View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5921_high_3 (Length: 754)

Name: NF5921_high_3
Description: NF5921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5921_high_3
NF5921_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-738)||(46039577-46040288)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 46040288 - 46039577
Alignment:
Q  19 aaatgctggtcttggattcttggtattaatttaatcatggtattgttgtactatccttgtaatttta-----ggattaaattagaattttataagggtgg 113  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46040288 aaatgctagtcttggattcttggtattaatttaatcatggtattgttgtactatccttgtaattttattttaggattaaattagaattttataagggtgg 46040189  T
Q  114 tgaattgatgattaacgttggttattgtaacttgcattattttagtttggaatggatgccaagtttaaaaattgcacggatcaagattttcttgtccaaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46040188 tgaattgatgattaacgttggttattgtaacttgcattattttagtttggaatggatgccaagtttaaaaattgcacggatcaagattttcttgtccaaa 46040089  T
Q  214 aagagagtatcgtgtccaatgtttaggaaaattgctctttaaacaccttaaattgatcacaagcacgtcaaaatgttaataatatcactattggatccta 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46040088 aagagagtatcgtgtccaatgtttaggaaaattgctctttaaacaccttaaattgctcacaagcacgtcaaaatgttaataatatcactattggatccta 46039989  T
Q  314 atttccgttcgcatgtgatcaagagttagaatccaatatgctctaaactacatttactccctgaatctctaattggtatgttagggtgatggagaagtgt 413  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46039988 atttccgttcacatgtgatcaagagttagaatctaatatgctctaaactacatttactccctgaatctctaattggtatgttggggtgatggagaagtgt 46039889  T
Q  414 agttcaagtgagcggagctatttataagtaaaagtacataaatttcgatcacaagtgaacgaggagtaattctgattgtgtgctaacggaaattaagacc 513  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46039888 aatacaagtgagcggagctatttataagtaaaagtacataaatttcaatcacaagtgaacgaggagtaattctgattgtgtgctaacggaaattaggacc 46039789  T
Q  514 ggataggnnnnnnnnnnngtttgaaaattgtaggtgcttttgagtaatttgagatgcttgaagaaca------aatgtttaaaggaagtggtccactgtg 607  Q
    |||||||                    || | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||      |||||||||||||||||||||||||||    
T  46039788 ggataggt-------------------tttttggtgcttttgagcaatttgagatgctttaagaacaactttcaatgtttaaaggaagtggtccactgtg 46039708  T
Q  608 atttacgttatttttatttggtcaatgagcttaattgttataaattcatctttaaaggtaaataaatgatgtgaaaaatttagggttagaacccacattc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  46039707 atttacgttatttttatttggtcaatgaacttaattgttataaattcatctttaaaggtaaataaatgatgtgaaaaatttagagttagaacccacatcc 46039608  T
Q  708 cgcatataatgcaatgtagataacaattgat 738  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  46039607 cgtatataatgcaatatagataacaattgat 46039577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University