View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5936-Insertion-2 (Length: 1088)

Name: NF5936-Insertion-2
Description: NF5936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5936-Insertion-2
NF5936-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-1083)||(10341042-10342109)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (648-712)||(13126360-13126424)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 884; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 884; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1083
Target Start/End: Complemental strand, 10342109 - 10341042
Alignment:
Q  9 gatttgaaacaatgaattgtgtccaccgtaaataatggaatgttacaaaagcatatgccctatattgtaattaataaatttactaattatcattgttcag 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10342109 gatttgaaacagtgaattgtgtccatcgtaaataatggaatgttacaaaagcatatgccctatattgtaattaataaatttactaattatcattgttcag 10342010  T
Q  109 tgatatgctgcaaagtaagaaaagcacatagtcaaataacaagattgaatcttagaaatacttcgacataaggtacagtggtggagatgggaaaattaaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10342009 tgatatgctgcaaagtaagaaaagcacatagtcaaataacaagattgaatcttagaaatacttcgacacaagatacagtggtggagatgggaaaattaaa 10341910  T
Q  209 tttggtttaatattcaaatttctaactaaacaatggaaatgagtttgatgtagcttagaaatattgcttcgagatgtaggcattgtgataatcttacttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10341909 tttggtttaatattcaaatttctaactaaacaatggaaatgagtttgatgtagcttagaaatattgcttcgagatgtaggcattgtgataatcttacttt 10341810  T
Q  309 tattatcatataagaatttagaagttttggcgagttcggtttcagaagctcaacagtgtcagggtagacatgagatgagttgcagacaaatcttcgttaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10341809 tattatcatataagaatttagaagttttggcgagttcggtttcagaagctcaacagtgtcagggtagacataagatgagttgcagacaaatcttcgttaa 10341710  T
Q  409 actttcataacactatgcttcaaaatattcacatatgttgttgagatcggaaatgtctctataactatactaccaaggttgaactattgctagcagccta 508  Q
    ||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10341709 actttcataa--------------atattcacatatgttgttgagatcggaaatgtctctataactatactaccaaggttgaactattgctagcagccta 10341624  T
Q  509 gtataatggaaggcaatagtgtcatttttgttgttgttgt---gttaaccctctggttctctcatattttggtaatctgaaattcagttagaagacaagt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10341623 gtataatggaaggcaatagtgtcatttttgttgttgttgttgtgttaaccctctggttctctcatattttggtaatcttaaattcagttagaagacaagt 10341524  T
Q  606 gacatgtaaagtctggctatgaattattccatttaggatttgaatttggattctcctgaacgatctgtccttaagtgaaactcattaatcacttgagctc 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10341523 gacatgtaaagtctggctatgaattattccatttaggatttgaattcggattctcgtgaacgatctgtccttaagtgaaactcattaatcacttgagctc 10341424  T
Q  706 aatcactcgagcactctaaaaaccaatgtgcgtttagtgaatgatctattcgagactcggacgacaccataagctcaactcaatctcaaagtggatctca 805  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10341423 aatcactcgagtactctaaaaaccaatgtgcgtttagtgaatgatctattcgagactccgacgacaccataagctcaactcaatctcaaagtggatctca 10341324  T
Q  806 gacaatctggcccacccaagtggtgcaggtttggtcacccttttggaccataccagaactacttccttagctttgttgatttattaaaaccatcatgaaa 905  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10341323 gacaatctggcccacccaattggtgcaggtttggtcacccttttggactataccagaactacttccttagctttgttgatttatt-aaaccatcatgaaa 10341225  T
Q  906 ccctcaatcattgaaagaaacaactctttgt-accaccatcactcc-ttttttgttgcttatatgactaaatacctaacatctaatg-aaatgacaaatg 1002  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10341224 ccctcaatcattgaaagaaacaactctttgtaaccaccatcactcctttttttgttgcttatatgactaaatacctaacatctaatgaaaatgacaaatg 10341125  T
Q  1003 tc-agggtgatat-attatggtccctttatatatggaatataac-ctctaagtgactttttatcatat-atcatcatactttgct 1083  Q
    || |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10341124 tcaagggtgatataattat-gttcctttatatatggaatataactcttaaagtgac-ttttatcatataatcatcatactttgct 10341042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 648 - 712
Target Start/End: Original strand, 13126360 - 13126424
Alignment:
Q  648 aatttggattctcctgaacgatctgtccttaagtgaaactcattaatcacttgagctcaatcact 712  Q
    ||||||| |||||  |||||||  ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13126360 aatttgggttctctcgaacgatacgtcctttggtgaaactcattaaccacttgagctcaatcact 13126424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University