View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5920-Insertion-11 (Length: 420)

Name: NF5920-Insertion-11
Description: NF5920
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5920-Insertion-11
NF5920-Insertion-11
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-420)||(14548268-14548680)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (12-420)||(37587910-37588318)
chr5 (8-420)||(37525745-37526157)
chr5 (8-420)||(37690182-37690594)
chr5 (8-418)||(37794248-37794660)
chr5 (8-419)||(37618480-37618893)
chr5 (70-376)||(37787563-37787869)
chr5 (297-376)||(37611060-37611139)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 420
Target Start/End: Original strand, 14548268 - 14548680
Alignment:
Q  8 acaaggttgaattactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagcgatttgaagtaaaaaat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  14548268 acaaggttgaattactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacttttttgcagtgatttgaagtaaaaaat 14548367  T
Q  108 ttccagcaggcttttaacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 207  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14548368 ttccagcaggcttttgaattggtagagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 14548467  T
Q  208 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttcttttatgggacatctttgagattgatccaaacacattctgcac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14548468 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttcgtttatgggacatctttgagattgatccaaatacattctgcac 14548567  T
Q  308 tgttctagagtactgcagcggtatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgacttttgtgatacagtatgggtctgtttggatcgagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14548568 tgttctagagtactgcagcggtatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgacttttgtgatacagtatgggtctgtttggattgagt 14548667  T
Q  408 tatttgagcttgc 420  Q
    ||||||| |||||    
T  14548668 tatttgaacttgc 14548680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Original strand, 37587910 - 37588318
Alignment:
Q  12 ggttgaattactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagcgatttgaagtaaaaaatttcc 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37587910 ggttgagttactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagtgatttgaagtaaaaaatttcc 37588009  T
Q  112 agcaggcttttaacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataaggca 211  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37588010 agcaggcttttgatttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataaggca 37588109  T
Q  212 tgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttcttttatgggacatctttgagattgatccaaacacattctgcactgtt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37588110 tgcaattcgggagtataatattcacaagaccttggtccatcgtcatattgttcgtttatggaacatctttgagattgatccaaatacattctgcactgtt 37588209  T
Q  312 ctagagtactgcagcggtatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgacttttgtgatacagtatgggtctgtttggatcgagttatt 411  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  37588210 ctagagtattgcagcggtatatacacctcatatgttttatgaagataattattttgtttacttttgttatagactatgggtctgtttggattgagttatt 37588309  T
Q  412 tgagcttgc 420  Q
    |||||||||    
T  37588310 tgagcttgc 37588318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 420
Target Start/End: Original strand, 37525745 - 37526157
Alignment:
Q  8 acaaggttgaattactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagcgatttgaagtaaaaaat 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37525745 acaaggttgagttactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagtgatttgaagtaaaaaat 37525844  T
Q  108 ttccagcaggcttttaacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 207  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37525845 ttccagcaggcttttgatttggtagagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 37525944  T
Q  208 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttcttttatgggacatctttgagattgatccaaacacattctgcac 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37525945 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttggtccatcgtcatattgttcgtttatgggacatctttgagattgatccaaatacattctgcac 37526044  T
Q  308 tgttctagagtactgcagcggtatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgacttttgtgatacagtatgggtctgtttggatcgagt 407  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  37526045 tgttctagagtattgcagcggtatatacacctcatatgttttatgaagataattgttatgtttacttttgttatagactatgggtctgtttggattgagt 37526144  T
Q  408 tatttgagcttgc 420  Q
    |||||||||||||    
T  37526145 tatttgagcttgc 37526157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 420
Target Start/End: Original strand, 37690182 - 37690594
Alignment:
Q  8 acaaggttgaattactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagcgatttgaagtaaaaaat 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37690182 acaaggttgagttactaaaaccagaatcctagagagtttcgttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagtgatttgaagtaaaaaat 37690281  T
Q  108 ttccagcaggcttttaacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 207  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37690282 ttccagcaggcttttgatttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 37690381  T
Q  208 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttcttttatgggacatctttgagattgatccaaacacattctgcac 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37690382 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttggtccatcgtcatattgttcgtttatgggacatctttgagattgatccaaatacattctgcac 37690481  T
Q  308 tgttctagagtactgcagcggtatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgacttttgtgatacagtatgggtctgtttggatcgagt 407  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  37690482 tgttctagagtattgcagcggtatatacaccttatatgttttttgaagataattattttgtttacttttgttatagactatgggtctgtttggattgagt 37690581  T
Q  408 tatttgagcttgc 420  Q
    |||||||||||||    
T  37690582 tatttgagcttgc 37690594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 8 - 418
Target Start/End: Original strand, 37794248 - 37794660
Alignment:
Q  8 acaaggttgaattactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagcgatttgaagtaaaaaat 107  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  37794248 acaaggttgagttactaaaaccaaaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacttttttgcagtgatttgaagtaaaaaat 37794347  T
Q  108 ttccagcaggcttttaacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37794348 ttccagcaggcttttgacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtgtaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 37794447  T
Q  208 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttcttttatgggacatctttgagattgatccaaacacattctgcac 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  37794448 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttggttcatcgtcatattgttcgtttatgggacatctttaagattgatccaaatacattctgcac 37794547  T
Q  308 tgttctagagtactgcagcgg--tatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgacttttgtgatacagtatgggtctgtttggatcga 405  Q
    |||||| ||||  || || ||  |||||||||||||  |||||| | || | || ||||||| |||||||| || || | || | |||||||||||| ||    
T  37794548 tgttctggagttttgtagtggtatatatacacctcacttgtttttttaaaacaactattttgctgacttttttggtagattacgagtctgtttggattga 37794647  T
Q  406 gttatttgagctt 418  Q
    |||||||||||||    
T  37794648 gttatttgagctt 37794660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 8 - 419
Target Start/End: Original strand, 37618480 - 37618893
Alignment:
Q  8 acaaggttgaattactaaaaccagaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacctttttgcagcgatttgaagtaaaaaat 107  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  37618480 acaaggttgagttactaaaaccaaaatcctagagagttcctttgccttttattggcaaatgtaaataaatacttttttgcagtgatttgaagtaaaaaat 37618579  T
Q  108 ttccagcaggcttttaacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37618580 ttccagcaggcttttgacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtgtaaatgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataa 37618679  T
Q  208 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttcttttatgggacatctttgagattgatccaaacacattctgcac 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  37618680 ggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttggttcatcgtcatattgttcgtttatgggacatctttaagattgatccaaatacattctgcac 37618779  T
Q  308 tgttctagagtactgcagcgg--tatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgacttttgtgatacagtatgggtctgtttggatcga 405  Q
    |||||| ||||  || || ||  |||||||||||||  |||||| | || |  | ||||||| |||||||| || || | || | |||||||||||| ||    
T  37618780 tgttctggagttttgtagtggtatatatacacctcacttgttttcttaaaacgactattttgctgacttttttggtagattacgagtctgtttggattga 37618879  T
Q  406 gttatttgagcttg 419  Q
    ||||||||||||||    
T  37618880 gttatttgagcttg 37618893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 70 - 376
Target Start/End: Original strand, 37787563 - 37787869
Alignment:
Q  70 aaataaatacctttttgcagcgatttgaagtaaaaaatttccagcaggcttttaacttggtggagcatagatatgttgcatgcaagcttcatggtttaaa 169  Q
    ||||||| |||||| |||||  |||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  37787563 aaataaacacctttctgcagtaatttaaagtaagaaatttctagcaggcttttgacttactggatcatggatatgtcgcctgcaagcttcatggtttaaa 37787662  T
Q  170 tgctcaatggagtgaagagaagaagcaaagttacataaggcatgcaattcgggagtataatattcacaagaccttgatccatcgtcatattgttctttta 269  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||    
T  37787663 tgctcaatgggctgaagagaagaagctaagttacatgaggcatgcaattcgagagtgtcatattcacaagaccttggtccatcgccacattgttcgttta 37787762  T
Q  270 tgggacatctttgagattgatccaaacacattctgcactgttctagagtactgcagcggtatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgtt 369  Q
    |||||||||||| | ||||||||  | |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37787763 tgggacatctttcaaattgatccggatacattctgcactgttctagaatattgtagtggtatatacacctcatctgttttatgaagatacttattttgtt 37787862  T
Q  370 gactttt 376  Q
    | |||||    
T  37787863 gcctttt 37787869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 297 - 376
Target Start/End: Original strand, 37611060 - 37611139
Alignment:
Q  297 acattctgcactgttctagagtactgcagcggtatatacacctcatctgttttatgaagataattattttgttgactttt 376  Q
    |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  37611060 acattctgcactgttctagaatattgtagtggtatatacacctcatctgttttatgaagatacttattttgttgcctttt 37611139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University