View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5907_low_1 (Length: 1109)
Name: NF5907_low_1
Description: NF5907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5907_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 803
Target Start/End: Original strand, 36521267 - 36522048
Alignment:
| Q |
18 |
tgtcgtttagttttctttctgaccattggattttttaaacatcaaaatccagtgatgacttcctcaatgttgagcttgtttgcatgggccctacctcgtg |
117 |
Q |
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| T |
36521267 |
tgtcgtttagttttctttctgaccattggatttgttaaacatcaaaatccagtgatgacttcctcaatgttgagcttgcttgcatgggccctacctcgtg |
36521366 |
T |
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| Q |
118 |
cccttctggataaatgattaatttgaattttggatgtagtacactacaatgtttttaaggtaaactctttagtaatgaaaagaattttatcagcttataa |
217 |
Q |
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| T |
36521367 |
cccttctggataaatgattaattggaattttggatgtagtacactacaatgtttttaaggtaaactctttagtaatgaaaagaattttatcagcttataa |
36521466 |
T |
|
| Q |
218 |
gggtaaatattggacgtcattgtattcatattgtggtcactaataaattctttttcatcatcaaatagtataccaaatgtatgacatggtaaaagaatga |
317 |
Q |
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||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
36521467 |
gggtaaatattggtcgtcattgtattcatattgtggtcactaataaattctttttcatcatcaaatagtataccaaatgtatgacatggtaaaagaatga |
36521566 |
T |
|
| Q |
318 |
aatcataatttttatcaagtacgaatcaaacacataatagaatttatatcataatatatatgcctattctatctgcacaccaaacaagctttagagttta |
417 |
Q |
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| T |
36521567 |
aatcataatttttatcaagtacgaatcaaacacataatataatttatatcata----atatgcctattctatctgcacaccaaacaagctttagtgttta |
36521662 |
T |
|
| Q |
418 |
gttcaacattttaaataattttttctcagttcaataggacactttactaattgatgactcgttgacacacttggatggattatgttaatatgtttttctg |
517 |
Q |
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|
| T |
36521663 |
gttcaacattttaaataattttttctcagttcaataggacactttactaattgatgactcgttgacacacttggatggattatgttaatatgtttttctg |
36521762 |
T |
|
| Q |
518 |
caagatgcatgttaatagaatctgtcttataattatcaaatcactatcatcaaaccaccattattgaacattcaatgtatcaattagtgtatatcttgac |
617 |
Q |
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| T |
36521763 |
caagatgcatgttaatagaatctgtcttataattatcaaatcactatcatcaaaccaccattattgaacattcaatgtatcaattagtgtatatcttgac |
36521862 |
T |
|
| Q |
618 |
tatgctccaatgagaagaattatttgaattacaattaactttctttcatgacattattagaatatttgnnnnnnncttcatgacacctattgagcaaatc |
717 |
Q |
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| T |
36521863 |
tatgctccaatgagaagaattatttgaattacaattaactttctttcatgacattattagaatatttgtttttttcttcatgacacctattgagcaaatc |
36521962 |
T |
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| Q |
718 |
attgacattttaataggagaaatagtactatagtatatcactttttctaacttctaactaaccaaatggccattgaatagtgacca |
803 |
Q |
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| T |
36521963 |
attgacattttaataggagaaatagtactatagtatatcactttttctaacttctaactaaccaaatggccattgaatagtgacca |
36522048 |
T |
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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 874 - 1097
Target Start/End: Original strand, 36522119 - 36522342
Alignment:
| Q |
874 |
caatcaacttaaagcttccatttattgctaacccttaacgtatcttccaatatatgttgacagattcccacttttttggtcctcaaatccctttacacat |
973 |
Q |
| |
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| T |
36522119 |
caatcaacttaaagcttcaatttattgctaacccttaacgtatcttccaatatatgttgacatattcccacttttttggtcctcaaatccctttacacat |
36522218 |
T |
|
| Q |
974 |
tcaaataacgctattctaggaccaaaaagtacaagtatacatgatctttcacagcccactttacactaacttcaatgttaatagttccttcttaccaaag |
1073 |
Q |
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|
| T |
36522219 |
tcaaataacgctattctaggaccaaaaagaacaagtatacatgatctttcacaacccactttacactaacttcaatgctaatagttccttcttaccaaaa |
36522318 |
T |
|
| Q |
1074 |
cattggaaaaagcccatgatgatg |
1097 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| |
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| T |
36522319 |
cattggaaaaagcccatgatgatg |
36522342 |
T |
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