View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5931-Insertion-1 (Length: 960)

Name: NF5931-Insertion-1
Description: NF5931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5931-Insertion-1
NF5931-Insertion-1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-943)||(3109917-3110858)
chr5 (833-943)||(3117239-3117354)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 943
Target Start/End: Original strand, 3109917 - 3110858
Alignment:
Q  9 ctccagactcaaattttgaagtcttacttgtttattcttcattcagctctcaatgaaaaaacatgtgttcatcaaagagtcaattttcatctgaatcaat 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3109917 ctccagattcaaattttgaagtcttacttgtttattcttcattcagctctcaatgaaaaaacatgtgttcatcaaagaatcaattttcatctgaatcaat 3110016  T
Q  109 tttttcaagcttttcaatttgggcgaactaaattctccctacctacaacatannnnnnnnnnnnn--aaacaaagagtgcaaatgcattacatgacaacc 206  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110017 tttttcaagtttttcaatttgggcgaactaaattctccctacctacaacatatttttttttgtttttaaacaaagagtgcaaatgcattacatgacaacc 3110116  T
Q  207 aaaatatcccaactatgttggcattcgttgaccggcactatcatctgcagattgcatcactctagaaatatttattacctacaacgtacactacatgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110117 aaaatatcccaactatgttggcattcgttgaccagcactatcatctgcaggctgcatcactctagaaatatttattacctacaacgtacactacatgttg 3110216  T
Q  307 ttgactgtttgacccttcataatgttaggctaataagagttcaagtgtaattagtcttagtggttttactgtagtttcaagagattgcttgagatgcaag 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110217 ttgactgtttgacccttcataatgttaggctaataagagttcaagtgtaattagtcttagtggttttactgtagtttcaagagattgcttgagatgcaag 3110316  T
Q  407 taatctagcttgtgtagtttttgggattggctataagtaagacataagtcataactgctctgcatgggttactggctacttatataggctaacctttact 506  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110317 taatctagcttgtgtagtgtttgggattggctataagtaagacataagtcataactgctctgcatgggttactggctacttatataggctaacctttact 3110416  T
Q  507 gtcacattattttgctaaggggttcaaaaattcccaaatatcacgcgtagatgaccagttaaatctcattataatataaacaaatccattataagaaaaa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110417 gtcacattattttgctaaggggttcaaaaattcccaaatatcacgcgtagatgacaagttaaatctcattataatataaacaaatccattataagaaaaa 3110516  T
Q  607 caatataagttaaatatttacttgatttggggtatatttcaaaagaattataatcagatgtgatgcgatnnnnnnnncatataagtataagtaatagaaa 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||    
T  3110517 caatataagttaaatatttacttga-ttggggtatatttcaaaagaattataatcagatgtgatgcgataaaaaaaacatataagtataagtaatagaaa 3110615  T
Q  707 agcggaaagacgagcacaaaaaggtaatagtaatttgacaaaacttaaagtaatctgggggtrggacaatacctaaaatc-ataagttcaattcaatcct 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  3110616 agcggaaagacgagcacaaaaaggtaatagtaatttgacaaaacttaaagtaatct-ggggtaggacaatacctaaactcaataagttcaattcaatcct 3110714  T
Q  806 tagtacttccattaaat-gnnnnnnnnntcctaagtaacttgt-aactagctgttgac-aagtttgagaagt-aaatgaaatggatg-aaatgtttagat 900  Q
    ||||||| | ||||||| |         ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3110715 tagtactccaattaaatggaaaaaaaaatcctaagtaacttgtaaactagctgttgacaaagtttgagaagtaaaatgaaatggatgaaaatgtttagat 3110814  T
Q  901 ggtgagattttcttgaagtacagtaaaggtg-cctttatgtttc 943  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3110815 ggtgagattttcttgaagtacagtaaaggtgccctttatgtttc 3110858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 833 - 943
Target Start/End: Original strand, 3117239 - 3117354
Alignment:
Q  833 tcctaagtaacttgtaa-ctagctgttgacaa-gtttgagaagtaaa-tgaaatggatgaaa-tgtttagatggtgagattttcttgaagtacagtaaag 928  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3117239 tcctaagtaacttgtaaactagctgttgacaaagtttgagaagtaaaatgaaatggatgaaaatgtttagatggtgagattttcttgaagtacagtaaag 3117338  T
Q  929 gtg-cctttatgtttc 943  Q
    ||| ||||||||||||    
T  3117339 gtgccctttatgtttc 3117354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University