View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5910-Insertion-1 (Length: 1120)
Name: NF5910-Insertion-1
Description: NF5910
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5910-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 810; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 929
Target Start/End: Original strand, 23099716 - 23100637
Alignment:
| Q |
9 |
agtgatatggtttcagttaaccacatttttcacacccctggattcaagcaagtgttggtattattttttgatattcttagcaaggcttaaatctaaagaa |
108 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
23099716 |
agtgatatggtttcagttaaccacatttttcacacccctggattcaagcaagtgttggtattatttttttatattcttagcaaggttaaaatctaaagaa |
23099815 |
T |
|
| Q |
109 |
gtgataaaatattcttagttgattacaagttatctgccacaattttgaagattcattgttctttgttgtttgttagacttgtcaaatactaagttgaatt |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23099816 |
gtgataaaatattcttagttgattacaagttatctgccacaattttgaagattcattgttctttgttgtttgttagacgtgtcaaatactaagttgaatt |
23099915 |
T |
|
| Q |
209 |
taatttgatggtttcttttctttctctttaccctgtttcttcctgaacaacttttaacttggattatcccttagattatgaaaggttaacttggattgga |
308 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23099916 |
taatttgatggtttcttttctttctctttaccctatttcttcctgaacaacttttaacttggattatcccttagattatgaaaggttaacttggattgga |
23100015 |
T |
|
| Q |
309 |
tttgcaatggtcagcttctagatgtcacaataggatattttatgattgcattagtatgccgatatatggatgttggaaatcaatggtggggtggagccag |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
23100016 |
tttgcaatggtcagcttctagatgtcacaataggatattttatgattgcattagtatgccaatatatggatgttggaaatcaatggtggggtggagcctg |
23100115 |
T |
|
| Q |
409 |
agagattgttctggctcatgtcaaagtagctaagacataatcaacacaaggtaaaccaattttgtctttgtgaattagattttttcttactattgattgt |
508 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23100116 |
agatattgttctagctcatgtcaaagtaggtaagacataatcaacacaaggtaaaccaattttgtctttgtgaattagtttttttcttactattgattgt |
23100215 |
T |
|
| Q |
509 |
gttcccttcaccacctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactccattgagttttggaaat |
608 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
23100216 |
gttcccttcaccacctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgtttgtctgtcacactccactgagttttggaaat |
23100315 |
T |
|
| Q |
609 |
gtttcatcatttgtctttcatgatttaggtttaaagttatgcattacacgtctcattgtaaaacaagtaaaaactaattttcgcgtctaggataacattc |
708 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23100316 |
gtttcatcatttgcctttcatggtttaggtttaaagttatgcattacacttctcattgtaaaacaagtaaaaactaattttcgcgtctaggataacattc |
23100415 |
T |
|
| Q |
709 |
aatgtataattttggagagcatttgagggttaaactttgttcttcatcgatatatttttggcatctgaggaatttgctctgcattaagtcacttgcttac |
808 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23100416 |
aatgtataattttggagagcatttgagggttcaactttgttcttcatcgatatatttttggcatctgaggaatttgctctgcattaagtcacttgcttac |
23100515 |
T |
|
| Q |
809 |
cgaaattagaaattttacttttttgatatctcataattaaaccttataagatacacatgaatcatctctt-ctttatggccttcacgcgtcccagtctgt |
907 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
23100516 |
cgaaattagaaattttacttctttaatatctcataattaaaccttataagatacacatgaattttctcttcctttatgtccttcacgcgtctcagtcttt |
23100615 |
T |
|
| Q |
908 |
cttctaattctcctctttctct |
929 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
23100616 |
cttctaattctctcctttctct |
23100637 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 807; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 807; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 929
Target Start/End: Original strand, 6718355 - 6719277
Alignment:
| Q |
9 |
agtgatatggtttcagttaaccacatttttcacacccctggattcaagcaagtgttggtattattttttgatattcttagcaaggcttaaatctaaagaa |
108 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
6718355 |
agtgatatggtttcagttaaccacatttttcacacccctagattcaagcaagtgttggtattatttttttatattcttagcaaggttaaaatctaaagaa |
6718454 |
T |
|
| Q |
109 |
gtgataaaatattcttagttgattacaagttatctgccacaattttgaagattcattgttctttgttgtttgttagacttgtcaaatactaagttgaatt |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6718455 |
gtgataaaatattcttagttgattacaagttatctgccacaattttgaagattcattgttctttgttgtttgttagacgtgtcaaatactaagttgaatt |
6718554 |
T |
|
| Q |
209 |
taatttgatggtttcttttctttctctttaccctgtttcttcctgaacaacttttaacttggattatcccttagattatgaaaggttaacttggattgga |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6718555 |
taatttgatggtttcttttctttctctttactttgtttcttcctgaacaacttttaacttggattatcccttagattatgaaaggttaacttggattgga |
6718654 |
T |
|
| Q |
309 |
tttgcaatggtcagcttctagatgtcacaataggatattttatgattgcattagtatgccgatatatggatgttggaaatcaatggtggggtggagccag |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
6718655 |
tttgcaatggtcagcttctagatgtcacaataggatattttatgattgcattagtatgccaatatatggatgttggaaatcaatggtggggtggagcctg |
6718754 |
T |
|
| Q |
409 |
agagattgttctggctcatgtcaaagtagctaagacataatcaacacaaggtaaaccaattttgtctttgtgaattagattttttcttactattgattgt |
508 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6718755 |
agatattgttcttgctcatgtcaaagtaggtaagacataatcaacacaaggtaaaccaattttgtctttgtgaattagtttttttcttactattgattgt |
6718854 |
T |
|
| Q |
509 |
gttcccttcaccacctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactccattgagttttggaaat |
608 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
6718855 |
gttcccttcaccacctgtttgttataatgcttcattgaacatttaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactcctctgagttttggaaat |
6718954 |
T |
|
| Q |
609 |
gtttcatcatttgtctttcatgatttaggtttaaagttatgcattacacgtctcattgtaaaacaagtaaaaactaattttcgcgtctaggataac-att |
707 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
6718955 |
gtttcatcatttgtctttcatggtttaggtttaaagttatgcattacacgtctcattgtaaaacaagtaaaaactaattttcgcgtctaggataacaatt |
6719054 |
T |
|
| Q |
708 |
caatgtataattttggagagcatttgagggttaaactttgttcttcatcgatatatttttggcatctgaggaatttgctctgcattaagtcacttgctta |
807 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6719055 |
caatgtataattttggagagcatttgagggttcaactttgttcttcattgatatatttttggcatctgaggaatttgctctgcattaagtcacttgctta |
6719154 |
T |
|
| Q |
808 |
ccgaaattagaaattttacttttttgatatctcataattaaaccttataagatacacatgaatcatctctt-ctttatggccttcacgcgtcccagtctg |
906 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
6719155 |
ccgaaattagaaattttacttttttaatatctcataattaaaccttataagatacacatgaattatctcttcctttatgtccttcacgcgtcccaatctg |
6719254 |
T |
|
| Q |
907 |
tcttctaattctcctctttctct |
929 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
6719255 |
tcttctaattctctcctttctct |
6719277 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 510 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 18331682 - 18331539
Alignment:
| Q |
510 |
ttcccttcaccacctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactccattgagttttggaaatg |
609 |
Q |
| |
|
|||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
18331682 |
ttccctcccccacctgtttgttataatgcttcattaaactttcaaaacatatttgcctgatggttgattctctgccacactcaactgagttttggaaatg |
18331583 |
T |
|
| Q |
610 |
tttcatcatttgtctttcatgatttaggtttaaagttatgcatt |
653 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
18331582 |
tttcatcatttatcttccatggtttaggcttaaaattatgcatt |
18331539 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 661
Target Start/End: Original strand, 34338644 - 34339296
Alignment:
| Q |
9 |
agtgatatggtttcagttaaccacatttttcacacccctggattcaagcaagtgttggtattattttttgatattcttagcaaggcttaaatctaaagaa |
108 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
34338644 |
agtgatatggtttcagttaaccacatttttcacacccctggattcaagcaagtgttggtattatttttttatattcttagcaaggttaaaatctaaagaa |
34338743 |
T |
|
| Q |
109 |
gtgataaaatattcttagttgattacaagttatctgccacaattttgaagattcattgttctttgttgtttgttagacttgtcaaatactaagttgaatt |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34338744 |
gtgataaaatattcttagttgattacaagttatctgccacaattttgaagattcattgttctttgttgtttgttagacgtgtcaaatactaagttgaatt |
34338843 |
T |
|
| Q |
209 |
taatttgatggtttcttttctttctctttaccctgtttcttcctgaacaacttttaacttggattatcccttagattatgaaaggttaacttggattgga |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
34338844 |
taatttgatggtttcttttctttctctttaccctgtttcttcctgaacaacttttaacttggattatcccttagattatgaaaagttaacttggattgga |
34338943 |
T |
|
| Q |
309 |
tttgcaatggtcagcttctagatgtcacaataggatattttatgattgcattagtatgccgatatatggatgttggaaatcaatggtggggtggagccag |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34338944 |
tttgcaatggtcagcttctagatgtcacaataggatattttatgattgcattagtatgccaatatatggatgttggaaatcaatggtggggtggagccag |
34339043 |
T |
|
| Q |
409 |
agagattgttctggctcatgtcaaagtagctaagacataatcaacacaaggtaaaccaattttgtctttgtgaattagattttttcttactattgattgt |
508 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34339044 |
agagattgttctggctcatgtcaaagtaggtaagacataatcaacacaagataaaccaattttgtctttgtgaattagtttttttcttactattgattgt |
34339143 |
T |
|
| Q |
509 |
gttcccttcaccacctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactccattgagttttggaaat |
608 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
34339144 |
gttcccttcaccacctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactccactgagttttgaaaat |
34339243 |
T |
|
| Q |
609 |
gtttcatcatttgtctttcatgatttaggtttaaagttatgcattacacgtct |
661 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
34339244 |
gtttcatcatttgtctttcatggtttaggtttaaagttaagcattacacgtct |
34339296 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 749 - 929
Target Start/End: Original strand, 34339294 - 34339475
Alignment:
| Q |
749 |
tcttcatcgatatatttttggcatctgaggaatttgctctgcattaagtcacttgcttaccgaaattagaaattttacttttttgatatctcataattaa |
848 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
34339294 |
tcttcatcgatatatttttggcatctgaggaatttgctctgcattaagtcacttgcttaccgaaattagaaattttacttttttaatatctcataattaa |
34339393 |
T |
|
| Q |
849 |
accttataagatacacatgaatcatctctt-ctttatggccttcacgcgtcccagtctgtcttctaattctcctctttctct |
929 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
34339394 |
accttataagatacacatgaattatctcttcctttatgtccttcacgcgtcccagtctgtctgctaattctctcctttctct |
34339475 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 580 - 929
Target Start/End: Original strand, 26121521 - 26121871
Alignment:
| Q |
580 |
tctgtcacactccattgagttttggaaatgtttcatcatttgtctttcatgatttaggtttaaagttatgcattacacgtctcattgtaaaacaagtaaa |
679 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26121521 |
tctgtcacactccactgagttttggaaatgtttcatcatttgtctttcatggtttaggtttaaagttatgcattacacgtctcattgtaaaacaagtaaa |
26121620 |
T |
|
| Q |
680 |
aactaattttcgcgtctaggataacattcaatgtataattttggagagcatttgagggttaaactttgttcttcatcgatatatttttggcatctgagga |
779 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26121621 |
aactaattttcacgtctaggataacattcaatgtataattttggagagcatttgagggttcaactttgttcttcatcgaaatatttttggcatctgagga |
26121720 |
T |
|
| Q |
780 |
atttgctctgcattaagtcacttgcttaccgaaattagaaattttacttttttgatatctcataattaaaccttataagatacacatgaatcatctctt- |
878 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26121721 |
atttgctctgcattaagtcacttgcttaccgaaattagaaattttacttttttaatatctcataattaaaccttataagatacacatgaattatctcttc |
26121820 |
T |
|
| Q |
879 |
ctttatggccttcacgcgtcccagtctgtcttctaattctcctctttctct |
929 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
26121821 |
ctttatgtccttcacgcgtcccagtctgtcttctaattctctcctttctct |
26121871 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 580 - 929
Target Start/End: Original strand, 26126983 - 26127333
Alignment:
| Q |
580 |
tctgtcacactccattgagttttggaaatgtttcatcatttgtctttcatgatttaggtttaaagttatgcattacacgtctcattgtaaaacaagtaaa |
679 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26126983 |
tctgtcacactccactgagttttggaaatgtttcatcatttgtctttcatggtttaggtttaaagttatgcattacacgtctcattgtaaaacaagtaaa |
26127082 |
T |
|
| Q |
680 |
aactaattttcgcgtctaggataacattcaatgtataattttggagagcatttgagggttaaactttgttcttcatcgatatatttttggcatctgagga |
779 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26127083 |
aactaattttcacgtctaggataacattcaatgtataattttggagagcatttgagggttcaactttgttcttcatcgaaatatttttggcatctgagga |
26127182 |
T |
|
| Q |
780 |
atttgctctgcattaagtcacttgcttaccgaaattagaaattttacttttttgatatctcataattaaaccttataagatacacatgaatcatctctt- |
878 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26127183 |
atttgctctgcattaagtcacttgcttaccgaaattagaaattttacttttttaatatctcataattaaaccttataagatacacatgaattatctcttc |
26127282 |
T |
|
| Q |
879 |
ctttatggccttcacgcgtcccagtctgtcttctaattctcctctttctct |
929 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
26127283 |
ctttatgtccttcacgcgtcccagtctgtcttctaattctctcctttctct |
26127333 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 143 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 5195172 - 5194963
Alignment:
| Q |
143 |
tgccacaattttgaagattcattgttctttgttgtttgttagacttgtcaaatactaagttgaatttaatttgatggtttcttttctttctctttaccct |
242 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
5195172 |
tgccacaattgtgaagatgcattgttctttgttgtttgttagatgtgtcaaatactaagttgaatttaatttgatggtttcttttctttct-----ccct |
5195078 |
T |
|
| Q |
243 |
gtttcttcctgaacaacttttaacttggattatcccttagattatgaaaggttaacttggattggatttgcaatggtcagcttctagatgtcacaatagg |
342 |
Q |
| |
|
| | |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
5195077 |
atcttttcctgaacagctttagtc----cttactccttagattatggaaggttaacttggattggattttcaatggtcagcttctagatatcacaatagg |
5194982 |
T |
|
| Q |
343 |
atattttatgattgcatta |
361 |
Q |
| |
|
|| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
5194981 |
attttttatgtttgcatta |
5194963 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 519 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 38945601 - 38945467
Alignment:
| Q |
519 |
ccacctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactccattgagttttggaaatgtttcatcat |
618 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | || ||||||| | | |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38945601 |
ccacctgtttgttgtaatgcttcattgaactttcaaaacatatttgcctgatggttgattctgtgccacactcaactaagttttggaaatgttttatcat |
38945502 |
T |
|
| Q |
619 |
ttgtctttcatgatttaggtttaaagttatgcatt |
653 |
Q |
| |
|
|| |||| |||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
38945501 |
ttatcttccatggtttaggcttaaagttatgcatt |
38945467 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 5195303 - 5195212
Alignment:
| Q |
48 |
ggattcaagcaagtgttggtattattttttgatattcttagcaaggcttaaatctaaagaagtgataaaatattcttagttgattacaagttatc |
142 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
5195303 |
ggattcaagcaagtgtc---attatttttgtatattcttagcaaggttaaaatctaaagtagtgataaaatattcttagttgatgacaagttatc |
5195212 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 320392 - 320336
Alignment:
| Q |
376 |
ggatgttggaaatcaatggtggggtggagccagagagattgttctggctcatgtcaa |
432 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
320392 |
ggatattggaaatcaatggtggaattgagccagagagattgttctggctcatgtcaa |
320336 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 522 - 591
Target Start/End: Original strand, 9461479 - 9461548
Alignment:
| Q |
522 |
cctgtttgttataatgcttcattgaacattcaacacatatttgcctgatggttgattgtctgtcacactc |
591 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| |
|
|
| T |
9461479 |
cctgtttgttataatgcttcattgaactttcaacacatctttgcctgatggttgattctctgccacactc |
9461548 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University