View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5918_low_13 (Length: 569)

Name: NF5918_low_13
Description: NF5918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5918_low_13
NF5918_low_13
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-553)||(13372786-13373338)
chr5 (5-367)||(13378768-13379130)
chr5 (401-551)||(13378543-13378693)
chr5 (62-304)||(13385391-13385633)
chr5 (6-300)||(13419297-13419591)
chr5 (139-304)||(13412948-13413113)
chr5 (62-304)||(13389212-13389454)
chr5 (6-300)||(13426188-13426482)
chr5 (32-300)||(13446848-13447116)
chr5 (5-304)||(13393562-13393861)
chr5 (12-304)||(13453797-13454089)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (5-336)||(28430538-28430869)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (77-304)||(47601115-47601342)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 13373338 - 13372786
Alignment:
Q  1 aacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13373338 aacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctctt 13373239  T
Q  101 ctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcata 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13373238 ctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcata 13373139  T
Q  201 tggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactc 300  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13373138 tggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactc 13373039  T
Q  301 atttgtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggtgcgtaccaatagctcgcttttaataactaatctatatatgaaatcagttataaacttctaacac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13373038 atttgtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggtgcgtaccaatagctcgcttttaataactaatctatatatgaaatcagttataaacttctaacac 13372939  T
Q  401 tgttcattatgttataggctgtaatggacacccttgatggtattattgacactgtttcagcactccatccactaatgcccttgatgggtttattgaagaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13372938 tgttcattatgttataggctgtaatgggcacctttgatggtattattgacactgtttcagcactccatccactaatgcccttgatgggtttattgaagaa 13372839  T
Q  501 tcatggtaaacttgttatggttggagctccagaaaagcctttggagcttcctg 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13372838 tcatggtaaacttgttatggttggagctccagagaagcctttggagcttcctg 13372786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 5 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 13379130 - 13378768
Alignment:
Q  5 atcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttcttt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||    
T  13379130 atcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgctcctctccttt 13379031  T
Q  105 gtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggc 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| || |||| |||||  | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13379030 gtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggc 13378931  T
Q  205 tgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
    |||||| || | |||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  13378930 tgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacgcttaggagctgactcattc 13378831  T
Q  305 gtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggtgcgtaccaatagctcgcttttaataactaat 367  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  13378830 gtggttagtcgcgaacaagaccagatgaaggtgcgtaccaataattcgcttttaatgactaat 13378768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 401 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 13378693 - 13378543
Alignment:
Q  401 tgttcattatgttataggctgtaatggacacccttgatggtattattgacactgtttcagcactccatccactaatgcccttgatgggtttattgaagaa 500  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||  ||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||| ||||||||||    
T  13378693 tgttcaatatgttataggctgtaatgggaacgtttgatggaatcatcgacactgtttcagcactccatcctctaatgcctttgcttggtctattgaagaa 13378594  T
Q  501 tcatggtaaacttgttatggttggagctccagaaaagcctttggagcttcc 551  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  13378593 taatggtaaacttgttatggttggagctccagagaagcctttggagtttcc 13378543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 62 - 304
Target Start/End: Original strand, 13385391 - 13385633
Alignment:
Q  62 attcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtt 161  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| | | ||| ||||||||  |||| ||||||     
T  13385391 attcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtc 13385490  T
Q  162 tacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaa 261  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || || || || ||| |||     
T  13385491 ttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaattagtacatctgctag 13385590  T
Q  262 caaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
    |||| | |||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||    
T  13385591 caaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagctgattcattt 13385633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 13419591 - 13419297
Alignment:
Q  6 tcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttg 105  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  | |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||| || | ||||||||||||    
T  13419591 tcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttg 13419492  T
Q  106 tgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggct 205  Q
     || || |||||||||||||| ||| |   | |||||| |||  ||||||||||| |  || | ||||| ||||||||||||||| | || |||||||||    
T  13419491 cgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggct 13419392  T
Q  206 gtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactc 300  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||| || || || || || || ||| ||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  13419391 gtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgactc 13419297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 13413113 - 13412948
Alignment:
Q  139 ttttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgta 238  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  13413113 ttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgtt 13413014  T
Q  239 acagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
    || || || || || || ||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  13413013 accgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttaggagctgattcattt 13412948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 62 - 304
Target Start/End: Original strand, 13389212 - 13389454
Alignment:
Q  62 attcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtt 161  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| | | ||||| ||||||  | || ||||||     
T  13389212 attcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtc 13389311  T
Q  162 tacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaa 261  Q
    | | | | ||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||| || || || || ||    
T  13389312 ttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaa 13389411  T
Q  262 caaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
    |||| |||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||    
T  13389412 caaagagaaagaagcaatagaacacttaggagccgattcattt 13389454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 13426482 - 13426188
Alignment:
Q  6 tcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttg 105  Q
    ||||||||||||| || || ||  | |||||||| || || |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | ||||||||||||    
T  13426482 tcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttg 13426383  T
Q  106 tgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggct 205  Q
     || ||  ||||||||||||| ||| |     |||||  |||  ||||||||||| |  || | || || ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13426382 cgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtcatatggct 13426283  T
Q  206 gtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactc 300  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || || || || |||| |||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  13426282 gtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaagcgatagaacatttaggagctgactc 13426188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 13447116 - 13446848
Alignment:
Q  32 atggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctt 131  Q
    |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | |||||||||||| || ||  ||||||||||||| |||     
T  13447116 atggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctc 13447017  T
Q  132 tgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgc 231  Q
    |   | ||||||||||  ||||||||||| |  || | || || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  13447016 ttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgc 13446917  T
Q  232 taatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactc 300  Q
    ||| || || || || || || || ||||| ||  | |||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  13446916 taaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactc 13446848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 304
Target Start/End: Original strand, 13393562 - 13393861
Alignment:
Q  5 atcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttcttt 104  Q
    |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| || || |||||  |  | |  |||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||| ||||    
T  13393562 atcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctccttt 13393661  T
Q  105 gtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggc 204  Q
    |||| || || || |||||||| ||| |   ||||||||||||  ||||||||||| |  || | ||| | ||||||||||||||| | |||||  |||     
T  13393662 gtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttggtcacttggg 13393761  T
Q  205 tgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
    |||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||| || || || || || |||||| |||| ||||| || ||| || |||||||||| ||||||    
T  13393762 tgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaaaacctaggagctgattcattt 13393861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 12 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 13454089 - 13453797
Alignment:
Q  12 atggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggg 111  Q
    ||||||||| ||||||  | |||||| ||||||| |||||  || | || ||||| |||   ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  13454089 atggaggcttctctgactcaatggtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgg 13453990  T
Q  112 gatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaa 211  Q
    ||| || || ||||| ||| |   | ||||||||||  ||||||||| | |  || | ||||| ||||||||||||||| | || |||||||| ||||||    
T  13453989 gataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggccgtgaaa 13453890  T
Q  212 tttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
    || | ||||||||| ||||||||||| || || || || || || ||||| ||  | ||||||||  | ||||||||| |||| |||||||||    
T  13453889 ttcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacacttacgagcggactcattt 13453797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 140; Significance: 5e-73; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 5 - 336
Target Start/End: Original strand, 28430538 - 28430869
Alignment:
Q  5 atcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttcttt 104  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||  ||||||||  |||  ||||| | |||||  ||  | |||| |||||||| || |||||||| || |    
T  28430538 atcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaatagcctacctcttgatgctgcagctcctctcctct 28430637  T
Q  105 gtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggc 204  Q
    | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||   || ||  | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28430638 gcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattaggtgtggttggtcttggtggacttggtcatatggc 28430737  T
Q  205 tgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | |||||||||||||||    
T  28430738 tgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaaggtaacagtgattagcacttctcctaacaaaaagaaggaagctattgaacttcttggagctgactcattt 28430837  T
Q  305 gtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggt 336  Q
    |||||||||   |||||||| |||||||||||    
T  28430838 gtggttagcagtgaacaagatcaaatgcaggt 28430869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 77 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 47601342 - 47601115
Alignment:
Q  77 ccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtgg 176  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |   ||||||||||||  | || |||||| | ||| | ||||| |    
T  47601342 ccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttg 47601243  T
Q  177 ttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagc 276  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||| || || || || || || ||||||||| | || |||||    
T  47601242 ttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagc 47601143  T
Q  277 cattgaacacttaggagctgactcattt 304  Q
     |  |||  |||||||||||||||||||    
T  47601142 aagagaatgcttaggagctgactcattt 47601115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University