View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5917_high_1 (Length: 1158)

Name: NF5917_high_1
Description: NF5917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5917_high_1
NF5917_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (14-852)||(36521214-36522048)
chr2 (923-1146)||(36522119-36522342)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 773; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 773; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 852
Target Start/End: Original strand, 36521214 - 36522048
Alignment:
Q  14 gaataaaaggagtggtggcagggtctccatgccatgcatcagccatgagacactgtcgtttagttttctttctgaccattggattttttaaacatcaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36521214 gaataaaaggagtggtggcggggtctccatgccatgcatcagccatgagacactgtcgtttagttttctttctgaccattggatttgttaaacatcaaaa 36521313  T
Q  114 tccagtgatgacttcctcaatgttgagcttgtttgcatgggccctacctcgtgcccttctggataaatgattaatttgaattttggatgtagtacactac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36521314 tccagtgatgacttcctcaatgttgagcttgcttgcatgggccctacctcgtgcccttctggataaatgattaattggaattttggatgtagtacactac 36521413  T
Q  214 aatgtttttaaggtaaactctttagtaatgaaaagaattttatcagcttataagggtaaatattggacgtcattgtattcatattgtggtcactaataaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36521414 aatgtttttaaggtaaactctttagtaatgaaaagaattttatcagcttataagggtaaatattggtcgtcattgtattcatattgtggtcactaataaa 36521513  T
Q  314 ttctttttcatcatcaaatagtataccaaatgtatgacatggtaaaagaatgaaatcataatttttatcaagtacgaatcaaacacataatagaatttat 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36521514 ttctttttcatcatcaaatagtataccaaatgtatgacatggtaaaagaatgaaatcataatttttatcaagtacgaatcaaacacataatataatttat 36521613  T
Q  414 atcataatatatatgcctattctatctgcacaccaaacaagctttagagtttagttcaacattttaaataattttttctcagttcaataggacactttac 513  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36521614 atcata----atatgcctattctatctgcacaccaaacaagctttagtgtttagttcaacattttaaataattttttctcagttcaataggacactttac 36521709  T
Q  514 taattgatgactcgttgacacacttggatggattatgttaatatgtttttctgcaagatgcatgttaatagaatctgtcttataattatcaaatcactat 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36521710 taattgatgactcgttgacacacttggatggattatgttaatatgtttttctgcaagatgcatgttaatagaatctgtcttataattatcaaatcactat 36521809  T
Q  614 catcaaaccaccattattgaacattcaatgtatcaattagtgtatatcttgactatgctccaatgagaagaattatttgaattacaattaactttctttc 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36521810 catcaaaccaccattattgaacattcaatgtatcaattagtgtatatcttgactatgctccaatgagaagaattatttgaattacaattaactttctttc 36521909  T
Q  714 atgacattattagaatatttgnnnnnnncttcatgacacctattgagcaaatcattgacattttaataggagaaatagtactatagtatatcactttttc 813  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36521910 atgacattattagaatatttgtttttttcttcatgacacctattgagcaaatcattgacattttaataggagaaatagtactatagtatatcactttttc 36522009  T
Q  814 taacttctaactaaccaaatggccattgaatagtgacca 852  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36522010 taacttctaactaaccaaatggccattgaatagtgacca 36522048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 923 - 1146
Target Start/End: Original strand, 36522119 - 36522342
Alignment:
Q  923 caatcaacttaaagcttccatttattgctaacccttaacgtatcttccaatatatgttgacagattcccacttttttggtcctcaaatccctttacacat 1022  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36522119 caatcaacttaaagcttcaatttattgctaacccttaacgtatcttccaatatatgttgacatattcccacttttttggtcctcaaatccctttacacat 36522218  T
Q  1023 tcaaataacgctattctaggaccaaaaagtacaagtatacatgatctttcacagcccactttacactaacttcaatgttaatagttccttcttaccaaag 1122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  36522219 tcaaataacgctattctaggaccaaaaagaacaagtatacatgatctttcacaacccactttacactaacttcaatgctaatagttccttcttaccaaaa 36522318  T
Q  1123 cattggaaaaagcccatgatgatg 1146  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  36522319 cattggaaaaagcccatgatgatg 36522342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University