  33304459 tttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatcctaccctacg 33304360  T
Q  110 tccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 209  Q
    |||||   |||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||    
T  33304359 tcctt---tgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatagaccgatctc 33304263  T
Q  210 ctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||    
T  33304262 ctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgcggtattttccatggcacct 33304195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 257
Target Start/End: Original strand, 28870202 - 28870446
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||| |  |||| ||      
T  28870202 tttcaactgtccaaatttaggtgagagggaacgttgttgtagcatggcattttcatggatgaaacaattcattcgggcataccgacaatcctaccttg-- 28870299  T
Q  110 tccttatttgaagg-gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatct 208  Q
    ||  |||||| | | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||  ||||    
T  28870300 tc--tatttggatgcgtttaatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcatgggtggttcaatacaaatagacgaatct 28870397  T
Q  209 cctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtg 257  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28870398 cctattataaatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtg 28870446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 276
Target Start/End: Original strand, 33644573 - 33644836
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |  |||||  |     
T  33644573 tttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcaggagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaacctacaatcctacccaacc 33644672  T
Q  110 tccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 209  Q
    | |||   |||  ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||  |||||||| |||||||  |||||    
T  33644673 tactt---tgataggactcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcaaagtgtgggttattcaatacaaatagacgaatctc 33644769  T
Q  210 ctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacc 276  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||    
T  33644770 ctattatgcatgacaataacaataatatcattggatttgtatgttgtgcagtatttaccatggcacc 33644836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 33262601 - 33262357
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||| |  |||||| |     
T  33262601 tttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggacgacacaattcattcaagcataccaacaatcctaccctac- 33262503  T
Q  110 tccttatttgaagg-gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatct 208  Q
       ||||||| | | | |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||| |||||  | ||    
T  33262502 ---ttatttggatgagtttcaaattgttagtccaggaaatgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaataccagtagaccaaact 33262406  T
Q  209 cctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtg 257  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33262405 cctattatgcatgataataacaataatatcattggctttctatgttgtg 33262357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 367 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 33271446 - 33271219
Alignment:
Q  367 tcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgataagtttgaaaaaatcagctgttacattgttgggggtgaa 466  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| || ||| |||||||||||| |||||||| ||| | ||||||  |||   |||||||    
T  33271446 tcttattacgaccaaatcaagtcacctatggatgatcttcctccctcgagggtcctatgataaatttgaaaacatctgttgttacgatgtgttgggtgaa 33271347  T
Q  467 gtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttgg 566  Q
    |  || |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  |||||||    
T  33271346 ggcttgggtatggaggtgaagagttgcgggtatcgttggatatgtaaacaagacctacaagagttcaatataacaatgctgaatcacgaaaattccttgg 33271247  T
Q  567 ctccgaagtgtaagattatggcaattga 594  Q
    |||| || ||||||||| ||||||||||    
T  33271246 ctccaaaatgtaagattttggcaattga 33271219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 33388129 - 33387881
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||  ||||| ||| |||    ||||||||     
T  33388129 tttcaactgtccaaaactgggtgatagggagtgttgcagtagcatgacattttcatggatgacacaatttattaaggcaaaccgacaaacctaccctgc- 33388031  T
Q  110 tccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 209  Q
      ||  |||||   |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||  |||||||| |||||||| ||  |    
T  33388030 --ctattttgatacgattcaaattgttactacaggaagtgaaataccgagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaatactaatagacaaattgc 33387933  T
Q  210 ctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagt 261  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33387932 ctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttctatgttgtgcagt 33387881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 367 - 580
Target Start/End: Original strand, 33644942 - 33645156
Alignment:
Q  367 tcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgataagtttgaaaaaatcagctgttacattgttgggggtgaa 466  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || |||| |||||| || | |||| || ||||   | | ||||| ||| | | |||    
T  33644942 tcttattacgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccctcgagattcctataatgaatttggaagaatctattttgacatttttgagagggaa 33645041  T
Q  467 gtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcac-aaaatatccttg 565  Q
    | | | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||     
T  33645042 ggtctgggtatgaaggtgaagagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaatagttcaacttaacaatgatgaatcacaaaaatatcctta 33645141  T
Q  566 gctccgaagtgtaag 580  Q
    |||||||||||||||    
T  33645142 gctccgaagtgtaag 33645156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 342 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33387803 - 33387550
Alignment:
Q  342 gtgttccagtaattcttaagagatatcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgataagtttgaaaaaat 441  Q
    |||||||||| ||||| ||  ||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |  |||||||||  ||| | |||| ||| ||    
T  33387803 gtgttccagtcattctcaatggaggtcttgttacgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccacgagagtcctcggatgaatttggaaatat 33387704  T
Q  442 cagctgttacattgttgggggtgaagtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaaca 541  Q
    | | | | ||||| ||  |||  ||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||    
T  33387703 ctgttttgacatttttaaggggcaagctttgggtatggaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagaattcaacttacca 33387604  T
Q  542 atgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    ||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33387603 atgataaatcacgaaaattccttggctccgaagtgtaagattttggcaattgaa 33387550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 9166727 - 9166472
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||| ||| ||            |     
T  9166727 tttcaactgtccagaattgagtgataaggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgatgcaatttattcaggcaaacccac------------ca 9166640  T
Q  110 tccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 209  Q
    |||   |||||  ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||  | |||    
T  9166639 tcccactttgataggattcaaattgttacgccaggaattgaaataccaagttggatcaacaatcggagcgtggatggttcgataccaatagacctaactc 9166540  T
Q  210 ctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  9166539 ctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtattctccatggcacct 9166472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 473 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33262117 - 33261995
Alignment:
Q  473 ggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccga 572  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||    
T  33262117 ggtatggaggtgaagagttgcgggtatcattgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaaatccttggcttcga 33262018  T
Q  573 agtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    | ||||||||| |||||||||||    
T  33262017 aatgtaagattttggcaattgaa 33261995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 460 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33409497 - 33409362
Alignment:
Q  460 gggtgaagtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaata 559  Q
    |||||||||| | ||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||  |||      
T  33409497 gggtgaagttgtgggttttgaggtgaaaagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaaaagttcaacttcacaatgatgaatcatgaaaat 33409398  T
Q  560 tccttggctccgaagtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33409397 tccttggctcagaagtgtaagattatggcaattgaa 33409362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 273
Target Start/End: Original strand, 31562877 - 31563117
Alignment:
Q  30 gtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcgtccttatttgaagggattca 129  Q
    |||| ||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||  ||||||| | |||||  ||||||||   ||  || || | | ||||    
T  31562877 gtgagagggagcattgcaggagcatgacattttcatggatggcacaattcattaaggcatatccacactcctaccctgc---ctatttggatgagtttca 31562973  T
Q  130 tattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgtatgacaataac 229  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||| |||||  |||||||||||||||    ||||||  |||| ||||||||| |    
T  31562974 tattgttgttccaggaagtgaaataccgaattggatcaacaatcatagcatgggtgattcaataccaatagagttctctcctcctatgcatgacaatatc 31563073  T
Q  230 aataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggc 273  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31563074 aatgatatcattggctttgtatgttgtgcagtattttccgtggc 31563117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 124 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 33057442 - 33057306
Alignment:
Q  124 gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgtatgac 223  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||    
T  33057442 gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaatagcaatagaccgatctcctattaggcatgac 33057343  T
Q  224 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcag 260  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  33057342 aatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcag 33057306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 367 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33304102 - 33303874
Alignment:
Q  367 tcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgataagtttgaaaaaatcagctgttacattgttgggggtgaa 466  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |  |||||||||||  | | ||||||||||||   | | | ||| ||| |||||||    
T  33304102 tcttgttatgaccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatccattttaatatttttgagggtgaa 33304003  T
Q  467 gtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttgg 566  Q
    | |||| || |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||  | |||||    
T  33304002 gattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcggtgggtatgtaaagaagacctgcaagaattcaacttaacaatgatgaatcaagaaaatttcttgg 33303903  T
Q  567 ctccgaagtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    ||  |||||| |||| | |||||||||||    
T  33303902 ctgggaagtgcaagaatttggcaattgaa 33303874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 460 - 595
Target Start/End: Original strand, 28870658 - 28870792
Alignment:
Q  460 gggtgaagtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaata 559  Q
    |||||||||| | ||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||      
T  28870658 gggtgaagttgtgggttttgaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaa-cacaaaaat 28870756  T
Q  560 tccttggctccgaagtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    |||||||||| |||||  |||||| ||| |||||||    
T  28870757 tccttggctcagaagttcaagattttggaaattgaa 28870792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 126 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 33409840 - 33409709
Alignment:
Q  126 ttcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgtatgacaa 225  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||   ||||||| ||||  |||||||    
T  33409840 ttcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcgtgggtgcttcaatatcaattgatgaatctcctgttataaatgacaa 33409741  T
Q  226 taacaataatatcattggctttgtatgttgtg 257  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  33409740 taacaataatattattggctttgtaagttgtg 33409709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 376 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 9166358 - 9166145
Alignment:
Q  376 gaccaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgataagtttgaaaaaatcagctgttacattgttgggggtgaagtttttggt 475  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||| ||| | |||| |||||||   | | ||||| || ||||||||| ||| | |    
T  9166358 gaccaaatccagtcacctatggataatctacctcccccgagagtcctacgatgaatttggaaaaatccattttgacattattcggggtgaaggtttggat 9166259  T
Q  476 atggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagt 575  Q
    ||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||| ||| ||| ||||||| || ||    
T  9166258 atgaaggtgaagacttgtggataccgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaac---gatgaatcacgaaaaatcattggctcggacgt 9166162  T
Q  576 gtaagattatggcaatt 592  Q
    | |||| | ||||||||    
T  9166161 gcaagactttggcaatt 9166145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 480 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33407873 - 33407758
Alignment:
Q  480 aggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagtgtaa 579  Q
    ||||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||| ||    
T  33407873 aggtgaagagctgcgggtatagttgggtatgtaaacaagacctacaaaagttcaacttaacaatgatgaatcacgaaaattccttggctcagaagtgcaa 33407774  T
Q  580 gattatggcaattgaa 595  Q
    |||| ||| |||||||    
T  33407773 gattttggaaattgaa 33407758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 462 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33398583 - 33398450
Alignment:
Q  462 gtgaagtttttggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatc 561  Q
    |||||| ||| ||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || || ||||||||||||||  |||  ||    
T  33398583 gtgaaggtttgggttttgaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacgaaagttgaacttcacaatgatgaatcatgaaaattc 33398484  T
Q  562 cttggctccgaagtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  33398483 ctttgctcaaaagtgtaagattatggcaattgaa 33398450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 473 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33396930 - 33396808
Alignment:
Q  473 ggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccga 572  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||  ||||||| || ||    
T  33396930 ggtatggaggtgaagagctgcaggtatagttgggtatgtaaacaagacctacaaaagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaattccttggttcaga 33396831  T
Q  573 agtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    |||| |||||| ||| |||||||    
T  33396830 agtgcaagattttggaaattgaa 33396808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 33399029 - 33398958
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 81  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33399029 tttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggatgatacaattcat 33398958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 473 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33281232 - 33281110
Alignment:
Q  473 ggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccga 572  Q
    |||| ||||||||| ||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||   |||||||||| ||    
T  33281232 ggtacggaggtgaagagttgcgtgcatcgttgaatatgtaaacaagacctacaagagttcagtttaacaataatgaatcatgaagcttccttggctcaga 33281133  T
Q  573 agtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    |||| |||||| ||| |||||||    
T  33281132 agtgcaagattttggaaattgaa 33281110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 131 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 33398929 - 33398799
Alignment:
Q  131 attgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgtatgacaataaca 230  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  |||||||| |||||||  |||||||  |||| |||| |||||||    
T  33398929 attgttattccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagtgtgtgggtgattcaatacaaatagacctatctcctgctatgcatgataataaca 33398830  T
Q  231 ataatatcattggctttgtatgttgtgcagt 261  Q
    || | | |  |  ||||||||||||||||||    
T  33398829 atcagagccattactttgtatgttgtgcagt 33398799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 33271657 - 33271582
Alignment:
Q  126 ttcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaataga 201  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||| |||||||||||    
T  33271657 ttcatattataactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcgataccaataga 33271582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 479 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 33358424 - 33358351
Alignment:
Q  479 gaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcac 553  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  33358424 gaggtgaagagttgtgagtatcgttgggttt-taaacaagacctacaagagttcaacttcacaatgatgaatcac 33358351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 204 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 33358717 - 33358644
Alignment:
Q  204 gatctcctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  33358717 gatctcctattaggcatgacaataacaataatgtcattggttttgtatgttgtgcagtattttccatgacacct 33358644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 10 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 33409947 - 33409861
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaaca 96  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||  ||| ||||| |||||| |||||||    
T  33409947 tttcaactgtccaaaattggttgagagggaacgttgcagtagcatcacaatttcatggatggcacatttcattcaggcaaaccaaca 33409861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 33057541 - 33057470
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 81  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||| |||||||| |||||||||    
T  33057541 tttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcat 33057470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 33271741 - 33271690
Alignment:
Q  30 gtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 81  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  33271741 gtgagagggaacgttgcagtagcttgacattttcatggatgatacaattcat 33271690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 712 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 33409141 - 33409064
Alignment:
Q  712 gggtaaattgtatgaagcaccggcacggatacatgactcaacacgaatatattgaaacgttgacaccaatactaattt 789  Q
    ||||||||| |||||| ||| | |||||| |||| |||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  33409141 gggtaaattatatgaaacactgacacggacacataactcgacacaaatatattgacatgttgacaccaatactaattt 33409064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 604 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 33398363 - 33398311
Alignment:
Q  604 acaagaaggtcatgaagagtctcaacctgacacgtttggatttgtaaagtaag 656  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  33398363 acaagaaggtcacgaagagtttcaacctaacacgtttggatttttaaagtaag 33398311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 604 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 33409275 - 33409223
Alignment:
Q  604 acaagaaggtcatgaagagtctcaacctgacacgtttggatttgtaaagtaag 656  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  33409275 acaagaaggtcaagaagagtttcaacctaacacgtttggatttttaaagtaag 33409223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 481 - 531
Target Start/End: Original strand, 31563331 - 31563381
Alignment:
Q  481 ggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagtt 531  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31563331 ggtgaagagttgcggatatcgttgggtatgtaaacatgacctacaagagtt 31563381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 33358846 - 33358800
Alignment:
Q  35 agggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 81  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  33358846 agggaacgttgcagtagcatgacactttcatggatgaaacaattcat 33358800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 33057060 - 33056956
Alignment:
Q  488 agttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagtgtaagattatgg 587  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||   ||| |||||||||||||  |||||  |||| ||||| || ||| ||     
T  33057060 agttgcggttatcgttgggtatgtaaacaagatatacaagaattcaattt---aatcatgaatcacaaaaattccttaactccaaagtgcaaaattttga 33056964  T
Q  588 caattgaa 595  Q
    ||||||||    
T  33056963 caattgaa 33056956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 342 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 33358564 - 33358500
Alignment:
Q  342 gtgttccagtaattcttaagagatatcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctac 406  Q
    |||||||||||||||| ||  ||  |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  33358564 gtgttccagtaattctcaatggaggtcttattacgcccaaatcaagtcacctgtggataatctac 33358500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 714 - 789
Target Start/End: Original strand, 31563574 - 31563649
Alignment:
Q  714 gtaaattgtatgaagcaccggcacggatacatgactcaacacgaatatattgaaacgttgacaccaatactaattt 789  Q
    ||||||| ||||| |||| | |||||| ||||||||| ||| ||||||||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  31563574 gtaaattatatgaggcactgacacggacacatgactcgacatgaatatattgacatgttaacactaatactaattt 31563649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 714 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 33398229 - 33398154
Alignment:
Q  714 gtaaattgtatgaagcaccggcacggatacatgactcaacacgaatatattgaaacgttgacaccaatactaattt 789  Q
    ||||||| |||||| ||| | |||||| | || |||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  33398229 gtaaattatatgaaacactgacacggacatataactcgacacaaatatattgacatgttgacaccaatactaattt 33398154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 33271561 - 33271515
Alignment:
Q  231 ataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  33271561 ataataccattggctttgtatgctgtgtagtattttccgtggcacct 33271515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 955 - 1021
Target Start/End: Complemental strand, 33281464 - 33281395
Alignment:
Q  955 cattatatttttctttaactttggatcttctat--acagatgtaacagaag-agtgcaagaggaacaaac 1021  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  33281464 cattatagttttctttaactttggatcctctattaatagatgtaactgaagaagtgcaagaagaacaaac 33281395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 366 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 33409591 - 33409530
Alignment:
Q  366 atcttattacgaccaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgat 427  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||| || |  ||||||||||||||    
T  33409591 atcttattacaaccaaatcaagtcacctatggctagtctacttcccccgagagtcctatgat 33409530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 619 - 355
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |  |||     |    
T  619 tttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatcctacg----g 524  T
Q  110 tccttatttgaagg-gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatct 208  Q
    ||| |||||| | | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||  ||||    
T  523 tccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatagacgaatct 424  T
Q  209 cctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    ||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||    
T  423 cctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattttgcatggcacct 355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 473 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 144 - 22
Alignment:
Q  473 ggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccga 572  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||    
T  144 ggtatggatgtgaagtgttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaaaacttacaagagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaaatccttggcttcga 45  T
Q  573 agtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    | ||||||||| |||||||||||    
T  44 aatgtaagattttggcaattgaa 22  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 4)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 6365 - 6101
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |  |||     |    
T  6365 tttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatcctacg----g 6270  T
Q  110 tccttatttgaagg-gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatct 208  Q
    ||| |||||| | | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||  ||||    
T  6269 tccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatagacgaatct 6170  T
Q  209 cctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    ||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||    
T  6169 cctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattttgcatggcacct 6101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 473 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 5890 - 5768
Alignment:
Q  473 ggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccga 572  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||    
T  5890 ggtatggatgtgaagtgttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaaaacttacaagagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaaatccttggcttcga 5791  T
Q  573 agtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    | ||||||||| |||||||||||    
T  5790 aatgtaagattttggcaattgaa 5768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 473 - 595
Target Start/End: Original strand, 13020 - 13142
Alignment:
Q  473 ggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccga 572  Q
    |||| ||||||||| ||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||   |||||||||| ||    
T  13020 ggtacggaggtgaagagttgcgtgcatcgttgaatatgtaaacaagacctacaagagttcagtttaacaataatgaatcatgaagcttccttggctcaga 13119  T
Q  573 agtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    |||| |||||| ||| |||||||    
T  13120 agtgcaagattttggaaattgaa 13142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 955 - 1021
Target Start/End: Original strand, 12788 - 12857
Alignment:
Q  955 cattatatttttctttaactttggatcttctat--acagatgtaacagaag-agtgcaagaggaacaaac 1021  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  12788 cattatagttttctttaactttggatcctctattaatagatgtaactgaagaagtgcaagaagaacaaac 12857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 124 - 282
Target Start/End: Original strand, 31499199 - 31499357
Alignment:
Q  124 gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgtatgac 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||  ||||  |||||||| |||||||  |||||| |||||  |||||    
T  31499199 gattcatattgttactccaggaagtgaaatatcaagttggtttaagaatcagagcaagggtgattcaatacgaatagactcatctcccattatccatgac 31499298  T
Q  224 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacctaatca 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||    
T  31499299 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtattttctatggcacctcatca 31499357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Original strand, 31479041 - 31479295
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcg 109  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| || | || ||      
T  31479041 tttcaactgtcctaaattgggtgaaacggaacgttggagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaaccgacaattctcccatgac 31479140  T
Q  110 tccttatttgaagggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 209  Q
    ||||    |||  || |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||  ||||| || ||||| ||||||    ||||    
T  31479141 tcctc---tgatagggttcaaattgttactccaggtagtgaaatgccaagttggttcaacaatcagagcaagggtaatttaatacgaatagattcttctc 31479237  T
Q  210 ctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttc 267  Q
    | |||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  31479238 cgattatgcacgacaataacaataatatcgttggctgtgtatgttgtgtagtattttc 31479295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 125 - 267
Target Start/End: Original strand, 31472695 - 31472837
Alignment:
Q  125 attcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgtatgaca 224  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |  ||||  ||| |||| | |||||  |||||| |||||| ||||||    
T  31472695 attcagattgttactccaggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagaacaagggtgattcgatacgattagactcatctcccattatgcatgaca 31472794  T
Q  225 ataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttc 267  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||    
T  31472795 ataacaataatatcattggttgtatatgttgtgtagtattttc 31472837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 10 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 31157201 - 31157123
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggca 88  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| || |||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  31157201 tttcaactgtcctaaattgggtgagagtgaagattgcaatagcatggcattttcatggatgatacaattgattcaggca 31157123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 31148161 - 31148107
Alignment:
Q  124 gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagc 178  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  31148161 gattcaaattgttactccgggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagagc 31148107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 31157080 - 31156934
Alignment:
Q  131 attgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgtatgacaataaca 230  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||  |||||||  ||| |||  |||||  |||||| |  ||||| |||    
T  31157080 attgttattcctggaagtgaaataccaatttggttcaacaatcagagcgagggtgattcaataagaatggacctatctcagattatggacaacaatgaca 31156981  T
Q  231 ataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    || || |||||||| |||  ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  31156980 atgatttcattggcattgcttgttgtgcagtattctccgttgcacct 31156934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 31148263 - 31148192
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 81  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||| | |||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  31148263 tttcaactgtcctaaattgggtgagagggaatgttggaatagcatgatattttcatggatgatacaactcat 31148192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 490 - 554
Target Start/End: Original strand, 31479566 - 31479630
Alignment:
Q  490 ttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcaca 554  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||| || |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  31479566 ttgtgggtaccgttgggtttataaacaggatctacaagaattcaacttaacaaagatgaatcaca 31479630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 88
Target Start/End: Original strand, 31472580 - 31472661
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaac---gttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggca 88  Q
    |||||||||||| || || ||||| |||||||   |||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  31472580 tttcaactgtcctaatttgggtgagagggaacattgttgcactaacatgacattttcatggatgatacaactcattcaggca 31472661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 81
Target Start/End: Original strand, 31504226 - 31504297
Alignment:
Q  10 tttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 81  Q
    |||||||||||| ||||| | ||| |||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31504226 tttcaactgtcctaaattggatgagagggaatgctacattagaatgacattttcatggatgatacaattcat 31504297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 31017418 - 31017356
Alignment:
Q  130 tattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaat 192  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | |||| ||||||    
T  31017418 tattgttattcctggaagtgaaataccaaggtggttgaacaatcagagcctaggtaattcaat 31017356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 87; Significance: 4e-41; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 473 - 595
Target Start/End: Original strand, 17441397 - 17441519
Alignment:
Q  473 ggtatggaggtgaacagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccga 572  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||    
T  17441397 ggtatggaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacgaaaaaaccttggctcaga 17441496  T
Q  573 agtgtaagattatggcaattgaa 595  Q
    |||| |||||| |||||||||||    
T  17441497 agtgcaagattttggcaattgaa 17441519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 11 - 277
Target Start/End: Original strand, 17440914 - 17441159
Alignment:
Q  11 ttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcatccaggcataccaacacttttaccctgcgt 110  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||    ||||              
T  17440914 ttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttacagtagcatgacattttcatggatgatgcaattcattaaggcaaacc----ctttc--------- 17441000  T
Q  111 ccttatttgaag-ggattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctc 209  Q
       ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||  |||||||  |||||    
T  17441001 ---tatttgaataggattcatattgttagtccaggaagcgaaataccaagttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaataagaatagaccaatctc 17441097  T
Q  210 ctattatgtatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtgttttccgtggcacct 277  Q
    |||||| | |||      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  17441098 ctattaagcatg------acaataatatcattggttttgtatgttgtgcagtattttccatggcacct 17441159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 503 - 583
Target Start/End: Original strand, 17446954 - 17447034
Alignment:
Q  503 tgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagtgtaagatt 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||  |||||||||| |||||| ||||||    
T  17446954 tgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgttgaataacgaaaattccttggctcagaagtgcaagatt 17447034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University