View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5907-Insertion-11 (Length: 498)

Name: NF5907-Insertion-11
Description: NF5907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5907-Insertion-11
NF5907-Insertion-11
[»] chr4 (54 HSPs)
chr4 (9-498)||(27565901-27566390)
chr4 (9-496)||(27425513-27426000)
chr4 (26-485)||(27415337-27415798)
chr4 (34-496)||(27412398-27412852)
chr4 (24-496)||(27420116-27420596)
chr4 (34-473)||(27570024-27570465)
chr4 (23-496)||(27563298-27563770)
chr4 (264-488)||(27585644-27585868)
chr4 (38-496)||(27422949-27423410)
chr4 (292-487)||(27478844-27479039)
chr4 (292-487)||(27497283-27497478)
chr4 (292-488)||(27506682-27506878)
chr4 (350-496)||(27503964-27504110)
chr4 (292-482)||(27485909-27486099)
chr4 (292-480)||(27527145-27527329)
chr4 (350-496)||(27475531-27475677)
chr4 (294-496)||(27508838-27509040)
chr4 (305-487)||(27524521-27524703)
chr4 (294-496)||(27468279-27468481)
chr4 (294-496)||(27514877-27515079)
chr4 (273-446)||(27513778-27513951)
chr4 (294-444)||(27489946-27490096)
chr4 (285-455)||(27498392-27498562)
chr4 (273-446)||(27486948-27487121)
chr4 (292-447)||(27501301-27501456)
chr4 (292-446)||(27526114-27526268)
chr4 (289-446)||(17970280-17970437)
chr4 (67-136)||(27557259-27557329)
chr4 (289-443)||(27557470-27557624)
chr4 (289-446)||(27431150-27431307)
chr4 (285-446)||(27500340-27500501)
chr4 (289-448)||(27502807-27502966)
chr4 (289-446)||(27444796-27444953)
chr4 (285-446)||(27476664-27476825)
chr4 (285-446)||(27479878-27480039)
chr4 (289-446)||(27505704-27505861)
chr4 (72-125)||(27516917-27516970)
chr4 (292-443)||(27424519-27424670)
chr4 (273-356)||(27469425-27469508)
chr4 (67-125)||(27466588-27466646)
chr4 (289-447)||(27554290-27554448)
chr4 (205-253)||(27526289-27526337)
chr4 (67-125)||(27473661-27473719)
chr4 (67-125)||(27500644-27500702)
chr4 (408-457)||(27419062-27419111)
chr4 (408-457)||(27559231-27559280)
chr4 (350-446)||(27411458-27411554)
chr4 (411-455)||(27473995-27474039)
chr4 (205-253)||(27516786-27516834)
chr4 (411-446)||(27460581-27460616)
chr4 (206-253)||(27473808-27473855)
chr4 (392-446)||(27495620-27495674)
chr4 (207-253)||(27500515-27500561)
chr4 (408-446)||(27571723-27571761)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (292-496)||(1756709-1756913)
chr5 (292-487)||(1754672-1754867)
chr5 (285-447)||(1754242-1754404)
chr5 (205-253)||(1754418-1754466)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (289-446)||(38043884-38044041)
chr3 (289-493)||(55084767-55084971)
chr3 (289-446)||(50909941-50910098)
chr3 (292-446)||(38024877-38025031)
chr3 (292-446)||(38031329-38031483)
chr3 (289-446)||(38028768-38028925)
chr3 (289-446)||(50904794-50904951)
chr3 (289-446)||(38040083-38040240)
chr3 (274-446)||(50911871-50912043)
chr3 (289-446)||(48840714-48840870)
chr3 (289-425)||(38033802-38033938)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (289-446)||(3073550-3073707)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (274-446)||(21607298-21607470)
chr8 (289-446)||(21604756-21604913)
chr8 (372-446)||(21634607-21634681)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 54)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 27566390 - 27565901
Alignment:
Q  9 ctttgtagattctttctccttcacaaatcattcaagtagccaacagtttttcaatattcttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggacca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27566390 ctttgtagattctttctccttcacaaatcattcaagtagccaacagtttttcaatattcttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggacca 27566291  T
Q  109 acacaaatcattcacatcctaaagcattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtcttttttaaaaccaatttttctcaagtttgaacgcata 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27566290 acacaaatcattcacatcctaaaccattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtcttttttaaaaccaatttttctcaagtttgaacgcata 27566191  T
Q  209 cagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27566190 cagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatcttgc 27566091  T
Q  309 agtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27566090 agtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattgtttcaagacttgctgatacaagttgaggaagagcat 27565991  T
Q  409 ggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaacc 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27565990 ggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggcgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatggactatgaacc 27565901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 9 - 496
Target Start/End: Original strand, 27425513 - 27426000
Alignment:
Q  9 ctttgtagattctttctccttcacaaatcattcaagtagccaacagtttttcaatattcttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggacca 108  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  27425513 ctttgtagattatttctcgttcactagtcattcaagtagccaacagtttttccatattctcttatctatatatattaaaggctacaagcatttaggacca 27425612  T
Q  109 acacaaatcattcacatcctaaagcattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtc-ttttttaaaaccaatttttctcaagtttgaacgcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  | | ||||||||||| ||| |||    
T  27425613 acacaaatcattcacatcctaaaccattccaattt-caaaaacttgcttcttgcttacaggtctttttttaaaactgaatattctcaagttttaacacat 27425711  T
Q  208 acagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttg 307  Q
    ||| ||||||||||||||||  || |||| |||| || ||||||||||  || ||||||| ||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  27425712 acaacaatgggttttcgttttgctggtatcatcagaaaggcatcattttctgcaaaccgatcagcttcgaaagctgtggacgtgccaaagggatatcttg 27425811  T
Q  308 cagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagca 407  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||| |  |||||||||||  |||  |||  ||||||||||      
T  27425812 cagtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcatttcaagacttattgagtcaatttgaggaagagtt 27425911  T
Q  408 tggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaa 496  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    || ||||| || |||||||| || ||| |||||||||  |||||||    
T  27425912 tggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaggatgtatttcaacatatgacatctcgcttgaatggcctatgaa 27426000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 26 - 485
Target Start/End: Original strand, 27415337 - 27415798
Alignment:
Q  26 ccttcacaaatcattcaagtagccaacagtttttcaatat----tcttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattc 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||    ||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27415337 ccttcaccaatcattcaagtagccaactgtttctcaatatgaattctttcatctatttatattcaaggctacaagcatttaggaccaacacaaaacattc 27415436  T
Q  122 acatcctaaagcattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagt---cttttttaaaaccaattt-ttctcaagtttgaacgcatacagcaatgg 217  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||||||| || ||||| |||| |   ||| ||| ||| |||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  27415437 acatcctaaagcattc-agttttcaaaaacttg-ttattgct-acaatttatcttattttaaaacaatttcttctcaagttttaacacatacaacaatgg 27415533  T
Q  218 gttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgt 317  Q
    |||||||| |||||||||| |||| || | ||||||||  || || ||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27415534 gttttcgtgtccctagtatcatcagaaagtcatcattttctgcaagccgagtaatttcaaaagttgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgt 27415633  T
Q  318 tggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgat 417  Q
    ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||||||    
T  27415634 tgga---aaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgat 27415730  T
Q  418 catccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaa 485  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||    
T  27415731 cattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagatgtctttcaacacataacatctcgcttgaa 27415798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 34 - 496
Target Start/End: Original strand, 27412398 - 27412852
Alignment:
Q  34 aatcattcaagtagccaacagtttttcaatattcttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattcacatcctaaagc 133  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  27412398 aatcattcaagtagccaatggtttctcaatattcttttatctatatatattcatggctgcaagcatttaggacaaacacaaatcattcacatcctaaacc 27412497  T
Q  134 attccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtcttttttaaaaccaatttttctcaagtttgaacgcatacagcaatgggttttcgtttccctag 233  Q
    |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||    | |||||  ||| ||||||  |||||||||||||||| || |    
T  27412498 attttaattt-caaaaacttgcttcttgcttacaagtc-ttcctacaaccatttgaatttaagttctaacacatacaaaaatgggttttcgtttctctgg 27412595  T
Q  234 tattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaag 333  Q
    ||| |||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||          
T  27412596 tatcatcagaagggcatcattttctgcaaaccgagcagtttcaaaagctgttgacatgccaaagggatatattgccgtgtatgttggagagaaa------ 27412689  T
Q  334 cgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcc 433  Q
    || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||  |||  |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  27412690 cggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtcaagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcc 27412789  T
Q  434 tcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaa 496  Q
    |||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||  |||||||    
T  27412790 tcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataacatctcgctcgaatgggctatgaa 27412852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 24 - 496
Target Start/End: Original strand, 27420116 - 27420596
Alignment:
Q  24 ctccttcacaaatcattcaagtagccaacagtttttcaatatt----cttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcat 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||| |||    |||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27420116 ctccttcaccaatcattcaagtaggcaactgtttctcaaaattagttcttacatctatatatattcaaggctacaagcatttaggaccaacacaaaacat 27420215  T
Q  120 tcacatcctaaagcattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtctttttta-----aaaccaatttttctcaagtttgaacgcatacagcaa 214  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||||| |||| | |||||     |||||| || |||| |||||| ||| |||||| |||    
T  27420216 tcacatcctaaagcattcagattt-caaaaacttggtctttgcttaaaagtttattttatttttaaaccatttcttctaaagttttaacacatacaacaa 27420314  T
Q  215 tgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgta 314  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||  || ||||||| ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27420315 tgggttttcgtttccctggtatcatcagaaaggcatcattttctgcaaaccgatcagcttcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtata 27420414  T
Q  315 tgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatat 414  Q
    ||||||||||||||| | ||| | | | |||||| |||||||| ||| |||||| |  ||||||| ||||||||  |||| ||||||||||  |||||||    
T  27420415 tgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcatttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatat 27420514  T
Q  415 gatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaa 496  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  27420515 gatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataacttcttgcttcaatgggctatgaa 27420596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 34 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 27570465 - 27570024
Alignment:
Q  34 aatcattcaagtagccaacagtttttcaat-attcttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattcacatcctaaag 132  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570465 aatcattcaagtagccaatggtttctcaattattcttttaactatatatattcatgactgcaagcatttagaaccaacacaaatcattcacatcctaaag 27570366  T
Q  133 cattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtctttttt--aaaaccaatttttctcaagtttgaacgcatacagcaatgggttttcgtttccc 230  Q
    ||||| ||| |  ||||||||| || ||||||| |||| ||| ||  ||||||| || ||||||||| | ||| ||||||  |||||||||||||  |||    
T  27570365 cattcaaatctg-aaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaatgggttttcgtccccc 27570267  T
Q  231 tagtattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaa 330  Q
    | |||| |||| ||||||||| |||  |||||||||| ||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  27570266 tggtatcatcagaagggcatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacag 27570167  T
Q  331 aagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtg 430  Q
    | ||| | |||||||||| |||||||| | | |||||| |  ||||||||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||    
T  27570166 acgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtg 27570067  T
Q  431 gcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataac 473  Q
    ||||||||||||||||    |||||| |||| |||||||||||    
T  27570066 gcctcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 27570024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 27563770 - 27563298
Alignment:
Q  23 tctccttcacaaatcattcaagtagccaacagtttttcaatattcttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattca 122  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||         ||||||   |||||||||    
T  27563770 tctccttcaccaatcattcaagtagccaatagttttgcaatattcttttatctatatatattcatggttgcaat--------accaact--aatcattca 27563681  T
Q  123 catcctaaagcattccaatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagt---------cttttttaaaaccaatttttctcaagtttgaacgcatacagca 213  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||| ||||         ||||||| |||  |||| ||||||||||| ||| ||  |||||    
T  27563680 catcctaaagcattcaaatttc-aaaaacttggttattgcttaaaagtttttttgttctttttttaaa--aattcttctcaagttttaacacactcagca 27563584  T
Q  214 atgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcat---ttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcag 310  Q
    |||||||||||||| ||| |||| || | |||| ||||||   ||  |  || |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27563583 atgggttttcgtttacctggtatcattagaaggtcatcatcgtttacttcaagccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcag 27563484  T
Q  311 tgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatgg 410  Q
    |||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||  ||||| || ||||||  |||    
T  27563483 tgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttgg 27563384  T
Q  411 atatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaa 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  27563383 atatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 27563298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 264 - 488
Target Start/End: Original strand, 27585644 - 27585868
Alignment:
Q  264 ccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaac 363  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  27585644 ccgatcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatctcgcagtgtgcgttggtgataaacaaaagagatttgtgatccccgtatcatacttgaac 27585743  T
Q  364 caaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttcc 463  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||  ||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    ||||||| ||||     
T  27585744 caaccattgtttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattccttgcacagaagatgccttca 27585843  T
Q  464 aacatataacttcttgcttgaatga 488  Q
    |||||||||||| | ||||||||||    
T  27585844 aacatataacttatcgcttgaatga 27585868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 38 - 496
Target Start/End: Original strand, 27422949 - 27423410
Alignment:
Q  38 attcaagtagccaacagtttttcaatattcttttatctatatatattc-at-ggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattcacatcctaaag-ca 134  Q
    ||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||| |||  || ||||| || ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  ||    
T  27422949 attcaagtagccaatggtttctcaaaattcttttatctatataaattttataggttagaaccatttagaaccaactctaatcattcacatcctaaaaaca 27423048  T
Q  135 ttc-caatttccaaaaacttgcttcttgcttacaagtcttttttaaaaccaatttttctcaagtttgaacgcatacagcaatgggttttcgtttccctag 233  Q
    ||  ||||||  |||||||||  | ||||||  || | |||| |||||||| || |||| |  ||| ||| |||||| |||||||| | |||||| || |    
T  27423049 tttgcaatttg-aaaaacttggctattgcttttaatttttttctaaaaccacttcttctaactttttaacacatacaacaatgggtatccgtttctctgg 27423147  T
Q  234 tattatcaaaagggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaag 333  Q
    |||||||| |||||| ||||||  || |||||||||| | ||||||| || |||| |||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||| |      
T  27423148 tattatcagaagggcctcattttctgcaaaccgagcaatatcaaaagctgcggacatgccaaagagatatcttgctgtatatgttggatagaaacagaca 27423247  T
Q  334 cgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcc 433  Q
    ||   |||||||| |||||||||| |||||||||| |  |||||||| ||| |||  ||||| |||||||||  ||| ||  ||||||| ||||||||||    
T  27423248 cggcatgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtcaagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcc 27423347  T
Q  434 tcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaa 496  Q
    ||||| |||||||    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  27423348 tcaccgttccttgcacggaagatgttttccaacatataacttctcacttgaatggactatgaa 27423410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 292 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 27479039 - 27478844
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    |    
T  27479039 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27478940  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 487  Q
    |||| || |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27478939 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttgaatg 27478844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 292 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 27497478 - 27497283
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||| | |||||||| ||||||||| | ||| |||  |    
T  27497478 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaatatttgttgagtc 27497379  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 487  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  27497378 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatg 27497283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 292 - 488
Target Start/End: Original strand, 27506682 - 27506878
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||    |    
T  27506682 ccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27506781  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatga 488  Q
    |||| || |||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27506782 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagatgtctttcaacacataacttcttgcttgaatga 27506878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 350 - 496
Target Start/End: Original strand, 27503964 - 27504110
Alignment:
Q  350 tatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtgg 449  Q
    |||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||  ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  27503964 tatcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcac 27504063  T
Q  450 tgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaa 496  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27504064 cgaagatgtcttccaacacataacttcttgcttgaatggactatgaa 27504110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 292 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 27486099 - 27485909
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    |    
T  27486099 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27486000  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgctt 482  Q
    |||| || |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||  ||||| |||||  |||||||||||||    
T  27485999 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaaggcgtctttcaacacgtaacttcttgctt 27485909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 292 - 480
Target Start/End: Original strand, 27527145 - 27527329
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||| || | |||||||| | ||||| ||| |||||||  |    
T  27527145 ccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctgagtc 27527244  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgc 480  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||     || | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27527245 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg----atcccaattccttgcagtgaagatgtcttccaacatataacttcttgc 27527329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 350 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 27475677 - 27475531
Alignment:
Q  350 tatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtgg 449  Q
    |||||||| |||| ||||| |  |||||||||||| |||  ||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       
T  27475677 tatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctc 27475578  T
Q  450 tgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactatgaa 496  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  27475577 cgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgggctatgaa 27475531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 294 - 496
Target Start/End: Original strand, 27508838 - 27509040
Alignment:
Q  294 aaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaa 393  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||  | ||  | |||||  |||||||||| |  |||||||||||| |||  ||     
T  27508838 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcag 27508937  T
Q  394 gctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactat 493  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  27508938 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttcaatggactat 27509037  T
Q  494 gaa 496  Q
    |||    
T  27509038 gaa 27509040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 305 - 487
Target Start/End: Original strand, 27524521 - 27524703
Alignment:
Q  305 ttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaaga 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||| ||  |  | ||  |||||||  |||||||||| |  |||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  27524521 ttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaaga 27524620  T
Q  405 gcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 487  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27524621 gtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccgaagatgtcttccaacatataacttcatgcttgaatg 27524703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 294 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 27468481 - 27468279
Alignment:
Q  294 aaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaa 393  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    ||| |||||  ||||  |||||||| | |||||||| |  |||||||||||| |||  |||    
T  27468481 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27468382  T
Q  394 gctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactat 493  Q
     | ||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  27468381 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtcttccaacatataatttcttccttgaatggactat 27468282  T
Q  494 gaa 496  Q
    |||    
T  27468281 gaa 27468279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 294 - 496
Target Start/End: Original strand, 27514877 - 27515079
Alignment:
Q  294 aaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaa 393  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    ||| |||||  ||||  |||||||| |||| ||||| |  |||||||||||| |||  |||    
T  27514877 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27514976  T
Q  394 gctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaactat 493  Q
     | ||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  27514977 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagatgtcttccagcatataatttcttccttgaatggactat 27515076  T
Q  494 gaa 496  Q
    |||    
T  27515077 gaa 27515079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 273 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27513951 - 27513778
Alignment:
Q  273 ttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttg 372  Q
    |||||||| ||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| | | |    
T  27513951 ttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcg 27513852  T
Q  373 tttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    || ||||| ||| |||  |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27513851 ttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttg 27513778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 294 - 444
Target Start/End: Original strand, 27489946 - 27490096
Alignment:
Q  294 aaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaa 393  Q
    |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||  | |||||| | ||| |||| |  |||||||| ||| |||  |||    
T  27489946 aaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaa 27490045  T
Q  394 gctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcct 444  Q
    || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27490046 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcct 27490096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 285 - 455
Target Start/End: Original strand, 27498392 - 27498562
Alignment:
Q  285 ggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttg 384  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||    
T  27498392 ggacatgccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttg 27498491  T
Q  385 ctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaaga 455  Q
     |||  ||||| |||||| |    | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  27498492 ttgaaccaagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcggagaaga 27498562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 273 - 446
Target Start/End: Original strand, 27486948 - 27487121
Alignment:
Q  273 ttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttg 372  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||   ||||| |||||||||||  |||||||| | |||||||| | |    
T  27486948 ttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaaccatcg 27487047  T
Q  373 tttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    |||||||| ||| |||  |||||||| ||| |   || ||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  27487048 tttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttg 27487121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 447
Target Start/End: Original strand, 27501301 - 27501456
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||   || || ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  27501301 ccaaagggatgtctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttgaacc 27501400  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgt 447  Q
    |||| |||||| |   || ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  27501401 aagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttgt 27501456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 292 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27526268 - 27526114
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| ||  |||||||| |||||||| | |  || ||||| ||| |||  |    
T  27526268 ccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgagcc 27526169  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    ||||||||||| |   || |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  27526168 aagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttg 27526114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Original strand, 17970280 - 17970437
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||   ||||| ||||||||||| |  |||||| |||||||| | |  |||||| |||||||||    
T  17970280 gtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctga 17970379  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      |  || ||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17970380 gtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttg 17970437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 136
Target Start/End: Original strand, 27557259 - 27557329
Alignment:
Q  67 cttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacac-aaatcattcacatcctaaagcatt 136  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  27557259 ctttcatctatatatattcatagttgcaagcatttaggaccaacacaaaatcattcacaacctaaagcatt 27557329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 289 - 443
Target Start/End: Original strand, 27557470 - 27557624
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||   ||| | ||||||||||| || |||||| | |||||||| |  |||||||| |||||||    
T  27557470 gtgccaaggggatatcttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaaccatcatttcaagaattgctga 27557569  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcc 443  Q
      |||||||||||| |   || ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  27557570 atcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattcc 27557624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27431307 - 27431150
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||  ||   ||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||| |||    
T  27431307 gtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgttga 27431208  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      ||||| |||||| |   ||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||    
T  27431207 atcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttg 27431150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27500501 - 27500340
Alignment:
Q  285 ggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttg 384  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||   |  || ||||| |||    
T  27500501 ggacgtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaaagttcattccaagaattg 27500402  T
Q  385 ctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    ||||  ||| |||| ||| ||   |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  27500401 ctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggtggcatcactattccttg 27500340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 289 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 27502966 - 27502807
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||    ||||| |||||||| || || |||||  |||| ||| | |  ||||||||||||||||    
T  27502966 gtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaaacttcatttcaagacttgctga 27502867  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtg 448  Q
      ||||||| ||||||   ||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27502866 gccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttgtg 27502807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27444953 - 27444796
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||   ||| | ||||||||||| ||||||||| ||| |||| | |  |||||||| ||  |||    
T  27444953 gtgccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatcatcatttcaagaattattga 27444854  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      ||||| |||||| |    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27444853 atcaagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttg 27444796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 285 - 446
Target Start/End: Original strand, 27476664 - 27476825
Alignment:
Q  285 ggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttg 384  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||   ||||| |||||||| ||  |||||||| |||||||| | |  || |||||  ||    
T  27476664 ggacgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaactg 27476763  T
Q  385 ctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    ||||  |||  ||||||| |   || ||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  27476764 ctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttg 27476825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 285 - 446
Target Start/End: Original strand, 27479878 - 27480039
Alignment:
Q  285 ggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttg 384  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||||   ||||| |||||||| ||  |||||||| |||||||| | |  || ||| | |||    
T  27479878 ggacgtgccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacatcattccaaaagttg 27479977  T
Q  385 ctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
     |||  |||||||||||| |   || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27479978 ttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttg 27480039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27505861 - 27505704
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||   ||||| |||||||| ||  |||||||| |||||||| | |  || ||||| ||| |||    
T  27505861 gtgccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttga 27505762  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      |||||||||||| |   || |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27505761 accaagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttg 27505704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 27516970 - 27516917
Alignment:
Q  72 atctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattcacat 125  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27516970 atctatatatattcatggctgcaagcatttagcaccaacacaaatcattcacat 27516917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 27424670 - 27424519
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||||||  ||   | ||| |||||||| ||  |||||||| |||||||||| |  |||||||| ||||| |  |    
T  27424670 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatc 27424571  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcc 443  Q
    || |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27424570 aatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattcc 27424519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 356
Target Start/End: Original strand, 27469425 - 27469508
Alignment:
Q  273 ttcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcata 356  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27469425 ttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcata 27469508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 67 - 125
Target Start/End: Original strand, 27466588 - 27466646
Alignment:
Q  67 cttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattcacat 125  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27466588 ctttcatctatatatattcatggctgcaagcctttagcaccaacacaaatcattcacat 27466646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 289 - 447
Target Start/End: Original strand, 27554290 - 27554448
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||   ||||| ||||||||  | || || |   | | |||||| | ||||||||| |||||||    
T  27554290 gtgccaaagggataccttgcagtatatgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagccaaccatcgtttcaagaattgctga 27554389  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgt 447  Q
      |||||||||||| |   ||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||    
T  27554390 atcaagctgaggaacaatttggatatgatcatccaacgggtagtctcacaattccttgt 27554448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 27526337 - 27526289
Alignment:
Q  205 catacagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcat 253  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  27526337 catacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaagggcatcat 27526289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 125
Target Start/End: Original strand, 27473661 - 27473719
Alignment:
Q  67 cttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattcacat 125  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  27473661 ctttcatctatatatattcatggctgcaagcctttagcatcaacacaaatcattcacat 27473719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 27500702 - 27500644
Alignment:
Q  67 cttttatctatatatattcatggttacaagcatttaggaccaacacaaatcattcacat 125  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  27500702 ctttcatctatatatatccatggttgcaagcctttagcaccaacaaaaatcattcacat 27500644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 408 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 27419111 - 27419062
Alignment:
Q  408 tggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatg 457  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  27419111 tggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccttgcggtgaagatg 27419062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 408 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 27559280 - 27559231
Alignment:
Q  408 tggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatg 457  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||    
T  27559280 tggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagtgaagatg 27559231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 350 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27411554 - 27411458
Alignment:
Q  350 tatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| || || |  ||||| || |||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  27411554 tatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttg 27411458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 411 - 455
Target Start/End: Original strand, 27473995 - 27474039
Alignment:
Q  411 atatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaaga 455  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  27473995 atatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcggagaaga 27474039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 27516834 - 27516786
Alignment:
Q  205 catacagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcat 253  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  27516834 catacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaaggtcatcat 27516786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 411 - 446
Target Start/End: Original strand, 27460581 - 27460616
Alignment:
Q  411 atatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27460581 atatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttg 27460616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 253
Target Start/End: Original strand, 27473808 - 27473855
Alignment:
Q  206 atacagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcat 253  Q
    ||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  27473808 atacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcaaaagggcatcat 27473855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 392 - 446
Target Start/End: Original strand, 27495620 - 27495674
Alignment:
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    ||||||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27495620 aagctgaagaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttg 27495674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 207 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 27500561 - 27500515
Alignment:
Q  207 tacagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcat 253  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  27500561 tacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaaggtcatcat 27500515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 408 - 446
Target Start/End: Original strand, 27571723 - 27571761
Alignment:
Q  408 tggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27571723 tggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttg 27571761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 292 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 1756913 - 1756709
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||| |||  |    
T  1756913 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgttgagtc 1756814  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgaact 491  Q
    ||||||| |||||   |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||  ||    
T  1756813 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 1756714  T
Q  492 atgaa 496  Q
    |||||    
T  1756713 atgaa 1756709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 292 - 487
Target Start/End: Original strand, 1754672 - 1754867
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||   ||||||||| ||||||||| |||| ||||| | |||||||  |||| |||  |    
T  1754672 ccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtc 1754771  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatg 487  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    |||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||    
T  1754772 aagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtcttcgaaaatataacttctagcttaaatg 1754867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 1754404 - 1754242
Alignment:
Q  285 ggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttg 384  Q
    ||||| |||||| |||||||| || || |||||||||||  ||   ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||  |||||| | |||    
T  1754404 ggacgagccaaaaggatatctagctgtatatgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattg 1754305  T
Q  385 ctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgt 447  Q
    || |   || |||||||| ||  || |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  1754304 ctaaacaaatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggtggtctcactattccttgt 1754242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 1754466 - 1754418
Alignment:
Q  205 catacagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaaagggcatcat 253  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  1754466 catacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaaggacatcat 1754418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Original strand, 38043884 - 38044041
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||   ||||| ||||||||||| || |||||| |||| ||| | | |||||||||||||||||    
T  38043884 gtgccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgctga 38043983  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      ||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38043984 gtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttg 38044041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 289 - 493
Target Start/End: Original strand, 55084767 - 55084971
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||| || || ||| |||||||||| |  |||||||||||| |||    
T  55084767 gtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaaccatcatttcaagacttgttga 55084866  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggtgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatga 488  Q
      |  || ||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    |||||||| |||   ||||| |||||| |||| |||||    
T  55084867 gtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttctttcatattacttctcgcttcaatga 55084966  T
Q  489 actat 493  Q
    |||||    
T  55084967 actat 55084971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Original strand, 50909941 - 50910098
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||     ||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| | |  |||||| ||||| |||    
T  50909941 gtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttga 50910040  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      ||||  ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50910041 atcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttg 50910098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 292 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38025031 - 38024877
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||   ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| | |  |||||| ||||  |||  |    
T  38025031 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 38024932  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    |||| ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  38024931 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttg 38024877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 292 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38031483 - 38031329
Alignment:
Q  292 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctgatac 391  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||   ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| | |  |||||| ||||  |||  |    
T  38031483 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 38031384  T
Q  392 aagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    |||| ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  38031383 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttg 38031329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38028925 - 38028768
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||   ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||| | |  |||||| || || |||    
T  38028925 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttga 38028826  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      ||||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38028825 gtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttg 38028768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 50904951 - 50904794
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||   ||||| ||||||||||  || || ||| |||||||| | |  |||||||||||| |||    
T  50904951 gtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgttga 50904852  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      | ||| ||||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50904851 gtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 50904794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38040240 - 38040083
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||   ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||| | |  |||||| || || |||    
T  38040240 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttga 38040141  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      ||||| ||||||||    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38040140 gtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttg 38040083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 274 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 50912043 - 50911871
Alignment:
Q  274 tcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgt 373  Q
    |||||||||| | | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||    || || |||||||||||||  |||||| |||||||| | |  |    
T  50912043 tcaaaagttgtgaatgtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcat 50911944  T
Q  374 ttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    ||||| ||||| |||  ||||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  50911943 ttcaaaacttgttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttg 50911871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 48840870 - 48840714
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |    ||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||| | |  |||||||||||| |||    
T  48840870 gtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgttga 48840771  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
       |||  ||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48840770 gt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttg 48840714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 38033938 - 38033802
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||   ||||| ||||| |||||||  |||||| |||||||| | |  |||||| ||||| |||    
T  38033938 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttga 38033839  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaat 425  Q
      ||||| ||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  38033838 gtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaat 38033802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Original strand, 3073550 - 3073707
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||   ||||| ||||||||||| |  |||||| |||||||| | |  |||||| |||||||||    
T  3073550 gtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctga 3073649  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      |  || ||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3073650 gtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttg 3073707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 274 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 21607470 - 21607298
Alignment:
Q  274 tcaaaagttgaggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgt 373  Q
    |||||||||| | | || ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||   ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||| | | |  |    
T  21607470 tcaaaagttgtgaatgtaccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagcttcct 21607371  T
Q  374 ttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    ||||| ||||  |||  ||||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  21607370 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttg 21607298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 21604913 - 21604756
Alignment:
Q  289 gtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccgttgtttcaagacttgctga 388  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||   ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||| | |  |||||| || || |||    
T  21604913 gtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgttga 21604814  T
Q  389 tacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
      ||||  ||||||||    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  21604813 gtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttg 21604756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 372 - 446
Target Start/End: Original strand, 21634607 - 21634681
Alignment:
Q  372 gtttcaagacttgctgatacaagctgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 446  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||    
T  21634607 gtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttg 21634681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University