View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5911_high_1 (Length: 854)

Name: NF5911_high_1
Description: NF5911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5911_high_1
NF5911_high_1
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-783)||(37697219-37698001)
chr4 (150-825)||(38013229-38013909)
chr4 (150-250)||(37993702-37993802)
chr4 (493-803)||(37994043-37994353)
chr4 (157-254)||(37989519-37989616)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (188-825)||(25326162-25326800)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 722; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 722; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 37698001 - 37697219
Alignment:
Q  1 accactaaatcatctannnnnnnatatgcctatatatatgtcccaacagcaacaagcaaatgaatagaagaacaagatgatagcatcaaccatgcaacac 100  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37698001 accactaaatcatctatttttttatatgcctatatatatgtcccaacagcaacaagcaaatgaatagaagaacaagatgatagcatcaaccatgcaacac 37697902  T
Q  101 ttcctctcatgcatactacttctcttaatcataaccacacaacgtttcatcataccttcactctccgaaaaatgcaatcaacatgacaaagaagccttac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697901 ttcctctcatgcatactacttctcttaatcataaccacacaacgcttcatcataccttcactctccgaaaaatgcaatcaacatgacaaagaagccttac 37697802  T
Q  201 tccaaatcaaaaaagaatttggcaacccaaccaaactctcttcatgggatccaaacaacaatgattgctgcaacgacaaatggaagggtgtctcatgcga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697801 tccaaatcaaaaaagaatttggcaacccaaccaaactctcttcatgggatccaaacaacaatgactgctgcaacgacaaatggaagggtgtctcatgcga 37697702  T
Q  301 ctcagaccgagtcgccaaccttggtctcgacgacctcaacctccctaaacctgttccatttccaccctccatcactaacctccctttccttgacgacttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  37697701 ctcagaccgagtcgccaaccttggtctcgacgacctcaacctccctaaacctgttccatttccaccctccatcactaacctcccttttcttgacgatttc 37697602  T
Q  401 tctctctcccgcatccccaacctcgtcggcactatcccaccgtccatctccaaactcaccaatcttgagtacctcaccctcagccataccataccagcat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697601 tctctctcccgcatccccaacctcgtcggcactatcccaccgtccatctccaaactcaccaatcttgattacctcaccctcagccataccataccagcat 37697502  T
Q  501 ctccggcgagataccaaacactctttcaaagatgaaaaccctattacggatcgacttcaccaacaacaaactcactggtcccctccctgcttcactctcc 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697501 ctccggcgagataccaaacactctttcaaatatgaaaaccctattacggatcgacttcaccaacaacaaactcactggtcccctccctgcttcactctcc 37697402  T
Q  601 tctctccctaagcttgaaataatctctttagacggcaaccaactcacaggtacaataccggagtcctacggctcgttcccaaaatcctttatgtcaatga 700  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697401 tcgctccctaagcttgaaataatctctttagacggcaaccaactcacaggtacagtaccggagtcctacggctcgttcccaaaatcctttatgtcaatga 37697302  T
Q  701 ctatctcgcgaaacctcctctccgggaagattcccgcgtctccggtaaagctgaacttggagcatctggacttgtcactcaac 783  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697301 ctatctcgcgaaacctcctctccgggaagattcccgcgtttctggtaaagctgaacttggagcatctggacttgtcactcaac 37697219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 150 - 825
Target Start/End: Original strand, 38013229 - 38013909
Alignment:
Q  150 tcataccttcactctccgaaaaatgcaatcaacatgacaaagaagccttactccaaatcaaaaaagaatttggcaacccaaccaaactctcttcatggga 249  Q
    |||| ||||||| ||| ||||| ||||| | | ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||    
T  38013229 tcattccttcacactcagaaaactgcaacccagatgacaaaagaaccctactccaaatcaaaaaagaatttggcaaccctagccaactctcttcatggga 38013328  T
Q  250 tccaaacaacaatgattgctgcaacgacaaatggaagggtgtctcatgcgactcagac------------cgagtcgccaaccttggtctcgacgacctc 337  Q
    |||||||| ||  || ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||            ||||| |  ||||||| ||||||  ||||     
T  38013329 tccaaaca-ca--gactgctgcaacaacaaatggaaaggtgtctcatgcaactcagacacacaaaccaaccgagtagaaaaccttgatctcgagaacctt 38013425  T
Q  338 aacctccctaaacctgttccatttccaccctccatcactaacctccctttccttgacgacttctctctctcccgcatccccaacctcgtcggcactatcc 437  Q
     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  38013426 gacctacctaaacctgttccaattccaccctccatcgctaacctccctttccttaccttactctctctctcccacatccccaaccttgtcggcactatcc 38013525  T
Q  438 ---caccgtccatctccaaactcaccaatcttgagtacctcaccctcagccataccataccagcatctccggcgagataccaaacactctttcaaagatg 534  Q
       |||||||||||| ||||||||  || ||| ||||||||||||||||  ||||   |||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||     
T  38013526 tcccaccgtccatcttcaaactca--aaacttaagtacctcaccctcag--atac---accaacatctccggcgagataccaaacaccctctcacagatc 38013618  T
Q  535 aaaaccctattacggatcgacttcaccaacaacaaactcactggtcccctccctgcttcactctcctctctccctaagcttgaaataatctctttagacg 634  Q
    ||||| || ||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||  |  |||| |||| ||||    
T  38013619 aaaacgctcttacgcatcgacttctacaacaacaaactaactggtcccctccccactacactctcctctctccctaaccttacagaaatcactttggacg 38013718  T
Q  635 gcaaccaactcacaggtacaataccggagtcctacggctcgttcccaaaatcctttatgtcaatgactatctcgcgaaacctcctctccgggaagattcc 734  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||   || || | |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  38013719 gcaaccaactcaaaggtacaataccggagtcctacggctcattcccaaaatccttttcgtggctgtctctttcgcgaaaccgcctctccgggaatattcc 38013818  T
Q  735 cgcgtctccggtaaagctgaacttggagcatctggacttgtcactcaacgcgttggagggtgatgcttctgtgttttttgggtccaagaaa 825  Q
     ||||||   | |||||||||||||| |    |||||||||||   |||  |||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  38013819 ggcgtctttagcaaagctgaacttggcgttattggacttgtcagggaacaagttggaaggtgatgcttccgtgttattcgggtccaagaaa 38013909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 150 - 250
Target Start/End: Original strand, 37993702 - 37993802
Alignment:
Q  150 tcataccttcactctccgaaaaatgcaatcaacatgacaaagaagccttactccaaatcaaaaaagaatttggcaacccaaccaaactctcttcatggga 249  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || || |  | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37993702 tcattccttcactctcagaacaatgcaatccacatgacaaaaaaaccctctttcaaatcaaaaaacaatttggcaacccaaccaaactctcttcatggga 37993801  T
Q  250 t 250  Q
    |    
T  37993802 t 37993802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 803
Target Start/End: Original strand, 37994043 - 37994353
Alignment:
Q  493 accagcatctccggcgagataccaaacactctttcaaagatgaaaaccctattacggatcgacttcaccaacaacaaactcactggtcccctccctgctt 592  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| ||   |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| || |    
T  37994043 accaacatctccggcgagatacctaacactctctcagagatcaaaaccctagtaaccatcgacatcagcgacaacaaactcactggtcccctccccgcat 37994142  T
Q  593 cactctcctctctccctaagcttgaaataatctctttagacggcaaccaactcacaggtacaataccggagtcctacggctcgttcccaaaatcctttat 692  Q
    |||||||  |||| ||||| || |    |||||  ||  |  | ||||| || |||||  |||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||| |    
T  37994143 cactctcaactctacctaacctcgctggaatcttcttctatagaaaccagctaacaggagcaataccgaagtcatacggctcattcccgaaatcttttgt 37994242  T
Q  693 gtcaatgactatctcgcgaaacctcctctccgggaagattcccgcgtctccggtaaagctgaacttggagcatctggacttgtcactcaacgcgttggag 792  Q
         ||  | | ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||| ||| ||  | |||||||||||   ||||||||  ||    
T  37994243 agggttggatctgtcgcgaaaccgtctctccgggaagattccagcgtctctggggaagctgaatttgcagattttggacttgtcatggaacgcgtttaag 37994342  T
Q  793 ggtgatgcttc 803  Q
    |||||||||||    
T  37994343 ggtgatgcttc 37994353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 254
Target Start/End: Original strand, 37989519 - 37989616
Alignment:
Q  157 ttcactctccgaaaaatgcaatcaacatgacaaagaagccttactccaaatcaaaaaagaatttggcaacccaaccaaactctcttcatgggatccaa 254  Q
    ||||| ||| ||||| ||||| | | ||||||||  | || |||||||||| || ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  37989519 ttcacactcagaaaactgcaacccagatgacaaaagaaccctactccaaataaagaaagaatttggcaaccctagccaactctcttcatgggatccaa 37989616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 188 - 825
Target Start/End: Original strand, 25326162 - 25326800
Alignment:
Q  188 aaagaagccttactccaaatcaaaaaagaatttggcaacccaaccaaactctcttcatgggatccaaacaacaatgattgctgcaacgacaaatggaagg 287  Q
    ||||||||| ||||  |||| ||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| | |||| ||||  ||| ||||||| | |||||||| | |    
T  25326162 aaagaagccctactgaaaattaaaaaagaactaggcagcccaaccaaactttcttcatggaacccaa-caac--tgactgctgcagccacaaatgggaag 25326258  T
Q  288 gtgtctcatgcgactcaga------ccgagtcgccaaccttggtctcgacgacctcaacctccctaaacctgttccatttccaccctccat---cactaa 378  Q
    |||||  |||||||||| |      ||| |||  ||| |||| ||||  ||||||||||||||| ||||  |||| | |||||||||||||   ||||||    
T  25326259 gtgtcctatgcgactcacaaacctaccgtgtcaacaagcttgatctcttcgacctcaacctccccaaacacgttcaaattccaccctccatattcactaa 25326358  T
Q  379 cctccctttccttgacgacttctctctctcccgcatccccaacctcgtcggcactatcccaccgtccatctccaaactcaccaatcttgagtacctcacc 478  Q
    |||||||||| |  ||    ||||| ||  |  ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |    
T  25326359 cctccctttcataaactttctctctatcgacaacatccccaacctcgttggcactatcccgccttccatctccaaactcaccaaacttgaggtcctcatc 25326458  T
Q  479 ctcagccataccataccagcatctccggcgagataccaaacactctttcaaagatgaaaaccctattacggatcgacttcaccaacaacaaactcactgg 578  Q
     ||||     |   || |||||||||||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||  |   |||    ||||  | ||||||||||||||    
T  25326459 atcag-----cggcacaagcatctccggcgagataccaaactcactctcacagattaaaaccctaacatccatcctactcacagataacaaactcactgg 25326553  T
Q  579 tcccctccctgcttcactctcctctctccctaagcttgaaataatctctttagacggcaaccaactcacaggtacaataccggagtcctacggctcgttc 678  Q
    | || |||| ||  ||||||||||||||||| |  |       ||||  ||  | || ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||     
T  25326554 taccatccccgccacactctcctctctccctgatgtcttttccatctacttcaatggaaaccaactcactggtacaataccagaatcctacggctcgttg 25326653  T
Q  679 ccaaaatcctttatgtcaatgactatctcgcgaaacctcctctccgggaagattcccgcgtctccggtaaagctgaacttggagcatctggacttgtcac 778  Q
    ||||||||||||||||   |   | || ||  ||||| | |  ||||||||||||| |||||||  | |||  ||||||||| |    || ||||||||     
T  25326654 ccaaaatcctttatgtgctttggtctcgcggaaaaccgcttaaccgggaagattccggcgtctctagcaaatttgaacttggtgttggtgaacttgtcag 25326753  T
Q  779 tcaacgcgttggagggtgatgcttctgtgttttttgggtccaagaaa 825  Q
      ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  25326754 ggaacgcgttggaaggtgatgcttctgtattgtttgggtccaagaaa 25326800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University