View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5921_low_43 (Length: 366)

Name: NF5921_low_43
Description: NF5921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5921_low_43
NF5921_low_43
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-348)||(6319919-6320266)
chr8 (1-348)||(6330381-6330728)
chr8 (7-335)||(6422752-6423080)
chr8 (1-346)||(6350829-6351174)
chr8 (4-344)||(6273043-6273383)
chr8 (7-346)||(6361720-6362059)
chr8 (1-348)||(6287291-6287638)
chr8 (7-345)||(7457576-7457914)
chr8 (7-335)||(7469978-7470306)
chr8 (7-239)||(6408726-6408958)
chr8 (7-248)||(6389477-6389718)
chr8 (7-229)||(6368495-6368717)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 348
Target Start/End: Original strand, 6319919 - 6320266
Alignment:
Q  1 ctattaggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6319919 ctattaggaatgcctctgccagtcaatccttcctcactagaaggataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcat 6320018  T
Q  101 cattattcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcacc 200  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6320019 cattgttccttttgatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcttctaatggctgtgaatcaaaagtccaagcctcacc 6320118  T
Q  201 ttcatttctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6320119 ttcatttctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggtcagttagggtatcattttttggtgtgattgtc 6320218  T
Q  301 ctcagatacgccttctgatagttcttagaaagctcgtcgtactcagca 348  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6320219 ctcagatacgccttctgaaagttcttagaaagctcgtcatactcagca 6320266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 348
Target Start/End: Original strand, 6330381 - 6330728
Alignment:
Q  1 ctattaggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgt 100  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6330381 ctattaggaatgcctctgcaagtcaatcctttctcactagaaggataaagcagagtgtatggcatattcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcat 6330480  T
Q  101 cattattcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcacc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||    
T  6330481 cattgttcctttcaatgagctttacctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcttctaatggctgtgaatctgaagtccaaacctcgcc 6330580  T
Q  201 ttcatttctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6330581 ttcatttctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgataagacctctaagatcgtaaggtcagtgagggtatcattttttggtgtgattgtc 6330680  T
Q  301 ctcagatacgccttctgatagttcttagaaagctcgtcgtactcagca 348  Q
    || |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  6330681 cttagatacaccttttgaaagttcttagaaagctcggcatactcagca 6330728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 7 - 335
Target Start/End: Original strand, 6422752 - 6423080
Alignment:
Q  7 ggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcattat 106  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  6422752 ggaatgcctctgaaagtcaatccttcttcactagaaggataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcagcgt 6422851  T
Q  107 tcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttcatt 206  Q
    |||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||  |||||||| |||||||||||||   ||||||||  |    
T  6422852 tccttttaactagcttttcctcaatttcagccaacttccttgcaaacttcttgtaggcctcttttggctgtgcatcagaagtccaaagatcaccttcgat 6422951  T
Q  207 tctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtcctcaga 306  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||  || ||||||||| | || |||||||||||| ||| |    
T  6422952 tctctccccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacttcaataatggtaaggtctgtaagggtatcactcttgggtgtgattgtcttcaaa 6423051  T
Q  307 tacgccttctgatagttcttagaaagctc 335  Q
    || |||||||| |||| ||||||||||||    
T  6423052 tatgccttctggtagtccttagaaagctc 6423080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 6350829 - 6351174
Alignment:
Q  1 ctattaggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgt 100  Q
    |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| |    
T  6350829 ctattaggaatgcctcggcaagtcaatccttcctcactagaaggataaagtagagtatatggcatcttcactggtccgtaccgatttctcaatgtctcat 6350928  T
Q  101 cattattcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcacc 200  Q
    |||| ||||||| | |||| ||    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||  ||| |||||||| |||||||||   |||||    
T  6350929 cattgttcctttgagtgagtttctgttcaatttcagccaacttctttccaaacctcttgaaggcttcttttggttgtgaatctgaagtccaattgtcacc 6351028  T
Q  201 ttcatttctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtc 300  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | || ||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  6351029 ttcaattctatctccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctataatggtcaagtcagtaagtgtatcattctttggtgtgattgtc 6351128  T
Q  301 ctcagatacgccttctgatagttcttagaaagctcgtcgtactcag 346  Q
    |||| ||| | |||||| |||| ||||| |||||| || |||||||    
T  6351129 ctcaaataagacttctggtagtccttagcaagctcatcatactcag 6351174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 4 - 344
Target Start/End: Original strand, 6273043 - 6273383
Alignment:
Q  4 ttaggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcat 103  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||| || || ||||| || || |  | ||| ||||    
T  6273043 ttaggaatgcctctgcaagtcaatccttcctcactagaaggataaagcaaagtatacggcatcttcactggtccatatcgattccttagagtctcatcat 6273142  T
Q  104 tattcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttc 203  Q
    | ||||||| | |||| |||   |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||    
T  6273143 tgttcctttgagtgagtttttgttcaatttcagccaactttgttccgaatctcttgaaagcctctaatggttgtgaatcagaagtccaaagatcaccttc 6273242  T
Q  204 atttctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtcctc 303  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | || |||||| || |||| ||||||||||||||| |||    
T  6273243 aattctctgtccaaggtattgttcatcagaagcatgtcttgacaagacctctataatggtcaagtcagttagtgtgtcatcttttggtgtgattgttctc 6273342  T
Q  304 agatacgccttctgatagttcttagaaagctcgtcgtactc 344  Q
    | | ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  6273343 aaaaacgccttttgatagttcttagaaagctcatcatactc 6273383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 7 - 346
Target Start/End: Original strand, 6361720 - 6362059
Alignment:
Q  7 ggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcattat 106  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  || || |||| || ||| ||||| |    
T  6361720 ggaatgcctctgcaagtcaatccttcctcactagaaggataaagcagagtgtaaggcatcttcactggtccgttacgattcctcagtgtctcatcattgt 6361819  T
Q  107 tcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttcatt 206  Q
    |||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||  |||||||||||||||||||||    ||||||||| |    
T  6361820 tcctttgaatgagtttttgctcaatttcagccaacttctttccaaacctcttaaaggactcttttggctgtgaatcagaagtccagagatcaccttcaat 6361919  T
Q  207 tctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtcctcaga 306  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || | || ||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  6361920 tctctctccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacttctataatggtcaagtcagtaagagtatcattcttgggtgttattgtcctcaga 6362019  T
Q  307 tacgccttctgatagttcttagaaagctcgtcgtactcag 346  Q
    || | |||||| |||| ||||| |||||| || |||||||    
T  6362020 taagacttctggtagtccttagcaagctcatcatactcag 6362059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 348
Target Start/End: Original strand, 6287291 - 6287638
Alignment:
Q  1 ctattaggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgt 100  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| || || || || || |||| || ||| |    
T  6287291 ctattgggaatgcctctgcaagtcaatccttcctcactagaaggataaagcaaagtatatggcatcttcactggtccataacgattcctcagtgtctcat 6287390  T
Q  101 cattattcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcacc 200  Q
    | || ||||||| | |||| |||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||   |||||    
T  6287391 cgttgttcctttgagtgagttttttctcaatttcagccagcttctttccaaacctcttgaaagcctcttttggttgtgaatcagaagtccaattatcacc 6287490  T
Q  201 ttcatttctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtc 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  || | |||||||||| | || || || |||| ||||||     
T  6287491 ttcaattctctgtccaaggtattgttcatcagaagcatgtcttgacaagacttctataacagtcaagttagttaggatgtctttcttcggtgggattgtt 6287590  T
Q  301 ctcagatacgccttctgatagttcttagaaagctcgtcgtactcagca 348  Q
    |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  6287591 ctcaaaaacgccttttgatagttcttagaaagctcagcatactcagca 6287638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 345
Target Start/End: Original strand, 7457576 - 7457914
Alignment:
Q  7 ggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcattat 106  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||| || | ||| || |||| || ||| ||||| |    
T  7457576 ggaatgcctctggaagtcaatccttcctcactagtaggataaagcagtgtatatggcatcttcacaggtccatttcgattcctcagtgtctcatcattgt 7457675  T
Q  107 tcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttcatt 206  Q
    |||||| |||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |  ||| |||||||||||||||||    ||||||||| |    
T  7457676 tcctttgaatgaggtttttctcgatttcagccaacttctttccaaacttcttgtaggcctgttttggttgtgaatcagaagtccagagatcaccttcaat 7457775  T
Q  207 tctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtcctcaga 306  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||| |    
T  7457776 tctctctccaaggtattgttcatcagaagcatgccttgacaagacctctaagatggtcaagttagtaagggtatcattctttgcggtgattgtcctcaaa 7457875  T
Q  307 tacgccttctgatagttcttagaaagctcgtcgtactca 345  Q
    || | |||||| |||| ||||| |||||| || ||||||    
T  7457876 taagtcttctggtagtccttagcaagctcatcatactca 7457914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 7 - 335
Target Start/End: Original strand, 7469978 - 7470306
Alignment:
Q  7 ggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcattat 106  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||| || ||||||||| || |||| |||||||||||| || | ||| || |||| || ||| ||||| |    
T  7469978 ggaatgcctctggaagtcaatccttcctcactagtaggataaagcagtgtatatgacatcttcacaggtccatttcgattcctcagtgtctcatcattgt 7470077  T
Q  107 tcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttcatt 206  Q
    |||||| |||||| |||  ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| | |||| |  |||||||||||||||||||||    ||||||||| |    
T  7470078 tcctttgaatgaggtttttctcaatttcagacaacttctttccaaacttcttgtaggcctgttttggctgtgaatcagaagtccagagatcaccttcaat 7470177  T
Q  207 tctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaagacctctatgattgtaaggttagttagggtatcattttttggtgtgattgtcctcaga 306  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||| |    
T  7470178 tctctctccaaggtattgttcatcagaagcatgccttgacaagacctctaagatggtcaagttagtaagggtatcattctttgcggtgattgtcctcaaa 7470277  T
Q  307 tacgccttctgatagttcttagaaagctc 335  Q
    || | |||||| |||| ||||| ||||||    
T  7470278 taagtcttctggtagtccttagcaagctc 7470306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 239
Target Start/End: Original strand, 6408726 - 6408958
Alignment:
Q  7 ggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcattat 106  Q
    ||||||||||||  | ||||||||  |||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||| || || || |    
T  6408726 ggaatgcctctgaaagtcaatcctggctcacttgaaggatagagcacagtgtatggcatcttcacaggcccattcctgtttctcaatgattcatcgttgt 6408825  T
Q  107 tcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttcatt 206  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||  ||||||||   ||||||||  |    
T  6408826 tcctttcaatgagcttttgctcaatttcagccaacttctttccaaacttcttgaaggcctctactggctctgaatcgtaagtccaaagatcaccttcgat 6408925  T
Q  207 tctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatg 239  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  6408926 tctgtgtccaatgtattgctcatcagaaacatg 6408958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 248
Target Start/End: Original strand, 6389477 - 6389718
Alignment:
Q  7 ggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcattat 106  Q
    ||||||||||||  | ||||||||  |||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |  | |||||||||||| || || || |    
T  6389477 ggaatgcctctgaaagtcaatcctggctcacttgaaggatagagcacagtgtatggcatcttcactggcccattcctgtttctcaatgattcatcgttgt 6389576  T
Q  107 tcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttcatt 206  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||  ||||||||   ||||||||  |    
T  6389577 tcctttcaatgagcttttgctcaatttcagccaacttctttccaaacttcttgaaggcctctactggctctgaatcgtaagtccaaagatcaccttcgat 6389676  T
Q  207 tctctgtccaaggtattgctcatcagaagcatgccttgacaa 248  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  6389677 tctgtgtccaatgtattgctcatcagaaacatgtgttgacaa 6389718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Original strand, 6368495 - 6368717
Alignment:
Q  7 ggaatgcctctgccaatcaatccttcctcactagaagaataaagcagagtgtatggcatcttcacaggcccgtatcggtttctcaatgactcgtcattat 106  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||    |||| |||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||| || | |||| |||||||||| | ||| |    
T  6368495 ggaatccctctgccagtcaatcctggtccactggaaggataaagaagagtgtatggaaacttcacaggcccatacctgtttttcaatgactcattattgt 6368594  T
Q  107 tcctttcaatgagctttgcctcaatttcagccaacttccttccaaacctcttgaaagcctctaatggctgtgaatcagaagtccaagcctcaccttcatt 206  Q
    |||||| ||||| || | |||||||||||  ||| ||| || ||||| | ||| | || |||| ||||| || |||||||||||||   ||||||||| |    
T  6368595 tcctttgaatgaactcttcctcaatttcaatcaatttctttgcaaactttttgtaggcttctactggctttggatcagaagtccaaagatcaccttcagt 6368694  T
Q  207 tctctgtccaaggtattgctcat 229  Q
    ||| ||||||||||||| |||||    
T  6368695 tctttgtccaaggtattcctcat 6368717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University