View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5921-Insertion-1 (Length: 870)

Name: NF5921-Insertion-1
Description: NF5921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5921-Insertion-1
NF5921-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-870)||(46039428-46040288)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 46040288 - 46039428
Alignment:
Q  9 aaatgctggtcttggattcttggtattaatttaatcatggtattgttgtactatccttgtaatttta-----ggattaaattagaattttataagggtgg 103  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46040288 aaatgctagtcttggattcttggtattaatttaatcatggtattgttgtactatccttgtaattttattttaggattaaattagaattttataagggtgg 46040189  T
Q  104 tgaattgatgattaacgttggttattgtaacttgcattattttagtttggaatggatgccaagtttaaaaattgcacggatcaagattttcttgtccaaa 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46040188 tgaattgatgattaacgttggttattgtaacttgcattattttagtttggaatggatgccaagtttaaaaattgcacggatcaagattttcttgtccaaa 46040089  T
Q  204 aagagagtatcgtgtccaatgtttaggaaaattgctctttaaacaccttaaattgatcacaagcacgtcaaaatgttaataatatcactattggatccta 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46040088 aagagagtatcgtgtccaatgtttaggaaaattgctctttaaacaccttaaattgctcacaagcacgtcaaaatgttaataatatcactattggatccta 46039989  T
Q  304 atttccgttcgcatgtgatcaagagttagaatccaatatgctctaaactacatttactccctgaatctctaattggtatgttagggtgatggagaagtgt 403  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46039988 atttccgttcacatgtgatcaagagttagaatctaatatgctctaaactacatttactccctgaatctctaattggtatgttggggtgatggagaagtgt 46039889  T
Q  404 agttcaagtgagcggagctatttataagtaaaagtacataaatttcgatcacaagtgaacgaggagtaattctgattgtgtgctaacggaaattaagacc 503  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46039888 aatacaagtgagcggagctatttataagtaaaagtacataaatttcaatcacaagtgaacgaggagtaattctgattgtgtgctaacggaaattaggacc 46039789  T
Q  504 ggataggnnnnnnnnnnnngtttgaaaattgtaggtgcttttgagtaatttgagatgcttgaagaaca------aatgtttaaaggaagtggtccactgt 597  Q
    |||||||                     || | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||    
T  46039788 ggataggt--------------------tttttggtgcttttgagcaatttgagatgctttaagaacaactttcaatgtttaaaggaagtggtccactgt 46039709  T
Q  598 gatttacgttatttttatttggtcaatgagcttaattgttataaattcatctttaaaggtaaataaatgatgtgaaaaatttagggttagaacccacatt 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  46039708 gatttacgttatttttatttggtcaatgaacttaattgttataaattcatctttaaaggtaaataaatgatgtgaaaaatttagagttagaacccacatc 46039609  T
Q  698 ccgcatataatgcaatgtagataacaattga-------------------tttatgtcccattttcatagtgttgaatatataattttgacaaaattgat 778  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46039608 ccgtatataatgcaatatagataacaattgatttaaacttacagagatggtttatgtcccattttcatagtgttgaatatataattttgacaaaattgat 46039509  T
Q  779 attaagcctgtaccgaggtgttttgtgggttatttttctggtcaannnnnnnggttaattttggtgaccgatgtttagatgaaaagctactt 870  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46039508 attaagcctgtaccgaggtgttttgtgggtta-ttttctggt---------tggttaatttt-gtgaccgatgtttagatgaaaagctactt 46039428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University