View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5916_high_10 (Length: 559)

Name: NF5916_high_10
Description: NF5916
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5916_high_10
NF5916_high_10
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (29-540)||(19818470-19818987)
chr3 (29-540)||(19812193-19812710)
chr3 (29-469)||(20036294-20036737)
chr3 (42-540)||(26646923-26647415)
chr3 (29-469)||(19848974-19849423)
chr3 (10-463)||(20015873-20016329)
chr3 (29-454)||(19956083-19956511)
chr3 (61-540)||(19951037-19951516)
chr3 (10-463)||(20046113-20046566)
chr3 (29-454)||(19838392-19838820)
chr3 (74-469)||(26653136-26653531)
chr3 (74-454)||(19989521-19989904)
chr3 (30-269)||(17114900-17115139)
chr3 (233-433)||(19853532-19853735)
chr3 (81-437)||(30914659-30915018)
chr3 (232-453)||(19943720-19943940)
chr3 (236-453)||(19858072-19858292)
chr3 (29-182)||(19858343-19858496)
chr3 (233-453)||(24839869-24840092)
chr3 (30-198)||(19832127-19832295)
chr3 (16-182)||(19943988-19944154)
chr3 (232-356)||(19971711-19971835)
chr3 (28-182)||(24839667-24839821)
chr3 (74-182)||(19853765-19853873)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (29-537)||(9814953-9815461)
chr5 (10-454)||(26354599-26355046)
chr5 (373-426)||(38435202-38435255)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (128-454)||(1717213-1717539)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (25-454)||(6397426-6397857)
chr4 (62-454)||(6398260-6398655)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (233-459)||(22689550-22689779)
chr8 (226-356)||(22651781-22651911)
chr8 (366-454)||(22652119-22652207)
chr8 (297-433)||(22685642-22685778)
chr8 (237-433)||(11564033-11564232)
chr8 (110-182)||(22689448-22689520)
chr8 (96-182)||(11544344-11544430)
chr8 (226-271)||(22685596-22685641)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (10-421)||(12497241-12497651)
chr7 (10-421)||(12521106-12521516)
chr7 (225-421)||(12581424-12581620)
chr7 (10-421)||(12579763-12580167)
chr7 (246-421)||(12519704-12519878)
chr7 (10-121)||(12495667-12495778)
chr7 (10-100)||(12519468-12519558)
chr7 (10-126)||(12581650-12581766)
chr7 (246-323)||(12495895-12495972)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 29 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 19818987 - 19818470
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggct 128  Q
    |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  19818987 gagtctaatgccatcctaacattgtcaatttccaaggcctgaacatcatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcaacatggtttgtggca 19818888  T
Q  129 gt------aaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacaga 222  Q
    ||      | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  19818887 gtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggaaatctatcaccaccaacaga 19818788  T
Q  223 taattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagca 322  Q
      |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| | | |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  19818787 atattttgacaaatcaactatttttttcttaaacaaacttaaatctttataaatgttagccaaaacagccggtgccaaagcaataggattccctctagca 19818688  T
Q  323 agatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaattt 422  Q
    |||| || ||||| || ||||| | || |||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  19818687 agattaacagcaacaggaaacagataatttttcaccaaattcttatgaggaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaagaaaagcttcatgttcaattt 19818588  T
Q  423 cactacctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtggtagccttagcttggttagtctgccaaggtttctgtcttgcaatgatgagcttcttttc 522  Q
    |  |||||||| |||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19818587 cggtacctttaccaataaaaatttccatccattttgatgtggtagccttagcttgattagtctgccaaggtttctgtcttgcaatgatgagcttcttttc 19818488  T
Q  523 cacctctctcatttcttg 540  Q
     |||||||||||||||||    
T  19818487 aacctctctcatttcttg 19818470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 29 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 19812710 - 19812193
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgg------gtt 122  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||   ||| ||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |      |||    
T  19812710 gagtctaacgctaacctaacattgtcaattgataagtccgtaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtcgccatggttgatcaacatagtttgttgtt 19812611  T
Q  123 gtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacaga 222  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||     
T  19812610 gtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaacagg 19812511  T
Q  223 taattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagca 322  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  19812510 atattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaataggataccctctagca 19812411  T
Q  323 agatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaattt 422  Q
    ||| ||||||| || | |||||||||  |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  19812410 agaagaatagcgatcggaaacaaagactttttcaccaaatatttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaattt 19812311  T
Q  423 cactacctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtggtagccttagcttggttagtctgccaaggtttctgtcttgcaatgatgagcttcttttc 522  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  19812310 cactacctttaccaacgaaaatattgatccattttgatgtggtagccttaccttttttactctgccaaggtttccgtcttgcaaggatgagcttcttttc 19812211  T
Q  523 cacctctctcatttcttg 540  Q
    ||||||||||||||||||    
T  19812210 cacctctctcatttcttg 19812193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 29 - 469
Target Start/End: Original strand, 20036294 - 20036737
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggct 128  Q
    |||||||| |||| | |||||||||||||   ||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |    
T  20036294 gagtctaatgccatcctaacattgtcaatcatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtccccatggttcaacaacatgggttgtggtt 20036393  T
Q  129 gtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattt 228  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||||| |||||||    ||||    
T  20036394 gtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaaggaagtctatcaccaccaacatgacattt 20036493  T
Q  229 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatga 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||      
T  20036494 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagcaagatat 20036593  T
Q  329 atagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaa---tgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcac 425  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||   |  ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  20036594 acagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcac 20036693  T
Q  426 tacctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtggtagcc 469  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||| |||||    
T  20036694 tacctttatcaatgaaaatatccatccagtatgatgtgctagcc 20036737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 42 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 26647415 - 26646923
Alignment:
Q  42 acttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaa 141  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  26647415 acttaacactgtcaattttcaagatcttaaccttatgccacctaaacaacaaagggtctccttggttgatcaaattgggttgtggttgtaaatttttgaa 26647316  T
Q  142 tctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattttgacaaatcaaca 241  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||| |||| |||| | ||||  ||||||||||    
T  26647315 cctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaaggatatctatcaccaccatcagaaatttttttcaaatcaaca 26647216  T
Q  242 attgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaa 341  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26647215 agtgttttcttaaacaaacttaaatccttatataagctagctaaaacagccggtgccaaagcaattggattccctctagcaagatgaacagcaataggaa 26647116  T
Q  342 acaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaa 441  Q
    ||||| ||||||||| |||||    ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  26647115 acaaacaacttttcaccaaatttagatgaggaaaaacataaactgacaaccaagtagaaaggaatgcttcatgttcaatttcactacctttatccatgaa 26647016  T
Q  442 catatccatccattttgatgtggtagccttagcttggttagtctgccaaggtttctgtcttgcaatgatgagcttcttttccacctctctcatttcttg 540  Q
      |||| ||||||  || |||  |||||||| | || |||      ||| ||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26647015 actatcgatccataatggtgttctagccttaccgtgttta------caaagttgctctcttgcaaggatgagtttcttttccacctctctcatttcttg 26646923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 29 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 19849423 - 19848974
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggct 128  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  19849423 gagtctaatgccaacctaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgccatctaaacaataaaggatccccatggttggtcaacatggtttgtggct 19849324  T
Q  129 gt------aaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacaga 222  Q
    ||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||      
T  19849323 gtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatttaagagtaatctccaagggaaatctatcaccaccaacatg 19849224  T
Q  223 taattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagca 322  Q
      ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  19849223 acattttgacaaatcagtgattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatagactagctaaaacagcaggtgctaaagcaatacgatttcctctagca 19849124  T
Q  323 agatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaa---tgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaa 419  Q
    ||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||   |  ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  19849123 agatatacagcaataggaaacaaagaacttttcaccaaatagtttttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaa 19849024  T
Q  420 tttcactacctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtggtagcc 469  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||| |||||    
T  19849023 tttcactacctttatcaatgaaaatatccatccagtatgatgtgctagcc 19848974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 463
Target Start/End: Original strand, 20015873 - 20016329
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||     
T  20015873 aagaaaatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 20015972  T
Q  110 atcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctat 209  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  20015973 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 20016072  T
Q  210 cactaccaaca-gataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgg 308  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| |    
T  20016073 caccacccacatgat-attttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaacttaaatctttatatatgctagccaagacagctggtgccaaagcaatag 20016171  T
Q  309 gatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttca---acaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaa 405  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||   |  | |  |||||||  |||||||||||||| | |||||||||||| ||    
T  20016172 gatttcgtctagcaagatgaatagcaatcggaaacaaacaacttttcacggaagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacagccaagtagcaagaaa 20016271  T
Q  406 cgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtg 463  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  20016272 tgcttcatgttcaatttcactacctttatcagcgaacatatccatccacattgatgtg 20016329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 29 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19956511 - 19956083
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggct 128  Q
    |||||||| |||| | |||||||||||| |  ||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||  | |||||| | |||||||||||||||||    
T  19956511 gagtctaatgccatcctaacattgtcaactatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggttcctatggttcaacaacatgggttgtggct 19956412  T
Q  129 gtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattt 228  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| | ||||||||||||| ||| ||||   ||||    
T  19956411 gtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctgaaggatatctatcaccacccacaggatattt 19956312  T
Q  229 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatga 328  Q
    ||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19956311 tgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatga 19956212  T
Q  329 atagcaatagaaaacaaagaacttttca---acaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcac 425  Q
    | | |||||| ||||||| |||||||||   |  |||  |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  19956211 acaacaataggaaacaaataacttttcacggaagaatatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaaagcttcatgttcaatttcac 19956112  T
Q  426 tacctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  19956111 tacctttatcaatgaaaatatccatccat 19956083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 61 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 19951516 - 19951037
Alignment:
Q  61 caaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatt 160  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| || |||||||| | |||||||    
T  19951516 caagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatcggcatgggttgtggttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaatt 19951417  T
Q  161 tgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaaca-gataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaa 259  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  19951416 tgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggatatctatcaccacccacatgat-attttgacaaatcaacaattgcttttttaaacaaa 19951318  T
Q  260 gttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaaca 359  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | | || ||||  ||| ||    
T  19951317 gttaaatccttatatatgctagctaaaacagctggagccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaatagcaataggtagcgaataactcctcacca 19951218  T
Q  360 aatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccattttga 459  Q
    | | ||||| || ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||  ||     
T  19951217 atttattattaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagtaacaaggaaggcttcatgttcaatttcactacctttatcagtgaaaatatccatccataatgt 19951118  T
Q  460 tgtggtagccttagcttggttagtctgccaaggtttctgtcttgcaatgatgagcttcttttccacctctctcatttcttg 540  Q
    ||   ||||| || ||   |||||||   || || |||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||    
T  19951117 tgctctagccatacctgttttagtcttagaaagtgtctgtcttgcaatgatgagcttttcttcaacctctttcatttcttg 19951037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 10 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 20046566 - 20046113
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |   | ||     
T  20046566 aagaaaatcatcgacagttgagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcgtgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcgctgggattg 20046467  T
Q  110 atcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctat 209  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || |||||  || |  ||| ||||||    
T  20046466 atcaacatgggttgtggtggtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctat 20046367  T
Q  210 cactaccaacagataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatggg 309  Q
    ||| |||||| |   ||||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  20046366 caccaccaaccggatattttaacagatcaataattgtgttcttaaataaacttaaatccttatatatgctacccaaaacagcaggtgccaaagcaattgg 20046267  T
Q  310 atttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgct 409  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  20046266 atttcctctagcaagattaatagcaatagaaaacaaacaatttttcaccatatttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagtaaggaaggct 20046167  T
Q  410 tcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtg 463  Q
    || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||    
T  20046166 tcgtgttcaatttcactacctttatcgatgaacatatccatccataatgatgtg 20046113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 29 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19838820 - 19838392
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggct 128  Q
    |||||||| |||| | ||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |||||| |||||||| |    
T  19838820 gagtctaaagccatcctaatattgtcaattatcaaggccttaactttatgccacctaaacaaaaaagggtccccctggttcaacaacattggttgtggtt 19838721  T
Q  129 gtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattt 228  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||    |||    
T  19838720 gtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatgtatcacaaccaacaggatgttt 19838621  T
Q  229 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatga 328  Q
    ||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  19838620 tgacaaatcaactgtttttttctttaacaaagttaaatcattatatatgctagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatga 19838521  T
Q  329 atagcaatagaaaacaaagaacttttca---acaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcac 425  Q
    | | |||| | ||||||| | |||||||   |  | || | || || ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| |    
T  19838520 acaacaattggaaacaaaaagcttttcacgcaagagtgttgattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagctagaaaagcttcatgttcaatttcgc 19838421  T
Q  426 tacctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  19838420 tacctttatcgatgaaaatatccatccat 19838392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 74 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 26653531 - 26653136
Alignment:
Q  74 ttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaa 173  Q
    ||||||||||| |||||| || ||||| ||   || |||||| |||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26653531 ttatgccacctcaacaatgaatggtcttcactattgatcaacttgggttgtggttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaa 26653432  T
Q  174 agggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttata 273  Q
    ||||||||   ||| |||| || || ||| ||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  26653431 agggtgatcgtagattaacttccaaaggaaatctatcaccaccaacataatattttgacaaaccaacaattgttttcttaaacaaagtcaagtccttata 26653332  T
Q  274 taagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagca 373  Q
    ||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |   |||||| |    
T  26653331 tatactagctaaaacagctggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatgaacagcaatagaaaacaaagaacttttcactaattctatatgagga 26653232  T
Q  374 aaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtggtagcc 469  Q
    |||||||||||||| |||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||| ||| ||| |||| |||||    
T  26653231 aaaacaaaaattgacaaccaagctgcaaggaatgcatcatgttcaatttcactaccttagtcaatgaaaatatccattcatgttggtgtgttagcc 26653136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 74 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19989904 - 19989521
Alignment:
Q  74 ttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaa 173  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  19989904 ttatgccacctaaacaaaaaagggtcttcatagttgatcagcatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaa 19989805  T
Q  174 agggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttata 273  Q
    ||||||||| |||| || |||| | ||||  |||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||| | | | |||||||  |||  ||||||||||||    
T  19989804 agggtgattgaagaatagcctccatgggaagtctatcaccaccaacaggaagttttgacaaattaactaatatgttcttaagtaaacctaaatccttata 19989705  T
Q  274 taagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatga---ttatga 370  Q
     || ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||| ||||  | | ||   |||| |    
T  19989704 caaactagccaaaactgcaggtgctaatgcaataggatttcctctagcaagatgaatagcaacacgaaagaaagaactattcacaacacgacttttataa 19989605  T
Q  371 gcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    | |  |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  19989604 ggatgaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaagttcattacctttatcaatgaaaacatccatccat 19989521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 30 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17115139 - 17114900
Alignment:
Q  30 agtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctg 129  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||    
T  17115139 agtctaatgctagcttaacattgtcaattttcacggcctgaaccctatgccacctaaacaataaagggtctccatggttgatcaacatggattgtggttg 17115040  T
Q  130 taaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattc-aagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattt 228  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||| ||||| ||| ||||||||| |  |||||    |||    
T  17115039 taaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaaggg-cattcgacgagcaacttctaaaggaaatctatcaccataaacaggattttt 17114941  T
Q  229 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatcct 269  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  17114940 tgacaaatcaataatagttttcttaaacaaagtcaaatcct 17114900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 233 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 19853735 - 19853532
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatag 332  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||    
T  19853735 aaatcaacaatttttttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattacctctagcaagacgaatag 19853636  T
Q  333 caatagaaaacaaagaactttt--caacaaatgat-tatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacc 429  Q
    |||||| ||||||||| |||||  ||| |||  || |||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  19853635 caataggaaacaaagatcttttcacaataaagtatctatgaggaaaaacaaaaatagacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactacc 19853536  T
Q  430 ttta 433  Q
    ||||    
T  19853535 ttta 19853532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 81 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 30915018 - 30914659
Alignment:
Q  81 acctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtga 180  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||| |  || || || |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  30915018 acctaaacaatgaagggtctccctggttgataaacatagtatgcggttgcaaattttttaacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtga 30914919  T
Q  181 ttcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaac-agataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagct 279  Q
     | |||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||    
T  30914918 gtgaagagtaacctccataggacatctatcaccaccaacttgat-attttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaacttaaatctttgtatatgct 30914820  T
Q  280 agctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaata---gcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaa 376  Q
    ||| ||       ||||| || ||||     || ||||||||||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||||| |||||  || ||||  |||    
T  30914819 agccaatttttttggtgctaatgcaacaatgttccctctagcaagatgaataggcgcaataggaaacaaaaaacttttcaccaaatctttgtgagggaaa 30914720  T
Q  377 acaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcaa 437  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30914719 acaaaaattgacaaccaagtagtaaggaatgcttcatgttcaatttcactaactttatcaa 30914659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 232 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 19943940 - 19943720
Alignment:
Q  232 caaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaata 331  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||| |    
T  19943940 caaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagccataggaatccctctagcaagatgaaca 19943841  T
Q  332 gcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgat---tatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactac 428  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||| || ||  |   |||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  19943840 gcaataggaaac--agaacttttcaccacattgtatctatgaggaaaaac--aaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcactac 19943745  T
Q  429 ctttatcaacgaacatatccatcca 453  Q
    ||||||| | ||| |||||||||||    
T  19943744 ctttatcgatgaaaatatccatcca 19943720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 236 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 19858292 - 19858072
Alignment:
Q  236 tcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaa 335  Q
    |||||||||  ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||  ||||||||    
T  19858292 tcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagcgatagtatttcctctagcaagaccaatagcaa 19858193  T
Q  336 tagaaaacaaagaactttt--caacaaatgat-tatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactaccttt 432  Q
    ||| ||||||||| |||||  ||  |||  || ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  19858192 taggaaacaaagatcttttcacattaaagtatctattaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttt 19858093  T
Q  433 atcaacgaacatatccatcca 453  Q
    ||| | ||| |||||||||||    
T  19858092 atcgatgaaaatatccatcca 19858072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 19858496 - 19858343
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggct 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  19858496 gagtctaatgccaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgccacctaaacaataaaggttctccatgcttgatcaacatgggttgtggct 19858397  T
Q  129 gtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 182  Q
     |||||||||||| || ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  19858396 ctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgatt 19858343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 233 - 453
Target Start/End: Original strand, 24839869 - 24840092
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatag 332  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||| ||    
T  24839869 aaatcaacaattgtgttcttaaacaaccttaaatcgttatataagctagccaaaacagcaggtgccaaagaaataggattccctctagctagatgaacag 24839968  T
Q  333 caatagaaaacaaagaacttttcaaca---aatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacc 429  Q
    ||| || ||||||||||| |||||  |   | |  |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||    
T  24839969 caacaggaaacaaagaacatttcactagagagtatttatgagggaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgctcaacttcactacc 24840068  T
Q  430 tttatcaacgaacatatccatcca 453  Q
    |||||| | ||| |||||||||||    
T  24840069 tttatcgatgaaaatatccatcca 24840092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 19832295 - 19832127
Alignment:
Q  30 agtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctg 129  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| || || || || | ||| | ||||||||||||||| ||    
T  19832295 agtctaatgccatcctaacattgtcaattaccaaggccttaaccttatgccacctaaacaaaaatggttcccctttgttcaacaacatgggttgtggatg 19832196  T
Q  130 taaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaa 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  19832195 taaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaa 19832127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 19944154 - 19943988
Alignment:
Q  16 atcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaac 115  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||   ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||  || ||||||    
T  19944154 atcattgatagctgaatctaatgccaaccccacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctccattattgatcaac 19944055  T
Q  116 atgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 182  Q
     | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  19944054 tttggttgtggctgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgatt 19943988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 232 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 19971835 - 19971711
Alignment:
Q  232 caaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaata 331  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| | ||| |||||| | | |||||||    
T  19971835 caaatcaacaatttgtttcttaaacagagttcaatccttatataagctagccaaaacagttggtgccaaagcaatagtattgcctctaaccaaatgaata 19971736  T
Q  332 gcaatagaaaacaaagaacttttca 356  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  19971735 gcaataggaaacaaagaacttttca 19971711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 28 - 182
Target Start/End: Original strand, 24839667 - 24839821
Alignment:
Q  28 tgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggc 127  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | |||||| ||  ||   |||| |||||||||||    
T  24839667 tgagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctcgattattgcccaacttgggttgtggc 24839766  T
Q  128 tgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 182  Q
    || ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  24839767 tgcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgatt 24839821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 74 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 19853873 - 19853765
Alignment:
Q  74 ttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaa 173  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  19853873 ttatgccacctcaacaatacatggtctccattgttgatcaacttcggttgtggctgcaaatttatgaatctctcccacacccaagcttgtaccaagtaaa 19853774  T
Q  174 agggtgatt 182  Q
    |||||||||    
T  19853773 agggtgatt 19853765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 29 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 9815461 - 9814953
Alignment:
Q  29 gagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggct 128  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||||    
T  9815461 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctccgtgattgatcaacatgggttctggct 9815362  T
Q  129 gtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataattt 228  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9815361 gtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaacagataattt 9815262  T
Q  229 tgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatga 328  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  9815261 tgacaaattaactattgttttcttaaacaaacttaaatcgttataaatactagctaaaacagctggtgccaaagcaatagaatttcctctagcaagatga 9815162  T
Q  329 atagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactac 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||  |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  9815161 atagcaatagaaaacaaagaacttttcaccaaagatttatgagttaaaacaaagattgacaaccacgtagcaatgaacgcttcatgctcaatttcactac 9815062  T
Q  429 ctttatcaacgaacatatccatccattttgatgtggtagccttagcttggttagtctgccaaggtttctgtcttgcaatgatgagcttcttttccacctc 528  Q
    |||| || | ||| | ||||||||||||||| | |||||| | |     |||| ||| || | |||||||||| ||||  || | ||||| |||||||||    
T  9815061 ctttgtcgatgaaaaaatccatccattttgacgcggtagcgtgacacctgttactctccccaagtttctgtctagcaagaatcaacttctcttccacctc 9814962  T
Q  529 tctcatttc 537  Q
    |||||||||    
T  9814961 tctcatttc 9814953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 10 - 454
Target Start/End: Original strand, 26354599 - 26355046
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| |||||||||||   |||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||     
T  26354599 aagaaaatcattgatagccaagtctaattccagcttaacattgtcaattttcaaggcttgtaccctatgccatctaaacaataaagggtctccacggttg 26354698  T
Q  110 atcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctat 209  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26354699 atcaacatgggttgcggttgtaattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 26354798  T
Q  210 cactaccaacagataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatggg 309  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  26354799 caccaccaacagataattttgacaaatcaacaatggttttcttaaacacgcttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaataga 26354898  T
Q  310 atttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaa-atg-attat-gagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |  || ||||||||||||||||||||||| | ||| |||     
T  26354899 atttcctctagcaagatgaatagcaataggaaacaaagaacttttcaccaacatgcattttctaggaaaaacaaaaattgataaccaagcaacaatgaat 26354998  T
Q  407 gcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| | ||||||||||    
T  26354999 gcttcatgttcaacttcactacctttatccatgaaaacatccatccat 26355046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 373 - 426
Target Start/End: Original strand, 38435202 - 38435255
Alignment:
Q  373 aaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcact 426  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||    
T  38435202 aaaaacaaaaatggacaaccaagtaacaaggaacgtttcatgctgaatttcact 38435255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 8e-87; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 128 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 1717539 - 1717213
Alignment:
Q  128 tgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaacagataatt 227  Q
    |||||| ||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    | | ||||||| | ||||||||   |||    
T  1717539 tgtaaacttttgaaccttcccaacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagactaacctccttagaaaatctatcgccaccaacaggatatt 1717440  T
Q  228 ttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatg 327  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1717439 ttgacaaaccaactattgttttcttaaacaaagttaaatccttatatatgctagctaaaacagccggtgccaaagcaataggatttcctctagcaagatg 1717340  T
Q  328 aatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcacta 427  Q
    || |||||||| |||||||||  |||||| ||||   ||||||| ||||||| |||  || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  1717339 aacagcaataggaaacaaagattttttcaccaaagctttatgaggaaaaacataaaccgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaatttcacta 1717240  T
Q  428 cctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||    
T  1717239 cctttatcaacaaaaacatccatccat 1717213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 25 - 454
Target Start/End: Original strand, 6397426 - 6397857
Alignment:
Q  25 agttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgt 124  Q
    |||||||||| | |||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||   ||| | |||||||| ||||||    
T  6397426 agttgagtctcatgccaacttaatattgtcaattttaaaggcctgaaccttataccacctaaaaaataaagggtctatgtgggtaatcaacataggttgt 6397525  T
Q  125 ggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaaca-gat 223  Q
    |   | |||| | |||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||  || |   || || |||||  ||||||| |||    
T  6397526 gaacgcaaatgtgtgaacctcttccacgcccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgatagaagagtaaattcaacatgaaatttatcatcaccaacaagat 6397625  T
Q  224 aattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaa 323  Q
    | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||| |||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  6397626 a-tttcgacaaatcaataattgttttcttaaataaagataaatccttatatatgatagccaaaacagatggtgccaaagcaattggattttctctagcaa 6397724  T
Q  324 gatgaatagcaatagaaaacaa--agaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatt 421  Q
    ||| || |  |||||||| |||  | ||||||||| ||  |  ||| ||| |||| || ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  6397725 gattaacattaatagaaagcaaacaaaacttttcaccatttttttaggaggaaaagcacaaattgacaaccaggtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 6397824  T
Q  422 tcactacctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  6397825 tcactacctttatcgatgaacatatccatccat 6397857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 6398655 - 6398260
Alignment:
Q  62 aaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaattt 161  Q
    |||| |||||| ||||||  | |||||||||||| || ||  | ||| ||||||||| ||||||| || || ||| |||| |||||||||||| ||| ||    
T  6398655 aaggtctgaaccttatgcttcttaaacaataaagagtgtctgttgttgatcaacatgagttgtggttgcaagtttgtgaacctctcccacacctaaactt 6398556  T
Q  162 gaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctatcactaccaaca-gataattttgacaaatcaacaattgtttt-cttaaacaaa 259  Q
    |||||| |||||| |||||    |||||||  || |  ||| ||||||||  | ||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||| |||||| |||    
T  6398555 gaaccacgtaaaaaggtgacaacagagtaaattcaacaggaaatctatcatcatcaacatgata-ttttgacatatcaataattttttttcttaaataaa 6398457  T
Q  260 gttaaatccttatataa--gctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaa 357  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||     
T  6398456 gttaaatccttatatatatgctagctaaaacagctggtgccaaaccgattggatttcctctagcgagattaacagcaatagaaaacaaacaacttttcac 6398357  T
Q  358 caaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    ||     |||  || ||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||    
T  6398356 cattgttttactaggaaaaacaaaaattaacaaccaattagcaaggaaggcttcatgttcaatttcactacctttatagataaacatatccatccat 6398260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 233 - 459
Target Start/End: Original strand, 22689550 - 22689779
Alignment:
Q  233 aaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatag 332  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  22689550 aaatcaacaatttgtttcttaaacaaactcaaatccttatatatgctagccaaaacagcaggtgccaaagcaatagtattgcctctagccagatgaatag 22689649  T
Q  333 caatagaaaacaaagaactttt---caacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacc 429  Q
     ||||| |||||||||||||||   | ||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||    
T  22689650 aaatagtaaacaaagaacttttgaccgacatatttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaagaaatgcttcatgttcaaattcattacc 22689749  T
Q  430 tttatcaacgaacatatccatccattttga 459  Q
     ||||| | ||| | ||||||||| |||||    
T  22689750 attatcgatgaaaacatccatccactttga 22689779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 226 - 356
Target Start/End: Original strand, 22651781 - 22651911
Alignment:
Q  226 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaaga 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22651781 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatacatgctagccaaaacagctggtgcaaaagcaataggatttcctctagcaaga 22651880  T
Q  326 tgaatagcaatagaaaacaaagaacttttca 356  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  22651881 tgaacagcaataggaaacaaacaacttttca 22651911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 366 - 454
Target Start/End: Original strand, 22652119 - 22652207
Alignment:
Q  366 tatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcaacgaacatatccatccat 454  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  22652119 tatgagcaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactacctttatcgatgaaaatatccatccat 22652207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 297 - 433
Target Start/End: Original strand, 22685642 - 22685778
Alignment:
Q  297 ccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagt 396  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||| ||||   ||||||| ||||||||||| ||| |||||||     
T  22685642 ccaaagcaataggattccctctagcaagatgaatagcaatcggaaacatagaagttttcaccaaaattttatgaggaaaaacaaaaagtgacaaccaagc 22685741  T
Q  397 agcaaggaacgcttcatgttcaatttcactaccttta 433  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22685742 agcaagaaatgcttcatgctcaatttcactaccttta 22685778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 237 - 433
Target Start/End: Original strand, 11564033 - 11564232
Alignment:
Q  237 caacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaat 336  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||||||| ||| | ||| |  ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  11564033 caacaattgtctccttaaacaaacgcaaatccttatataagcaagccagaaccgacggtgctaaagcaataggttttcctctagcaagatgaacagcaat 11564132  T
Q  337 agaaaacaaagaacttt---tcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatttcactaccttta 433  Q
    || ||||||||||||||   |||||||    ||||||| |||||||||||| || | ||| | || || ||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  11564133 aggaaacaaagaacttttgatcaacaagcttttatgaggaaaaacaaaaatggaaagccatgcagaaatgaatgcttcatgttcaattttactagcttta 11564232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 182
Target Start/End: Original strand, 22689448 - 22689520
Alignment:
Q  110 atcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 182  Q
    |||||||||||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22689448 atcaacatgggccgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgatt 22689520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 11544430 - 11544344
Alignment:
Q  96 ggtctccatggtttatcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatt 182  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||| ||| || ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  11544430 ggtctccattgttgatcaacttgggttttggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgatt 11544344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 226 - 271
Target Start/End: Original strand, 22685596 - 22685641
Alignment:
Q  226 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatcctta 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  22685596 ttttgacaaatcaacaattgttttcttaaaaaaacttaaatcctta 22685641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 12497651 - 12497241
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | |||   |||||     
T  12497651 aagaaaatcattgacagttgagcctaatgcacacttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttg 12497552  T
Q  110 atcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctat 209  Q
    ||||||||| ||||||| || || |||  ||  |||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||   || |||||  || |  | | || |||    
T  12497551 atcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatat 12497453  T
Q  210 cactaccaaca-gataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgg 308  Q
     |  ||||| | |||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||| |||||||| || | ||||| |||      
T  12497452 tatcaccaataagatg-ttttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaattt 12497354  T
Q  309 gatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgc 408  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  |   |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  12497353 gatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttatcaccatttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggc 12497254  T
Q  409 ttcatgttcaatt 421  Q
    |||||||||||||    
T  12497253 ttcatgttcaatt 12497241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 12521516 - 12521106
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | |||   |||||     
T  12521516 aagaaaatcattgacagttgagcctaatgcacacttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttg 12521417  T
Q  110 atcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctat 209  Q
    ||||||||| ||||||| || || |||  ||  |||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||   || |||||  || |  | | || |||    
T  12521416 atcaacatgagttgtggttgcaagtttgcgagcctctccca-acccaaacatgaaccaagtaaaaaggtgagagaaaagtaaattcaacagaaaatatat 12521318  T
Q  210 cactaccaaca-gataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgg 308  Q
     |  ||||| | |||  |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||| |||||||| || | ||||| |||      
T  12521317 tatcaccaataagatg-ttttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatcgttatttatgctagccaaaacagctggcggcaaagtaattt 12521219  T
Q  309 gatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgc 408  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  |   |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  12521218 gatttcttctagcaagattaatagcaatagaaaacaaataacttatcaccatttttctatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaggtagcaaggaaggc 12521119  T
Q  409 ttcatgttcaatt 421  Q
    |||||||||||||    
T  12521118 ttcatgttcaatt 12521106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 225 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 12581620 - 12581424
Alignment:
Q  225 attttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaag 324  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |||||||   | | ||||| |||  |||||| |||||||||    
T  12581620 attttgacagatcaataattgttttcttaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacagtttgcggcaaagtaattcgatttcttctagcaag 12581521  T
Q  325 atgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatt 421  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |   || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12581520 attaatagcaatagaaaacaaataacttttcaccatttttctacgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtagcaaggaaggcttcatgttcaatt 12581424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 421
Target Start/End: Original strand, 12579763 - 12580167
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| |||||| | | |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||    ||||     
T  12579763 aagaaaatcattaacacttgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgcggttg 12579862  T
Q  110 atcaacatgggttgtggctgtaaatttttgaatctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacctctaagggatatctat 209  Q
    ||||| ||||| ||||| ||  | ||| |||| |||||||  | ||||| || | |||||||||| ||||||  ||||||||  |  |  |||||| |||    
T  12579863 atcaatatggg-tgtggttgatagtttgtgaacctctcccgtatccaaacttaagccaagtaaaaaggtgatggaagagtaaattaaacaggatatatat 12579961  T
Q  210 cactaccaac-agataattttgacaaatcaacaattgttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgg 308  Q
    ||  |||||| |||| ||||||||| ||      || |||||||||| || ||||||||||||| || |||||| ||||||   |   |||||| ||| |    
T  12579962 catcaccaacaagat-attttgacagat-----ttttttttcttaaataatgttaaatccttatttatgctagccaaaacaattgccaccaaagaaattg 12580055  T
Q  309 gatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaaagaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgc 408  Q
    |||||| ||||||||||| || | ||| |||||||||| ||||| || || | |  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||    
T  12580056 gatttcttctagcaagattaacaccaacagaaaacaaacaacttgtc-accattttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagtaaaaaggaaggc 12580154  T
Q  409 ttcatgttcaatt 421  Q
     ||||||||||||    
T  12580155 ctcatgttcaatt 12580167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 246 - 421
Target Start/End: Original strand, 12519704 - 12519878
Alignment:
Q  246 ttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaagatgaatagcaatagaaaacaa 345  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| || |||||| |||||| | |   |||||||||| ||||||| ||||||||||| || | ||| |||||||||    
T  12519704 ttttcttaaataaagttaagtccttatttatgctagccaaaacaactgccaccaaagcaattggatttcttctagcaagattaacaccaacagaaaacaa 12519803  T
Q  346 agaacttttcaacaaatgattatgagcaaaaacaaaaattgataaccaagtagcaaggaacgcttcatgttcaatt 421  Q
    | || || || || | |  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||   |||||| |||||||||||||||    
T  12519804 acaatttgtc-accattttttatgaggaaaaacaaaaattgacaaccaagttaaaaggaaggcttcatgttcaatt 12519878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 121
Target Start/End: Original strand, 12495667 - 12495778
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||   |||||     
T  12495667 aagaaaatcattgacacttgagtctaatgcaaactgaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgtggttg 12495766  T
Q  110 atcaacatgggt 121  Q
    || |||||||||    
T  12495767 atgaacatgggt 12495778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 100
Target Start/End: Original strand, 12519468 - 12519558
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtct 100  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||| |||||||| ||||    
T  12519468 aagaaaatcattgacacttgagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagagtct 12519558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 12581766 - 12581650
Alignment:
Q  10 aagaatatcattgatagttgagtctaacgccaacttaacattgtcaatttccaaggcctgaactttatgccacctaaacaataaagggtctccatggttt 109  Q
    ||||| |||||||  ||||||| |||| ||  |||||||||||  ||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| | | | |   |||||     
T  12581766 aagaaaatcattggcagttgagcctaatgcacacttaacattgctaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaatatatgttatatgtggttg 12581667  T
Q  110 atcaacatgggttgtgg 126  Q
    |||||||||||||||||    
T  12581666 atcaacatgggttgtgg 12581650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 323
Target Start/End: Original strand, 12495895 - 12495972
Alignment:
Q  246 ttttcttaaacaaagttaaatccttatataagctagctaaaacagcaggtgccaaagcaatgggatttcctctagcaa 323  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| || |||||| |||||| | |   |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12495895 ttttattaaataaagttaaatccttatttatgctagccaaaacaactgccaccaaagcaattggatttcttctagcaa 12495972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University