View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5907-Insertion-2 (Length: 960)

Name: NF5907-Insertion-2
Description: NF5907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5907-Insertion-2
NF5907-Insertion-2
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (8-496)||(32267860-32268348)
chr2 (535-949)||(32267436-32267846)
chr2 (440-653)||(32271836-32272045)
chr2 (11-151)||(32274335-32274473)
chr2 (159-381)||(32272176-32272409)
chr2 (8-133)||(24552480-24552605)
chr2 (688-756)||(32271744-32271809)
chr2 (700-772)||(14446615-14446684)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-133)||(23964160-23964282)
chr1 (440-586)||(48169925-48170069)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-133)||(13899158-13899281)
chr7 (11-133)||(13569339-13569461)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 32268348 - 32267860
Alignment:
Q  8 acaaaatgtgtttgggagtctcactatgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttttcagatatgatgttaacattaagac 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32268348 acaaaatgtgtttgggagtctcactatgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttttcagatatgatgttaacattaagat 32268249  T
Q  108 gaaaacatgctaaaaagcctgaatggatattccaaagtggatagcagctcaacacatttgatttacctttgtttattggttcctagtatgtgatactcca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32268248 gaaaacatgctaaaaagcctgaatggatattccaaagtggatagcagctcaacacatttgatttacctttgtttattggttcctagtatgtgatactcca 32268149  T
Q  208 aataatatactttgtttgtgtatatttcagtaggaccaaatgattaatattccttaagtatatttctgtttgttgggtcaaaggcttatcgtgttgtact 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32268148 aataatatactttgtttgtgtatatttcagtaggaccaaatgattaatattccttaagtatatttctgtttgttgggtcaaaggcttatcgtgttgtact 32268049  T
Q  308 gccaaattcatgtagtacgaatcccatccgtgtaattttttgaaaaatgttgcttgattgaacttgaatttaaatacatgaatgatttgttcaatattta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32268048 gccaaattcatgtagtacgaatcccatccgtgtaattttttgaaaaatgttgcttgattgaacttgaatttaaatacatgaatgatttgttcaatattta 32267949  T
Q  408 tgtacaggttgaaggaaactatatatcataaaactttctctactaattcgaacaatatcataacactttcttacaattatttatcgtgt 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32267948 tgtacaggttgaaggaaactatatatcataaaactttctctactaattcgaacaatatcataacactttcttacaattatttatcgtgt 32267860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 535 - 949
Target Start/End: Complemental strand, 32267846 - 32267436
Alignment:
Q  535 tacaaatatgattcttcatgaatagttttggagaatggataaaagtgttcatatatgtagagtgtagcaagataaattacggtagacatatttttatcat 634  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32267846 tacaaatatgattcttcatgaatagttttggagaatggataaaagtgttcatatatgtagagtgtagcaagataaattacggtagacatatttttatcat 32267747  T
Q  635 tacatattcggtggatgtaaagaattgnnnnnnnnnnnnnnnnncctaccgtacgtgggttctaaaattcggcacttttgatagtacattgaaacgttgg 734  Q
    ||||||||||||||||||||||||||                  |||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32267746 tacatattcggtggatgtaaagaatt-ttttattttttatttttcctac----cgtgggttctaaaattcggcagttttgatagtacattgaaacgttgg 32267652  T
Q  735 gtcatggtaaaatttcagtcctaaaatttgatgtgtcatttattggatgtcatttggtttgtacctaacaaaggtgtgatcg-nnnnnnnnnaatataag 833  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          ||||||||    
T  32267651 gtcatggtaaaatttcagtcctaaaatttgatgtgtcatttattggatgtcatttggttggtacctaacaaaggtgtgatcgttttttttttaatataag 32267552  T
Q  834 aaaccactttattaagaagaatgcaagacatattcaatctcaaattaaaccagtgtgcagactttatagtcaaactaggagcttcaaatgatgatgatct 933  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32267551 aaaccactttattaagaagaatgcaagacatattcaatctcaaattaaaccggtgtgcatactttgtagccaaactaggagcttcaaatgatgatgatct 32267452  T
Q  934 gactattcactcccac 949  Q
    ||||| ||||||||||    
T  32267451 gactaatcactcccac 32267436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 440 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 32272045 - 32271836
Alignment:
Q  440 actttctctactaattcgaacaatatcataacactttcttacaattatttatcgtgtcatttaggaattactatttagtgattccttctaggttctacaa 539  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| || ||||| |     
T  32272045 actttttctactaattcgaacaatatcataacactttcttacaattatttgttgtgtcattttggaactactatttagtgatttcttcaagtttctatag 32271946  T
Q  540 atatgattcttcatgaatagttttggagaatggataaaagtgttcatatatgta--gagtgtagcaagataaattacggtagacatatttttatcattac 637  Q
    ||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||  |||    
T  32271945 atatga---ttcatgaata-ttttggagaatggataaaagggttcatttatgtattgagtgtagcaagataaattattgtatacatatttttatc--tac 32271852  T
Q  638 atattcggtggatgta 653  Q
    ||||||||||||||||    
T  32271851 atattcggtggatgta 32271836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 11 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 32274473 - 32274335
Alignment:
Q  11 aaatgtgtttgggagtctcactatgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttttcagatatgatgttaacattaagacgaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  32274473 aaatgtgtttgggagtctcactacgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttatcatatatgatgtcaacattaagacgaa 32274374  T
Q  111 aacatgctaaaaagcctgaatggatattccaaagtggatag 151  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  32274373 aacatgttaaaaagcctgaatgg--attccaaagtggatag 32274335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 159 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 32272409 - 32272176
Alignment:
Q  159 acacatttgatttacctttgtttattggttcctagtatgtgatactccaaataatata-ctttgtttgtgtatatttcagtaggaccaaatgattaatat 257  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||    
T  32272409 acaccttttatttacctgtgtttattggttcctagtatgtgatactccaa-taatataactttgtttgtgtatatttccgtaggaagaaattattaatat 32272311  T
Q  258 tccttaagtat-----------atttctgtttgttgggtcaaaggcttatcgtgttgtactgccaaattcatgtagtacgaatcccatccgtgtaatttt 346  Q
    ||  |||||||           ||||||||||||| ||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||  |     
T  32272310 tctgtaagtatttgagtagtatatttctgtttgttaggaaaaaagcttatcgtattgtactgccaaattcatctagtaagaatcctatctgtgtaaacta 32272211  T
Q  347 ttgaaaaatgttgcttgattgaacttgaatttaaa 381  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32272210 ttgaaaaatattgcttgattgaacttgaatttaaa 32272176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 8 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 24552605 - 24552480
Alignment:
Q  8 acaaaatgtgtttgggagtctcactatgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttttcagatatgatgttaacattaagac 107  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||   ||||||||||| |||| |||||     
T  24552605 acaaaatgtgtttgggagtctcgccatgatgctcaggttaagaagaattttcattatccagctcaacaccgtttccaagatatgatgtcaacaataagag 24552506  T
Q  108 gaaaacatgctaaaaagcctgaatgg 133  Q
     ||| ||||||| | | |||||||||    
T  24552505 caaagcatgctagagatcctgaatgg 24552480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 688 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 32271809 - 32271744
Alignment:
Q  688 cgtgggttctaaaattcggcacttttgatagtacattgaaacgttgggtcatggtaaaatttcagtcct 756  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32271809 cgtgggttctaaaattcggcacttttgata---cattcaaacgttgggccatggtaaaatttcagtcct 32271744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 700 - 772
Target Start/End: Original strand, 14446615 - 14446684
Alignment:
Q  700 aattcggcacttttgatagtacattgaaacgttgggtcatggtaaaatttcagtcctaaaatttgatgtgtca 772  Q
    |||||||||||| |||||   |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  14446615 aattcggcacttatgata---cattcaaacgttggaccatggtaaaatttcagtccttcaatttgaggtgtca 14446684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 133
Target Start/End: Original strand, 23964160 - 23964282
Alignment:
Q  11 aaatgtgtttgggagtctcactatgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttttcagatatgatgttaacattaagacgaa 110  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||   ||||||||||| |||| |||||  ||    
T  23964160 aaatgtgtttgggagtctcgccatgatgctcaggttaagaagaattttcattatcgagctcaacacagtttccaagatatgatgtcaacagtaagagcaa 23964259  T
Q  111 aacatgctaaaaagcctgaatgg 133  Q
    | ||||||| | | |||||||||    
T  23964260 agcatgctagagatcctgaatgg 23964282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 440 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 48170069 - 48169925
Alignment:
Q  440 actttctctactaattcgaacaatatcataacactttcttacaattatttatcgtgtcatttaggaattactatttagtgattccttctaggttctacaa 539  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| | || ||| ||  | |||||||||||||||| || ||    
T  48170069 actttctctactaatttgaacaatattataacagtttcttacaattatttatcatgtctttttgaaactaccatccaatgattccttctaggttttataa 48169970  T
Q  540 atatgattcttcatgaata-gttttggagaatggataaaagtgttcat 586  Q
    ||||||   ||||||||||  |||||||||| |||  |||||||||||    
T  48169969 atatga---ttcatgaatattttttggagaaaggactaaagtgttcat 48169925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 133
Target Start/End: Original strand, 13899158 - 13899281
Alignment:
Q  10 aaaatgtgtttgggagtctcactatgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttttcagatatgatgttaacattaagacga 109  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| || | |||||  |    
T  13899158 aaaatgtgtttgggagtctcgccatgatgctcagcttaagaagaattttcattatcgagctcaacaccgtttccaagatatgatgtcaatagtaagagca 13899257  T
Q  110 aaacatgctaaaaagcctgaatgg 133  Q
    || ||||||| | | |||||||||    
T  13899258 aagcatgctagagatcctgaatgg 13899281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 133
Target Start/End: Original strand, 13569339 - 13569461
Alignment:
Q  11 aaatgtgtttgggagtctcactatgatgctcaggttaagaagaattttcattaccgagctcaacaccgtttttcagatatgatgttaacattaagacgaa 110  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||   ||||||||||| |||| |||||  ||    
T  13569339 aaatgtgtttggaagtctccccatgatgctcatgttaagaagaattttcattatcgagctcgacaccgtttccaagatatgatgtcaacagtaagagcaa 13569438  T
Q  111 aacatgctaaaaagcctgaatgg 133  Q
    | ||||||| | | |||||||||    
T  13569439 agcatgctagagatcctgaatgg 13569461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University