View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5920-Insertion-7 (Length: 554)

Name: NF5920-Insertion-7
Description: NF5920
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5920-Insertion-7
NF5920-Insertion-7
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (9-551)||(26084080-26084622)
chr4 (2-549)||(26119647-26120191)
chr4 (2-544)||(26096362-26096904)
chr4 (2-541)||(26126309-26126848)
chr4 (9-529)||(26064377-26064897)
chr4 (2-534)||(26035724-26036256)
chr4 (351-554)||(26075483-26075686)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (164-376)||(6773203-6773415)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 26084622 - 26084080
Alignment:
Q  9 ataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaaagaccatgggatgggttggtct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26084622 ataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaaagaccatgggatgggttggtct 26084523  T
Q  109 actaacgtttataccacgaggatatttgtttacaattctggtttcttctatatccgaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcac 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26084522 actaacgtttataccacgaggatatttgtttacaattctggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcac 26084423  T
Q  209 gactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26084422 gactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaac 26084323  T
Q  309 tatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26084322 tatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggttattattcacgtgaat 26084223  T
Q  409 taccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgat 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26084222 taccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgat 26084123  T
Q  509 aaccttgtttctatgtcttagttgttgttcaaaaacataacca 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  26084122 aaccttgtttctatgtcttagttgttgttctaaaacttaacca 26084080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 26120191 - 26119647
Alignment:
Q  2 atcatcaataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaaagaccatgggatggg 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  26120191 atcatctataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaacgaccctgggatggg 26120092  T
Q  102 ttggtctactaacgtttataccacgaggatatttgtttacaattctggtttcttctatatccgaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtg 201  Q
    |||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26120091 ttggtctagtggcgtttttaccaggaggatatttgtttacaatgctggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtg 26119992  T
Q  202 gcagcacgactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgcta 301  Q
    ||||||||||||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26119991 gcagcacgacttttgaaggagaaagcatgggaccaagtcgttttcaacgaggaactctttcatccatcatatcctggttatgacgggcttcatgctgcta 26119892  T
Q  302 aaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattca 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26119891 aaagaactatggatatatatctttttatgaatagcagagttcttttcaagacagtgaggaacaatgctaacctcagtaaattgaaaccggttattattca 26119792  T
Q  402 cgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcaca 501  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26119791 cttgaattaccaccgtgataagcttacgcgaatgaaagcagttgttgaatattatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcaca 26119692  T
Q  502 cctcgataaccttgtttctatgtcttagttgttgttcaaaaacataac 549  Q
    |||||||||||||||   ||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  26119691 cctcgataaccttgt---tatgtctaagctgttgttcaaaaacttaac 26119647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 26096904 - 26096362
Alignment:
Q  2 atcatcaataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaaagaccatgggatggg 101  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  26096904 atcatctataccgtgattcagatgttgagtccatgagtgatggtcatgataacatgacagcttatggttacaacgatgtcttcgacgaccctgggatggg 26096805  T
Q  102 ttggtctactaacgtttataccacgaggatatttgtttacaattctggtttcttctatatccgaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtg 201  Q
    |||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26096804 ttggtctagtggtgtttataccaggaggatatttgtttacaattgtggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtg 26096705  T
Q  202 gcagcacgactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgcta 301  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26096704 gcagcacgactttcgaaggagaaagcatgggaccaagtcgttttcaacgaggaactcttttatccgtcgcatcctggttatgacgggcttcatgcttcta 26096605  T
Q  302 aaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattca 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26096604 aaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattca 26096505  T
Q  402 cgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcaca 501  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26096504 cttgaattaccaccgtgataagcttcggcgaatgaaagcaattgttgaatattatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcaca 26096405  T
Q  502 cctcgataaccttgtttctatgtcttagttgttgttcaaaaac 544  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  26096404 cctcgataaccttgtttttgtgtctaagttgttgttcaaaaac 26096362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 26126848 - 26126309
Alignment:
Q  2 atcatcaataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaaagaccatgggatggg 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||  | || | |  ||||||    
T  26126848 atcatctataccgtgattcggatgtagagtccatgagcgatggtcatgataacatgacagcttatggctttaacgatgtctttgacgaacctctgatggg 26126749  T
Q  102 ttggtctactaacgtttataccacgaggatatttgtttacaattctggtttcttctatatccgaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtg 201  Q
    |||||||  || |||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26126748 ttggtctcgtatcgttcatacaactaggatatgggtttacaattctggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtg 26126649  T
Q  202 gcagcacgactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgcta 301  Q
    || ||||||||||| || |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26126648 gctgcacgactttcaaaagagaatgcatgggaccaaggcgttttcaacgaggaactcttttatccgtcgcatcctggttatgacgggcttcatgctgcta 26126549  T
Q  302 aaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattca 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26126548 aaagaactatggatatatatctttttatgaatagtaaagttcttttcaagacagtgaggaacgatgctaaactcagtaaattgaaaccggtaattattca 26126449  T
Q  402 cgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcaca 501  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  26126448 cttgaattaccaccctgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaacctttctcggatggcaca 26126349  T
Q  502 cctcgataaccttgtttctatgtcttagttgttgttcaaa 541  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26126348 ccttgataaccttgtttctgtgtcttagttgttcttcaaa 26126309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 9 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 26064897 - 26064377
Alignment:
Q  9 ataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaaagaccatgggatgggttggtct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | || |  | |||||||||||||    
T  26064897 ataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatatctatgatgagcccgtgatgggttggtct 26064798  T
Q  109 actaacgtttataccacgaggatatttgtttacaattctggtttcttctatatccgaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcac 208  Q
       |  ||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||     
T  26064797 cgaatagttcatacaactaggatatgggtttacaattctggtttcttctatattagaccaaccattccttcaattgagcttttggatcgtgtggcggcaa 26064698  T
Q  209 gactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaac 308  Q
    | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26064697 ggctttccaaggagaaagcatgggaccaagccgtttttaacgaggaactcttttatccatcgcatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaaggac 26064598  T
Q  309 tatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaat 408  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26064597 tatggatatgtacctttttatgaatagtaaagttcttttcaagacagtgaggaacgatgctaaactcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaat 26064498  T
Q  409 taccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgat 508  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    | |    
T  26064497 taccaccctgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatattatgttaatgggaaccaagatgctctcaaacctttccctgatggctcaaagtggt 26064398  T
Q  509 aaccttgtttctatgtcttag 529  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  26064397 aaccttgtttctgtgtcttag 26064377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 2 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 26036256 - 26035724
Alignment:
Q  2 atcatcaataccgtgattcggatgttgagtccatgagcgatggtcataataacatgacagcttatggctacaacgatgtcttcaaagaccatgggatggg 101  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || | || ||||||    
T  26036256 atcatctataccgtgattcagatgtcgagtccatgagtgatggccataataacatgacagcttacggctataacgatgtcttcgacgaacctgcgatggg 26036157  T
Q  102 ttggtctactaacgtttataccacgaggatatttgtttacaattctggtttcttctatatccgaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtg 201  Q
    |||| ||    ||| | |||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26036156 ttgggctcgatacgctcataccatgaggatatgggtttacaattccggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtc 26036057  T
Q  202 gcagcacgactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgcta 301  Q
    ||  |||| ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26036056 gcgacacggctttccaaggaggttgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactattttatccgtcacaccctggttatgaagggcttcatgctgcta 26035957  T
Q  302 aaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattca 401  Q
     ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  26035956 gaagaactatggatatgtatctctttatgaacagcaaagttcttttcaagacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccagtaattgttca 26035857  T
Q  402 cgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcaca 501  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||| ||    
T  26035856 cgtgaattaccaccctgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtcgaatattatgtcaatgggaaacaagatgctctcaaacctttctctgatggctca 26035757  T
Q  502 cctcgataaccttgtttctatgtcttagttgtt 534  Q
      | | ||||||| ||||  |||||||||||||    
T  26035756 gattggtaaccttatttccgtgtcttagttgtt 26035724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 351 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 26075686 - 26075483
Alignment:
Q  351 gacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaa 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26075686 gacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggttattattcacttgaattaccaccgtgataagcttcggcgaatgaaagcagttgttgaa 26075587  T
Q  451 tactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtttctatgtcttagttgttgttcaaaaacataacc 550  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26075586 tattatgttaatgggaactaagatgctctgaaaccttttcccgatggcacacatcgataaccttgtttctatgtcttagttgttgttcaaaaacataacc 26075487  T
Q  551 aaca 554  Q
    ||||    
T  26075486 aaca 26075483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 164 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 6773415 - 6773203
Alignment:
Q  164 gaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttcaacgaggaactctttca 263  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| || || || |  || ||||| || |  || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||| |    
T  6773415 gaccaacacttccttcaattgagcttttggatcgcgttgcggaccggctttctaaagagaaagcatgggatcaagcagtttttaatgaagaactttttta 6773316  T
Q  264 tccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaggacagtgaggaac 363  Q
     || ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |  ||||| || | ||| ||||| ||     
T  6773315 cccttcacatcctggttatgatggacttcatgctgcaaagagaacaatggatatgtacctttttatgaacagtaaggttctgtttaagactgtgagaaaa 6773216  T
Q  364 gatgctaacctca 376  Q
    |||||||| ||||    
T  6773215 gatgctaagctca 6773203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University