View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5916-Insertion-2 (Length: 924)
Name: NF5916-Insertion-2
Description: NF5916
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5916-Insertion-2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 100 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 30837662 - 30837312
Alignment:
| Q |
100 |
tcacgaggtgtgtttgaatatacattttattgaagagattatgaaatagtattttcaacaaacgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgttag |
199 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
30837662 |
tcacgaggtgtgtttgaatatacattttattgaagagattatgaattagtattttcaacaaacgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgttag |
30837563 |
T |
|
| Q |
200 |
cgtattacaataagctataggagcttaggaaaataagctgaaaatagtctgaacattttataagctattgttacaagtatttctaaaataaccttccaaa |
299 |
Q |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
30837562 |
cttattacaataagctataggagcttaggaaaataagctgaaaatagtctgaacattttataagctatttttacaagtatttctaaaataaccttccaaa |
30837463 |
T |
|
| Q |
300 |
tgctaccttaataaaatcgctcttcaaccacaccttagatcattatgattatagaacactgtaaggtttatggatcatggcatcatgcacacatccaaat |
399 |
Q |
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| T |
30837462 |
tgctaccttaataaaatcgctctccaaccacaccctagatctctatgattatagaacactgtaaggtttatggatcatggcatcatgcacacatccaaat |
30837363 |
T |
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| Q |
400 |
cctaattccaaaaatgat-aaaggtactaactttcgtcccattcaatttaa |
449 |
Q |
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|
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| T |
30837362 |
cctaattcaaaaaatgttaaaaggtactaacttacgtcccattcaatttaa |
30837312 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 22 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 30818673 - 30818243
Alignment:
| Q |
22 |
ataaacttctccagatagcttataagtaaacgtttagttgaactccttagaatagcttattacttattagacaagtgttcacgaggtgtgtttgaatata |
121 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| |
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| T |
30818673 |
ataaacttctctggatagcttataagtaaatgtttagttgaactccttagaatatcttattacttattagacaagttttcacg-ggt-tgtttgaatata |
30818576 |
T |
|
| Q |
122 |
cattttattgaagaga-----ttatgaaatagtattttcaacaaacgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgttagcgtat--tacaataagc |
214 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||| |
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| T |
30818575 |
cattttattgaagagaagagattatgcaatagttttttcaacaaatgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgctagcttatgttaccataagc |
30818476 |
T |
|
| Q |
215 |
tataggagcttaggaaaataagctgaaaatagtctgaacattttataagctattgttacaagtatttctaaaataaccttccaaatgctaccttaataaa |
314 |
Q |
| |
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| T |
30818475 |
tataggagcttaggaaaattagctgaaaatagtctgaacattttataagctatttttacaagtatttctaaaataaccttccaaatgctaccttaataaa |
30818376 |
T |
|
| Q |
315 |
atcgctcttcaaccacaccttagatcattatgattatagaacactgtaaggtttatggatcatggcatcatgcacacatccaaatcctaattccaaaaat |
414 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30818375 |
atcgctctccaaccacaccctagatctctatgattatagaacactgtaaggtttatggatcatggcatcatg--cacatccaaatcctaattccaaaaat |
30818278 |
T |
|
| Q |
415 |
gataaaggtactaactttcgtcccattcaatttaa |
449 |
Q |
| |
|
| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
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| T |
30818277 |
gttagaggtactaacttacgtcccattcaatttaa |
30818243 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 9 - 449
Target Start/End: Original strand, 23548659 - 23549062
Alignment:
| Q |
9 |
catactcccattgataaacttctccagatagcttataagtaaacgtttagttgaactccttagaatagcttattacttattagacaagtgttcacgaggt |
108 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23548659 |
catactcccattgataaacttctccagatagcttataagtaaacgtttagttgaactccttagaatagcttattacttattagacaagtgttcacggggt |
23548758 |
T |
|
| Q |
109 |
gtgtttgaatatacattttattgaagagattatgaaatagtattttcaacaaacgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgttagcgtattaca |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
23548759 |
gtgtttgaatatacattttattgaagagattatgaaattgtattttcaacaaacgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgttagcttattaca |
23548858 |
T |
|
| Q |
209 |
ataagctataggagcttaggaaaataagctgaaaatagtctgaacattttataagctattgttacaagtatttctaaaataaccttccaaatgctacctt |
308 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
23548859 |
ataagct------------gaaaat-----------agtctgaacattttataagctattgttacgagtatttct-------------aaatgctacctt |
23548922 |
T |
|
| Q |
309 |
aataaaatcgctcttcaaccacaccttagatcattatgattatagaacactgtaaggtttatggatcatggcatcatgcacacatccaaatcctaattcc |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23548923 |
aataaaatcgctcttcaaccacaccctagatcattatgattatagaacactgtaaggtttatgga-catggcatcatgcacacatccaaatcctaattcc |
23549021 |
T |
|
| Q |
409 |
aaaaatgataaaggtactaactttcgtcccattcaatttaa |
449 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23549022 |
aaaaatgataaaggtactaacttacgtcccattcaatttaa |
23549062 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 511 - 882
Target Start/End: Original strand, 23549217 - 23549588
Alignment:
| Q |
511 |
tgctggtgtaaaatctgtaaccttgcacgatgaagggactgtagagttatgggatttttccagcaattttgtgttttcaaaagatgatcttggtgaaaac |
610 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |
|
|
| T |
23549217 |
tgctggtgtaaaatctgtaacctagcacgatgaaggggcggtagagttatgggatttttccagcaattttgtgttttcaaaaaatgatcttgctaaaaac |
23549316 |
T |
|
| Q |
611 |
agggcagtggcttctgtcagtaagctgcaggaactcaataacgcagtgcttgtactaagcttgacaactaagctgaccaaagaactactttctaatttcc |
710 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
23549317 |
agggcagaagcttctgtcagtaagctgcaggaactcaataacgcagtgcgtgtacgaagcttgacaactaagctgaccaaagaacaactttctaatttcc |
23549416 |
T |
|
| Q |
711 |
aggtgcttctactttttctctctacttattttttggaatcagnnnnnnnaacgcattcatatgtatatctaccatatataaagtgactgtgtatggaatt |
810 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||| |
|
|
| T |
23549417 |
aggtgcttctacttttgctctctacttattttttggagtcagtttttttaacgcattcatatgtatatctcccatatataaagtgattctgtacggaatt |
23549516 |
T |
|
| Q |
811 |
gtaggaaatgattttccttattcacacctttaatattgaaatttttatacgcatt-ccagatcctctgttaca |
882 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23549517 |
gtaggaaatgattttccttattcacacc-ttaatattgaaatttttatacgcattcccagatcctctgttaca |
23549588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 511 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 30837158 - 30836726
Alignment:
| Q |
511 |
tgctggtgtaaaatctgtaaccttgcacgatgaagggactgtagagttatgggatttttccagcaattttgtgttttcaaaagatgatcttggtgaaaac |
610 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
30837158 |
tgctggtgtaaaatctgtaaccttgcacgatgaagggactgtagagttatgggatttgtccagcaactttgtgttttcagaaaatgatcttggtaaaaac |
30837059 |
T |
|
| Q |
611 |
agggcagtggcttctgtcagtaagctgcaggaactcaataacgcagtgcttgtactaagcttgacaactaagctgaccaaagaactactttctaatttcc |
710 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
30837058 |
agggcagtggcttctgtcagtaagctgcaggaactcaataacgcagtgcttgtactgagcttgacaactaagctgaccaaagaacaactttctaatttcc |
30836959 |
T |
|
| Q |
711 |
aggtgcttctactttttctctctacttattttttggaatcagnnnnnnnaacgcattcatatgtatatctaccatatataaagtgactgtgtatggaatt |
810 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
30836958 |
aggtacttctacttttgctctctacttattttttggagtcagtttttttaacgcattcatatgtatatctaccaaatataaagcgattgtgtatggaatt |
30836859 |
T |
|
| Q |
811 |
gtaggaaatgattttccttattcacacctttaatattgaa---------------------atttttatacgcatt-ccagatcctctgttacatagttt |
888 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
30836858 |
gtaggaaatgattttccttattcacacc-ttaatattgaaatgacaaacttttaatcttgcatttttatatgcattcccagatcttccgttacatagttt |
30836760 |
T |
|
| Q |
889 |
acatatgctacactatttaatggatgcatatcaa |
922 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30836759 |
acatatgctacactatttaatggatgcatatcaa |
30836726 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 511 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 30818089 - 30817657
Alignment:
| Q |
511 |
tgctggtgtaaaatctgtaaccttgcacgatgaagggactgtagagttatgggatttttccagcaattttgtgttttcaaaagatgatcttggtgaaaac |
610 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| || ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
30818089 |
tgctggtgtaaaatctgtaaccttgcacgatgaagggactgtagagttatgggatttgtccagcaacttcgtgttttcagaaaatgatcttggtaaaaac |
30817990 |
T |
|
| Q |
611 |
agggcagtggcttctgtcagtaagctgcaggaactcaataacgcagtgcttgtactaagcttgacaactaagctgaccaaagaactactttctaatttcc |
710 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
30817989 |
agggcagtggcttctgtcagtaagctgcaggaactcaataacgcagtgcttgtactgagcttgacaactaagctgaccaaagaacaactttctaatttcc |
30817890 |
T |
|
| Q |
711 |
aggtgcttctactttttctctctacttattttttggaatcagnnnnnnnaacgcattcatatgtatatctaccatatataaagtgactgtgtatggaatt |
810 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
30817889 |
aggtacttctacttttgctctctacttattttttggagtcagttcttttaacgcattcatatgtttacctaccatatatcaagtgattgtgtatggaatt |
30817790 |
T |
|
| Q |
811 |
gtaggaaatgattttccttattcacacctttaatattgaa---------------------atttttatacgcatt-ccagatcctctgttacatagttt |
888 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
30817789 |
gtaggaaatgattttccttattcacacc-ttaatattgaaatgacaaacttttaatcttgcatttttatacgtattcccaaatcctctgttatatagttt |
30817691 |
T |
|
| Q |
889 |
acatatgctacactatttaatggatgcatatcaa |
922 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30817690 |
acatatgctacactatttaatggatgcatatcaa |
30817657 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 30837901 - 30837661
Alignment:
| Q |
9 |
catactcccattgataaacttctccag-atagcttataagtaaacgtttagttgaactccttagaatagcttattacttattagacaagtgttcacgagg |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30837901 |
catactcccattgataaacttcttcgggatagcttataagtaaacatttagttgaactccttaggatagcttattacttattagacaagtgttcacgagg |
30837802 |
T |
|
| Q |
108 |
tgtgtttgaatatacattttattgaagagattatgaaatagtattttcaacaaacgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgttagcgtattac |
207 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
30837801 |
tgtgattgaatatacattttattgaagagattatgaattagtattttcaacaaacgaagaggcaatagggtaaactctgctttaaatgttagcttattac |
30837702 |
T |
|
| Q |
208 |
aataagctataggagcttaggaaaataagctgaaaatagtc |
248 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30837701 |
aataagctataggagcttaggaaaataagctgaaaatagtc |
30837661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 445 - 513
Target Start/End: Original strand, 23549126 - 23549194
Alignment:
| Q |
445 |
tttaacagtttagtgataaaaattccaacatgtcagctttttccaatgccttggattgaaatttcctgc |
513 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
23549126 |
tttaacagtttagtgataaaaattccaacatgtcagctttttctaatgccttggattgaaattttctgc |
23549194 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 445 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 30837248 - 30837189
Alignment:
| Q |
445 |
tttaacagtttagtgataaaaattccaacatgtcagctttttccaatgccttggattgaa |
504 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
30837248 |
tttaacagtttagtgataaaaattccaacatgtcagctttttctaatgccttggattgaa |
30837189 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 445 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 30818179 - 30818120
Alignment:
| Q |
445 |
tttaacagtttagtgataaaaattccaacatgtcagctttttccaatgccttggattgaa |
504 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
30818179 |
tttaacagtttagttataaaaattccaacatgtcagctttttctaatgccttggattgaa |
30818120 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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