View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5909-Insertion-3 (Length: 875)

Name: NF5909-Insertion-3
Description: NF5909
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5909-Insertion-3
NF5909-Insertion-3
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (9-870)||(32933605-32934470)
chr1 (160-459)||(32949743-32950029)
chr1 (185-464)||(32883201-32883473)
chr1 (158-450)||(32917720-32918015)
chr1 (653-870)||(32950226-32950443)
chr1 (267-460)||(32893224-32893417)
chr1 (225-440)||(19505133-19505348)
chr1 (793-870)||(32883985-32884062)
chr1 (776-870)||(32918330-32918424)
chr1 (810-870)||(32894886-32894946)
chr1 (657-745)||(32894721-32894809)
chr1 (657-746)||(19504972-19505061)
chr1 (661-746)||(32883839-32883924)
chr1 (660-746)||(32918200-32918286)
chr1 (151-197)||(32893123-32893169)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 730; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 730; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 870
Target Start/End: Original strand, 32933605 - 32934470
Alignment:
Q  9 cttcgaacaaaaatgtctattctgaagtcgtagtcaggaatataatgtgtttaggaatcacattcaatcaccctttatatgcattcaggaatcacattca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32933605 cttcgaacaaaaatgtctattctgaagtcgtaatcaggaatataatgtgtttaggaatcacattcaatcaccctttatatgcattcaggaatcatattca 32933704  T
Q  109 atccccacaaaaaataaagatatcaccaccaaaaaaggaatttaagttgtatatataatgtgcatgcgttgagcctctaaataagtgcagaaaagaaaca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  32933705 atccccacaaaaaataaagatatcaccaccaaaaaaggaatttaagttgtatatataatgtgcatgcgttgagcctcta--taagtgcagaaaagaaaca 32933802  T
Q  209 tcatcacgtcacttataaacttatggagcaaaaaatattctctcttctgcttgtatacagagagttcaagccacacctgctcatggtcttaacccaagtt 308  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32933803 tcaccacatcacttataaacttatggagcaaaaaatattctctcttctgcttgtatacagagagttcaagccacacctgctcatggtcttaacccaagtt 32933902  T
Q  309 ggctatactttaatattttttatcactcaagcttcgttcaatcatggaatgagtccttatgtttatgttacgtaccggcacgttgttgccgggattgcga 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  32933903 ggctatactttaatattttttatcactcaagcttcgttcaatcatggaatgagtccttatgtttatgttacgtaccggcacgttgtcgctgggattgcga 32934002  T
Q  409 tgtttccttttgcatactttctggagaggtacatgtacatttcttttcaaatgcatacaagttcttatttgttgtttttattagggtgcaatggtggtat 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32934003 tgtttccttttgcatactttctggagaggtacatgtacatttcttttcaaatgcatacaagttcttatttgttgtttttattagggtgcaatggtggtat 32934102  T
Q  509 gatcacacttgaattaatttgtttgtaata----aataaaggggaatgctaaccagtacctctggggcactgattaaggataccatagagaaataattga 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||  ||| |||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32934103 gatcacacttgaattaatttgtttgtaataaataaataaagggtcatgataaccaatgcctctgaggcaccgattaaggataccatagagaaacaattga 32934202  T
Q  605 ttttggtataataataaatgatagaacattcattacttgataaaaattgtac---ttgtttttcctgcagaagtgtaagaccaaagctgacatttgctct 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32934203 ttttggtataataataaatgatagaacattcattacttgataaaaattgtacttgttgtttttcttgcagaagtgcaagaccaaagctgacatttgctct 32934302  T
Q  702 tttggtggagatttttgtgctttcagcattagggtaagaacaaatnnnnnnnnttacaggattagttttaagataattttataattttgacatattattg 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32934303 tttggtggagatttttgtgctttcagcattagggtaagaacaaat-aaaaaaattacaggattagttttaagataattttataattttaacatattattg 32934401  T
Q  802 caggatcagtttgtctatcaatttgtactttgcaagcttaaagtatacttctccaacatttcttgcttc 870  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32934402 caggatcagtttgtctatcaatttgtactttgcaagcttaaagtatacttctccaacatttcttgcttc 32934470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 160 - 459
Target Start/End: Original strand, 32949743 - 32950029
Alignment:
Q  160 tatataatgtgcatgcgttgagcctctaaataagtgcagaaaagaaacatcatcacgtcacttataaacttatggagcaaaaaatattctctcttctgct 259  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||   |||||||||||| |||||||||| |||| ||||      
T  32949743 tatataatgtgcatgtattgagcttctaaataattgcagaaaaaaaacttcatcacatcact---aaacttatggagaaaaaaatattttctcctctg-- 32949837  T
Q  260 tgtatacagagagttcaagccacacctgctcatggtcttaacccaagttggctatactttaatattttttatcactcaagcttcgttcaatcatggaatg 359  Q
           |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  32949838 -------agagagtttaagccacacctgctcatgctcctaacccaagttggctacactttaatatattttatcactgaagcttccttcaatcatggaatg 32949930  T
Q  360 agtccttatgtttatgttacgtaccggcacgttgttgccgggattgcgatgtttccttttgcatactttctggagaggtacatgtacatttcttttcaaa 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32949931 agtccttatgtttatgttacgtaccggcacattgtcgccggggttgtaatgtttccttttgcgtactttctggagaggtacatgtacattt-ttttcaaa 32950029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 185 - 464
Target Start/End: Original strand, 32883201 - 32883473
Alignment:
Q  185 ctaaataagtgcagaaaagaaacatcatcacgtcacttataaacttatggagcaaaaaatattctctcttctgcttgtatacagagagttcaagccacac 284  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||| |||| |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  32883201 ctaaataagtgcaagaaagaaacatcatcac--------taaacttatggagaaaaaagtattttctcctctacatgtatacaaagagttcaagccacac 32883292  T
Q  285 ctgctcatggtcttaacccaagttggctatactttaatattttttatcactcaagcttcgttcaatcatggaatgagtccttatgtttatgttacgtacc 384  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||||||| ||  ||| ||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  32883293 ctggtcatggttttagcccaagttggctatacctttttatattttatctctgaatcttccttcaatcatggaatgagtccttatgtttatgttacctatc 32883392  T
Q  385 ggcacgttgttgccgggattgcgatgtttccttttgcatactttctggagaggtacatgtacatttcttttc-aaatgcat 464  Q
    |||| ||| | || |||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  32883393 ggcatgttctcgctggggctgtgatgtttccttttgcatactttcttgagaggtacatgtacatttctcttcgaaatgcat 32883473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 158 - 450
Target Start/End: Original strand, 32917720 - 32918015
Alignment:
Q  158 tatatataatgtgcatgcgttgagcctctaaataagtgcagaaaagaaacatcatcacgt---cacttataaacttatggagcaaaaaatattctctctt 254  Q
    ||||||||||||||||| |||  || |||||||||||  ||||||||||||||||||| |   ||  | | |||||||||||||||||||||| |||| |    
T  32917720 tatatataatgtgcatgagttatgcttctaaataagtttagaaaagaaacatcatcacattcacatctctgaacttatggagcaaaaaatattttctcct 32917819  T
Q  255 ctgcttgtatacagagagttcaagccacacctgctcatggtcttaacccaagttggctatactttaatattttttatcactcaagcttcgttcaatcatg 354  Q
    ||||||| || ||   |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||| |||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  32917820 ctgcttggattcaagaagttcaagccacacttgatcatggtcttagcccaagttggctataccttcttatattttatcagtgaagcttccttcaatcatg 32917919  T
Q  355 gaatgagtccttatgtttatgttacgtaccggcacgttgttgccgggattgcgatgtttccttttgcatactttctggagaggtacatgtacattt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || ||  || | |||||  ||| |||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  32917920 gaatgagtccttatgtttatgttacatatcgacatattttcgccggtgttgtgatgctcccttttgcgtactttcttgagaggtacatgcacattt 32918015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 653 - 870
Target Start/End: Original strand, 32950226 - 32950443
Alignment:
Q  653 gtacttgtttttcctgcagaagtgtaagaccaaagctgacatttgctcttttggtggagatttttgtgctttcagcattagggtaagaacaaatnnnnnn 752  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| |||||||  |||||||||||||| ||          
T  32950226 gtacttgtttttcttgcagaagtgtaagaccaaagctgacatttgctctctttggggaaatttttgttctttcagtgttagggtaagaacatattaaaaa 32950325  T
Q  753 nnttacaggattagttttaagataattt-tataattttgacatattattgcaggatcagtttgtctatcaatttgtactttgcaagcttaaagtatactt 851  Q
      |  |||||  | |||| | ||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  32950326 aatg-caggaacaattttcaaataatttgtataattttaaaatactattgcaggataagtttgtctatcaatttgtactttgcaagcctgaagtatactt 32950424  T
Q  852 ctccaacatttcttgcttc 870  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  32950425 ctccaacctttcttgcttc 32950443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 267 - 460
Target Start/End: Original strand, 32893224 - 32893417
Alignment:
Q  267 agagagttcaagccacacctgctcatggtcttaacccaagttggctatactttaatattttttatcactcaagcttcgttcaatcatggaatgagtcctt 366  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||   || |||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||    
T  32893224 agagagttgaagccacacctgctcatggtcttgacccaagtgggttatacctttggatattttatcactgaaacttcattcaatcatggactgagtcctt 32893323  T
Q  367 atgtttatgttacgtaccggcacgttgttgccgggattgcgatgtttccttttgcatactttctggagaggtacatgtacatttcttttcaaat 460  Q
    ||||||||||||| || ||| | || || || ||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||||    
T  32893324 atgtttatgttacatatcggaatgtcgtggctggggttgtgatgttcccttttgcatactttctagagaggtacatgcatatttctcttcaaat 32893417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 19505348 - 19505133
Alignment:
Q  225 aaacttatggagcaaaaaatattctctcttctgcttgtatacagagagttcaagccacacctgctcatggtcttaacccaagttggctatactttaatat 324  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |  ||| |||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||| ||   |||  | |||||||| ||  |||    
T  19505348 aaacttatggagcaaaaaatattttgttgtctacttgtatacaaaaagttcaagccacacctagtcatggtatttggccagttgggctataccttgttat 19505249  T
Q  325 tttttatcactcaagcttcgttcaatcatggaatgagtccttatgtttatgttacgtaccggcacgttgttgccgggattgcgatgtttccttttgcata 424  Q
     |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||| || ||| ||| |||| | |||||||||||    
T  19505248 attttatcactgaagcttcttttaatcatggaatgagtccttatgtgtatgttacctatcgccatgttgtagctgggtttgtgatgctcccttttgcata 19505149  T
Q  425 ctttctggagaggtac 440  Q
    |||||| |||| ||||    
T  19505148 ctttctagagaagtac 19505133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 793 - 870
Target Start/End: Original strand, 32883985 - 32884062
Alignment:
Q  793 atattattgcaggatcagtttgtctatcaatttgtactttgcaagcttaaagtatacttctccaacatttcttgcttc 870  Q
    |||||||||||||||||   || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32883985 atattattgcaggatcaccatggcactcaatttgtactttgcaagcttaaagtatacttctccaacctttcttgcttc 32884062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 776 - 870
Target Start/End: Original strand, 32918330 - 32918424
Alignment:
Q  776 aattttataattttgacatattattgcaggatcagtttgtctatcaatttgtactttgcaagcttaaagtatacttctccaacatttcttgcttc 870  Q
    |||| ||||||||  | |||||||||||||||||   || |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32918330 aattgtataatttaaaaatattattgcaggatcaccatggcactcaatttgtattttgcaagcttaaagtatacttctccaacctttcttgcttc 32918424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 810 - 870
Target Start/End: Original strand, 32894886 - 32894946
Alignment:
Q  810 gtttgtctatcaatttgtactttgcaagcttaaagtatacttctccaacatttcttgcttc 870  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  32894886 gtttgtctctcaatttgtactttgcaagcttgaagtatacttctccaacctttctttcttc 32894946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 657 - 745
Target Start/End: Original strand, 32894721 - 32894809
Alignment:
Q  657 ttgtttttcctgcagaagtgtaagaccaaagctgacatttgctcttttggtggagatttttgtgctttcagcattagggtaagaacaaa 745  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||  |||| |||||| | |||||||| || |||||||||||||    
T  32894721 ttgtttttcttgcagaagtgtaagaccaaagctgaccttgtatctttttatggaaatttttctcctttcagcgttcgggtaagaacaaa 32894809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 657 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 19505061 - 19504972
Alignment:
Q  657 ttgtttttcctgcagaagtgtaagaccaaagctgacatttgctcttttggtggagatttttgtgctttcagcattagggtaagaacaaat 746  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||  ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||    
T  19505061 ttgtttctcttgcagaaatgtaagaccaaagctgacattttctctatttatggaattttttgtgcttgcagtgttagggtaagcacaaat 19504972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 661 - 746
Target Start/End: Original strand, 32883839 - 32883924
Alignment:
Q  661 ttttcctgcagaagtgtaagaccaaagctgacatttgctcttttggtggagatttttgtgctttcagcattagggtaagaacaaat 746  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  |||| || |||||||||||    |||||||||||||||||    
T  32883839 ttttcttgcagaagtttaagaccaaagctgacacttgttctttttatggaaatatttgtgctttctttgttagggtaagaacaaat 32883924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 660 - 746
Target Start/End: Original strand, 32918200 - 32918286
Alignment:
Q  660 tttttcctgcagaagtgtaagaccaaagctgacatttgctcttttggtggagatttttgtgctttcagcattagggtaagaacaaat 746  Q
    |||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||  |||| |||| |||||||||    |||||||||||||||||    
T  32918200 tttttcttgcagaaaagtaagacccaagctgacttttgctctttttatggaaatttctgtgctttctttgttagggtaagaacaaat 32918286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 151 - 197
Target Start/End: Original strand, 32893123 - 32893169
Alignment:
Q  151 taagttgtatatataatgtgcatgcgttgagcctctaaataagtgca 197  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  32893123 taagttatatatataatgtgcatgtggtgagcttctaaataagtgca 32893169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University