View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5939-Insertion-3 (Length: 936)

Name: NF5939-Insertion-3
Description: NF5939
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5939-Insertion-3
NF5939-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-933)||(45704811-45705744)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 801; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 801; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 933
Target Start/End: Original strand, 45704811 - 45705744
Alignment:
Q  9 tgagtaactgtggtattgaggtaacagaggtggattcagatgctgttttaaggatttcaggattggaactggaagatatcccttccattactcgtagcga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45704811 tgagtaactgtggtattgaggtaacagaggtggattcagatgctgttttaaggatttcaggattggaactggaagatatcccttccattactcgtagcga 45704910  T
Q  109 atttgggataatatgggcttattgcatcctttgtctgtttaaaaacccttcagccgtcaattataaaaattatatgagcagttgaattgctgaactgctt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  45704911 atttgggataatatgggcttattgcatcctttgtctgtttaaaaacccttcagtcatcaattataaaaattatatgagtagtcgaattgctgaactgctt 45705010  T
Q  209 ggtttggtacacacaccgtctgctgaacaggttaagattccgttgagactggaacatgccaaaaatttgagacagatgttaggacttaggatctcaagag 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||    
T  45705011 ggtttggtacacacaccgtctgctgaacaggttaagattccgttgagactggaacatgccaaaaatttgagacagatgttagga-------tctcaagag 45705103  T
Q  309 aagttttgcaaagaggtcttggtatttatcatgaacaacgtcaacaaatctagtttccttcggtcaacaattcaatacttggacaggattt--------- 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  45705104 aagttttgcaaagaggtcttggtatttatcataaacaacgtcaacaaatctagtttccttcggtcaacaattcaatacttggacaggattttggcttggt 45705203  T
Q  400 --atcatgagcagctttacaattatttttgagtcattgataatgacaaaatcaccagtaatttatgaaagatttttgcgtgctgaagctctaaaatttgc 497  Q
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45705204 ctaatatgagcagctttacaattatttttgagtcattgataatgacaaaatcaccagtaatttatgaaagatttttgcgtgctgaagctctaaaatttgc 45705303  T
Q  498 agatacggtggaaccaatttgtgccagtgactatcctcagtactttcgttatttcgcggcatggactgatcatatgcatctcttggatcgaaacaggttt 597  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45705304 agatacggtggaagcaatttgtgccagtgactatcctcagtactttcgttatttcgcggcatggaccgatcatatgcatctcttggatcgaaacaggttt 45705403  T
Q  598 ccaatgtcgattgctgttgcagagaagataaaatatgatacaagttctacgtctgtgaataaaaaacgtgaaccaagatctggtggaaagtttatacaat 697  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45705404 ccaatgtcaattgctgttgcagagaagataaaatatgatacaagttctacgtctgtgaataaaaaacgtgaaccaagatctggtggaaagtttgtacaat 45705503  T
Q  698 cttcacaaacatgcaatgaggtccaacgttcatgctacaagacctacttcttcctccgagactaattagaagattataaaaatgcaaattgaaatcgatg 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45705504 cttcacaaacatgcaatgaggtccaacgttcatgctacaagaccaacttcttcctccgagactaattagaagattataaaaatgcaaattgaaatcgatg 45705603  T
Q  798 cactttaggagtacgtttcacaaattg-----atattttgaaggagcaaattgcattcttaattaaaaatggtaggggaaaccaggtaaaacttattact 892  Q
    |||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45705604 cactttaggagtacgtttcacaaattgatattatattttgaaggagcaaattgcattcttaattcaaaatggtaggggaaaccaggtaaaacttattact 45705703  T
Q  893 tgtgcatcacttgctaaattcatgtaaatttattttgtcaa 933  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45705704 tgtgcatcacttgctaaattcatgtaaaattattttgtcaa 45705744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University