View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5901_high_1 (Length: 697)
Name: NF5901_high_1
Description: NF5901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5901_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 686
Target Start/End: Original strand, 5698804 - 5699471
Alignment:
| Q |
19 |
ttcaggccacttcaaccctataagagcatccaatccaggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgcaatcttaatttaaca |
118 |
Q |
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5698804 |
ttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatccaggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgtaatcttaatttaaca |
5698903 |
T |
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| Q |
119 |
caacacataaaccttacatataattgtccaaacccactacctcaaccatttgatcttaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaa |
218 |
Q |
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| T |
5698904 |
caacacataaaccttacatataattgtccaaacccactacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaa |
5699003 |
T |
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| Q |
219 |
ctataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaagagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccactccaaatgt |
318 |
Q |
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5699004 |
ctataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaagagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccactccaaatgt |
5699103 |
T |
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| Q |
319 |
tctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaattttgtcatcacagtgacagcaaataaagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgagaattacttt |
418 |
Q |
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5699104 |
tctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaattttgtcatcacagtgacagcaaataaagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgagaattacttt |
5699203 |
T |
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| Q |
419 |
tttggatggtatatttggaccgacaaatatcatgttgtaagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcatttt |
518 |
Q |
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| T |
5699204 |
tttggatggtatatttggaccgacaaatatcatgttgtaagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcatttt |
5699303 |
T |
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| Q |
519 |
cttacgttaattaatttactagtgtttgtttgtcctaaaggacaaactattggagattatttgagagagtgagagataggatcacaataaataaatagat |
618 |
Q |
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| T |
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cttacgttaattaatttactagtgtttgtttgtcctaaaggacaaactattggagattatttgagagagtgagagataggatcacaataaatagatagat |
5699403 |
T |
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| Q |
619 |
aggataaatattattagaaatcatggtaggaccagataatatgttcaatatgtgaaagtaatgatatt |
686 |
Q |
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5699404 |
aggataaatattattagaaatcatggtaggaccagataatgtgttcaatatgtgaaagtaatgatatt |
5699471 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 522
Target Start/End: Original strand, 5686599 - 5687102
Alignment:
| Q |
19 |
ttcaggccacttcaaccctataagagcatccaatccaggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgcaatcttaatttaaca |
118 |
Q |
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5686599 |
ttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatccaggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgtaatcttaatttaaca |
5686698 |
T |
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| Q |
119 |
caacacataaaccttacatataattgtccaaacccactacctcaaccatttgatcttaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaa |
218 |
Q |
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| T |
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caacacataaaccttacatataattgtccaaacccactacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaa |
5686798 |
T |
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| Q |
219 |
ctataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaagagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccactccaaatgt |
318 |
Q |
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ctataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaagagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccacttcaagtgt |
5686898 |
T |
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| Q |
319 |
tctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaattttgtcatcacagtgacagcaaataaagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgagaattacttt |
418 |
Q |
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tctgaaatttaaacatgttggacagaaaaggaattttgtcatcacagtgacagcaaatagagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgataaatactat |
5686998 |
T |
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| Q |
419 |
tttggatggtatatttggaccgacaaatatcatgttgtaagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcatttt |
518 |
Q |
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| T |
5686999 |
tttggatggtatatttggaccgacaattatcatgttgtaagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcatttt |
5687098 |
T |
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| Q |
519 |
ctta |
522 |
Q |
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5687099 |
ctta |
5687102 |
T |
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