View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5938_high_2 (Length: 426)

Name: NF5938_high_2
Description: NF5938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5938_high_2
NF5938_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-411)||(26073083-26073483)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (11-411)||(1670219-1670619)
chr3 (11-411)||(44271860-44272260)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 26073483 - 26073083
Alignment:
Q  11 cataggggtgacaccataggtaaagccttagaaaaatgcttgaaagattggggaattactaaattgtgcactgttacagtagataatgctagctctaata 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26073483 catagaggtgacaccataggtaaagccttagaaaaatgcttgaaagattggggaattactaaactgtgcacagttacagtagataatgctagctctaata 26073384  T
Q  111 atgttgctctatcttatttgactagaaatatgagtgcttggaatggaaataactttcttaaagaggagtatatgcatctgcggtgttgtgcccatatctt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26073383 atgttgctctatcttatttgactagaaatatgagtgcttggaatggaaataccttgcttaaaggggagtatatgcatctgcggtgttgtgcccatatctt 26073284  T
Q  211 gaatttgattgtttctgatggattatctcttatagattcatccatttctaatatcagggctgcttgcaagcatgttaagtcatctccttctagattggca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26073283 gaatttgattgtttctgatggattatctcttatagattcatccatttctaagatcagggctgcttgcaagcatgttaagtcatctccttctagattggca 26073184  T
Q  311 ttgtttaaagtgtgtgtgaaagatgcaaacatttctagctcacaaaaggtagtaattgatgtagcaacaagatggaataccacatatttaatgttggagg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26073183 ttgtttaaagtgtgtgtgaaagatgcaaacatttctagctcacaaaaggtagtaattgatgtagcaacaagatggaataccacatatttaatgttggagg 26073084  T
Q  411 t 411  Q
    |    
T  26073083 t 26073083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 411
Target Start/End: Original strand, 1670219 - 1670619
Alignment:
Q  11 cataggggtgacaccataggtaaagccttagaaaaatgcttgaaagattggggaattactaaattgtgcactgttacagtagataatgctagctctaata 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1670219 cataggggtgacaccataggtaaagccttagaaaaatgcttgaaagattggggaattactaaactgtgcacagttacagtagataatgctagctctaata 1670318  T
Q  111 atgttgctctatcttatttgactagaaatatgagtgcttggaatggaaataactttcttaaagaggagtatatgcatctgcggtgttgtgcccatatctt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1670319 atgttgctctatcttatttgactagaaatatgagtgcttggaatggaaataccttgcttaaaggggagtatatgcatctgcggtgttgtgcccatatctt 1670418  T
Q  211 gaatttgattgtttctgatggattatctcttatagattcatccatttctaatatcagggctgcttgcaagcatgttaagtcatctccttctagattggca 310  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1670419 gaatttgattgtttttgatggattatctcttatagattcatccatttctaagatcagggctgcttgcaagcatgttaagtcatctccttctagattggca 1670518  T
Q  311 ttgtttaaagtgtgtgtgaaagatgcaaacatttctagctcacaaaaggtagtaattgatgtagcaacaagatggaataccacatatttaatgttggagg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1670519 ttgtttaaagtgtgtgtgaaagatgcaaacatttctagctcacaaaaggtagtaattgatgtagcaacaagatggaataccacatatttaatgttggagg 1670618  T
Q  411 t 411  Q
    |    
T  1670619 t 1670619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 44272260 - 44271860
Alignment:
Q  11 cataggggtgacaccataggtaaagccttagaaaaatgcttgaaagattggggaattactaaattgtgcactgttacagtagataatgctagctctaata 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44272260 catagaggtgacaccataggtaaagccttagaaaaatgcttgaaagattggggaattactaaactgtgcacagttacagtagataatgctagctctaata 44272161  T
Q  111 atgttgctctatcttatttgactagaaatatgagtgcttggaatggaaataactttcttaaagaggagtatatgcatctgcggtgttgtgcccatatctt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44272160 atgttgctctatcttatttgactagaaatatgagtgcttggaatggaaataccttgcttaaaggggagtatatgcatctgcggtgttgtgcccatatctt 44272061  T
Q  211 gaatttgattgtttctgatggattatctcttatagattcatccatttctaatatcagggctgcttgcaagcatgttaagtcatctccttctagattggca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44272060 gaatttgattgtttctgatggattatctcttatagattcatccatttctaagatcagggctgcttgcaagcatgttaagtcatctccttctagattggca 44271961  T
Q  311 ttgtttaaagtgtgtgtgaaagatgcaaacatttctagctcacaaaaggtagtaattgatgtagcaacaagatggaataccacatatttaatgttggagg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44271960 ttgtttaaagtgtgtgtgaaagatgcaaacatttctagctcacaaaaggtagtaattgatgtagcaacaagatggaataccacatatttaatgttggagg 44271861  T
Q  411 t 411  Q
    |    
T  44271860 t 44271860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University