View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5936_low_3 (Length: 365)

Name: NF5936_low_3
Description: NF5936
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5936_low_3
NF5936_low_3
[»] scaffold0038 (7 HSPs)
scaffold0038 (1-286)||(27898-28181)
scaffold0038 (1-217)||(117239-117455)
scaffold0038 (84-280)||(35258-35452)
scaffold0038 (92-249)||(43494-43651)
scaffold0038 (287-345)||(28893-28951)
scaffold0038 (289-345)||(28775-28831)
scaffold0038 (1-69)||(43424-43491)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (1-286)||(28227400-28227683)
chr6 (31-280)||(28185869-28186118)
chr6 (1-276)||(28325924-28326199)
chr6 (1-280)||(28181564-28181842)
chr6 (87-280)||(28297197-28297390)
chr6 (87-280)||(28514683-28514876)
chr6 (84-280)||(28235096-28235290)
chr6 (92-249)||(28243332-28243489)
chr6 (98-205)||(28097975-28098082)
chr6 (287-345)||(28228395-28228453)
chr6 (289-345)||(28228277-28228333)
chr6 (1-69)||(28243262-28243329)
chr6 (104-215)||(28140084-28140195)
chr6 (244-276)||(28503803-28503835)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (26-280)||(57751-58006)
scaffold0019 (287-345)||(57095-57153)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (89-215)||(5090475-5090601)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (157-215)||(3280261-3280319)


Alignment Details
Target: scaffold0038 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 7)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 27898 - 28181
Alignment:
Q  1 cttaacaagtttaatttacgtgtttgtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatt 100  Q
    |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27898 cttaacaagtttaatt-acttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatgattgtgaatttgtgatgcatt 27996  T
Q  101 tactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttaca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27997 tactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgagtttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcatgttcctttaca 28095  T
Q  201 tgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacaga 286  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28096 tgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacaga 28181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 117239 - 117455
Alignment:
Q  1 cttaacaagtttaatttacgtgtttgtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatt 100  Q
    |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||  |||| || | |||||| |  ||||||||||| ||||||||    
T  117239 cttaacaagtgtaagttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtattcatacaacagttatcaacacattgatgttattgtgaatttgcgatgcatt 117338  T
Q  101 tactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||  |  ||||||| |  |||||||||| |    
T  117339 tactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcctttata 117438  T
Q  201 tgttgccgataaccctg 217  Q
    |||||| ||| ||||||    
T  117439 tgttgcggattaccctg 117455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 84 - 280
Target Start/End: Original strand, 35258 - 35452
Alignment:
Q  84 tgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatc 183  Q
    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||  || |||||||||| ||||| |   ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35258 tgaatttgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatc 35355  T
Q  184 aatcatgttcctttacatgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaag 280  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || | |||||||||||||| |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  35356 aatcatgttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaag 35452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 249
Target Start/End: Original strand, 43494 - 43651
Alignment:
Q  92 tgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgt 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||| |||    
T  43494 tgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgt 43593  T
Q  192 tcctttacatgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaat 249  Q
    |||| || ||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  43594 tcctctatatgttgctgattaccctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaat 43651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 345
Target Start/End: Original strand, 28893 - 28951
Alignment:
Q  287 atgaaaggattcccattgaagatatcctagagatacttgaaataacctttgatgctttg 345  Q
    ||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  28893 atgaaaggattcccattaaaaatatcacagagatacttaaaataagctttgatgctttg 28951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 345
Target Start/End: Original strand, 28775 - 28831
Alignment:
Q  289 gaaaggattcccattgaagatatcctagagatacttgaaataacctttgatgctttg 345  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  28775 gaaaggattcccattaaaaatatcatagagatacttaaaataagctttgatactttg 28831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Original strand, 43424 - 43491
Alignment:
Q  1 cttaacaagtttaatttacgtgtttgtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaata 69  Q
    |||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  43424 cttaacaagtgtaagttacttgtatg-caaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 43491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 28227400 - 28227683
Alignment:
Q  1 cttaacaagtttaatttacgtgtttgtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatt 100  Q
    |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28227400 cttaacaagtttaatt-acttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatgattgtgaatttgtgatgcatt 28227498  T
Q  101 tactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttaca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28227499 tactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgagtttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcatgttcctttaca 28227597  T
Q  201 tgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacaga 286  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28227598 tgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacaga 28227683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 31 - 280
Target Start/End: Original strand, 28185869 - 28186118
Alignment:
Q  31 aacaatattttagttgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatg 130  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  28185869 aacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatgtggctgtgaatttgtgatgcacttaatcaaacttattttattgggtaggaatg 28185968  T
Q  131 gctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctgatggtgtcgaatc 230  Q
    |||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||| |||| |||| ||    
T  28185969 gctatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgctgatttccctgttggtatcgagtc 28186068  T
Q  231 tagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaag 280  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28186069 tagggttctaaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggtgaag 28186118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 28325924 - 28326199
Alignment:
Q  1 cttaacaagtttaatttacgtgtttgtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatt 100  Q
    |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||  |||| || | |||||| |  ||||||||||| ||||||||    
T  28325924 cttaacaagtgtaagttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtattcatacaacagttatcaacacattgatgttattgtgaatttgcgatgcatt 28326023  T
Q  101 tactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||  |  ||||||| |  |||||||||| |    
T  28326024 tactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcctttata 28326123  T
Q  201 tgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggt 276  Q
    |||||| ||| ||||||  ||| |||| |||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28326124 tgttgcggattaccctgtaggtctcgagtctaggatcctagaagtaaattcacttatagatgttggatctaatggt 28326199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 28181564 - 28181842
Alignment:
Q  1 cttaacaagtttaatttacgtgtttgtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatt 100  Q
    |||||||||| |||  ||| ||| ||||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||| ||||| |||    
T  28181564 cttaacaagtgtaaggtacttgtatgtcaaatcaatatttgaattgtatt-atacaactattattaa-aaattgatgtggttgagcatttatgatgtatt 28181661  T
Q  101 ta-ctcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttac 199  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||||  ||||||||||     
T  28181662 ttgctcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatatgagtttatcgaaaagatagtcaaatacgtttccaaaaagatcaattgtgttcctttat 28181761  T
Q  200 atgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaag 280  Q
    ||||||||||| ||  || |||| |||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  28181762 atgttgccgattactatgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatgtcggatctaatggtgaag 28181842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 87 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 28297390 - 28297197
Alignment:
Q  87 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaat 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  28297390 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaat 28297291  T
Q  187 catgttcctttacatgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaag 280  Q
    | |||||||||| ||||||||||| |||| | |||| || | |||||||||||||| ||||||||| || ||||| |  |||||||||||||||    
T  28297290 cgtgttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaag 28297197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 87 - 280
Target Start/End: Original strand, 28514683 - 28514876
Alignment:
Q  87 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaat 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  28514683 atttgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaat 28514782  T
Q  187 catgttcctttacatgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaag 280  Q
    | |||||||||| ||||||||||| |||| | |||| || | |||||||||||||| ||||||||| || ||||| |  |||||||||||||||    
T  28514783 cgtgttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaag 28514876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 84 - 280
Target Start/End: Original strand, 28235096 - 28235290
Alignment:
Q  84 tgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatc 183  Q
    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||  || |||||||||| ||||| |   ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28235096 tgaatttgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatc 28235193  T
Q  184 aatcatgttcctttacatgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaag 280  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || | |||||||||||||| |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  28235194 aatcatgttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaag 28235290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 249
Target Start/End: Original strand, 28243332 - 28243489
Alignment:
Q  92 tgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgt 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||| |||    
T  28243332 tgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgt 28243431  T
Q  192 tcctttacatgttgccgataaccctgatggtgtcgaatctagggtcctaaacgtaaat 249  Q
    |||| || ||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  28243432 tcctctatatgttgctgattaccctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaat 28243489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 98 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 28098082 - 28097975
Alignment:
Q  98 atttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttat-cgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctt 196  Q
    |||||||||||||||| | |||||  |||||||| ||||| || |||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| | ||    
T  28098082 atttactcaaacttatcttattggccaggaatggatatgaattcgagtttattcgggaa-atagtcaaatatgtatccaacaaattgaatcatgtccttt 28097984  T
Q  197 tacatgttg 205  Q
    |||||||||    
T  28097983 tacatgttg 28097975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 345
Target Start/End: Original strand, 28228395 - 28228453
Alignment:
Q  287 atgaaaggattcccattgaagatatcctagagatacttgaaataacctttgatgctttg 345  Q
    ||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  28228395 atgaaaggattcccattaaaaatatcacagagatacttaaaataagctttgatgctttg 28228453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 345
Target Start/End: Original strand, 28228277 - 28228333
Alignment:
Q  289 gaaaggattcccattgaagatatcctagagatacttgaaataacctttgatgctttg 345  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  28228277 gaaaggattcccattaaaaatatcatagagatacttaaaataagctttgatactttg 28228333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Original strand, 28243262 - 28243329
Alignment:
Q  1 cttaacaagtttaatttacgtgtttgtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaata 69  Q
    |||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28243262 cttaacaagtgtaagttacttgtatg-caaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 28243329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 104 - 215
Target Start/End: Original strand, 28140084 - 28140195
Alignment:
Q  104 tcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgt 203  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||| ||||    |||||||| ||| | ||||| |||||||| |||| |  ||||||||||||    
T  28140084 tcaaacttattttattggttaggaatgaatatgagtatgagattattacaaagatagttaaagaagtatcgaacaagataaatcgtactcctttacatgt 28140183  T
Q  204 tgccgataaccc 215  Q
    ||| ||| ||||    
T  28140184 tgcggattaccc 28140195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 244 - 276
Target Start/End: Original strand, 28503803 - 28503835
Alignment:
Q  244 gtaaattcacttatggatgttggatctaatggt 276  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28503803 gtaaattcacttatagatgttggatctaatggt 28503835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 26 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 58006 - 57751
Alignment:
Q  26 gtcaaaacaatattttagttgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgatt-gggta 124  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  58006 gtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgacgcggttgtgaatttatgatgcatttactcaaacttatttcatttgggta 57907  T
Q  125 ggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctgatggtgt 224  Q
    ||||||| ||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |    
T  57906 ggaatggatatgaatgcgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgccgattaccctgttggtat 57807  T
Q  225 cgaatctagggtcctaaacgtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaag 280  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  57806 cgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttctggatgttagatctaatggtgaag 57751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 287 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 57153 - 57095
Alignment:
Q  287 atgaaaggattcccattgaagatatcctagagatacttgaaataacctttgatgctttg 345  Q
    ||||||||||||||||| || | |||| |||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  57153 atgaaaggattcccattaaaaagatccaagagatacttaaagtaagctttgatgctttg 57095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 5090601 - 5090475
Alignment:
Q  89 ttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatca 188  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||| ||| ||||| |  ||||||||  ||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||    
T  5090601 ttgtgatgcatttattcaaatttatctgatttgataggactggatatgaatacgagtttattcagatgatagtcacatatgtctccaacaagatcaatca 5090502  T
Q  189 tgttcctttacatgttgccgataaccc 215  Q
       ||||||||||||||| ||| ||||    
T  5090501 cactcctttacatgttgctgattaccc 5090475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 215
Target Start/End: Original strand, 3280261 - 3280319
Alignment:
Q  157 atagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccc 215  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| |||| || |||||||||||||| |||| ||||    
T  3280261 atagtcaaaaatgtatccaacaagataaatcgtgctcctttacatgttgtcgattaccc 3280319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University