View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5939-Insertion-7 (Length: 847)

Name: NF5939-Insertion-7
Description: NF5939
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5939-Insertion-7
NF5939-Insertion-7
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (32-839)||(16421951-16422777)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 839
Target Start/End: Original strand, 16421951 - 16422777
Alignment:
Q  32 attgagatggctgtagaaaagaaaaatgggaaagtctattttgcaaaagtatgggaagttcttgggagtttttacaagatgttggaagatgcatagatga 131  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  16421951 attgagatggttgtagaaaagaaaaatggaaaagtctattttgcaaaagtatgggaagttcttgggagtttttacaagatattggaagatgcataaatga 16422050  T
Q  132 ccttggtgtatgtcaatagtcacattttcctatttgagcttcgcaacatgcatggacaagaattgatatatcctcaattcatccctcctcagcgaatttt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16422051 ccttggtgtatgtcaatagtcacattttcctatttgaggttcgcaacatgcatggacaagaactgatgtatcctcaattcatcactcctcagcgaatttt 16422150  T
Q  232 actacaagaacataatgcacaagactaccgaaattcattctttcggtatggatcaaatgcagattatcttcccacaaagttcactcatctacttgcgaaa 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422151 actacaagaacataatgcacaagactaccgaaattcattctttcggtatggatcaaatgcagattatcttcccacaaagttcactcatctacttgcgaaa 16422250  T
Q  332 gagttgacttaagctgatgtcacttctggaagattggtaactttagatatagnnnnnnnagtatttggtgttaatgcggtgttgtttacatttacttatg 431  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422251 gagttgacttaagttgatgtcacttctggaagattggtaactttagatatagtttttttagtatttggtattaatgcggtgttgtttacatttacttatg 16422350  T
Q  432 tttcttcaatgttcacataaattggactgcctagaattttgtcaagctgtgttaccagctgaacgcaatgaggtgaccgtggttgactaccttggataca 531  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422351 tttcttcaatgttcacataatttggactggctaggattttgtcaagttctgttaccagctgaacgcaatgaggtgaccgtggttgactaccttggataca 16422450  T
Q  532 catggaagttactcatagatttctgccatgacgatggtctgtcttgc-------------------aagcactggctaagccacgcaaatttacttcagg 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16422451 catggaagttactcatagatttctgccatgacgatggtctgtcttgcatttttactggccagtggaaagctctggctgagccacgcaaatttacttcagg 16422550  T
Q  613 gcaagttatcaagtttggtgttaccggaaaagctaacaacatggttatttacctttgcactcctccaatgttggttctgaagacaactgttcaaccttga 712  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16422551 gcaggttatcaagttgggtgttaccagagaagctaacaacagggttatttacctttgcgctcctccaatgttggttctaaagacaactgttcaaccttga 16422650  T
Q  713 ccagctatagctgaagctgatgttgcttaccgtcttttggagttgttctggaaaaagtgattggtcctcctgatgccttttcttcagttgcacgtgttat 812  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  16422651 ccagctgtagatgaagctggtgttgcttaccgtcttttagagttgttctgaaaaaagtgattggtcctcctgatgacttttcttcagttgcatgtgttat 16422750  T
Q  813 gttttggtgtcgttgtagttgctttat 839  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  16422751 gttttggtgtcgttgtagttgttttat 16422777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University