View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5918_low_5 (Length: 719)

Name: NF5918_low_5
Description: NF5918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5918_low_5
NF5918_low_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-227)||(19109916-19110142)
chr4 (447-701)||(19110361-19110616)
chr4 (50-226)||(45098941-45099118)
chr4 (447-638)||(45099348-45099532)
chr4 (2-47)||(45098870-45098915)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-227)||(29466541-29466767)
chr2 (447-701)||(29467003-29467262)
[»] scaffold0726 (3 HSPs)
scaffold0726 (1-227)||(3644-3870)
scaffold0726 (447-599)||(4105-4256)
scaffold0726 (650-701)||(4307-4358)
[»] scaffold0557 (3 HSPs)
scaffold0557 (1-227)||(8467-8680)
scaffold0557 (447-640)||(8041-8233)
scaffold0557 (650-701)||(7966-8017)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (447-701)||(18716810-18717065)
chr6 (447-697)||(14464984-14465232)
chr6 (62-227)||(18717299-18717464)
chr6 (188-227)||(14465466-14465505)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (447-701)||(7963169-7963428)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (447-560)||(12227820-12227935)
chr1 (118-203)||(42956217-42956302)
chr1 (591-638)||(12227951-12227998)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (118-203)||(11232829-11232914)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 19109916 - 19110142
Alignment:
Q  1 ggaggatattacaacaggaaacaaaaatgtgcattttgaaagtaatatgtatacttcaatgttatgagagggactcatatgacaatggttctaaaggatc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19109916 ggaggatattacaacatgaaacaaaaatgagcatattgaaagtaatatgtatacttcaatgttatgagagggactcatatgacaatggttctaaaggatc 19110015  T
Q  101 tcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19110016 tcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattat 19110115  T
Q  201 tttcaactctcaattactcattttttg 227  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||    
T  19110116 tttcaactgtcaattgctcattttttg 19110142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 447 - 701
Target Start/End: Original strand, 19110361 - 19110616
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaagaca 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  19110361 gtttactactgtcattattaatgttggtgcattttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacaaaaaaatatgatttggttagtaaatgaagaca 19110460  T
Q  547 acaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtagc-nnnn 645  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  19110461 ataagtgtgtgtttgtgtctgcgtatgtgtgttttaagtttttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtagcttttt 19110560  T
Q  646 nnnngtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 701  Q
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19110561 ttttgtgctcatatggtacttacttggtagtcctacgtcctcattagacttgaggt 19110616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 50 - 226
Target Start/End: Original strand, 45098941 - 45099118
Alignment:
Q  50 tatacttcaatgttatgagagggactcatatgacaatggttctaaaggatctcatattatcttaactataaatttgtaaacattgat--agtgactattc 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||   | |||||||||    
T  45098941 tatacttcaatgttatgagagggactcatatgccaatggttggaa-ggatctcatgttatcttaacgataaatttgtaaacattgactaactgactattc 45099039  T
Q  148 ttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattattttcaactctcaattactcatttttt 226  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45099040 ttcaacaacgtgcatctcacttcaattaccatctatttcaagttttcaattattttcaactgtcaattactcatttttt 45099118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 447 - 638
Target Start/End: Original strand, 45099348 - 45099532
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttcta---atatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaag 543  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||       ||||||| ||||||||||| |||    
T  45099348 gtttattactgtcattattaatgttggtgcattttttatacctttctaaatatatttggttaaatgtaac-aaaaaatatgattgggttagtaaataaag 45099446  T
Q  544 acaacaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgt 638  Q
    |||| |||| ||||||| |||||| ||||||         ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  45099447 acaataagtatgtgtttgtgtctgtgtatgt---------gtgcttctatgtttaaagtactttactttgaaatagagatgaatggttcttctgt 45099532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 47
Target Start/End: Original strand, 45098870 - 45098915
Alignment:
Q  2 gaggatattacaacaggaaacaaaaatgtgcattttgaaagtaata 47  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  45098870 gaggatattacaacaggaaacaaaaatatgcagattgaaagtaata 45098915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 29466541 - 29466767
Alignment:
Q  1 ggaggatattacaacaggaaacaaaaatgtgcattttgaaagtaatatgtatacttcaatgttatgagagggactcatatgacaatggttctaaaggatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  29466541 ggaggatattacaacaggaaacaaaaatgtgcagattgaaagtaatatgtatacttcaatgttatgagagggactcatataacaacggttctaaaggatc 29466640  T
Q  101 tcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29466641 tcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaacgtgcatctcacttcaattaccatctatttcaattgttcaattat 29466740  T
Q  201 tttcaactctcaattactcattttttg 227  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  29466741 tttcaactgtcaattactcattttttg 29466767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 447 - 701
Target Start/End: Original strand, 29467003 - 29467262
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaagaca 546  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||       ||||||||| ||||||||||||||||    
T  29467003 gtttactactgtcattgttaatgttggtgcattttttatacctttttaatatatggttaaatataacaaaaaa-tatgatttgattagtaaatgaagaca 29467101  T
Q  547 acaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtag------ 640  Q
    | |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||          
T  29467102 ataagtgtgtttttgtgtctgtgtatgtgtgttttaagggtttatatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctatagtttttt 29467201  T
Q  641 cnnnnnnnngtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 701  Q
             |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29467202 tttttttttgtgctcatatggtacttacttgatagccctacgtcctcattagacttgaggt 29467262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0726 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 3)
Name: scaffold0726
Description:

Target: scaffold0726; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 3644 - 3870
Alignment:
Q  1 ggaggatattacaacaggaaacaaaaatgtgcattttgaaagtaatatgtatacttcaatgttatgagagggactcatatgacaatggttctaaaggatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3644 ggaggatattacaacaggaaacaaaaatgtgcagattgaaagtaatatgtgtacttcaatgttatgagaggtactcatatgacaatggttctaaaggatc 3743  T
Q  101 tcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattat 200  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3744 ttatattatcttaattataaatttgtaaacattgatagtgactatttttcaacaacgtgcatctcactttaattaccatctatttcaagtattcaattat 3843  T
Q  201 tttcaactctcaattactcattttttg 227  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  3844 tttcaactgtcaattactaattttttg 3870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0726; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 447 - 599
Target Start/End: Original strand, 4105 - 4256
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaagaca 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  4105 gtttactactgtcattattaatgttggtgcattttttatacctttctaatattaggtttaatgtaacaaaaaa-tatgatttggttagtaaatgaagaca 4203  T
Q  547 acaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaa 599  Q
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4204 gtaagtgtgtgtttgtgtctgtgtatgtgtgttttaagtgtttatatgtttaa 4256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0726; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 650 - 701
Target Start/End: Original strand, 4307 - 4358
Alignment:
Q  650 gtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  4307 gtgctcatatggtacttacttggtagccctactttctcattagacttgaggt 4358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557 (Bit Score: 163; Significance: 1e-86; HSPs: 3)
Name: scaffold0557
Description:

Target: scaffold0557; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8680 - 8467
Alignment:
Q  1 ggaggatattacaacaggaaacaaaaatgtgcattttgaaagtaatatgtatacttcaatgttatgagagggactcatatgacaatggttctaaaggatc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||    
T  8680 ggaggatattacaaccggaaacaaaaatgtgcatattgaaagtaatatgtatacttcaatgttatgagagggactcatatga-------------ggatc 8594  T
Q  101 tcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8593 tcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaacgtgcatctcacttcaattaccatctatttcaagtgttcaattat 8494  T
Q  201 tttcaactctcaattactcattttttg 227  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  8493 tttcaactatcaattactcattttttg 8467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 447 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 8233 - 8041
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaagaca 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  8233 gtttactactgtcattattaatgttggtgcattttttacacctttctaatatatggttaaatgtaacaaaaaa-tatgatttggttagtaaatgaagaca 8135  T
Q  547 acaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtag 640  Q
    | |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8134 ataagtgtgtgtttgtgtctgtgtatatgtgttttaagtgtttctatatttaaattactttaatttgaaatagagatgaatgactcttttgtag 8041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 650 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 8017 - 7966
Alignment:
Q  650 gtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8017 gtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 7966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 2e-82; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 447 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 18717065 - 18716810
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaagaca 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  18717065 gtttactactgtcattattaatgttggtgcattttttatacctttctaatatatggttaaatttaacaaaaaa-tatgatttggttagtaaatgaagaca 18716967  T
Q  547 acaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgta--gcnnn 644  Q
    | ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  18716966 ataagtgtgtgtttgcgtctgtgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtattttttt 18716867  T
Q  645 nnnnngtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 701  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  18716866 tttgggtgctcatatggtacttacttggtagccctgtgtcctcattagacttgaggt 18716810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 447 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 14465232 - 14464984
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaagaca 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  14465232 gtttactactgtcattattaatgttggtgcattttttatacctttctaatatatggtcaaatgtaacaaaaaa-tatgatttggttagtaaatgaagaca 14465134  T
Q  547 acaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgta-gcnnnn 645  Q
    | ||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |         
T  14465133 ataagtgtgtgtttgagtctga--atgtgtgttttaagtgtttatatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtaggttttt 14465036  T
Q  646 nnnngtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttg 697  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14465035 ttttgtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttg 14464984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18717464 - 18717299
Alignment:
Q  62 ttatgagagggactcatatgacaatggttctaaaggatctcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgca 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18717464 ttatgagagggactcatatgacaatagttctaagggatctcatattatcttaactataaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaacgtgca 18717365  T
Q  162 tctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattattttcaactctcaattactcattttttg 227  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18717364 tctcacttcaattaccatctatttcaagtgttcaattattttcaactgtcaattactcattttttg 18717299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14465505 - 14465466
Alignment:
Q  188 agtgttcaattattttcaactctcaattactcattttttg 227  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14465505 agtgttcaattattttcaactatcaattactcattttttg 14465466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 7e-82; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 447 - 701
Target Start/End: Original strand, 7963169 - 7963428
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtatttttt-atacctttctaatatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaagac 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||    
T  7963169 gtttactactgtcattattaatgttggtgcatttttttatacctttctaatatatggttaaatgtaacaaaaaa-tatgatctggttagtaaatgaagac 7963267  T
Q  546 aacaagtgtgtgtttatgtctgcgtatgtgtgttttaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtagc---- 641  Q
    || |||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  7963268 aataagtgtgtgtttgtgtctgtgtatgcgtgttgtaagtgtttctatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgtagctttt 7963367  T
Q  642 -nnnnnnnngtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 701  Q
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7963368 tattttttggtgctcatatggtacttacttggtagccctacgtcctcattagacttgaggt 7963428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 447 - 560
Target Start/End: Original strand, 12227820 - 12227935
Alignment:
Q  447 gtttactactgtcattattaatgttggtgtattttttatacctttcta---atatatggttaaatgtaacnnnnnnntatgatttggttagtaaatgaag 543  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||| |||    
T  12227820 gtttactaatgtcattattaatgttggtgcattttttatacctttctaaatatatttggttaaatgtaac-aaaatatatgatttggttagtaaataaag 12227918  T
Q  544 acaacaagtgtgtgttt 560  Q
    |||| ||||||||||||    
T  12227919 acaataagtgtgtgttt 12227935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 203
Target Start/End: Original strand, 42956217 - 42956302
Alignment:
Q  118 taaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattatttt 203  Q
    |||||||||||||||||| | ||| | |||||||| || ||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42956217 taaatttgtaaacattgacattgattgttcttcaataacgtgtatctcacttttattaccaactatttcaagtgttcaattatttt 42956302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 591 - 638
Target Start/End: Original strand, 12227951 - 12227998
Alignment:
Q  591 tatgtttaaagtactttaatttgaaatagagatgaatgactcttctgt 638  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  12227951 tatgtttaaagtactttactttgaaatcgagatgaatggttcttctgt 12227998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 11232914 - 11232829
Alignment:
Q  118 taaatttgtaaacattgatagtgactattcttcaacaatgtgcatctcacttaaattaccatctatttcaagtgttcaattatttt 203  Q
    |||||||||||||||||| | ||| | || ||||| ||  || |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11232914 taaatttgtaaacattgacattgattgtttttcaataacatgtatctcacttttattaccaactatttcaagtgttcaattatttt 11232829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University