View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5907-Insertion-16 (Length: 365)

Name: NF5907-Insertion-16
Description: NF5907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5907-Insertion-16
NF5907-Insertion-16
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (8-284)||(36369198-36369474)
chr4 (23-298)||(36373832-36374107)
chr4 (22-292)||(36387791-36388061)
chr4 (8-362)||(36404489-36404845)
chr4 (8-363)||(36397556-36397911)
chr4 (8-363)||(36425969-36426324)
chr4 (22-296)||(36433840-36434114)
chr4 (12-302)||(36411807-36412097)
chr4 (12-302)||(36417138-36417428)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 8 - 284
Target Start/End: Original strand, 36369198 - 36369474
Alignment:
Q  8 agaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369198 agaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcccgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgag 36369297  T
Q  108 tttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369298 tttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcat 36369397  T
Q  208 ggggatttaatggacgttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactagg 284  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  36369398 ggggatttaatggacgttcagaaacttagcgatcaaggccaggatttatttttacgcgtcaatgcaattgaactagg 36369474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 23 - 298
Target Start/End: Original strand, 36373832 - 36374107
Alignment:
Q  23 tttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttggaagaatgtga 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  36373832 tttgtcggaatggagaagggtttatcaaagttgcaagcttgaaagttcctgatatatctgtggcagttactaaaggtggtctgagtttggaagaatgcga 36373931  T
Q  123 gaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcatggggatttaatggac 222  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36373932 ggaagaatgcttgagaaactgctcttgtacttcctatgcagttgctgatgtgagtaatggtggaagtggctgtttggcatggtatggggatttaatggac 36374031  T
Q  223 gttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatattccccc 298  Q
     |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  36374032 attcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttgtacgtgtcgatgcagttgaactaggtaaggtatttcccc 36374107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 292
Target Start/End: Original strand, 36387791 - 36388061
Alignment:
Q  22 gtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttggaagaatgtg 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36387791 gtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtg 36387890  T
Q  122 agaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcatggggatttaatgga 221  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36387891 agaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaattgctgatgtgaggaatggtggaagtggatgtttggcatggcatggggatttaataga 36387990  T
Q  222 cgttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatat 292  Q
    | |||| ||| |||  ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  | ||||||||||||||||||    
T  36387991 cattcaaaaacttaatgatcaaggccaagatttatttctacgcgtcgataaaattgaactaggtaagatat 36388061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 362
Target Start/End: Original strand, 36404489 - 36404845
Alignment:
Q  8 agaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgag 107  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  |||||||| |||||| |||||  || ||||| | || |||||||||    
T  36404489 agaaaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgag 36404588  T
Q  108 tttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  36404589 tttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaattgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttggcatggcat 36404688  T
Q  208 ggggatttaatggacgttcagaaagt---tagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatattcccccctacca 304  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||| ||| |||||      
T  36404689 ggggatttaatggacattcaaaaacttagtagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtcgataaagttgaactaggtaagatatcccctcctactg 36404788  T
Q  305 tgtttttcgttctaaatttgatataacttaggtgcagtttgaacttatttgaacttgt 362  Q
    | |||||| |||||||||||| |  ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||    
T  36404789 tttttttc-ttctaaatttgacagcacttatgtatagtttaaacttatttggacttgt 36404845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 363
Target Start/End: Original strand, 36397556 - 36397911
Alignment:
Q  8 agaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgag 107  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| | | || |||||||||    
T  36397556 agaaaggtgcatctgtctgtgggaatggcgaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatatatctggggcagttaccatagatggtttgag 36397655  T
Q  108 tttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcat 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  36397656 tttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcctgtacttcctatgcagtagccgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttggcatggcat 36397755  T
Q  208 ggggatttaatggacgttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatattcccccctaccatgt 307  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| || ||| ||  ||||||||| |||||||||||||| |||||  | |    
T  36397756 ggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaacttggtaagatattccctcctactgttt 36397855  T
Q  308 ttttcgttctaaatttgatataacttaggtgcagtttgaacttatttgaacttgtt 363  Q
    ||||  |||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||||| | || |||||||    
T  36397856 tttttcttctaaatttgacaccacttatgtgtagtttaaacttctctggacttgtt 36397911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 363
Target Start/End: Original strand, 36425969 - 36426324
Alignment:
Q  8 agaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgag 107  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||| || |||  ||| ||||| | || ||||||||     
T  36425969 agaaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaa 36426068  T
Q  108 tttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcat 207  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36426069 tttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcat 36426168  T
Q  208 ggggatttaatggacgttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatattcccccctaccatgt 307  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |  |||||||||||||||||| ||||| ||| |    |    
T  36426169 ggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtcgctaaagttgaactaggtaagattttccctcctgctggtt 36426268  T
Q  308 ttttcgttctaaatttgatataacttaggtgcagtttgaacttatttgaacttgtt 363  Q
    ||||| | |||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||||| |||| |||||||    
T  36426269 ttttcttgctaaatttgacaccacttatgtgtagtttaaacttctttggacttgtt 36426324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 22 - 296
Target Start/End: Original strand, 36433840 - 36434114
Alignment:
Q  22 gtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttggaagaatgtg 121  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36433840 gtttgtgggaatggagaagggtttatcaaaattgtcagcttgaaagttcctgatacatcgatggcaaatgccaaaggtggtttgagtttggaagaatgtg 36433939  T
Q  122 agaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcatggggatttaatgga 221  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36433940 aaaaagaatgcttcagaaactgttcttgtacagcctatgcagttgataatgtgagcaatggtggaagcgggtgtttggcatggcatggtgatttaatgga 36434039  T
Q  222 cgttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatattccc 296  Q
    | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  36434040 cattcaaaaagtaagcgatcaaggccaagatttatttttacgtgtcgataaagttgaactaggtaagaaattccc 36434114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 12 - 302
Target Start/End: Original strand, 36411807 - 36412097
Alignment:
Q  12 aggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttg 111  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||| ||| ||||| | || |||||||| ||||    
T  36411807 aggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttg 36411906  T
Q  112 gaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcatgggg 211  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||     
T  36411907 gaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatggga 36412006  T
Q  212 atttaatggacgttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatattcccccctac 302  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||  |||| ||||||||||||||||| || ||| |   ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36412007 atttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaacttggtaagatattccctcctac 36412097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 12 - 302
Target Start/End: Original strand, 36417138 - 36417428
Alignment:
Q  12 aggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcctgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttg 111  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||| ||| ||||| | || |||||||| ||||    
T  36417138 aggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttg 36417237  T
Q  112 gaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggaagtggttgtttggcatggcatgggg 211  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||     
T  36417238 gaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatggga 36417337  T
Q  212 atttaatggacgttcagaaagttagcgatcaaggccaagatttatttttacgagtcaatgcagttgaactaggtaagatattcccccctac 302  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||  |||| ||||||||||||||||| || ||| |   ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36417338 atttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaacttggtaagatattccctcctac 36417428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University